genome.fa.s68.2.7.7.80.10.50.1000.61.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167893.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_16, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  22157061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   

This is table  61  of  113  ( 13473 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14913948--14914003	10	5.5	10	76	18	53	76	1	7	14	1.07
14914381--14914433	20	2.7	19	77	8	61	28	16	24	30	1.97
14915028--14915118	4	20.5	4	72	24	51	67	4	0	28	1.10
14915026--14915083	18	3.2	18	79	20	68	63	3	0	32	1.11
14915025--14915163	12	11.8	12	67	22	55	64	5	0	29	1.19
14915133--14915176	21	2.1	21	83	8	54	70	6	2	20	1.21
14915012--14915189	81	2.2	80	79	11	179	67	5	2	25	1.23
14915356--14915401	1	46.0	1	86	0	56	0	0	8	91	0.43
14915357--14915401	15	2.9	15	93	6	72	0	0	8	91	0.43
14915409--14915577	40	4.2	40	80	9	173	35	23	15	25	1.94
14915412--14915574	82	2.0	82	81	9	190	36	22	15	25	1.93
14917166--14917361	95	2.1	95	81	6	227	43	11	7	37	1.68
14921853--14922022	53	3.1	56	81	5	195	55	12	17	14	1.69
14921853--14922022	56	3.1	53	77	8	180	55	12	17	14	1.69
14922353--14922406	21	2.6	20	80	8	63	72	7	14	5	1.26
14923276--14923483	114	1.8	114	82	0	272	25	26	13	34	1.94
14923343--14923678	178	1.9	178	80	3	399	25	23	14	36	1.93
14923793--14923921	60	2.2	60	81	2	152	22	29	15	32	1.95
14923670--14924004	174	1.9	174	81	4	408	25	26	14	33	1.94
14924448--14924563	3	40.7	3	77	17	106	26	2	2	68	1.16
14924415--14924533	52	2.3	52	94	4	208	29	3	5	61	1.36
14924499--14924568	29	2.4	29	95	2	122	21	2	0	75	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14924499--14924574	24	3.1	23	79	9	80	19	3	0	76	0.94
14924448--14924577	49	3.0	41	79	13	122	23	4	2	69	1.19
14924503--14924565	5	12.4	5	85	11	76	22	1	0	76	0.88
14925542--14925588	20	2.3	21	85	10	62	74	4	17	4	1.14
14926506--14926551	17	2.6	18	83	13	60	73	6	0	19	1.04
14926516--14926545	9	3.4	9	90	9	53	80	0	0	20	0.72
14926517--14926555	12	3.2	13	85	10	55	76	2	0	20	0.90
14926841--14926883	19	2.2	20	87	4	61	69	4	0	25	1.07
14926865--14926893	15	1.9	15	100	0	58	68	10	0	20	1.18
14927278--14927317	12	3.4	12	82	3	55	90	0	5	5	0.57
14930334--14930395	24	2.4	26	86	7	83	25	3	0	70	1.02
14930535--14930576	18	2.4	17	84	7	57	30	0	14	54	1.40
14932045--14932099	27	2.0	28	86	13	78	23	7	9	60	1.52
14932182--14932224	15	2.8	16	82	6	54	72	6	4	16	1.24
14932173--14932248	39	1.9	39	87	12	111	73	3	5	17	1.17
14932171--14932252	19	4.3	19	78	17	89	75	3	4	15	1.11
14932218--14932258	19	2.2	19	90	0	64	78	0	9	12	0.98
14932562--14932600	19	2.0	20	85	14	55	35	12	7	43	1.72
14933114--14933170	3	19.0	3	75	7	53	57	0	8	33	1.29
14933117--14933166	9	5.9	9	88	9	61	56	0	10	34	1.33
14933114--14933170	24	2.4	24	85	8	80	57	0	8	33	1.29
14933172--14933220	25	1.9	26	91	4	82	48	6	0	44	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14933186--14933230	18	2.5	18	92	0	72	44	8	2	44	1.47
14933165--14933251	15	5.6	15	74	17	63	49	8	1	41	1.40
14933160--14933251	5	18.6	5	73	13	57	50	7	1	41	1.38
14933579--14933630	21	2.5	21	93	0	86	53	13	19	13	1.72
14933708--14934155	240	1.9	241	80	3	535	41	12	24	21	1.88
14936474--14936599	5	23.0	5	69	17	56	23	1	2	73	1.04
14936485--14936551	29	2.3	28	82	14	82	16	1	2	79	0.94
14936515--14936584	7	10.4	7	70	14	58	27	1	1	70	1.05
14936463--14936577	27	4.2	27	74	12	74	23	2	1	72	1.07
14936461--14936604	16	8.4	16	73	18	80	22	2	2	72	1.09
14936466--14936599	23	6.2	22	69	21	72	23	2	2	72	1.07
14937399--14937431	3	10.7	3	93	6	57	30	0	0	69	0.88
14937496--14937763	58	4.4	59	72	17	192	47	7	10	34	1.66
14937496--14937653	58	2.6	60	85	9	198	47	6	8	37	1.59
14937568--14937703	71	1.9	70	82	5	166	48	8	11	32	1.68
14937640--14937769	56	2.3	56	80	8	158	50	7	11	30	1.67
14937533--14937837	127	2.4	128	79	9	343	47	7	12	33	1.68
14937694--14937914	76	3.0	72	83	9	266	52	6	10	30	1.60
14937827--14937873	16	3.0	16	78	9	53	63	2	0	34	1.06
14937839--14937957	60	2.0	61	86	1	168	51	6	11	30	1.64
14938188--14938475	143	2.0	143	99	0	567	29	14	17	38	1.89
14942360--14942691	61	5.5	59	84	8	422	34	14	7	43	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14942714--14942741	14	2.0	14	100	0	56	57	7	14	21	1.61
14942660--14942799	71	2.0	72	89	1	219	39	12	8	39	1.74
14942600--14942858	129	2.0	133	91	4	429	37	12	7	42	1.72
14942731--14942886	59	2.7	58	91	6	244	35	13	6	44	1.69
14942902--14942943	22	1.9	22	85	9	59	71	4	9	14	1.28
14942925--14942972	19	2.4	21	83	13	57	79	4	4	12	1.02
14943388--14943427	20	2.0	20	90	9	64	37	15	17	30	1.90
14944019--14944112	4	21.5	4	72	18	55	67	3	0	29	1.07
14944017--14944148	20	6.4	20	68	22	78	64	3	0	31	1.17
14944016--14944148	12	11.8	12	65	24	51	64	3	0	30	1.16
14944016--14944078	25	2.6	25	81	13	71	63	1	0	34	1.04
14944016--14944061	22	2.1	22	87	0	65	63	0	0	36	0.95
14944127--14944170	21	2.1	20	83	8	52	70	6	2	20	1.21
14944019--14944178	82	2.0	84	82	11	201	66	4	1	27	1.18
14944349--14944401	1	53.0	1	80	0	61	3	0	5	90	0.54
14944348--14944400	18	3.0	18	88	2	81	5	0	5	88	0.62
14944408--14944496	41	2.2	41	89	4	135	34	24	12	28	1.92
14944437--14944556	62	1.9	62	98	0	231	38	20	14	27	1.91
14946005--14946223	101	2.2	99	79	8	230	37	14	6	41	1.71
14950923--14950961	13	3.0	12	85	14	51	84	2	12	0	0.72
14951336--14951385	21	2.3	22	89	3	75	76	6	10	8	1.17
14952264--14952482	114	1.9	114	82	0	276	26	24	13	36	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14952775--14952903	60	2.2	60	81	2	152	22	29	15	32	1.95
14952652--14952986	174	1.9	174	82	2	413	25	26	14	33	1.94
14952826--14953095	114	2.4	114	78	2	274	25	26	14	34	1.94
14953329--14953411	13	6.1	13	76	9	58	37	3	4	54	1.39
14953424--14953514	3	31.7	3	74	18	63	26	2	4	67	1.21
14953383--14953499	46	2.6	46	90	4	186	29	4	5	60	1.39
14953471--14953516	5	8.8	5	95	4	74	21	0	0	78	0.76
14954379--14954419	14	3.1	14	80	13	52	14	4	2	78	1.03
14955774--14955816	19	2.2	20	87	4	61	69	4	0	25	1.07
14955798--14955826	15	1.9	15	100	0	58	68	10	0	20	1.18
14959255--14959306	18	2.8	18	85	8	70	26	3	0	69	1.06
14959456--14959497	18	2.4	17	84	7	57	30	0	14	54	1.40
14960697--14960855	86	1.8	86	89	0	246	22	2	13	61	1.45
14962993--14963030	19	2.1	19	85	9	53	57	5	0	36	1.21
14963023--14963106	5	13.8	6	71	21	52	79	3	3	13	0.99
14963024--14963106	19	4.9	17	73	17	59	79	3	3	13	1.00
14963021--14963075	24	2.2	25	87	12	78	78	5	0	16	0.93
14963061--14963106	19	2.5	19	89	6	69	82	0	6	10	0.83
14963022--14963105	11	7.6	10	70	20	53	79	3	3	13	0.99
14965309--14965348	5	7.4	5	84	15	53	20	0	2	77	0.88
14965392--14965784	58	6.9	57	80	11	396	47	6	11	34	1.66
14965394--14965800	171	2.4	168	84	9	520	47	6	11	34	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14965773--14965804	14	2.4	14	94	5	57	62	3	0	34	1.11
14970483--14970546	22	2.8	23	85	4	85	73	4	4	17	1.18
14971419--14971459	3	13.7	3	94	0	73	65	2	0	31	1.05
14971447--14971504	25	2.4	23	82	8	71	51	10	0	37	1.36
14978526--14978557	11	2.8	11	95	4	55	31	0	6	62	1.20
14979124--14979329	98	2.2	90	78	11	207	39	6	9	45	1.62
14981012--14981117	41	2.5	43	90	3	171	20	16	26	36	1.93
14981016--14981117	43	2.4	41	90	3	159	21	16	25	36	1.94
14981124--14981173	1	50.0	1	79	0	55	90	10	0	0	0.47
14981124--14981173	16	3.2	16	85	2	75	90	10	0	0	0.47

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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