genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.24.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  43198478

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   

This is table  24  of  131  ( 15627 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7888944--7889003	26	2.2	28	80	8	72	43	0	5	51	1.23
7890383--7890426	23	1.9	23	86	9	63	56	4	2	36	1.32
7891960--7892002	19	2.3	19	92	4	70	60	0	2	37	1.10
7892817--7892863	3	15.7	3	100	0	94	65	0	0	34	0.93
7893698--7893740	18	2.5	17	77	7	50	65	2	2	30	1.18
7894992--7895052	31	2.0	31	84	12	81	44	11	9	34	1.74
7898333--7898362	15	2.0	15	93	0	51	23	13	46	16	1.82
7898536--7898577	20	2.1	20	100	0	84	21	33	0	45	1.52
7901774--7901806	11	3.1	11	86	4	50	72	9	9	9	1.28
7903485--7903662	32	5.3	33	78	15	145	54	19	1	24	1.53
7903545--7903683	4	35.2	4	85	13	175	53	22	1	22	1.53
7903561--7903751	28	6.7	29	84	8	150	56	19	2	21	1.53
7903644--7903717	25	2.8	26	77	18	80	60	17	1	20	1.43
7903700--7903825	37	3.4	35	84	7	146	53	15	4	26	1.61
7903641--7903778	19	7.2	19	72	16	65	58	15	2	23	1.48
7903949--7904100	9	16.3	9	68	20	73	53	15	3	26	1.59
7903959--7904096	37	3.7	37	82	10	165	53	15	4	26	1.60
7904079--7904128	13	3.9	13	84	2	57	54	20	4	22	1.61
7903670--7904242	289	1.9	297	85	7	803	48	18	6	25	1.73
7920066--7920128	33	1.9	33	87	6	92	42	20	1	34	1.62
7923426--7923497	18	3.8	18	71	15	65	36	1	0	62	1.04
7923443--7923508	11	6.4	11	76	16	61	36	1	0	62	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7923434--7923513	40	2.0	40	97	0	151	35	1	0	63	1.02
7923454--7923522	30	2.3	30	85	7	88	36	1	0	62	1.04
7923452--7923522	29	2.4	30	83	9	92	36	1	0	61	1.05
7923491--7923543	19	2.5	20	85	11	63	37	0	3	58	1.16
7923451--7923529	30	2.7	29	78	13	81	35	1	0	63	1.03
7923491--7923546	21	2.7	19	79	15	58	39	0	3	57	1.16
7928529--7928554	13	2.0	13	100	0	52	38	23	0	38	1.55
7942201--7942262	11	5.5	12	80	16	71	25	30	1	41	1.65
7942222--7942321	51	2.0	51	86	7	141	26	26	3	45	1.68
7944856--7944891	2	18.0	2	88	0	54	44	0	5	50	1.25
7944856--7944892	10	3.7	10	96	0	65	43	0	8	48	1.32
7949629--7949696	34	2.0	34	88	0	100	23	23	7	45	1.78
7950951--7951123	92	1.9	92	93	0	301	28	17	19	34	1.95
7951490--7951528	18	2.2	18	95	0	69	10	10	7	71	1.30
7952917--7952941	8	3.1	8	100	0	50	12	52	0	36	1.39
7952992--7953030	19	2.1	19	90	0	60	35	5	0	58	1.20
7961768--7962855	544	2.0	544	100	0	2176	24	12	8	54	1.65
7963060--7963097	18	2.1	18	95	0	67	39	13	15	31	1.86
7964887--7964943	27	2.1	27	96	0	105	15	3	19	61	1.48
7970570--7970602	16	2.1	16	100	0	66	36	12	6	45	1.66
7972999--7974029	430	2.4	426	83	4	1289	40	14	11	32	1.83
7977614--7977639	3	8.7	3	100	0	52	65	0	34	0	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7984654--7985085	218	2.0	218	97	0	819	41	21	15	20	1.90
7985622--7985683	20	3.0	20	75	11	63	61	1	16	20	1.43
7985856--7985905	9	5.6	9	92	0	73	22	28	14	36	1.92
7985856--7985905	18	2.8	18	93	0	82	22	28	14	36	1.92
7985852--7985905	27	2.0	27	92	0	90	22	25	16	35	1.95
7988485--7988511	12	2.2	12	100	0	54	55	29	7	7	1.55
7994021--7994052	3	10.7	3	100	0	64	68	0	0	31	0.90
7994051--7994095	3	15.0	3	95	0	81	64	0	35	0	0.94
7996557--7997075	189	2.7	189	90	0	813	30	19	20	29	1.97
8003843--8003871	12	2.4	12	100	0	58	65	6	10	17	1.44
8012180--8012432	125	2.0	125	96	0	470	20	29	9	39	1.84
8018230--8018517	138	2.0	137	91	5	441	32	12	26	29	1.92
8031401--8031709	154	2.0	154	97	0	582	33	13	28	25	1.93
8034684--8034721	21	1.9	19	85	15	51	21	10	18	50	1.76
8035219--8035253	17	2.1	17	94	0	61	48	0	11	40	1.39
8036849--8036925	40	1.9	40	89	0	118	51	24	7	15	1.69
8039100--8039141	13	3.4	13	78	21	54	69	0	0	30	0.89
8039890--8039929	18	2.3	18	95	4	73	20	7	0	72	1.08
8045199--8045243	7	6.0	8	94	2	60	60	2	0	37	1.09
8045199--8045235	7	5.1	7	93	6	65	59	0	0	40	0.97
8048177--8048201	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
8055494--8055529	17	2.1	17	100	0	72	41	22	13	22	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8057146--8057308	83	2.0	83	97	0	308	25	12	22	39	1.90
8060955--8061034	32	2.5	31	82	8	97	27	1	15	56	1.47
8064499--8064587	38	2.2	40	86	5	119	53	7	1	37	1.37
8067740--8067800	22	2.8	22	80	2	61	59	18	11	11	1.61
8067751--8067800	21	2.3	22	79	3	57	60	20	12	8	1.57
8072640--8072667	13	2.2	13	100	0	56	21	14	39	25	1.91
8073838--8073916	39	2.0	39	97	0	149	46	16	10	26	1.78
8078925--8079003	39	2.0	39	95	0	140	46	15	10	27	1.77
8082520--8082574	24	2.3	23	78	12	56	43	5	1	49	1.36
8082513--8082568	25	2.3	24	81	6	60	46	5	0	48	1.25
8083339--8083363	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
8087033--8087062	12	2.4	13	94	5	53	43	10	0	46	1.37
8087929--8088006	30	2.5	31	80	15	83	44	0	2	52	1.14
8097949--8097988	20	2.0	21	85	5	55	45	0	2	52	1.14
8100248--8100309	30	2.0	31	87	3	90	32	16	6	45	1.72
8102348--8102510	85	1.9	85	82	5	204	46	13	16	23	1.83
8106093--8106507	156	2.6	158	88	1	573	47	19	8	24	1.78
8108012--8108073	27	2.3	26	78	13	72	53	3	0	43	1.17
8109371--8109514	70	2.0	71	97	1	272	38	2	11	47	1.52
8109974--8110236	134	2.0	134	88	0	391	39	18	13	28	1.89
8109975--8110295	134	2.5	134	84	4	388	38	19	13	28	1.90
8111856--8111900	3	15.3	3	86	4	65	60	2	35	2	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8124136--8124173	19	2.0	19	89	0	58	23	0	2	73	0.95
8125265--8125304	22	1.9	22	85	10	57	55	0	12	32	1.38
8125448--8125581	60	2.2	60	84	2	171	41	20	3	35	1.70
8127893--8127954	4	15.5	4	96	0	97	25	4	24	45	1.73
8139088--8139671	145	4.0	144	82	4	534	25	13	22	38	1.91
8141032--8141322	152	1.9	150	88	4	433	24	18	15	41	1.89
8141183--8141510	177	1.8	181	85	5	466	24	17	17	40	1.91
8150478--8150516	12	3.2	12	88	3	51	58	12	10	17	1.61
8150480--8150517	13	3.0	13	88	3	51	55	15	10	18	1.68
8170041--8170657	203	3.0	201	85	3	799	36	25	14	23	1.92
8172410--8172516	31	3.5	31	100	0	214	22	24	9	43	1.82
8179817--8179871	25	2.2	25	96	3	103	54	3	5	36	1.41
8180450--8180490	21	1.9	21	85	14	57	68	2	0	29	1.03
8184729--8184772	18	2.4	18	88	0	61	34	2	0	63	1.07
8184900--8184979	29	2.7	29	82	5	88	30	8	16	45	1.77
8192554--8192742	96	2.0	97	90	1	299	35	26	14	23	1.93
8195892--8195953	31	2.0	31	84	12	83	48	12	9	29	1.73
8214224--8214263	21	1.9	21	84	0	53	35	2	10	52	1.48
8217589--8217628	21	1.9	20	85	10	53	47	2	5	45	1.38
8222110--8222150	16	2.5	17	80	11	50	68	4	0	26	1.10
8223757--8223789	15	2.3	15	89	5	50	33	0	6	60	1.21
8224066--8224284	43	5.1	43	77	8	160	28	27	17	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8224092--8224284	43	4.5	43	79	9	205	27	29	17	25	1.97
8224083--8224284	87	2.3	86	77	9	214	29	28	16	25	1.97
8224592--8224682	43	2.1	43	85	2	121	45	10	10	32	1.75
8230519--8230556	20	1.9	20	88	0	58	39	10	10	39	1.74
8230581--8230622	19	2.2	20	87	8	61	33	9	11	45	1.73
8232074--8232129	19	2.9	19	94	0	94	33	17	10	37	1.85
8232240--8232270	14	2.2	14	94	0	53	12	0	9	77	0.99
8232593--8232960	131	2.8	132	89	0	567	25	26	18	30	1.98
8233496--8233536	21	1.9	22	90	5	66	46	12	0	41	1.41
8235494--8235771	89	3.1	89	84	3	362	24	24	23	27	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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