genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.59.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  43198478

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   

This is table  59  of  131  ( 15627 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19185415--19185465	26	1.9	27	84	4	68	50	0	0	49	1.00
19188600--19188796	50	3.9	49	80	7	173	24	26	19	28	1.99
19194372--19194410	19	2.1	19	95	0	69	28	5	15	51	1.64
19196623--19196738	50	2.3	50	83	2	135	37	26	13	21	1.91
19196632--19196738	25	4.3	25	76	4	108	35	28	14	21	1.93
19196796--19196868	25	2.9	25	87	0	92	35	26	15	23	1.94
19196814--19196874	25	2.4	25	91	0	104	39	29	13	18	1.88
19196683--19196918	130	1.8	130	90	0	382	30	26	18	24	1.97
19198896--19198972	38	2.0	38	100	0	154	41	2	27	28	1.69
19207293--19208699	701	2.0	701	99	0	2807	33	19	16	30	1.94
19209497--19209581	40	2.1	40	84	4	109	21	25	15	37	1.92
19215950--19215975	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
19217039--19217087	20	2.7	18	77	22	57	51	4	2	42	1.32
19219515--19219794	137	2.0	137	82	1	337	27	37	9	25	1.87
19219971--19220014	21	2.1	21	100	0	88	56	4	25	13	1.56
19229830--19229932	27	3.8	27	75	0	98	33	16	30	20	1.95
19229834--19229949	54	2.1	54	87	0	160	33	15	28	22	1.95
19229830--19229951	27	4.5	26	73	10	93	32	16	29	21	1.95
19233115--19233165	13	3.8	13	76	19	52	66	7	1	23	1.28
19233959--19234001	21	2.0	23	86	9	63	48	18	6	25	1.73
19235195--19235230	6	5.8	6	90	3	54	16	19	0	63	1.30
19235764--19235806	21	2.0	21	82	8	52	55	18	6	18	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19240291--19240330	21	1.9	21	89	0	62	30	15	25	30	1.95
19241489--19241527	12	3.2	12	85	0	51	20	23	5	51	1.67
19241764--19241958	50	3.8	50	84	2	237	24	29	18	27	1.98
19244938--19244980	6	7.2	6	94	0	77	46	0	37	16	1.47
19249133--19249197	6	10.8	6	88	0	58	32	27	0	40	1.57
19257806--19257944	59	2.4	59	95	0	242	46	2	5	45	1.42
19257815--19257906	28	3.2	28	66	13	69	46	3	5	44	1.42
19259797--19259867	19	3.7	19	94	0	115	39	16	8	35	1.79
19259790--19259880	38	2.5	36	82	10	112	38	16	8	36	1.80
19261210--19261248	14	2.8	14	84	0	51	0	7	35	56	1.28
19261348--19261485	25	5.5	25	86	3	161	23	12	44	19	1.85
19268338--19268458	48	2.5	48	93	0	197	28	21	27	23	1.99
19268436--19268575	56	2.5	56	90	0	217	29	17	26	27	1.97
19268531--19268725	100	2.0	100	83	2	248	26	21	30	22	1.98
19268338--19268718	50	7.5	50	80	6	224	27	20	28	23	1.99
19270432--19270488	29	1.9	30	82	3	71	52	3	21	22	1.62
19273591--19273729	39	3.6	39	83	0	161	43	19	4	33	1.71
19276775--19276810	15	2.4	15	100	0	72	27	0	33	38	1.57
19277605--19277684	37	2.2	37	95	0	142	38	0	15	46	1.46
19282316--19282366	27	1.9	27	84	4	68	52	9	15	21	1.71
19282682--19282715	16	2.1	16	100	0	68	38	0	29	32	1.58
19284485--19284539	3	18.3	3	76	14	51	29	3	3	63	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19284733--19285048	109	2.9	109	87	3	426	31	16	16	36	1.91
19289319--19289369	7	6.7	7	79	20	50	80	0	19	0	0.71
19289317--19289369	12	4.2	12	73	21	54	79	0	20	0	0.74
19290676--19290848	45	3.9	44	69	12	120	24	23	28	23	2.00
19290678--19290820	45	3.2	45	67	15	134	25	23	29	22	1.99
19290815--19291273	132	3.5	131	88	3	673	28	17	24	29	1.97
19293289--19293362	3	24.3	3	75	13	62	27	2	2	67	1.17
19293550--19293866	110	2.9	109	89	1	451	31	16	16	35	1.92
19296166--19296214	16	2.9	17	84	9	55	42	6	0	51	1.27
19296166--19296207	20	2.2	18	87	8	57	45	2	0	52	1.13
19300752--19300910	45	3.5	45	85	3	212	22	13	25	38	1.91
19300758--19300928	45	3.9	43	84	6	125	22	15	23	38	1.92
19305198--19305239	22	1.9	22	90	0	66	7	2	30	59	1.37
19306408--19306467	31	2.0	31	90	3	95	40	15	5	40	1.68
19309049--19309077	11	2.6	11	100	0	58	34	6	51	6	1.55
19316245--19316285	21	2.0	21	85	9	57	39	4	2	53	1.35
19318255--19318279	1	25.0	1	100	0	50	0	100	0	0	0.00
19322432--19322995	114	4.9	113	75	9	423	31	18	23	26	1.98
19323098--19323133	18	2.0	18	89	10	56	25	0	5	69	1.10
19324631--19324670	7	5.6	7	90	3	62	2	0	52	45	1.14
19347797--19347823	6	4.5	6	100	0	54	66	0	33	0	0.92
19349518--19349549	15	2.1	16	94	5	57	59	15	6	18	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19353811--19353858	24	2.0	24	96	4	89	58	16	12	12	1.63
19371807--19371930	50	2.5	50	87	0	176	27	20	29	22	1.99
19372206--19372244	20	2.0	20	89	0	60	53	2	25	17	1.56
19374589--19374723	25	5.4	25	84	5	146	37	17	14	30	1.89
19374589--19374723	51	2.7	50	84	3	164	37	17	14	30	1.89
19374589--19374723	50	2.7	51	82	5	166	37	17	14	30	1.89
19377488--19377611	50	2.5	50	87	0	176	27	20	29	22	1.99
19377887--19377925	20	2.0	20	89	0	60	53	2	25	17	1.56
19380270--19380404	25	5.4	25	84	5	146	37	17	14	30	1.89
19380270--19380404	51	2.7	50	84	3	164	37	17	14	30	1.89
19380270--19380404	50	2.7	51	82	5	166	37	17	14	30	1.89
19381092--19381141	10	4.8	10	83	9	55	32	0	2	66	1.03
19381092--19381131	10	3.7	11	87	12	57	35	0	0	65	0.93
19384286--19384366	40	2.0	40	95	0	144	41	13	20	23	1.88
19386948--19386977	9	3.2	9	95	4	51	83	0	16	0	0.65
19394658--19394690	17	1.9	17	100	0	66	42	6	15	36	1.71
19421382--19421448	26	2.4	29	76	16	70	71	4	7	16	1.25
19423472--19423672	99	2.0	100	94	1	350	32	18	24	24	1.97
19425436--19425483	20	2.4	20	82	0	60	12	16	50	20	1.78
19436115--19436156	22	1.9	22	85	9	59	42	11	0	45	1.41
19440451--19440485	17	2.1	16	89	5	52	60	0	0	40	0.97
19443239--19443342	40	2.6	40	86	4	138	42	5	19	32	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19447441--19447474	17	2.0	17	100	0	68	41	11	17	29	1.85
19447946--19447995	26	1.9	26	83	0	64	24	20	20	36	1.95
19449659--19449698	14	2.9	13	85	10	53	22	0	2	75	0.93
19452045--19452090	22	2.1	21	84	4	56	26	10	10	52	1.69
19452992--19453061	31	2.3	31	82	9	90	34	11	10	44	1.74
19454204--19454234	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
19454923--19454953	3	10.3	3	100	0	62	35	32	0	32	1.58
19454952--19455010	3	19.7	3	100	0	118	66	0	0	33	0.92
19462676--19462738	22	3.0	21	83	6	65	42	0	1	55	1.09
19463279--19463366	44	2.0	44	86	0	122	23	20	18	37	1.94
19464706--19464730	9	2.8	9	100	0	50	32	0	36	32	1.58
19464786--19464829	24	2.0	21	86	13	61	52	4	2	40	1.34
19479262--19479305	20	2.1	21	84	12	56	40	0	20	38	1.53
19484817--19484927	58	2.0	54	91	7	177	45	9	11	32	1.74
19487470--19487597	41	3.1	41	82	4	141	35	28	17	17	1.93
19487760--19487926	45	3.7	46	85	3	187	17	20	19	43	1.89
19487847--19487975	45	2.9	45	86	0	159	20	19	19	41	1.91
19495077--19495119	19	2.3	19	84	8	52	69	6	0	23	1.12
19497352--19497400	25	2.0	25	83	0	62	30	14	22	32	1.93
19498202--19498252	25	2.0	25	85	7	68	31	11	25	31	1.92
19500154--19500184	11	2.8	11	90	0	53	64	6	22	6	1.40
19501741--19501784	19	2.4	19	84	3	54	70	4	4	20	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19504490--19504537	21	2.2	22	85	3	62	31	29	29	10	1.90
19504490--19504546	22	2.7	21	86	2	69	29	28	29	12	1.93
19506097--19506140	19	2.4	19	84	3	54	70	4	4	20	1.23
19511309--19511393	44	2.0	43	88	2	125	29	28	12	29	1.94
19514311--19514344	16	2.0	18	88	11	54	58	2	5	32	1.37
19514401--19514459	25	2.2	28	82	17	72	62	6	6	23	1.44
19516065--19516200	44	3.1	44	73	16	145	28	24	16	30	1.96
19516158--19516334	54	3.5	54	66	21	146	29	21	17	31	1.96
19516110--19516398	98	2.9	98	90	0	461	28	21	16	33	1.95
19516346--19516566	44	4.8	44	70	19	137	26	20	20	32	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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