genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.27.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  43198478

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   

This is table  27  of  131  ( 15627 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8695329--8695526	105	1.9	101	83	4	252	32	15	23	28	1.95
8695362--8695558	105	1.9	105	80	2	234	32	15	24	27	1.95
8696839--8696876	20	1.9	20	94	0	67	28	5	13	52	1.61
8697886--8697950	22	3.0	22	72	0	67	69	4	21	4	1.25
8698818--8698954	40	3.5	39	71	12	111	26	17	24	32	1.97
8700286--8700320	17	2.1	17	94	0	61	14	28	14	42	1.84
8702319--8702372	30	1.9	27	82	14	65	37	11	25	25	1.89
8711517--8711677	33	4.8	32	71	11	117	31	16	24	27	1.97
8711499--8711689	101	1.9	101	94	0	337	30	16	24	27	1.97
8717464--8717509	23	2.0	23	91	4	76	26	19	2	52	1.58
8718634--8718796	43	3.8	43	80	11	192	31	27	18	22	1.97
8720673--8720707	15	2.3	15	90	0	52	25	0	14	60	1.35
8725983--8726020	20	1.9	20	94	0	67	23	7	15	52	1.69
8739321--8739353	16	2.1	16	100	0	66	24	30	18	27	1.98
8747260--8747460	97	2.1	99	98	1	388	51	4	6	37	1.48
8747869--8747928	20	3.1	20	79	13	63	73	0	20	6	1.05
8754669--8754878	106	2.0	105	96	2	386	29	13	10	45	1.78
8766748--8767009	132	2.0	132	91	0	425	23	20	17	38	1.93
8768728--8768753	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
8769854--8769900	19	2.4	20	85	3	60	42	2	8	46	1.46
8773800--8773903	51	2.1	50	92	1	172	39	2	21	36	1.68
8777825--8778064	90	2.7	90	84	3	306	25	6	14	54	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8778113--8778141	15	1.9	15	100	0	58	24	6	0	68	1.13
8780362--8780414	22	2.4	22	80	0	61	11	15	47	26	1.79
8780774--8781038	64	4.1	64	97	0	476	31	8	0	60	1.30
8783650--8783685	14	2.6	14	86	13	56	66	0	2	30	1.06
8788855--8788881	7	3.9	7	100	0	54	88	0	11	0	0.50
8789804--8789837	17	1.9	18	88	5	52	47	2	0	50	1.16
8795514--8795561	18	2.5	20	80	10	55	72	2	12	12	1.20
8796008--8796053	11	4.4	11	89	10	78	21	8	26	43	1.81
8796012--8796106	9	10.2	9	80	6	66	25	10	22	42	1.85
8796008--8796053	20	2.2	21	92	7	76	21	8	26	43	1.81
8795999--8796062	31	2.1	31	84	0	83	21	9	23	45	1.81
8801056--8801125	30	2.4	30	81	9	81	64	7	1	27	1.28
8808670--8808935	133	2.0	133	99	0	523	47	11	15	25	1.79
8819248--8819276	2	14.5	2	100	0	58	51	48	0	0	1.00
8825184--8825223	16	2.4	17	83	4	55	47	2	0	50	1.14
8835625--8835697	38	1.9	38	86	5	103	31	8	6	53	1.57
8837340--8837464	50	2.5	49	75	8	126	39	20	20	19	1.93
8837348--8837444	25	3.8	26	80	8	85	37	21	21	19	1.95
8839860--8839950	41	2.2	41	80	7	94	56	4	3	36	1.36
8839925--8840248	60	5.5	59	81	9	355	52	4	12	31	1.56
8839932--8840248	122	2.7	120	84	7	400	53	3	11	31	1.55
8840143--8840248	53	2.0	53	85	5	142	52	3	10	33	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8841251--8841590	170	2.0	171	91	0	556	44	11	15	28	1.82
8848752--8848802	15	3.7	13	80	17	50	29	1	0	68	1.00
8854004--8854042	19	2.1	19	95	0	69	38	2	10	48	1.51
8862310--8862448	41	3.7	38	72	19	121	68	6	22	2	1.26
8862295--8862444	73	2.1	73	96	0	273	68	6	21	4	1.28
8862872--8862905	17	1.9	18	88	5	52	41	0	23	35	1.55
8863221--8863254	10	3.4	10	95	0	59	2	0	47	50	1.16
8864861--8865049	27	7.1	26	78	11	179	42	21	15	20	1.88
8864844--8865051	54	3.9	54	81	4	242	43	21	14	20	1.87
8864861--8865065	81	2.5	81	78	11	231	42	20	16	20	1.89
8870931--8870998	21	3.3	22	71	17	56	45	14	22	17	1.85
8870924--8871027	42	2.5	42	84	3	129	43	17	21	18	1.88
8870946--8871010	21	3.1	21	77	0	76	44	16	21	16	1.86
8871111--8871135	11	2.3	11	100	0	50	24	24	0	52	1.48
8871848--8871893	22	2.1	22	84	8	58	8	10	4	76	1.15
8876879--8876954	27	2.9	26	84	5	91	34	19	6	39	1.78
8877097--8877130	17	1.9	17	88	5	50	23	23	0	52	1.47
8886027--8886293	136	2.0	135	93	1	464	35	19	5	39	1.76
8886397--8886484	21	4.2	21	69	5	61	42	17	22	18	1.89
8886340--8886460	42	2.9	42	81	4	120	39	16	25	18	1.91
8890510--8890556	23	2.0	23	87	8	67	21	17	19	42	1.89
8906117--8906170	19	3.1	18	76	10	58	62	1	0	35	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8915423--8915586	88	1.9	88	90	0	265	15	25	26	31	1.96
8916498--8916695	105	1.9	101	85	6	272	26	24	16	32	1.96
8921191--8921236	13	3.5	13	90	0	74	26	36	19	17	1.94
8921191--8921244	26	2.1	26	86	6	74	22	37	22	18	1.95
8922947--8923029	42	2.0	42	83	9	107	45	18	20	15	1.85
8922991--8923072	42	2.0	42	85	4	112	42	19	20	17	1.89
8922981--8923117	21	6.6	21	67	8	82	43	16	20	19	1.89
8930594--8930626	14	2.4	14	90	10	50	45	18	0	36	1.49
8931943--8932158	76	2.8	76	87	0	306	33	20	18	26	1.96
8944682--8944715	11	2.8	13	91	8	54	44	11	8	35	1.72
8945731--8946038	103	3.0	103	92	0	490	21	18	27	32	1.96
8950524--8950565	21	2.0	21	86	9	59	73	2	0	23	0.94
8950535--8950571	15	2.6	14	88	12	58	78	0	0	21	0.75
8950539--8950571	15	2.3	15	94	5	59	75	0	0	24	0.80
8951225--8951249	12	2.1	12	100	0	50	32	8	16	44	1.76
8953144--8953338	97	2.0	98	98	1	383	49	9	4	36	1.54
8954609--8954676	33	2.1	33	91	0	109	13	29	33	23	1.93
8957605--8957744	57	2.4	56	80	4	145	36	11	15	36	1.84
8957786--8958508	69	10.4	69	79	2	624	21	18	23	35	1.95
8957791--8958508	277	2.6	277	81	2	778	21	18	23	36	1.95
8966162--8966274	38	3.0	38	85	2	158	28	14	3	53	1.57
8973993--8974124	25	5.3	25	79	10	128	34	18	27	19	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8973993--8974108	50	2.3	50	87	0	160	34	18	26	19	1.96
8973993--8974124	50	2.6	49	83	4	147	34	18	27	19	1.95
8974561--8974605	21	2.1	22	87	4	65	28	2	0	68	1.01
8974847--8974981	69	2.0	69	83	5	175	17	24	16	42	1.88
8974848--8974996	34	4.4	34	72	8	140	18	24	14	42	1.87
8977669--8977711	21	2.0	23	81	9	54	32	11	11	44	1.77
8982441--8982480	22	1.9	20	90	10	62	42	0	12	45	1.42
8982819--8982873	12	4.5	12	80	10	58	21	21	9	47	1.78
8990342--8990391	3	17.0	3	76	19	52	64	4	2	30	1.23
8990342--8990391	16	3.4	14	82	15	57	64	4	2	30	1.23
8991159--8991189	16	2.0	16	93	6	55	6	9	6	77	1.12
8991166--8991212	19	2.5	19	85	0	67	4	4	6	85	0.84
9004664--9004698	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
9009199--9009270	23	3.2	23	78	13	78	56	22	4	16	1.57
9009224--9009268	11	4.0	11	78	16	56	60	20	2	17	1.47
9009168--9009628	107	4.3	107	96	0	823	45	24	6	24	1.76
9009301--9009365	23	2.9	22	75	22	71	50	23	6	20	1.70
9009332--9009377	22	2.1	22	84	8	58	58	19	2	19	1.49
9009410--9009472	23	2.7	24	76	16	78	52	22	9	15	1.72
9009439--9009484	22	2.1	22	84	8	58	58	21	6	13	1.57
9009517--9009591	23	3.3	23	80	14	93	53	21	8	17	1.69
9009690--9009734	18	2.5	18	92	0	72	55	22	8	13	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9022373--9022548	93	1.9	93	93	0	307	32	19	15	31	1.94
9029519--9029560	22	1.9	22	90	0	66	38	7	9	45	1.64
9031002--9031081	39	2.0	40	97	2	153	47	16	5	31	1.68
9031923--9031956	17	1.9	18	88	5	52	35	23	0	41	1.55
9032784--9033014	122	1.9	122	98	0	444	50	4	1	43	1.32
9035939--9036018	37	2.1	38	84	6	101	30	23	5	41	1.76
9036071--9036101	16	1.9	16	93	0	53	38	25	0	35	1.56
9036805--9036857	3	17.7	3	82	7	63	64	3	0	32	1.12
9039739--9039934	51	3.8	51	84	3	234	32	26	14	26	1.95
9039739--9039932	102	1.9	102	87	4	284	32	26	14	25	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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