genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.68.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  43198478

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   

This is table  68  of  131  ( 15627 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22716391--22716889	70	7.0	70	80	4	437	32	3	30	33	1.74
22716428--22716508	42	1.9	42	94	0	144	34	2	30	32	1.71
22718924--22718957	16	2.1	16	88	0	50	44	14	5	35	1.70
22720199--22720240	13	3.2	13	100	0	84	23	21	23	30	1.99
22727129--22727261	67	2.0	66	95	1	239	30	21	23	24	1.99
22727412--22727436	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
22731704--22731760	21	2.8	20	81	7	69	14	15	31	38	1.87
22731703--22731768	21	3.1	21	72	12	55	12	16	31	39	1.85
22739884--22740989	228	4.9	228	82	3	1107	31	22	23	23	1.99
22739884--22741023	456	2.5	455	82	2	1291	30	22	23	23	1.99
22742194--22742224	6	5.2	6	92	0	53	80	0	0	19	0.71
22751559--22751593	18	1.9	18	88	0	52	5	34	8	51	1.56
22752458--22752521	14	4.7	13	73	21	51	37	0	32	29	1.58
22759340--22759414	25	3.2	25	60	21	61	41	4	17	37	1.68
22759336--22759429	46	2.0	46	100	0	188	42	4	17	36	1.68
22764140--22764244	20	5.2	20	70	11	63	33	17	32	17	1.93
22764200--22764307	40	2.7	40	85	4	121	32	20	29	17	1.96
22764233--22764317	40	2.2	40	86	2	118	31	20	31	16	1.94
22768360--22768417	17	3.6	17	69	19	52	56	1	3	37	1.26
22777974--22778036	26	2.4	26	94	0	108	38	15	12	33	1.86
22784307--22786127	455	3.9	465	88	3	2782	20	33	7	39	1.80
22786550--22786628	20	4.0	20	75	9	72	46	17	6	29	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22786544--22786626	39	2.1	40	82	6	98	45	15	7	31	1.73
22794914--22794998	20	4.2	20	73	10	75	49	15	8	27	1.72
22794909--22794998	40	2.2	40	84	7	112	48	14	8	27	1.73
22795402--22795469	23	3.0	23	82	0	91	30	13	13	42	1.82
22817457--22817488	15	2.2	15	94	5	57	31	3	0	65	1.08
22820164--22820205	21	2.0	22	85	4	59	26	0	16	57	1.40
22822826--22822895	37	1.9	37	85	5	99	42	10	7	40	1.66
22826893--22826920	14	2.0	14	100	0	56	35	28	0	35	1.58
22829708--22829750	21	2.0	21	95	0	77	25	6	18	48	1.73
22833295--22833458	27	6.1	27	82	0	166	28	21	13	37	1.91
22833295--22833458	81	2.0	81	84	0	211	28	21	13	37	1.91
22833797--22833840	22	2.0	22	86	8	63	34	31	2	31	1.70
22841877--22841901	10	2.5	10	100	0	50	0	24	0	76	0.80
22844843--22844892	6	8.3	6	100	0	100	16	52	0	32	1.44
22848016--22848403	50	7.8	50	97	0	695	24	21	33	20	1.97
22856920--22856967	2	24.0	2	95	0	87	2	0	47	50	1.12
22857674--22857730	19	2.9	19	76	10	62	24	7	3	64	1.34
22861719--22861829	57	1.9	57	96	0	204	23	15	27	33	1.95
22862723--22862875	76	2.0	77	98	1	299	47	8	5	39	1.57
22870842--22870895	27	2.0	26	82	3	63	18	5	7	68	1.33
22872104--22872168	30	2.2	30	94	0	112	18	18	18	44	1.87
22877065--22877115	20	2.5	21	78	12	61	64	5	0	29	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22885330--22885416	43	2.0	43	93	0	147	41	5	6	45	1.55
22886248--22886483	44	5.4	44	78	7	176	15	18	18	48	1.82
22888478--22888503	7	3.7	7	100	0	52	69	0	0	30	0.89
22896784--22896815	16	1.9	17	93	6	57	75	15	0	9	1.05
22896913--22896954	19	2.2	19	95	0	75	45	11	35	7	1.69
22896922--22896964	19	2.3	19	87	0	59	48	13	27	9	1.73
22897241--22897322	41	2.0	42	83	9	107	34	23	12	30	1.91
22898904--22898984	39	2.0	40	88	2	119	38	39	2	19	1.65
22899464--22899596	65	2.0	65	98	0	257	44	13	12	29	1.81
22899732--22899808	39	2.0	40	87	7	113	38	38	2	19	1.66
22900063--22900122	31	1.9	31	93	0	102	31	38	3	26	1.73
22900121--22900164	15	2.9	15	86	0	70	36	40	0	22	1.54
22900460--22900911	114	3.9	111	78	11	396	27	25	23	24	2.00
22913107--22913143	15	2.5	15	100	0	74	5	13	10	70	1.32
22914820--22914860	19	2.2	18	86	4	55	31	21	7	39	1.81
22914969--22915135	79	2.1	79	95	2	300	32	5	15	45	1.71
22916741--22916801	28	2.2	28	91	5	99	42	4	0	52	1.23
22917020--22917152	41	3.3	39	87	11	198	33	3	0	62	1.16
22917035--22917143	11	10.4	11	68	22	56	36	3	0	58	1.22
22918173--22918237	28	2.4	28	89	2	105	49	0	9	41	1.35
22918538--22918635	19	5.4	17	71	20	56	17	5	2	75	1.08
22918650--22918722	23	3.2	22	73	17	69	42	0	5	52	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22918694--22918764	33	2.1	34	84	5	101	39	0	1	59	1.06
22918718--22918759	21	2.0	20	90	4	66	35	0	2	61	1.09
22918726--22918769	21	2.0	21	86	4	61	40	0	2	56	1.11
22919222--22919254	9	3.7	9	84	15	50	78	3	0	18	0.87
22919273--22919324	19	2.7	19	85	11	70	76	0	9	13	1.01
22919289--22919334	12	3.8	12	82	2	56	78	0	10	10	0.97
22920238--22920262	7	3.6	7	100	0	50	60	0	12	28	1.32
22927004--22927070	24	2.8	23	70	19	57	74	2	4	17	1.11
22936487--22936552	13	5.1	13	78	7	71	37	22	6	33	1.79
22938069--22938164	25	3.8	25	76	0	84	33	19	26	20	1.97
22938117--22938166	25	2.0	25	96	0	91	30	20	30	20	1.97
22943213--22943375	86	1.9	86	96	0	299	31	7	25	35	1.83
22949868--22949950	29	2.9	29	73	7	78	37	15	19	27	1.92
22960694--22960738	19	2.3	19	84	3	54	35	15	4	44	1.67
22963044--22963089	9	5.1	9	94	0	83	34	13	10	41	1.79
22968885--22969274	44	8.6	44	76	10	338	32	18	20	28	1.96
22974737--22974781	19	2.3	19	84	3	54	35	15	4	44	1.67
22979111--22979543	44	9.5	44	74	11	293	33	20	19	27	1.96
22985338--22985408	3	23.7	3	100	0	142	32	0	0	67	0.91
22985626--22985692	31	2.2	31	91	0	116	31	16	7	44	1.75
22998569--22999098	266	2.0	266	86	0	745	28	11	22	38	1.88
23000217--23000270	28	1.9	28	88	0	81	29	20	27	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23000212--23000277	28	2.4	27	80	7	78	30	19	25	24	1.98
23000476--23000666	32	6.0	32	83	0	211	39	17	18	23	1.92
23000475--23000665	96	2.0	96	85	0	256	40	17	18	23	1.91
23000667--23000746	26	3.1	27	75	7	85	37	23	18	20	1.94
23000862--23000914	24	2.2	24	86	0	70	47	22	7	22	1.76
23000876--23000924	24	2.0	24	88	0	71	46	22	6	24	1.74
23000945--23001007	27	2.3	27	88	0	90	23	23	15	36	1.94
23000956--23001021	27	2.4	27	87	5	89	24	19	24	31	1.98
23002086--23002141	3	18.7	3	78	7	60	33	5	0	60	1.19
23002165--23002245	25	3.2	25	73	13	92	32	6	6	55	1.49
23002165--23002245	27	3.1	26	74	11	94	32	6	6	55	1.49
23002534--23002572	16	2.5	15	84	12	51	23	7	0	69	1.14
23008198--23008259	3	20.3	3	76	15	56	69	3	1	25	1.13
23008198--23008270	12	6.6	11	74	16	55	68	4	1	26	1.15
23010710--23010941	44	5.3	44	65	8	148	26	31	22	19	1.98
23010701--23011007	88	3.5	88	91	1	499	28	28	22	19	1.98
23010701--23011051	88	4.0	88	88	2	483	28	28	22	19	1.98
23011018--23011139	44	2.8	43	83	7	140	28	19	25	26	1.99
23011633--23011972	45	7.7	45	74	9	224	28	21	23	26	1.99
23011503--23012063	44	12.9	43	68	14	247	30	21	21	26	1.98
23011490--23011881	217	1.8	217	94	0	694	29	20	22	27	1.99
23011500--23012013	217	2.4	217	84	3	545	30	21	21	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23013314--23013348	18	1.9	18	88	0	52	22	2	11	62	1.41
23013351--23013390	15	2.9	14	82	17	57	35	5	0	60	1.19
23013414--23013494	25	3.2	25	72	6	81	29	7	6	56	1.51
23013414--23013503	27	3.4	25	73	8	81	31	7	6	54	1.55
23023022--23023162	69	2.0	69	100	0	282	34	13	15	36	1.87
23023385--23023417	13	2.4	14	90	5	50	27	0	3	69	1.03
23023420--23023469	17	2.9	17	77	14	57	24	6	4	66	1.32
23024009--23024053	21	2.1	22	83	4	56	46	2	0	51	1.13
23028210--23028267	4	14.5	4	96	0	107	25	0	24	50	1.50
23028822--23028907	25	3.5	24	75	3	73	32	13	18	34	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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