genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.87.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  43198478

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   

This is table  87  of  131  ( 15627 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29123390--29123422	17	1.9	17	93	0	57	9	9	33	48	1.66
29125847--29125890	19	2.3	19	88	7	63	50	2	0	47	1.13
29126118--29126194	13	5.9	13	84	0	100	36	25	6	31	1.82
29138515--29138565	25	2.0	25	100	0	102	15	27	15	41	1.88
29140018--29140065	26	1.9	25	84	16	64	45	0	2	52	1.12
29140240--29140281	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
29140231--29140272	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
29140448--29140558	45	2.5	45	98	0	213	32	27	6	34	1.82
29153304--29153386	21	4.0	21	81	3	98	42	16	24	16	1.89
29153304--29153386	42	2.0	40	88	4	121	42	16	24	16	1.89
29159124--29159208	35	2.4	35	84	3	118	16	15	27	41	1.88
29162687--29162740	28	1.9	28	92	0	90	38	20	16	24	1.92
29166336--29166430	35	2.7	35	87	6	147	15	12	28	43	1.84
29173375--29173415	14	2.8	16	89	10	61	17	0	31	51	1.46
29173620--29174128	126	4.1	124	88	4	718	38	15	17	28	1.91
29173620--29174128	250	2.0	251	89	3	776	38	15	17	28	1.91
29177631--29177666	18	2.0	18	88	0	54	41	8	25	25	1.83
29179176--29179240	32	2.0	32	96	0	121	44	18	20	16	1.87
29184066--29184217	61	2.5	61	82	3	164	21	14	26	37	1.92
29184583--29185399	408	2.0	408	100	0	1634	35	11	20	31	1.89
29186888--29186918	10	3.1	10	95	0	53	19	0	6	74	1.03
29186882--29186918	15	2.6	14	87	8	56	21	0	5	72	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29187314--29187384	36	2.0	36	94	0	124	30	18	25	25	1.98
29190460--29190499	10	4.0	10	86	0	62	37	22	2	37	1.68
29203197--29203250	24	2.2	24	83	0	63	22	27	18	31	1.97
29203330--29203436	25	4.3	25	75	4	83	21	25	23	29	1.99
29208058--29208140	35	2.4	35	79	4	87	7	30	10	51	1.63
29208492--29208874	27	14.2	27	79	3	337	40	20	20	17	1.91
29209250--29209435	28	6.7	28	87	1	257	22	18	26	32	1.97
29209250--29209433	83	2.2	83	88	2	262	21	18	26	33	1.97
29209250--29209474	111	2.0	108	78	8	229	22	19	26	32	1.97
29210594--29210636	19	2.2	20	84	12	63	32	18	0	48	1.48
29211329--29211405	22	3.4	22	82	12	93	41	16	24	16	1.89
29211329--29211500	25	7.4	24	80	13	121	40	18	22	19	1.92
29211404--29211499	50	1.9	50	91	0	156	39	18	19	21	1.92
29213668--29213739	36	2.0	36	100	0	144	16	27	11	44	1.82
29218213--29219224	506	2.0	506	100	0	2024	33	13	20	33	1.91
29221624--29221674	24	2.1	24	85	0	66	21	23	19	35	1.96
29225946--29225989	21	2.1	21	83	8	54	56	11	20	11	1.64
29241995--29242149	77	2.0	77	93	0	265	24	27	13	34	1.93
29246225--29246271	21	2.3	20	85	3	58	12	36	0	51	1.40
29246628--29246666	16	2.4	16	100	0	78	53	10	7	28	1.62
29247227--29247253	5	5.4	5	100	0	54	18	0	0	81	0.69
29253595--29253628	15	2.2	15	89	5	50	41	2	11	44	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29257843--29257885	22	2.0	21	86	4	59	69	0	6	23	1.12
29257853--29257887	16	2.2	16	90	10	54	74	0	5	20	1.02
29266666--29266737	33	2.1	34	89	2	110	40	6	12	40	1.70
29270410--29270548	34	4.0	35	90	0	201	41	29	10	18	1.85
29270388--29270545	69	2.3	71	84	6	207	41	29	11	18	1.85
29273831--29273874	19	2.3	19	84	7	54	25	18	6	50	1.71
29275300--29275396	26	3.7	26	85	0	140	35	24	21	18	1.96
29275571--29276052	27	18.0	27	83	5	473	22	18	20	38	1.93
29275570--29276054	54	9.0	54	82	3	525	22	18	20	38	1.93
29275571--29276054	134	3.6	133	83	3	596	22	18	20	38	1.93
29276364--29276395	16	1.9	17	93	6	57	50	6	9	34	1.60
29276754--29276810	28	2.0	28	86	0	78	33	22	19	24	1.97
29277053--29277159	32	3.3	32	80	0	133	38	22	19	19	1.94
29277038--29277159	64	1.9	64	86	0	172	36	20	21	21	1.95
29277163--29277214	26	2.0	26	88	0	77	36	26	23	13	1.92
29277354--29277422	24	2.9	24	82	0	75	46	18	7	27	1.75
29277443--29277511	27	2.6	27	80	0	75	20	20	23	36	1.95
29277463--29277530	27	2.5	27	82	0	82	17	25	20	36	1.94
29277532--29277768	27	8.9	27	73	13	107	23	13	20	42	1.88
29277603--29277772	54	3.2	53	79	5	155	24	15	18	42	1.88
29277642--29277771	27	4.9	26	81	5	111	23	16	19	41	1.90
29284200--29284378	92	1.9	93	96	1	333	32	13	21	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29286583--29286619	13	2.8	13	83	0	56	35	0	24	40	1.55
29287898--29287932	12	3.0	12	91	4	54	34	0	8	57	1.29
29291575--29291615	21	2.0	21	90	0	64	36	7	12	43	1.70
29299647--29299895	27	9.2	27	82	1	275	42	19	20	18	1.90
29300261--29300315	28	2.0	28	96	0	101	21	25	21	30	1.98
29301677--29301715	15	2.6	15	95	0	69	23	12	35	28	1.91
29308364--29308588	27	8.3	27	82	2	265	40	21	20	17	1.91
29308882--29308960	28	2.8	28	78	0	95	20	21	25	32	1.97
29317337--29317580	40	6.1	39	84	5	292	33	19	28	18	1.95
29317340--29317579	120	2.0	120	86	4	342	34	19	28	17	1.95
29322862--29322939	34	2.2	34	80	14	88	30	24	23	21	1.99
29323642--29323700	26	2.3	26	87	0	82	38	10	15	35	1.81
29331871--29331964	31	3.0	31	82	0	125	32	18	22	26	1.97
29338473--29338581	40	2.7	40	87	4	148	42	14	28	14	1.85
29338673--29338770	48	2.0	48	90	0	151	18	27	6	47	1.72
29338681--29338783	48	2.1	48	81	0	125	24	26	5	43	1.76
29342041--29342259	72	3.1	72	75	6	203	35	5	12	47	1.63
29342301--29342516	72	3.0	70	77	5	207	33	5	13	46	1.67
29344541--29344690	81	1.9	80	83	5	194	29	18	24	28	1.98
29344577--29344703	42	3.1	41	85	7	161	25	16	26	31	1.96
29345529--29345645	62	1.9	62	82	7	148	39	5	12	41	1.68
29345765--29345829	28	2.2	30	86	8	89	55	3	9	32	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29348683--29348720	6	6.3	6	100	0	76	31	52	0	15	1.43
29349037--29349097	31	1.9	32	83	3	79	42	1	8	47	1.43
29352784--29352817	17	2.0	17	94	0	59	61	14	5	17	1.52
29371065--29371172	54	2.0	54	98	0	207	28	24	21	25	1.99
29373071--29373130	11	5.5	11	75	16	54	45	1	1	51	1.21
29375280--29375310	12	2.7	12	95	5	55	87	0	12	0	0.55
29376067--29376125	31	1.9	31	89	0	91	45	3	3	47	1.36
29376815--29376850	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
29377183--29377211	6	4.8	6	100	0	58	31	17	34	17	1.93
29378593--29378827	41	5.8	40	80	5	222	22	18	25	32	1.97
29378593--29378827	82	2.9	81	82	4	276	22	18	25	32	1.97
29378798--29378957	41	3.9	41	78	4	180	31	26	18	23	1.98
29378592--29378869	82	3.4	82	80	5	199	23	19	24	31	1.98
29378591--29378859	123	2.2	122	81	5	301	23	19	25	31	1.98
29379315--29379357	15	2.9	15	86	3	61	32	0	27	39	1.57
29379349--29379400	21	2.5	21	84	9	63	21	0	40	38	1.53
29379658--29379707	15	3.4	15	72	10	50	26	0	38	36	1.57
29380513--29380628	40	2.9	40	82	11	146	31	19	21	27	1.98
29380511--29380644	40	3.3	39	78	10	135	31	20	20	28	1.97
29384964--29385190	43	5.3	43	83	2	258	24	20	27	28	1.99
29384964--29385185	86	2.6	86	88	0	327	24	20	27	27	1.99
29385629--29385749	43	2.8	43	88	1	190	20	19	28	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29385611--29385751	42	3.3	42	86	3	194	19	19	26	34	1.96
29386913--29386963	16	3.2	16	97	0	93	21	11	13	52	1.72
29387703--29387757	16	3.4	16	72	22	53	23	0	3	72	1.00
29387687--29387766	27	3.1	27	72	18	73	25	0	5	70	1.08
29387846--29388550	352	2.0	353	99	0	1403	34	17	17	30	1.93
29389721--29389750	14	2.1	14	93	0	51	46	3	13	36	1.60
29396819--29396852	7	4.9	7	100	0	68	73	0	26	0	0.83
29396978--29397306	164	2.0	162	98	1	631	39	6	32	21	1.79
29399869--29399922	17	3.2	17	94	0	99	12	24	22	40	1.89
29400374--29400581	29	7.3	29	76	10	144	36	22	19	22	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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