genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.64.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  43198478

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   

This is table  64  of  131  ( 15627 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21176842--21176889	22	2.3	22	85	7	64	60	8	4	27	1.44
21179356--21179399	22	1.9	22	86	9	61	38	15	2	43	1.60
21186736--21186779	22	1.9	22	86	9	61	38	15	2	43	1.60
21189570--21189635	25	2.6	25	72	25	59	27	24	21	27	1.99
21189756--21189792	19	1.9	20	94	5	67	54	18	0	27	1.44
21193123--21193169	22	2.1	22	92	0	76	25	10	23	40	1.87
21200605--21200857	50	5.1	50	85	5	296	22	30	20	26	1.99
21200834--21200879	22	2.1	22	100	0	92	26	39	19	15	1.91
21217796--21217971	88	2.0	88	88	0	262	24	14	22	38	1.92
21255294--21255393	38	2.7	38	90	3	159	8	25	10	57	1.59
21259151--21259260	45	2.6	44	81	8	131	31	29	5	33	1.80
21259241--21259292	16	3.2	16	94	0	86	34	36	0	28	1.58
21264211--21264247	19	1.9	19	100	0	74	27	16	13	43	1.85
21274425--21274451	13	2.1	13	100	0	54	85	0	14	0	0.61
21275745--21275809	32	2.1	32	97	2	123	47	12	9	30	1.72
21277228--21277286	20	3.0	20	76	0	64	42	16	5	35	1.71
21277470--21277589	23	5.1	23	77	10	102	34	17	25	22	1.96
21277491--21277589	24	4.2	23	77	10	85	35	19	24	21	1.96
21277453--21277571	45	2.6	46	80	6	125	34	16	25	23	1.95
21277740--21278125	67	5.8	67	88	2	555	41	19	2	37	1.63
21280962--21281094	27	5.1	27	79	16	147	30	24	22	22	1.99
21280982--21281081	49	2.1	49	90	5	159	31	24	23	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21281205--21281305	26	3.9	26	86	0	130	34	23	21	19	1.96
21281475--21281760	27	10.3	27	79	5	266	20	17	20	40	1.91
21281619--21281685	34	2.0	34	87	0	98	26	25	13	34	1.93
21282461--21282507	24	2.0	22	84	12	58	25	38	2	34	1.68
21284277--21284513	40	5.9	40	82	4	291	39	18	25	16	1.92
21284324--21284505	20	9.1	20	64	4	80	38	18	26	16	1.92
21284277--21284512	80	3.0	78	87	3	337	38	18	25	16	1.92
21284277--21284512	120	2.0	120	88	3	350	38	18	25	16	1.92
21287650--21287679	15	2.0	15	93	0	51	33	26	16	23	1.96
21309204--21309254	26	1.9	27	88	11	79	7	13	15	62	1.52
21316540--21316575	15	2.4	15	100	0	72	36	0	22	41	1.54
21329857--21329909	25	2.1	25	92	0	88	41	20	13	24	1.88
21332221--21332534	156	2.0	157	93	0	540	33	22	12	31	1.91
21333365--21333408	19	2.2	20	92	4	72	29	11	9	50	1.69
21336643--21336680	16	2.4	16	90	0	58	44	2	7	44	1.47
21336652--21336683	16	2.0	16	100	0	64	43	0	6	50	1.27
21338165--21338224	25	2.4	26	86	5	88	53	20	8	18	1.70
21350043--21350099	5	11.6	5	75	17	57	57	1	0	40	1.09
21352529--21352563	17	2.1	17	89	5	54	42	8	5	42	1.59
21376423--21376517	28	3.4	28	85	0	127	30	25	23	21	1.99
21376622--21376698	26	3.0	26	82	0	91	38	23	22	15	1.92
21376876--21376952	27	2.9	27	88	0	109	14	20	22	42	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21376964--21377014	23	2.2	23	92	0	84	41	21	9	27	1.84
21379770--21380307	50	10.6	50	88	3	722	26	21	30	22	1.98
21381835--21381878	23	1.9	23	90	0	70	45	25	2	27	1.65
21387284--21387318	16	2.1	17	89	5	54	31	40	0	28	1.57
21398395--21398430	18	2.0	18	100	0	72	44	11	11	33	1.75
21401511--21401551	16	2.6	15	84	7	55	43	0	2	53	1.13
21409779--21409814	18	2.0	18	100	0	72	44	11	11	33	1.75
21438343--21438526	50	3.5	51	75	6	156	23	27	20	28	1.99
21451085--21451135	20	2.6	20	90	3	77	25	27	19	27	1.99
21451358--21451465	41	2.6	41	94	0	180	29	19	17	33	1.95
21462755--21462948	50	3.9	49	77	3	183	28	21	28	21	1.99
21469905--21470070	50	3.3	50	79	4	158	27	21	30	20	1.98
21469941--21470070	49	2.6	49	79	6	138	30	20	27	22	1.98
21471567--21471683	32	3.6	31	86	6	153	17	19	24	37	1.94
21471567--21471747	32	5.7	31	79	5	141	17	19	24	38	1.93
21483766--21483835	29	2.4	29	85	0	104	37	7	24	31	1.82
21483823--21483993	29	5.9	29	84	2	200	38	13	26	21	1.90
21483823--21484024	58	3.5	56	80	7	208	39	13	24	22	1.91
21483817--21484023	29	7.1	29	81	7	105	38	14	24	22	1.91
21483823--21484023	88	2.3	88	82	5	203	38	13	24	22	1.91
21492728--21492911	51	3.7	50	75	5	158	23	17	27	31	1.97
21497556--21497778	20	11.2	20	66	7	123	17	32	17	32	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21497556--21497841	40	7.2	40	79	4	312	17	32	17	32	1.93
21497555--21497811	79	3.3	79	91	2	401	17	32	17	32	1.93
21497555--21497841	79	3.6	79	88	3	391	17	32	17	32	1.94
21506668--21506717	23	2.1	25	78	17	61	74	0	22	4	0.99
21506664--21506717	12	4.7	11	82	13	56	74	0	22	3	0.98
21509369--21509416	13	3.7	13	81	18	64	54	0	4	41	1.20
21509366--21509421	12	4.5	12	77	22	62	50	0	3	46	1.19
21509366--21509421	25	2.2	25	100	0	112	50	0	3	46	1.19
21509372--21509418	12	3.8	13	81	18	64	53	0	4	42	1.20
21520367--21520541	50	3.4	50	86	2	233	26	23	30	20	1.98
21520373--21520556	103	1.8	100	83	3	242	27	21	30	20	1.98
21522440--21522685	50	4.9	50	86	0	303	22	32	19	25	1.98
21522392--21522685	100	3.0	100	82	2	342	22	30	20	26	1.98
21525842--21526224	27	14.2	26	80	6	363	40	21	16	20	1.91
21525857--21526224	81	4.6	80	81	6	427	40	21	17	20	1.91
21525849--21526224	108	3.5	107	84	4	452	40	21	17	20	1.91
21529680--21529737	28	2.1	28	100	0	116	31	17	24	27	1.97
21531228--21531301	21	3.8	20	68	22	50	33	4	6	55	1.45
21552094--21552147	25	2.1	26	83	10	67	33	3	1	61	1.25
21553763--21553860	50	2.0	50	85	0	133	26	22	30	20	1.98
21553819--21553945	49	2.6	50	76	5	125	31	19	24	24	1.98
21554150--21554198	20	2.5	20	78	15	57	59	6	20	14	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21558150--21558191	21	2.0	21	86	9	59	40	2	0	57	1.12
21561335--21561504	27	6.3	27	76	10	134	34	12	26	26	1.92
21561344--21561496	81	1.9	80	89	1	234	35	10	26	27	1.89
21563347--21563389	18	2.4	18	80	0	50	16	27	4	51	1.64
21565877--21565909	2	17.0	2	87	6	50	45	0	3	51	1.16
21570460--21570545	41	2.1	42	84	6	113	32	2	15	50	1.57
21571690--21572354	333	2.0	334	99	0	1323	42	9	7	40	1.65
21574179--21574217	17	2.3	17	90	0	60	69	2	2	25	1.14
21575115--21575169	27	2.0	27	96	0	101	30	16	27	25	1.96
21576609--21576657	20	2.3	22	79	6	57	34	10	16	38	1.82
21577103--21577174	33	2.2	33	87	2	99	31	1	6	59	1.32
21578470--21578521	27	1.9	27	84	7	70	30	30	13	25	1.94
21584847--21584983	55	2.5	54	76	3	141	27	27	23	22	2.00
21592882--21592913	6	5.3	6	100	0	64	15	0	0	84	0.63
21595638--21595747	54	2.0	54	87	0	157	54	8	10	26	1.63
21596594--21596624	11	2.8	11	90	0	53	32	0	0	67	0.91
21596802--21596838	14	2.6	14	91	0	56	64	10	5	18	1.43
21598064--21598117	20	2.8	20	82	2	56	11	7	7	74	1.23
21598064--21598122	31	1.9	30	89	3	91	11	6	6	74	1.21
21602086--21602134	21	2.3	21	96	0	89	38	2	12	46	1.53
21607774--21607811	20	1.9	20	89	10	60	50	10	21	18	1.76
21611162--21611197	18	1.9	19	88	5	56	25	5	19	50	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21619906--21620105	50	3.9	50	80	7	206	27	20	28	23	1.99
21624804--21624836	16	2.0	17	94	5	59	54	0	15	30	1.41
21636219--21636252	16	2.1	16	100	0	68	44	11	0	44	1.40
21647298--21647327	4	7.5	4	100	0	60	76	0	0	23	0.78
21649247--21649290	18	2.5	17	78	10	52	70	6	2	20	1.21
21651459--21651492	15	2.3	15	94	0	59	64	14	11	8	1.49
21654564--21654615	4	13.0	4	76	15	54	69	0	30	0	0.89
21654572--21654626	18	2.9	18	79	15	67	65	0	34	0	0.93
21654565--21654637	36	2.1	34	82	12	85	69	0	30	0	0.88
21661860--21661914	18	3.1	18	82	10	67	1	34	0	63	1.05

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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