genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  43198478

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   

This is table  7  of  131  ( 15627 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2256214--2256534	160	2.0	161	99	0	635	44	8	13	34	1.73
2266611--2266668	3	19.0	3	82	10	73	62	1	3	32	1.22
2267900--2267947	19	2.8	16	82	17	60	54	0	0	45	0.99
2267985--2268720	367	2.0	368	99	0	1456	38	9	9	42	1.71
2285890--2285998	25	4.4	25	75	9	89	24	24	14	35	1.93
2285966--2286032	25	2.7	26	73	13	68	25	19	20	34	1.96
2291529--2291647	59	2.0	59	100	0	238	31	15	23	30	1.95
2293316--2293367	24	2.2	24	92	0	86	51	7	3	36	1.49
2295454--2295479	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2308547--2308581	16	2.2	16	95	5	63	37	0	0	62	0.95
2316429--2316509	26	3.2	25	77	8	85	20	19	20	38	1.94
2318397--2318510	43	2.7	43	88	0	165	29	26	15	28	1.96
2322702--2322872	23	7.5	23	77	3	166	23	19	25	30	1.98
2322701--2322872	46	3.8	46	84	5	224	24	19	25	30	1.98
2325825--2325861	15	2.4	16	82	13	51	27	13	27	32	1.94
2326110--2326143	15	2.2	16	94	5	61	26	17	5	50	1.69
2331195--2331219	13	1.9	13	100	0	50	48	16	16	20	1.82
2332737--2332761	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2340877--2340935	30	2.0	29	87	6	84	45	0	30	23	1.53
2345007--2345095	42	2.1	42	91	0	142	22	25	37	14	1.92
2348353--2348655	148	2.0	149	99	0	599	51	5	5	37	1.49
2352676--2353195	125	4.1	126	86	2	708	36	15	17	29	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2352676--2353195	251	2.1	251	87	2	742	36	15	17	29	1.91
2356498--2356534	18	2.1	18	89	0	56	40	8	24	27	1.83
2358218--2358261	15	2.9	15	89	3	70	68	4	2	25	1.20
2359456--2359768	156	2.0	157	99	0	619	40	14	10	34	1.79
2360305--2360389	20	4.2	20	73	5	80	57	17	5	18	1.59
2360305--2360385	21	3.9	21	73	7	67	56	17	6	19	1.61
2360311--2360392	42	2.0	41	87	2	119	56	17	7	19	1.64
2361407--2361463	24	2.4	24	87	0	78	38	7	8	45	1.62
2374504--2374541	17	2.2	17	90	0	58	52	7	0	39	1.31
2374518--2374555	20	1.9	20	88	0	58	50	2	2	44	1.30
2376725--2377064	44	7.8	44	72	10	164	29	18	17	34	1.94
2376845--2377053	44	4.7	45	83	3	253	29	19	17	34	1.94
2376853--2377071	89	2.5	89	88	0	314	29	19	16	34	1.94
2388776--2388807	14	2.3	14	94	0	55	50	12	0	37	1.41
2388805--2388846	17	2.5	17	96	0	75	47	4	2	45	1.36
2388788--2388846	20	3.1	19	80	14	68	49	6	1	42	1.39
2389204--2389242	4	9.8	4	82	0	51	74	2	2	20	1.06
2390562--2390588	12	2.2	12	100	0	54	18	7	22	51	1.70
2391541--2391604	29	2.2	28	80	2	74	23	12	17	46	1.81
2395105--2395573	29	16.2	29	89	0	722	31	0	25	42	1.60
2395105--2395573	145	3.2	145	100	0	938	31	0	25	42	1.60
2397261--2397325	31	2.1	31	94	0	112	66	0	0	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2397382--2397426	22	2.0	22	100	0	90	40	0	31	28	1.57
2400624--2400902	94	3.0	95	80	13	348	31	22	20	26	1.98
2400753--2400936	50	3.8	50	77	15	215	29	20	20	29	1.98
2401379--2401424	14	3.1	15	81	12	58	78	10	0	10	0.97
2402847--2402918	3	24.3	3	91	2	119	34	0	1	63	1.03
2403866--2403942	12	6.8	12	68	14	56	19	3	3	72	1.16
2403866--2403945	15	5.2	15	78	10	63	18	3	3	73	1.13
2409810--2409834	13	1.9	13	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2415617--2416098	266	1.8	266	88	0	732	42	15	14	27	1.85
2420522--2420719	42	4.8	42	84	9	255	32	25	20	21	1.97
2420522--2420719	85	2.4	80	88	7	274	32	25	20	21	1.97
2420693--2420856	44	3.9	42	86	3	222	20	20	24	34	1.97
2420693--2420856	43	3.9	42	84	4	213	20	20	24	34	1.97
2420693--2420856	87	1.9	84	92	3	274	20	20	24	34	1.97
2421571--2421607	7	5.3	7	90	0	56	43	54	0	2	1.14
2421897--2421927	15	2.0	16	93	6	55	38	45	0	16	1.47
2422185--2422233	18	2.5	21	80	9	59	26	2	10	61	1.39
2422586--2422932	113	3.1	111	76	6	322	28	24	22	23	1.99
2425326--2425364	20	2.0	20	90	5	62	10	5	12	71	1.28
2426225--2426301	29	3.1	23	77	20	59	33	18	10	37	1.85
2426247--2426316	29	2.4	29	95	0	122	34	20	11	34	1.88
2428478--2428532	28	2.0	28	85	0	74	40	7	3	49	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2429018--2429063	23	2.0	24	83	8	60	26	4	2	67	1.21
2430874--2430939	30	2.1	33	86	8	93	54	1	3	40	1.25
2433909--2434015	49	2.2	49	91	3	182	37	15	23	23	1.93
2444648--2444686	18	2.2	18	100	0	78	46	5	15	33	1.68
2444701--2444735	13	2.7	13	86	13	54	17	0	0	82	0.66
2444701--2444740	17	2.4	17	88	12	64	17	0	0	82	0.67
2444702--2444740	9	4.6	9	90	9	64	17	0	0	82	0.68
2452108--2452169	26	2.4	26	79	15	67	35	1	0	62	1.05
2463417--2463514	49	2.0	49	96	4	180	20	18	20	40	1.91
2464768--2465545	44	17.9	41	67	12	225	33	19	18	28	1.96
2464767--2465541	174	4.4	175	94	0	1338	33	19	18	28	1.95
2464767--2465541	349	2.2	349	94	0	1345	33	19	18	28	1.95
2464904--2465595	87	7.9	90	70	10	250	34	19	19	27	1.95
2465676--2465719	23	1.9	23	95	0	79	36	20	22	20	1.95
2465605--2466069	123	3.8	123	97	0	858	32	24	20	22	1.98
2465799--2465842	23	1.9	23	95	0	79	36	20	22	20	1.95
2465922--2465965	23	1.9	23	95	0	79	36	20	22	20	1.95
2465953--2466135	50	3.7	50	72	0	177	32	23	18	25	1.97
2465830--2466235	223	1.8	224	94	1	717	33	23	20	23	1.97
2465953--2466169	100	2.2	100	89	1	328	33	23	19	23	1.97
2466000--2466162	50	3.3	50	73	0	164	34	20	20	23	1.96
2466145--2466188	23	1.9	23	100	0	88	38	18	22	20	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2471767--2471806	8	5.0	8	87	0	53	65	0	0	35	0.93
2476129--2476391	129	2.0	129	99	0	517	36	15	13	34	1.87
2477238--2477529	50	5.7	50	86	3	361	20	28	21	28	1.98
2487342--2487376	18	1.9	18	88	0	52	45	0	48	5	1.26
2488501--2488535	11	3.3	10	88	11	52	85	0	11	2	0.69
2488858--2488909	25	2.1	24	85	3	68	21	38	26	13	1.90
2488961--2488993	17	2.0	17	88	5	50	84	3	12	0	0.72
2492577--2492635	3	19.7	3	82	6	66	30	5	1	62	1.26
2492762--2492787	8	3.2	8	100	0	52	50	11	0	38	1.39
2493425--2493556	70	1.9	70	95	0	237	29	16	20	33	1.95
2496157--2496373	88	2.5	88	91	1	337	25	23	23	26	2.00
2497597--2497667	1	71.0	1	74	0	52	1	12	0	85	0.65
2497597--2497667	14	5.1	14	83	14	94	1	12	0	85	0.65
2497597--2497653	19	2.9	19	82	15	71	1	12	0	85	0.66
2497597--2497655	7	8.7	7	79	20	72	1	11	0	86	0.65
2499347--2499440	9	10.4	9	82	8	102	40	21	10	27	1.86
2499347--2499440	36	2.6	36	83	6	118	40	21	10	27	1.86
2502941--2503001	25	2.4	25	83	5	79	57	3	8	31	1.44
2502941--2503025	23	3.6	24	75	12	77	58	3	5	31	1.39
2504732--2504794	27	2.4	27	91	2	101	41	11	1	46	1.49
2504923--2505127	42	5.0	41	85	7	256	68	0	30	0	0.97
2504923--2505138	82	2.6	82	85	7	280	68	0	30	0	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2505044--2505116	24	3.0	24	72	20	71	69	1	27	1	1.04
2504923--2505117	10	19.5	10	69	23	85	69	0	29	0	0.96
2508628--2508654	11	2.5	11	100	0	54	37	7	14	40	1.74
2510919--2510956	18	2.1	18	95	0	67	10	44	7	36	1.68
2512177--2512281	27	3.9	27	84	0	147	19	35	22	22	1.96
2512177--2512281	54	1.9	54	90	0	165	19	35	22	22	1.96
2512337--2512400	27	2.4	27	100	0	128	46	0	12	40	1.42
2514637--2514692	27	2.0	29	83	10	73	51	35	3	8	1.51
2515977--2516010	16	2.2	15	89	5	50	11	0	8	79	0.94
2516424--2516728	109	2.8	109	88	1	445	30	19	18	32	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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