genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.23.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  43198478

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   

This is table  23  of  131  ( 15627 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7645661--7645707	24	1.9	25	82	4	60	27	8	19	44	1.79
7646352--7646398	24	1.9	25	82	4	60	40	4	0	55	1.19
7646568--7646596	6	4.8	6	100	0	58	51	17	13	17	1.76
7650408--7650452	23	2.0	23	86	8	65	51	0	0	48	1.00
7655707--7655767	25	2.3	27	75	8	72	44	6	0	49	1.28
7659790--7659841	11	4.6	11	90	2	77	23	32	1	42	1.65
7659790--7659843	22	2.4	23	90	6	92	24	31	1	42	1.65
7659789--7659865	11	6.9	11	69	26	56	24	31	2	41	1.69
7661736--7661775	18	2.2	18	86	0	53	17	30	7	45	1.76
7662347--7663327	22	44.0	22	72	12	580	46	25	1	26	1.61
7662347--7663327	43	22.5	43	74	12	661	46	25	1	26	1.61
7662444--7662674	73	3.1	72	78	6	185	48	23	0	27	1.54
7662497--7662558	30	2.1	30	84	0	79	51	24	0	24	1.48
7662513--7662756	81	3.0	79	81	9	239	49	23	1	25	1.57
7662546--7663327	107	7.5	102	73	15	352	46	25	1	26	1.62
7662608--7663327	64	11.4	64	77	13	421	46	25	1	26	1.62
7662922--7662980	30	1.9	30	82	3	73	52	18	3	25	1.61
7662901--7663006	52	2.1	51	87	1	149	50	21	1	25	1.58
7662837--7663063	116	2.0	115	91	0	373	47	23	1	27	1.61
7662600--7663314	180	4.1	178	81	7	727	46	25	1	26	1.62
7663081--7663187	52	2.1	52	87	3	153	49	26	0	24	1.50
7663143--7663329	85	2.2	85	82	5	218	44	26	0	27	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7669845--7670543	127	5.5	125	87	3	938	29	23	16	30	1.96
7669845--7670543	253	2.8	251	86	4	958	29	23	16	30	1.96
7670657--7670691	18	1.9	18	94	0	61	54	25	0	20	1.45
7672345--7672453	53	2.1	53	100	0	218	40	11	8	40	1.70
7674155--7674184	14	2.1	14	93	0	51	66	10	0	23	1.21
7677857--7677895	20	2.0	20	89	0	60	51	10	2	35	1.50
7680728--7680787	31	1.9	32	89	3	95	16	30	13	40	1.87
7683326--7683363	16	2.4	16	95	0	67	47	21	0	31	1.51
7687220--7687262	15	2.8	15	85	3	50	37	11	11	39	1.78
7695357--7695436	28	2.7	30	80	7	101	45	3	10	41	1.56
7697387--7697431	20	2.3	20	84	3	56	71	4	0	24	1.05
7697623--7697676	26	2.1	26	85	0	72	25	22	12	38	1.90
7698493--7698542	21	2.4	21	76	6	57	30	24	8	38	1.84
7699192--7699231	16	2.3	18	83	12	57	37	5	0	57	1.21
7700112--7700168	27	2.1	27	80	6	62	19	21	29	29	1.97
7700249--7700278	12	2.4	13	94	5	53	46	3	23	26	1.68
7700370--7700425	27	2.1	27	82	0	67	26	14	33	25	1.94
7707040--7707101	28	2.2	28	97	2	115	43	8	25	22	1.80
7707057--7707116	28	2.1	28	81	6	68	53	5	20	21	1.64
7716144--7716244	52	1.9	52	97	0	193	32	20	11	34	1.89
7734639--7734728	46	2.0	46	93	0	153	25	30	11	33	1.90
7735174--7735198	12	2.1	12	100	0	50	8	20	16	56	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7735477--7735513	17	2.2	17	100	0	74	54	21	0	24	1.45
7740528--7740664	49	3.0	44	82	10	175	35	10	18	35	1.85
7740566--7740659	49	1.9	49	97	0	179	38	11	15	34	1.84
7742491--7742516	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
7742779--7742829	17	2.8	18	78	18	61	29	13	11	45	1.79
7742770--7742826	19	3.1	19	76	19	75	28	12	14	45	1.80
7743033--7743129	49	2.0	48	91	2	158	20	15	22	41	1.90
7745972--7746066	41	2.3	41	87	1	138	25	22	11	41	1.87
7748988--7749039	20	2.8	18	73	21	54	40	1	3	53	1.30
7749015--7749130	61	1.9	58	87	5	169	40	3	4	51	1.38
7749021--7749150	58	2.2	60	83	9	160	40	3	6	50	1.45
7749239--7749290	26	2.0	25	82	10	61	42	1	11	44	1.51
7752654--7752719	6	10.5	6	82	9	51	78	7	6	7	1.08
7752785--7752831	19	2.5	20	79	10	62	72	2	6	19	1.17
7752862--7752953	4	23.8	4	69	22	63	72	3	1	22	1.05
7752853--7752949	22	4.5	22	71	14	85	73	4	1	21	1.07
7752866--7752958	15	6.1	15	74	15	75	73	3	2	21	1.09
7752893--7752949	7	7.7	7	82	9	60	75	0	0	24	0.80
7753005--7753040	19	1.9	18	88	5	54	11	5	58	25	1.54
7755989--7756191	102	2.0	102	95	0	361	33	16	17	33	1.92
7756564--7756601	10	3.5	11	85	10	51	76	2	0	21	0.91
7756578--7756602	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7773233--7773257	7	3.6	7	100	0	50	28	0	12	60	1.32
7773781--7773830	18	2.6	19	73	20	50	34	2	2	62	1.18
7777868--7777991	61	2.0	61	85	3	169	29	16	17	36	1.92
7788555--7788604	24	2.2	23	89	7	75	56	6	4	34	1.43
7791108--7791149	21	2.0	21	90	0	66	11	4	9	73	1.22
7791231--7791294	29	2.2	30	94	2	112	23	3	15	57	1.52
7795845--7796011	38	4.4	36	73	13	113	31	7	4	56	1.45
7797135--7797176	16	2.6	16	92	0	66	42	7	2	47	1.43
7798293--7798337	22	2.0	22	86	0	63	26	8	4	60	1.46
7801945--7802183	54	4.5	53	78	7	245	31	14	23	30	1.94
7801945--7802183	106	2.3	106	85	5	306	31	14	23	30	1.94
7807084--7807138	28	2.0	28	100	0	110	18	29	5	47	1.71
7816388--7816425	18	2.1	19	90	5	60	23	5	5	65	1.34
7816386--7816440	28	2.0	28	85	7	76	23	7	3	65	1.34
7818227--7818278	27	1.9	27	100	0	104	23	26	23	26	2.00
7819084--7819125	18	2.3	18	92	8	68	16	45	14	23	1.84
7823467--7823526	28	2.2	27	82	5	68	51	1	3	43	1.28
7824573--7824629	6	9.5	6	96	0	78	66	22	0	10	1.22
7824576--7824628	3	17.7	3	84	0	70	67	24	0	7	1.16
7826261--7826787	179	2.9	179	85	1	682	29	18	20	32	1.96
7826321--7826787	45	10.4	45	71	4	199	29	18	20	31	1.96
7831165--7831210	3	15.3	3	95	0	83	67	30	2	0	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7832398--7832435	20	1.9	20	84	10	51	15	18	52	13	1.74
7833352--7833406	26	2.0	28	86	6	78	36	1	7	54	1.39
7834700--7834775	33	2.2	33	95	4	134	5	10	6	77	1.11
7858666--7858699	5	6.6	5	86	6	50	14	2	0	82	0.79
7858665--7858699	11	3.3	11	88	8	54	14	2	0	82	0.77
7858665--7858706	21	2.0	21	85	0	57	14	4	2	78	1.01
7859535--7859577	13	3.5	12	87	12	61	34	0	2	62	1.08
7859508--7859681	88	2.0	85	89	7	264	29	10	4	55	1.52
7863034--7863073	20	2.0	20	90	0	62	32	22	12	32	1.91
7864259--7864307	19	2.7	19	79	17	59	59	0	2	38	1.09
7864805--7864841	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
7864894--7864924	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
7865897--7865937	19	2.2	19	91	8	66	12	9	7	70	1.33
7866870--7866911	7	6.0	7	80	8	50	69	2	14	14	1.30
7866870--7866911	13	3.0	14	82	10	50	69	2	14	14	1.30
7866856--7866911	20	2.7	20	80	8	58	66	3	16	14	1.39
7866994--7867094	42	2.4	42	91	0	157	34	12	24	27	1.92
7868317--7869246	89	10.5	89	91	1	1393	31	17	23	26	1.97
7870167--7870200	5	6.6	5	86	6	50	14	2	0	82	0.79
7870166--7870200	11	3.3	11	88	8	54	14	2	0	82	0.77
7870166--7870207	21	2.0	21	85	0	57	14	4	2	78	1.01
7870125--7870313	94	2.0	95	98	1	371	22	11	7	58	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7870261--7870294	5	6.6	5	86	6	50	14	2	0	82	0.79
7870260--7870294	11	3.3	11	88	8	54	14	2	0	82	0.77
7870260--7870301	21	2.0	21	85	0	57	14	4	2	78	1.01
7870515--7870552	19	2.0	20	84	5	51	55	2	13	28	1.51
7871149--7871179	13	2.3	14	94	5	55	38	0	0	61	0.96
7871199--7871225	6	4.5	6	100	0	54	51	14	0	33	1.43
7875088--7875125	20	1.9	20	88	0	58	10	21	23	44	1.83
7877553--7877671	25	4.8	25	72	11	93	35	21	25	18	1.95
7877667--7877795	25	5.2	25	73	15	90	31	22	26	19	1.98
7884496--7884544	25	2.0	25	84	11	66	51	2	4	42	1.32

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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