genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.67.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  43198478

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   

This is table  67  of  131  ( 15627 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22297014--22297082	29	2.4	28	79	9	77	59	7	10	23	1.54
22301137--22301234	42	2.3	42	94	0	169	27	27	10	34	1.89
22302105--22302138	17	2.1	17	88	5	52	32	17	0	50	1.47
22307265--22307289	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
22310953--22311008	23	2.5	22	80	11	62	30	3	1	64	1.21
22310938--22310993	13	4.6	12	75	18	53	26	7	1	64	1.29
22311685--22311727	19	2.4	18	85	11	61	69	0	2	27	1.00
22311685--22311727	17	2.4	18	82	17	54	69	0	2	27	1.00
22315394--22315424	16	1.9	16	93	0	53	9	6	9	74	1.23
22322032--22322058	14	1.9	14	100	0	54	29	14	7	48	1.71
22322210--22322243	15	2.3	15	100	0	68	50	0	32	17	1.47
22325940--22326516	50	11.5	49	68	5	271	24	20	23	32	1.98
22325936--22326545	100	6.1	100	86	2	704	24	20	23	31	1.98
22327930--22327970	7	5.7	7	88	11	57	12	14	0	73	1.11
22327939--22327965	13	2.1	13	100	0	54	14	14	0	70	1.17
22328324--22328376	19	2.7	20	82	11	56	7	11	0	81	0.88
22328362--22328430	12	5.9	12	81	6	70	10	4	4	81	0.97
22328325--22328388	31	2.1	30	82	8	76	9	9	0	81	0.88
22333678--22333712	6	5.5	6	90	10	52	17	2	2	77	1.02
22342676--22342928	124	2.0	124	93	0	434	30	14	21	33	1.93
22345983--22346103	49	2.5	49	94	0	206	44	8	2	44	1.47
22346569--22346607	18	2.2	18	95	0	69	38	7	30	23	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22347250--22347274	7	3.6	7	100	0	50	60	12	0	28	1.32
22348395--22348425	12	2.6	12	94	0	53	67	0	0	32	0.91
22351183--22351214	11	2.9	11	95	0	55	56	9	0	34	1.32
22358232--22358343	35	3.2	35	93	2	199	16	12	28	42	1.84
22366961--22367064	42	2.4	42	76	6	111	25	19	25	28	1.98
22366961--22367087	43	3.0	42	74	12	116	23	18	27	29	1.98
22377660--22377689	16	1.9	15	93	6	51	26	0	3	70	1.03
22397874--22397922	19	2.5	20	80	6	57	55	0	2	42	1.11
22398282--22398306	6	4.2	6	100	0	50	0	16	0	84	0.63
22405581--22406109	44	12.2	44	72	9	282	27	24	18	29	1.98
22405638--22405962	173	1.9	173	81	6	399	26	24	20	28	1.99
22405568--22406109	217	2.5	217	92	0	870	27	23	18	29	1.98
22406964--22407021	30	1.9	30	89	0	89	29	20	12	37	1.89
22407608--22407665	7	8.3	7	85	11	75	13	17	0	68	1.20
22407608--22407664	13	4.1	14	85	12	66	14	17	0	68	1.21
22407628--22407665	20	1.9	20	100	0	76	13	13	0	73	1.09
22408544--22408577	7	4.7	7	85	7	50	0	17	0	82	0.67
22408585--22408619	6	5.7	6	90	6	52	14	0	11	74	1.08
22408583--22408619	13	2.9	13	92	4	58	16	0	10	72	1.10
22413236--22413269	17	2.0	17	100	0	68	35	5	0	58	1.22
22413236--22413271	18	2.1	17	89	5	54	36	5	0	58	1.22
22415071--22415160	27	3.3	27	87	0	117	35	15	17	31	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22416070--22416135	25	2.7	25	76	2	71	56	18	18	7	1.64
22416109--22416170	20	3.1	20	80	0	70	58	17	17	6	1.60
22416101--22416150	25	2.0	25	84	0	64	58	18	18	6	1.59
22427151--22427195	7	6.1	7	87	5	63	40	0	42	17	1.50
22427865--22427931	33	2.1	33	94	2	118	19	20	13	46	1.83
22434604--22434716	38	2.9	39	77	6	122	23	17	26	32	1.97
22438929--22439216	142	2.0	141	95	2	533	31	7	10	50	1.64
22440278--22440314	9	3.9	9	92	7	56	21	37	0	40	1.54
22449333--22449519	95	2.0	95	88	4	279	31	13	14	40	1.85
22466634--22466873	50	4.7	50	76	8	157	24	26	20	28	1.99
22466683--22466873	50	3.7	52	77	4	174	24	27	20	27	1.99
22467738--22467953	43	5.0	43	90	2	267	27	33	18	20	1.96
22467738--22467953	86	2.5	87	89	2	310	27	33	18	20	1.96
22471486--22471626	70	2.0	70	97	0	264	46	21	2	29	1.63
22472462--22472494	2	16.5	2	100	0	66	51	0	48	0	1.00
22485146--22485206	29	2.1	29	81	9	70	47	11	9	31	1.72
22491883--22491960	3	26.0	3	97	0	147	67	0	32	0	0.90
22492941--22494496	517	3.0	517	98	0	3004	28	24	15	30	1.96
22494278--22494304	14	1.9	14	100	0	54	40	29	0	29	1.57
22498156--22498269	28	4.1	28	82	8	135	29	20	23	26	1.99
22498154--22498261	56	1.9	56	87	7	157	28	20	25	25	1.99
22498644--22498838	27	7.3	27	81	8	213	22	18	18	40	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22498633--22498789	81	1.9	81	88	5	237	23	17	20	38	1.93
22503217--22503246	13	2.4	13	94	5	53	73	0	10	16	1.09
22503902--22503982	40	2.0	40	95	0	144	49	13	11	25	1.75
22504015--22504081	32	2.1	32	100	0	134	47	20	4	26	1.69
22505555--22505612	27	2.2	27	84	6	75	29	17	10	43	1.82
22520349--22520440	27	3.4	26	81	12	105	38	9	21	30	1.86
22529213--22529250	19	2.0	20	85	15	53	36	0	5	57	1.21
22533437--22533701	131	2.0	132	97	1	505	34	12	16	36	1.86
22534000--22534056	26	2.2	25	78	9	60	68	1	1	28	1.09
22543771--22543827	26	2.2	25	78	9	60	68	1	1	28	1.09
22546643--22546952	155	2.0	156	97	1	588	27	19	21	31	1.97
22551023--22551060	17	2.2	17	95	0	67	26	26	5	42	1.76
22555359--22555396	17	2.2	17	100	0	76	26	28	5	39	1.78
22564424--22564614	41	4.7	41	88	3	296	21	20	25	32	1.98
22564938--22564974	14	2.6	14	95	0	65	21	0	29	48	1.50
22565074--22565349	152	1.8	154	86	4	407	28	1	29	40	1.65
22569728--22569917	43	4.5	41	78	11	136	24	16	24	33	1.96
22569734--22570007	86	3.2	85	81	6	270	25	19	25	29	1.98
22569801--22569999	43	4.6	43	85	2	247	25	21	26	27	1.99
22570045--22570088	21	2.1	21	91	0	70	40	29	18	11	1.85
22581311--22581368	26	2.3	26	78	3	64	36	13	10	39	1.79
22611882--22612057	43	4.1	43	99	0	343	22	32	23	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22613189--22613295	25	4.3	25	84	4	137	22	22	26	28	1.99
22618134--22618158	12	2.1	12	100	0	50	56	0	16	28	1.41
22618706--22618785	41	2.0	41	89	0	124	53	21	11	13	1.70
22626104--22626144	21	1.9	22	90	5	66	17	17	43	21	1.87
22632088--22632215	20	6.3	20	71	12	91	12	27	18	41	1.87
22632088--22632196	40	2.7	40	80	2	130	11	28	19	40	1.87
22633452--22633481	11	2.7	11	89	0	51	10	6	26	56	1.57
22648090--22648185	27	3.4	26	73	21	79	65	1	19	13	1.32
22648092--22648193	45	2.3	45	81	8	127	65	0	19	13	1.32
22648114--22648148	18	1.9	18	88	0	52	54	0	20	25	1.45
22648091--22648184	13	6.7	13	69	23	57	65	1	19	13	1.32
22666044--22666230	50	3.6	50	78	5	151	27	20	27	23	1.99
22666488--22666536	20	2.5	20	83	3	64	59	6	22	12	1.55
22672727--22673056	166	2.0	167	96	0	608	30	20	17	32	1.95
22675370--22675415	23	2.0	24	86	4	67	17	17	0	65	1.28
22678185--22678265	42	1.9	42	97	0	153	50	17	2	29	1.59
22678185--22678278	42	2.3	42	90	5	147	51	17	2	29	1.57
22680704--22680813	53	2.1	53	96	0	202	21	11	18	48	1.80
22693308--22693382	22	3.4	21	83	7	87	25	30	1	42	1.63
22693308--22693382	33	2.2	32	80	17	82	25	30	1	42	1.63
22693308--22693384	11	6.9	11	79	16	72	25	29	1	42	1.63
22693346--22693443	51	1.9	51	87	4	144	27	23	3	45	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22702259--22702615	124	2.9	125	85	1	448	30	22	18	29	1.97
22705725--22705805	28	2.9	27	81	5	99	56	4	16	22	1.58
22707233--22707574	51	6.8	51	76	7	306	28	14	26	30	1.95
22707233--22707574	102	3.4	101	79	7	367	28	14	26	30	1.95
22710074--22710114	18	2.2	19	91	4	66	68	0	2	29	1.03
22711528--22711573	24	1.9	24	81	0	56	28	8	2	60	1.38
22713170--22713225	19	2.9	19	82	12	78	71	0	0	28	0.86
22713190--22713250	11	5.6	11	71	24	58	62	0	1	36	1.05
22714018--22714647	164	3.9	167	74	17	572	45	8	13	32	1.74
22716391--22716889	35	14.1	35	76	6	378	32	3	30	33	1.74

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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