genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  43198478

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   

This is table  6  of  131  ( 15627 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1935153--1935191	3	13.0	3	94	0	69	33	2	0	64	1.08
1935433--1935466	16	2.1	16	88	0	50	38	2	14	44	1.61
1938584--1938608	8	3.1	8	100	0	50	88	0	0	12	0.53
1941577--1941729	48	3.2	47	82	3	198	41	16	15	26	1.88
1941624--1941707	25	3.4	25	73	12	84	42	15	14	27	1.85
1941601--1941729	23	5.4	23	65	14	73	40	17	15	27	1.89
1944345--1944370	12	2.2	12	100	0	52	38	23	7	30	1.83
1950234--1950276	22	1.9	23	90	4	70	23	6	6	62	1.45
1950243--1950292	22	2.2	23	86	10	68	22	8	6	64	1.43
1961263--1961291	10	3.0	10	95	5	51	51	0	6	41	1.28
1962169--1962212	22	2.0	22	100	0	88	45	9	4	40	1.56
1962420--1962671	125	2.0	126	99	0	497	38	7	12	40	1.73
1968503--1968773	107	2.5	106	80	6	314	30	16	18	33	1.94
1970171--1970615	107	4.2	106	83	6	476	35	19	17	27	1.95
1970171--1970590	215	2.0	214	82	6	512	35	18	17	27	1.94
1970562--1970665	49	2.1	48	84	5	138	45	16	22	16	1.85
1970433--1970641	105	2.0	105	87	4	305	41	17	16	23	1.89
1970471--1970777	151	2.0	153	86	3	431	41	18	18	21	1.90
1981934--1981959	2	13.0	2	100	0	52	50	0	50	0	1.00
1988204--1988246	20	2.2	20	83	8	52	58	2	2	37	1.24
1989164--1989262	20	5.0	19	68	8	72	39	9	15	36	1.79
1989164--1989299	40	3.4	40	78	7	125	36	8	16	37	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1989331--1989455	20	6.2	21	75	9	93	41	4	16	36	1.70
1989553--1989640	20	4.4	20	72	14	65	42	6	11	39	1.68
1989535--1989644	40	2.8	40	77	0	112	42	5	12	39	1.66
1989319--1989624	158	1.9	158	83	6	388	41	4	16	37	1.69
1989671--1989725	20	2.8	19	75	8	56	45	1	10	41	1.50
1991413--1991460	25	1.9	25	86	0	69	31	18	12	37	1.88
1994341--1994386	10	4.8	10	73	10	51	39	2	2	56	1.24
1995909--1995950	17	2.5	17	80	3	50	57	0	2	40	1.12
2000544--2000590	4	11.8	4	95	0	85	25	2	48	23	1.62
2006722--2006765	21	2.1	21	100	0	88	45	13	9	31	1.75
2008051--2008118	33	2.1	33	100	0	136	23	5	23	47	1.73
2016554--2016692	23	5.6	24	69	15	79	60	5	2	31	1.33
2020291--2020428	68	2.0	69	83	9	176	45	23	8	22	1.80
2020424--2021278	427	2.0	427	100	0	1710	37	20	15	26	1.92
2024278--2024320	21	2.0	22	90	4	70	51	4	2	41	1.35
2025387--2025500	57	2.0	55	81	10	131	17	18	12	51	1.75
2028346--2028401	29	2.0	29	85	3	78	44	3	5	46	1.43
2028346--2028402	28	2.0	28	83	6	71	45	3	5	45	1.43
2029841--2029895	21	2.6	22	85	8	78	25	9	36	29	1.87
2047958--2047993	18	2.0	18	94	0	63	50	5	2	41	1.40
2053778--2053810	14	2.3	15	89	5	50	72	0	0	27	0.85
2055791--2055824	17	2.0	17	100	0	68	52	23	11	11	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2057734--2057925	31	6.3	31	79	8	169	32	5	17	44	1.72
2057736--2057854	61	1.9	62	83	5	152	31	5	18	44	1.71
2057732--2057925	92	2.1	92	88	0	280	32	5	17	44	1.72
2057733--2057983	92	2.7	92	82	3	245	32	7	17	42	1.78
2058104--2058280	31	5.8	31	75	11	152	33	4	16	45	1.67
2058131--2058312	61	3.0	62	78	11	176	32	6	16	44	1.73
2058107--2058280	92	1.9	92	87	0	258	33	4	16	45	1.68
2058107--2058338	92	2.5	92	81	3	234	32	7	16	43	1.76
2057758--2058458	355	2.0	355	98	0	1357	32	7	17	41	1.78
2058966--2059823	99	8.7	99	99	0	1664	40	19	15	25	1.90
2063525--2063640	59	2.0	59	81	3	135	45	17	13	23	1.84
2068357--2068381	12	2.1	12	100	0	50	24	36	24	16	1.94
2068542--2068582	9	4.6	9	100	0	82	36	29	9	24	1.87
2069929--2070003	13	5.8	13	87	0	105	30	10	25	33	1.90
2073144--2073188	20	2.2	20	100	0	90	53	17	15	13	1.73
2073584--2073686	9	11.2	9	71	18	52	64	0	1	33	1.11
2073641--2073687	17	2.6	18	87	12	69	68	0	0	31	0.90
2073641--2073786	10	15.6	9	69	15	73	61	4	3	30	1.33
2073641--2073762	37	3.3	36	72	20	99	61	4	3	30	1.33
2081137--2081214	38	2.0	39	87	9	115	48	7	11	32	1.68
2083089--2083252	44	3.7	44	72	6	143	26	26	17	29	1.97
2083078--2083272	88	2.2	90	77	7	220	29	25	16	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2084177--2084227	6	8.3	6	76	10	50	3	15	0	80	0.86
2085022--2085078	24	2.3	25	79	11	64	56	1	12	29	1.46
2092360--2092399	20	2.0	20	95	0	71	35	12	20	32	1.90
2093022--2093059	20	1.9	20	94	0	67	7	28	10	52	1.64
2096062--2096150	45	2.0	45	97	0	169	48	8	14	28	1.74
2100005--2100029	6	4.2	6	100	0	50	32	16	0	52	1.44
2100001--2100035	10	3.3	10	85	14	52	31	17	0	51	1.45
2100001--2100035	16	2.2	16	89	0	52	31	17	0	51	1.45
2100506--2100583	31	2.6	29	76	11	77	26	11	8	52	1.67
2102482--2102559	33	2.4	33	82	0	93	46	1	3	48	1.28
2105581--2105614	2	17.0	2	100	0	68	0	0	50	50	1.00
2105614--2105657	2	22.0	2	100	0	88	50	0	50	0	1.00
2106811--2106837	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2111209--2111247	15	2.5	15	87	4	51	51	12	0	35	1.40
2115738--2115803	3	21.0	3	76	14	62	27	3	1	68	1.13
2115738--2115803	20	3.3	19	81	8	78	27	3	1	68	1.13
2115742--2115803	22	2.9	21	78	21	67	25	3	1	69	1.13
2115738--2115804	17	4.0	18	76	18	65	26	2	1	68	1.12
2128059--2128164	52	2.1	52	98	1	205	12	9	11	66	1.44
2128457--2128484	14	2.0	14	100	0	56	50	14	7	28	1.69
2129528--2129556	13	2.1	14	93	6	51	31	0	3	65	1.09
2130760--2130797	17	2.2	17	86	9	51	60	2	2	34	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2137385--2137429	20	2.2	20	88	0	63	20	6	6	66	1.38
2138498--2138536	14	2.8	14	84	0	51	56	7	2	33	1.41
2140592--2140757	88	1.9	88	81	9	205	30	22	19	27	1.98
2140627--2141597	132	7.5	132	91	2	1418	27	24	18	28	1.98
2140700--2141012	44	7.1	44	63	5	121	27	24	20	27	1.99
2141591--2141708	43	2.7	45	73	5	114	19	26	29	24	1.98
2142953--2142983	14	2.3	13	94	5	53	12	16	0	70	1.16
2142945--2142986	8	5.9	7	86	13	59	14	19	0	66	1.25
2142943--2142986	21	2.1	21	100	0	88	15	20	0	63	1.31
2142948--2142998	21	2.4	21	87	6	68	15	23	0	60	1.35
2148099--2148137	14	2.8	14	84	0	51	56	7	2	33	1.41
2168616--2168689	38	2.0	36	89	5	112	33	21	9	35	1.86
2169527--2169552	5	5.2	5	100	0	52	80	0	0	19	0.71
2169600--2169650	24	2.1	23	85	7	66	39	0	0	60	0.97
2181407--2181435	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
2187732--2187776	7	6.4	7	87	7	65	64	0	17	17	1.29
2187732--2187776	13	3.2	14	90	6	65	64	0	17	17	1.29
2191771--2192321	46	12.6	45	74	9	338	29	22	22	25	1.99
2191857--2192308	87	5.2	86	71	7	385	30	23	21	25	1.99
2191858--2192331	43	10.9	44	71	8	193	30	22	22	25	1.99
2191769--2192323	174	3.2	174	94	1	934	29	22	22	25	1.99
2193715--2193759	3	15.0	3	100	0	90	33	0	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2199606--2199645	21	2.0	20	85	5	53	12	0	15	72	1.12
2201289--2201344	14	3.9	14	80	17	62	57	1	12	28	1.46
2202129--2202154	4	6.5	4	100	0	52	76	0	0	23	0.78
2219166--2219197	3	10.7	3	93	0	55	3	34	0	62	1.11
2220511--2220562	24	2.2	23	86	6	68	59	0	1	38	1.08
2221164--2221221	19	3.1	18	78	7	62	32	0	6	60	1.23
2221229--2221269	18	2.4	17	84	15	57	29	0	7	63	1.21
2223908--2223955	20	2.3	22	85	7	64	60	6	2	31	1.33
2236108--2236242	56	2.4	56	86	0	180	31	10	14	44	1.78
2253091--2253134	23	1.9	23	86	9	63	36	13	9	40	1.76

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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