genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.74.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  43198478

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   

This is table  74  of  131  ( 15627 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24824426--24824482	22	2.6	21	84	13	71	49	1	26	22	1.60
24826644--24826674	3	10.3	3	100	0	62	35	32	32	0	1.58
24835023--24835107	44	1.9	44	97	0	161	32	27	11	28	1.92
24839304--24839342	20	2.0	19	85	5	51	38	0	5	56	1.22
24839321--24839374	20	2.8	20	88	5	76	42	0	1	55	1.10
24843498--24843537	18	2.2	18	86	8	55	25	5	17	52	1.64
24846228--24846290	20	2.8	22	79	18	60	38	0	3	58	1.14
24846325--24846387	31	2.1	29	82	11	74	26	4	11	57	1.53
24852342--24852385	18	2.5	18	81	3	54	47	4	18	29	1.68
24861721--24861746	9	2.9	9	100	0	52	57	0	42	0	0.98
24863329--24863390	29	2.1	29	82	5	72	41	11	0	46	1.39
24869774--24869842	28	2.5	28	87	0	93	30	13	26	30	1.93
24871847--24871899	21	2.5	21	93	0	88	30	39	9	20	1.84
24871954--24872021	28	2.4	28	87	4	93	30	11	26	30	1.92
24873959--24874056	27	3.6	27	83	1	115	21	22	13	42	1.87
24876504--24876576	25	2.9	25	89	0	101	36	13	15	34	1.86
24884515--24884552	20	1.9	20	94	0	67	47	2	0	50	1.15
24884522--24884559	20	2.0	19	85	10	51	50	0	0	50	1.00
24888246--24888290	23	1.9	24	86	4	65	20	2	51	26	1.59
24889935--24889975	21	2.0	21	85	0	55	39	7	12	41	1.70
24891944--24892241	27	11.1	27	84	2	361	31	21	24	22	1.98
24892495--24892695	32	6.3	33	79	7	202	18	19	23	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24892712--24892776	22	3.0	21	79	4	67	18	21	16	43	1.88
24905610--24905799	50	3.8	50	87	0	256	23	30	19	26	1.98
24919055--24919095	11	3.6	11	90	3	64	39	4	0	56	1.21
24921594--24921634	11	3.6	11	90	3	64	39	4	0	56	1.21
24923121--24923164	19	2.2	19	84	15	54	25	2	4	68	1.20
24926193--24926237	22	2.1	21	87	4	63	55	0	2	42	1.12
24926575--24926637	31	2.0	31	84	6	83	38	4	1	55	1.31
24928502--24928542	22	1.9	22	95	5	75	46	2	7	43	1.44
24928522--24928700	71	2.6	70	76	11	179	42	4	17	35	1.69
24928679--24928851	88	2.0	86	84	6	224	33	8	21	36	1.84
24928843--24928898	19	2.8	20	86	10	78	48	5	7	39	1.54
24929289--24929329	15	2.8	15	92	3	66	39	0	14	46	1.45
24934834--24935075	123	2.0	123	95	1	432	23	9	23	43	1.82
24935565--24935721	43	3.7	41	80	8	174	24	18	28	29	1.98
24935566--24935721	84	1.9	84	85	10	221	24	17	28	29	1.98
24938564--24938740	67	2.6	68	79	8	191	42	5	19	32	1.75
24940604--24940647	17	2.6	18	78	10	56	47	0	2	50	1.13
24940768--24940811	24	1.9	24	86	9	65	52	0	4	43	1.22
24941186--24941210	7	3.6	7	100	0	50	0	12	0	88	0.53
24953405--24953435	4	7.8	4	92	0	53	22	3	0	74	0.96
24953947--24954007	22	2.7	22	75	12	61	67	0	3	29	1.07
24953941--24954008	14	4.8	13	75	20	57	69	0	2	27	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24954616--24954659	22	2.0	22	100	0	88	50	4	13	31	1.62
24954734--24954787	23	2.3	24	78	12	58	27	1	3	66	1.19
24969876--24969900	8	3.1	8	100	0	50	52	0	24	24	1.48
24972391--24972470	30	2.7	29	78	16	85	35	7	10	47	1.65
24972401--24972491	30	3.0	31	79	12	91	32	7	9	49	1.64
24972792--24972840	25	1.9	26	84	12	66	67	4	2	26	1.19
24978045--24978248	102	2.0	104	88	1	304	30	27	18	23	1.97
24979028--24979135	21	5.1	21	87	0	135	42	18	23	15	1.88
24979627--24979673	21	2.5	18	80	13	51	51	8	0	40	1.33
24983030--24983148	37	3.2	37	86	3	152	36	18	15	28	1.92
24983012--24983179	74	2.3	73	76	6	160	38	17	16	27	1.91
24991937--24991978	18	2.3	19	87	4	59	64	0	0	35	0.94
24992062--24992103	19	2.2	19	87	8	59	66	2	2	28	1.16
24992021--24992105	29	3.0	28	75	14	77	58	2	5	32	1.35
24992427--24992473	19	2.6	18	77	12	51	34	4	6	55	1.45
24993244--24993321	19	4.0	19	75	8	68	39	2	0	57	1.12
24997177--24997234	20	2.5	25	71	28	65	37	1	0	60	1.07
24998234--24998306	31	2.4	30	80	10	78	52	1	4	42	1.29
25014864--25014909	21	2.1	22	96	4	85	26	2	15	56	1.50
25014864--25014909	22	2.1	21	92	4	74	26	2	15	56	1.50
25022244--25022272	14	2.0	15	93	6	51	68	0	17	13	1.20
25038528--25038566	20	1.9	21	85	15	55	33	7	2	56	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25050197--25050303	52	2.1	52	92	0	178	25	22	15	36	1.94
25052608--25052634	9	3.0	9	100	0	54	66	0	0	33	0.92
25052788--25052826	20	1.9	21	85	15	55	33	7	2	56	1.41
25056209--25056261	22	2.5	22	78	9	65	49	1	3	45	1.31
25061489--25061532	10	4.3	10	83	11	54	61	4	0	34	1.16
25061524--25061603	29	2.9	27	72	15	65	56	2	1	40	1.21
25064446--25064502	15	3.5	15	71	17	51	52	1	0	45	1.11
25064925--25065298	183	2.0	184	99	0	741	47	20	8	23	1.77
25067344--25067393	21	2.5	20	80	3	55	46	14	10	30	1.77
25070241--25070294	20	2.7	20	88	5	74	27	5	14	51	1.64
25070241--25070310	20	3.5	19	77	14	63	27	7	17	48	1.72
25076378--25076427	20	2.5	20	83	0	55	42	24	6	28	1.78
25077197--25077267	31	2.3	31	90	0	106	50	1	5	42	1.34
25080877--25081124	129	1.9	128	89	2	381	27	21	20	30	1.98
25080831--25081432	44	14.0	41	69	12	232	26	22	20	29	1.99
25080922--25081347	217	2.0	214	91	3	694	26	23	20	29	1.99
25081148--25081432	87	3.3	87	73	9	292	28	22	20	28	1.99
25083143--25083180	7	5.6	7	87	6	60	15	15	0	68	1.22
25083138--25083179	13	3.1	13	86	6	57	14	19	0	66	1.25
25084196--25084228	6	5.5	6	96	0	57	15	3	15	66	1.37
25090977--25091028	24	2.2	24	82	6	61	36	3	5	53	1.43
25118818--25119430	306	2.0	307	99	0	1210	29	17	20	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25119573--25119598	7	3.7	7	100	0	52	26	0	15	57	1.38
25120543--25120583	21	2.0	21	85	0	55	29	46	21	2	1.64
25120838--25121081	21	11.6	21	90	2	373	43	31	1	24	1.62
25120838--25121092	106	2.4	105	87	5	363	42	30	1	25	1.64
25121121--25121155	18	1.9	18	88	0	52	48	34	0	17	1.47
25121301--25121346	22	2.1	22	84	4	58	47	36	0	15	1.45
25123971--25124052	43	1.9	43	81	18	100	20	20	28	30	1.98
25133180--25133232	23	2.3	23	80	6	63	43	7	0	49	1.31
25133315--25133354	18	2.2	19	90	4	64	52	2	0	45	1.14
25133315--25133375	19	3.2	19	83	4	70	54	1	1	42	1.20
25133900--25133933	15	2.4	14	86	13	52	32	0	0	67	0.91
25140505--25140566	25	2.5	25	81	2	63	72	4	6	16	1.23
25142769--25143029	22	11.0	23	65	25	109	39	16	10	32	1.83
25142769--25143026	47	5.4	45	85	8	300	39	16	10	32	1.83
25142797--25143029	98	2.4	94	90	5	385	38	16	10	33	1.84
25143265--25143313	15	3.2	15	85	8	55	48	20	0	30	1.50
25147544--25147634	32	2.8	32	78	17	116	34	7	14	43	1.74
25148270--25148294	12	2.1	12	100	0	50	68	8	24	0	1.16
25154817--25154848	14	2.3	14	100	0	64	43	6	0	50	1.27
25154923--25154991	27	2.5	27	86	6	95	40	10	1	47	1.46
25154992--25155025	9	3.8	9	96	0	59	88	8	0	2	0.62
25154994--25155034	17	2.4	16	88	8	55	87	7	2	2	0.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25155069--25155145	27	2.9	27	88	0	100	28	22	40	9	1.84
25155194--25155325	56	2.4	56	84	5	160	65	0	30	3	1.10
25155214--25155332	10	12.5	10	66	19	58	64	0	31	4	1.12
25155242--25155383	38	3.9	35	77	17	123	66	0	30	2	1.05
25155221--25155311	28	3.2	28	72	17	82	64	0	31	3	1.09
25155197--25155325	18	7.1	18	78	11	113	65	0	30	3	1.10
25155194--25155344	56	2.7	56	81	10	157	65	0	31	3	1.09
25158319--25158347	14	2.1	14	100	0	58	37	6	0	55	1.27
25159454--25159528	35	2.1	35	87	0	105	57	6	18	17	1.61
25162237--25162294	19	3.0	19	75	5	62	27	25	25	20	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131