genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.81.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  43198478

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   

This is table  81  of  131  ( 15627 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27194777--27195147	136	2.7	135	84	8	436	22	16	17	42	1.89
27194789--27195159	27	13.7	27	83	3	377	22	16	18	42	1.89
27194885--27195192	27	11.4	27	82	4	136	21	18	17	42	1.89
27195021--27195192	54	3.2	53	77	9	168	20	19	18	40	1.91
27202449--27202698	27	9.3	27	77	5	186	19	17	20	43	1.88
27204974--27205023	22	2.4	21	83	6	57	0	28	2	70	0.99
27213270--27213311	20	2.1	20	95	0	75	35	23	11	28	1.91
27213955--27214007	28	1.9	27	84	3	70	32	22	26	18	1.97
27219853--27219915	24	2.6	24	87	0	81	49	6	4	39	1.49
27221157--27221182	3	8.7	3	100	0	52	69	0	30	0	0.89
27221246--27221500	115	2.3	113	83	4	311	47	10	7	34	1.67
27222673--27222713	17	2.5	17	88	4	57	51	12	9	26	1.70
27225915--27226236	27	12.0	27	82	3	373	42	21	16	19	1.89
27225911--27226231	107	3.0	106	86	4	412	42	20	16	19	1.89
27225915--27226236	80	4.0	79	82	6	364	42	21	16	19	1.89
27226406--27226483	26	3.0	26	80	0	102	20	17	23	38	1.93
27226591--27226811	28	8.0	27	81	4	228	21	23	24	31	1.98
27226587--27226811	56	4.0	55	84	2	281	21	22	24	31	1.98
27226587--27226809	84	2.7	83	83	4	297	21	22	24	31	1.98
27229177--27229210	14	2.4	14	90	9	52	67	0	0	32	0.91
27246630--27247176	280	2.0	280	99	0	1076	34	17	16	31	1.93
27251693--27251791	52	1.9	52	89	0	153	24	17	18	40	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27251681--27251791	27	4.2	26	82	9	127	23	18	18	40	1.91
27253146--27253199	25	2.2	25	86	0	72	20	44	11	24	1.83
27258153--27258334	27	6.7	27	87	0	238	43	19	15	20	1.87
27258153--27258338	81	2.3	81	88	0	273	43	19	16	20	1.88
27262242--27262276	18	2.0	18	88	5	54	11	25	45	17	1.81
27263210--27263257	18	2.7	17	84	9	69	41	6	16	35	1.74
27274648--27274838	57	3.4	56	78	11	192	26	22	19	31	1.98
27274676--27274842	29	5.9	28	71	14	103	25	22	19	32	1.97
27274755--27274832	28	2.8	28	74	16	70	29	24	15	30	1.95
27274984--27275162	53	3.4	53	79	3	207	30	21	13	34	1.92
27279982--27280242	43	6.1	43	77	3	204	28	27	16	27	1.97
27279982--27280166	86	2.2	86	84	2	228	26	28	17	28	1.97
27280393--27280483	43	2.1	43	83	2	112	45	10	9	34	1.73
27284602--27284632	7	4.4	7	91	0	53	32	48	0	19	1.49
27286385--27286515	41	3.2	41	83	2	174	32	29	19	18	1.96
27287823--27287867	22	2.0	22	100	0	90	28	0	31	40	1.57
27290275--27290496	45	5.0	45	79	4	209	35	22	15	26	1.94
27298815--27298915	33	3.1	33	94	0	157	31	14	14	38	1.87
27301922--27301968	23	2.0	24	87	8	69	36	0	0	63	0.94
27304398--27304432	10	3.3	10	92	8	52	65	8	0	25	1.21
27307391--27307443	27	2.0	27	96	0	97	24	18	28	28	1.98
27311982--27312007	13	2.0	13	100	0	52	46	7	0	46	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27317608--27317802	29	6.8	29	79	5	182	35	21	16	26	1.95
27317679--27317808	28	4.6	28	82	4	145	34	23	17	23	1.96
27329435--27329487	25	2.1	25	83	13	65	24	18	15	41	1.89
27337338--27337384	23	2.0	23	100	0	94	48	21	0	29	1.50
27337337--27337389	23	2.4	22	90	9	90	49	20	0	30	1.50
27338534--27338578	6	7.5	6	94	0	63	57	28	0	13	1.36
27338546--27338587	18	2.3	18	87	0	57	47	38	0	14	1.44
27342528--27342584	30	1.9	30	96	0	105	40	3	36	19	1.69
27345387--27345428	20	2.1	20	100	0	84	52	9	4	33	1.55
27347208--27347411	42	4.9	42	83	4	243	27	21	21	29	1.98
27347208--27347419	84	2.5	84	81	0	280	26	21	21	30	1.98
27354688--27354747	30	2.0	30	83	3	75	41	0	38	20	1.52
27354960--27354996	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
27355738--27355776	21	1.9	20	84	5	51	33	7	12	46	1.71
27358222--27358275	24	2.2	25	93	6	101	38	3	0	57	1.17
27358231--27358282	24	2.2	24	89	0	77	46	1	0	51	1.12
27368596--27368723	43	3.0	43	82	2	141	31	14	22	31	1.94
27369053--27369219	75	2.2	74	89	1	253	45	10	11	32	1.75
27373275--27373327	25	2.1	25	85	0	70	32	13	20	33	1.91
27374912--27375001	25	3.6	25	79	4	94	32	18	25	23	1.97
27383081--27383316	48	4.9	48	84	0	274	25	27	19	27	1.98
27386299--27386380	42	2.0	42	80	9	96	30	21	14	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27406871--27406989	61	2.0	61	85	6	163	40	10	15	33	1.81
27407153--27407199	20	2.3	20	85	7	60	23	6	2	68	1.24
27408691--27408746	3	18.7	3	85	7	78	33	1	0	64	1.04
27412684--27412728	19	2.4	19	88	7	65	33	0	4	62	1.15
27413237--27413317	31	2.6	31	81	9	112	48	14	6	30	1.69
27413546--27413592	17	2.8	17	83	0	58	61	0	0	38	0.96
27415424--27415579	40	3.9	40	88	3	217	49	6	19	25	1.71
27415412--27415582	80	2.1	81	87	6	249	47	5	21	25	1.72
27417722--27417760	16	2.4	16	91	0	60	51	2	7	38	1.44
27417693--27417744	23	2.3	23	86	3	70	53	1	1	42	1.23
27417758--27417988	93	2.5	93	100	0	462	39	4	8	46	1.56
27418043--27418088	21	2.2	20	85	11	58	56	4	2	36	1.31
27426874--27426909	17	2.1	17	100	0	72	52	0	5	41	1.24
27427240--27427284	15	2.9	16	83	9	67	26	11	4	57	1.52
27432833--27432888	23	2.4	22	85	11	76	57	0	41	1	1.09
27435562--27437111	775	2.0	775	99	0	3091	36	18	13	31	1.90
27447482--27447572	25	3.6	25	75	12	89	37	24	14	24	1.92
27447502--27447580	25	3.2	24	72	13	70	35	21	15	27	1.93
27453410--27453444	18	1.9	18	88	0	52	74	5	2	17	1.14
27456877--27457028	41	3.7	41	81	2	171	21	17	26	34	1.95
27458400--27458695	28	10.5	29	80	5	247	23	23	19	33	1.97
27458417--27458695	113	2.5	111	81	6	310	23	23	19	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27459145--27459186	21	2.0	21	100	0	84	38	23	4	33	1.76
27460835--27460887	24	2.2	24	86	6	72	13	43	5	37	1.67
27461143--27461185	12	3.6	12	93	6	70	37	25	11	25	1.90
27469097--27469213	25	4.8	24	76	8	105	12	17	23	46	1.82
27475353--27475528	89	2.0	89	95	0	316	36	18	13	31	1.90
27478516--27478567	21	2.5	22	75	9	54	34	17	3	44	1.67
27479375--27479416	20	2.1	20	100	0	84	45	26	0	28	1.54
27483728--27483845	44	2.7	45	81	8	122	32	26	12	28	1.93
27484111--27484199	21	4.2	21	78	5	99	3	42	14	39	1.62
27489670--27489901	9	26.0	9	72	13	142	32	1	18	46	1.58
27489674--27489779	34	3.3	34	73	17	127	33	0	17	48	1.54
27489670--27489799	61	2.1	61	91	0	215	32	2	19	46	1.62
27489811--27489928	55	2.1	55	85	3	157	35	1	17	44	1.59
27496756--27496794	18	2.2	18	85	0	51	58	5	7	28	1.47
27497434--27497480	23	2.0	23	95	0	85	40	36	6	17	1.75
27498542--27498579	20	1.9	20	88	0	58	63	5	0	31	1.17
27498685--27498716	15	2.1	16	94	5	57	53	0	15	31	1.43
27498736--27498780	23	2.0	23	81	0	54	62	15	0	22	1.33
27498976--27499067	19	4.8	19	94	0	166	38	16	8	36	1.79
27498953--27499067	38	2.9	38	93	5	185	39	16	7	36	1.78
27499318--27499429	28	4.1	29	76	12	110	52	10	4	32	1.56
27499374--27499438	28	2.3	27	80	12	78	49	13	4	32	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27500788--27500850	33	2.0	32	84	6	83	58	7	22	11	1.58
27501391--27501437	21	2.2	21	85	7	60	29	4	0	65	1.11
27501915--27502095	7	25.4	7	68	13	84	39	38	1	20	1.60
27502040--27502335	135	2.2	135	83	2	371	41	31	2	24	1.67
27502202--27502250	21	2.3	21	78	0	53	40	34	2	22	1.66
27502232--27502279	7	6.7	7	80	4	51	41	39	0	18	1.51
27502218--27502279	21	2.9	22	80	7	65	43	37	0	19	1.51
27508454--27508488	18	1.9	18	88	0	52	5	34	8	51	1.56
27511123--27511260	68	2.0	71	87	5	201	48	5	4	41	1.47
27525129--27525188	30	1.9	32	86	6	88	30	1	5	63	1.25

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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