genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  43198478

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
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          129   130   131   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2519248--2519293	24	2.0	23	82	4	56	28	10	2	58	1.43
2519448--2519481	16	2.2	15	89	5	50	11	0	8	79	0.94
2519894--2520198	109	2.8	109	86	1	427	30	18	18	32	1.95
2521588--2521631	11	4.2	11	85	11	65	18	6	27	47	1.73
2521601--2521675	9	8.2	9	88	8	98	21	10	28	40	1.86
2521593--2521677	20	4.5	20	85	8	108	21	9	28	41	1.84
2521837--2521861	12	2.1	12	100	0	50	16	24	36	24	1.94
2536337--2536408	3	24.0	3	82	0	90	33	2	4	59	1.31
2547507--2547723	111	2.0	111	99	0	425	41	15	11	31	1.83
2549501--2549572	3	24.0	3	82	0	90	33	2	4	59	1.31
2549890--2549919	4	7.2	4	96	3	51	23	0	0	76	0.78
2555362--2555399	14	2.7	14	84	8	51	71	0	2	26	1.00
2563445--2563905	113	4.1	113	91	2	678	26	22	23	27	1.99
2566521--2566574	27	2.0	28	85	3	74	51	1	0	46	1.11
2577976--2578005	9	3.3	9	90	0	51	60	26	0	13	1.34
2577976--2578030	15	3.4	16	87	10	76	54	30	0	14	1.41
2583541--2583569	11	2.6	11	100	0	58	41	6	10	41	1.66
2586510--2586563	28	1.9	28	85	7	74	50	11	12	25	1.74
2586931--2586956	5	5.2	5	100	0	52	38	19	19	23	1.93
2586905--2586956	26	2.0	26	81	7	61	34	15	26	23	1.94
2587542--2587598	30	1.9	30	96	0	105	29	0	49	21	1.50
2592073--2592130	20	3.1	18	76	11	62	36	3	0	60	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2593224--2593281	20	3.1	18	76	11	62	36	3	0	60	1.14
2593973--2594030	20	3.1	18	76	11	62	36	3	0	60	1.14
2593131--2594627	749	2.0	748	99	0	2949	33	16	14	35	1.89
2608962--2609041	29	2.7	30	75	16	85	43	1	2	52	1.22
2610108--2610229	62	2.0	62	95	0	217	42	17	13	26	1.86
2610589--2610631	20	2.2	20	87	8	61	67	2	2	27	1.15
2614694--2614734	2	20.5	2	100	0	82	51	0	48	0	1.00
2616292--2616351	31	1.9	31	86	6	86	31	15	13	40	1.85
2625543--2625588	20	2.3	20	84	0	56	45	6	2	45	1.41
2627312--2627368	30	1.9	30	86	10	82	28	10	14	47	1.76
2627649--2627763	55	2.1	55	95	0	203	57	17	7	17	1.63
2631820--2631881	31	1.9	33	83	9	83	43	3	9	43	1.53
2631976--2632087	54	2.1	54	96	1	208	56	16	8	18	1.65
2632671--2632700	2	15.5	2	93	6	53	50	0	0	50	1.00
2633203--2633262	31	2.0	30	83	9	77	41	16	8	33	1.78
2638585--2638616	15	2.1	15	94	0	55	68	9	6	15	1.36
2640328--2640513	59	3.2	53	64	25	131	38	3	6	51	1.46
2640356--2640545	59	3.1	59	67	15	179	36	3	6	53	1.44
2640333--2640582	123	2.0	124	99	0	493	38	3	6	52	1.43
2640333--2640522	64	3.0	64	66	16	189	38	3	6	51	1.45
2642031--2642068	12	2.9	13	80	11	51	68	5	2	23	1.23
2647518--2647561	18	2.4	18	92	7	72	40	43	0	15	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2647678--2647731	18	2.9	18	72	2	54	27	11	20	40	1.86
2653961--2654078	54	2.2	52	82	7	141	44	11	6	37	1.66
2654014--2654068	17	3.3	17	85	7	69	41	14	5	38	1.69
2653985--2654068	36	2.4	34	79	13	82	44	13	7	35	1.71
2654110--2654332	17	12.7	18	74	13	178	43	10	13	32	1.78
2654110--2654332	18	12.7	17	73	14	170	43	10	13	32	1.78
2654142--2654332	53	3.6	54	78	12	157	42	10	13	33	1.79
2654650--2654699	6	8.7	6	80	10	52	66	0	2	32	1.03
2654704--2654760	26	2.2	25	84	3	69	66	8	3	21	1.34
2654858--2654899	17	2.5	17	88	0	57	0	19	0	80	0.70
2654845--2654899	29	1.9	28	88	3	83	0	21	0	78	0.76
2655112--2655166	7	7.6	7	84	8	74	0	18	0	81	0.68
2655132--2655172	9	5.0	9	82	17	54	0	21	0	78	0.76
2655118--2655172	23	2.4	23	96	3	103	0	20	0	80	0.72
2655098--2655166	23	3.2	21	84	11	86	4	14	0	81	0.84
2655255--2655331	14	4.4	17	71	23	54	0	16	6	76	0.98
2655256--2655328	20	3.8	19	75	21	73	0	16	6	76	0.99
2655654--2655802	30	5.0	30	82	6	169	40	3	22	33	1.71
2655654--2655802	59	2.5	59	84	2	190	40	3	22	33	1.71
2657467--2657536	28	2.5	28	88	4	97	31	10	31	27	1.89
2664142--2664174	12	2.8	12	95	0	57	27	0	15	57	1.38
2664179--2664219	19	2.2	19	100	0	82	36	4	14	43	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2664258--2664336	41	1.9	41	94	0	140	32	5	15	46	1.67
2681024--2681055	1	32.0	1	93	0	55	0	3	0	96	0.20
2681070--2681105	1	36.0	1	94	0	63	0	0	2	97	0.18
2685518--2685554	11	3.5	11	82	17	51	24	0	0	75	0.80
2685515--2685554	21	2.0	21	90	9	66	22	0	0	77	0.77
2685523--2685565	21	2.0	21	86	0	59	30	0	0	69	0.88
2692359--2692414	20	2.9	18	82	15	60	53	1	1	42	1.21
2692359--2692414	10	5.8	9	75	22	51	53	1	1	42	1.21
2692374--2692414	18	2.2	19	83	12	50	58	2	0	39	1.11
2692359--2692412	19	2.7	19	77	13	56	51	1	1	44	1.22
2692840--2692881	20	2.0	21	86	4	59	28	4	2	64	1.26
2695224--2695262	4	9.5	4	83	5	51	20	0	25	53	1.45
2695385--2695455	4	17.8	4	85	0	97	26	4	22	46	1.70
2700233--2700262	14	2.1	14	100	0	60	40	13	23	23	1.90
2702059--2702192	43	3.2	43	74	4	121	39	18	20	21	1.92
2702138--2702366	42	5.4	42	70	10	144	41	20	15	22	1.90
2702156--2702273	43	2.8	41	76	11	139	43	22	13	21	1.87
2702146--2702381	85	2.8	85	78	6	271	41	19	16	22	1.90
2708225--2708287	30	2.3	25	75	21	63	26	14	3	55	1.54
2710504--2710542	14	2.8	13	81	11	51	33	2	0	64	1.08
2711042--2711070	11	2.7	11	94	5	51	0	6	0	93	0.36
2711038--2711079	15	2.8	15	92	0	66	2	9	0	88	0.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2711327--2711373	23	2.0	23	91	0	76	63	4	8	23	1.40
2712634--2712757	59	2.1	57	83	5	151	37	8	16	37	1.80
2713032--2713096	2	33.0	2	93	3	114	0	50	0	49	1.00
2713932--2713983	15	3.5	15	78	0	59	42	0	46	11	1.40
2713923--2713969	24	2.0	24	87	8	69	40	0	48	10	1.38
2713922--2713990	30	2.3	30	84	0	93	46	0	44	8	1.34
2724717--2724749	17	2.0	17	88	5	50	42	0	3	54	1.15
2752484--2752518	18	1.9	18	88	0	52	57	5	0	37	1.23
2752781--2752846	33	2.0	33	96	0	123	40	18	3	37	1.66
2754208--2754282	37	2.0	37	97	0	141	32	8	24	36	1.84
2754706--2754809	49	2.1	49	90	0	163	31	7	8	51	1.61
2756407--2756436	15	1.9	16	93	6	53	43	0	6	50	1.28
2756814--2756854	20	2.0	20	85	0	55	58	9	7	24	1.55
2756965--2757018	26	2.1	26	82	6	65	38	3	22	35	1.72
2757217--2757282	19	3.4	18	78	17	62	31	3	3	62	1.26
2758067--2758103	17	2.1	17	90	5	56	43	0	2	54	1.14
2761001--2761051	22	2.3	23	80	12	63	25	5	1	66	1.24
2765794--2765867	29	2.5	29	86	4	94	21	13	16	48	1.80
2765819--2765892	29	2.5	29	84	4	94	27	14	12	45	1.80
2766453--2766522	29	2.3	29	83	9	79	48	14	12	24	1.78
2768260--2768293	3	11.3	3	100	0	68	35	0	0	64	0.94
2768312--2768347	18	2.0	18	88	0	54	33	2	19	44	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2779903--2779959	29	1.9	30	89	3	89	45	8	5	40	1.58
2789359--2789606	122	2.0	127	85	5	344	28	11	12	47	1.76
2789918--2789957	17	2.3	18	86	4	55	65	0	0	35	0.93
2793070--2793136	34	1.9	35	90	3	109	31	8	13	46	1.74
2793085--2793124	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
2793064--2793140	14	5.0	15	71	20	52	33	9	14	42	1.77
2793345--2793388	23	1.9	24	90	9	74	56	4	9	29	1.50
2795246--2795278	16	2.1	16	88	5	50	51	9	3	36	1.49
2808561--2809086	262	2.0	263	99	0	1045	39	14	10	36	1.80
2810907--2810952	18	2.6	17	82	3	56	65	2	2	30	1.16

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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