genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.60.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  43198478

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   

This is table  60  of  131  ( 15627 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19516292--19516566	142	1.9	142	96	0	514	26	21	19	32	1.97
19528984--19529017	16	2.0	18	88	11	54	58	2	5	32	1.37
19529074--19529132	25	2.2	28	82	17	72	62	6	6	23	1.44
19534757--19534800	19	2.4	18	82	14	54	50	6	0	43	1.29
19534757--19534801	23	2.0	23	82	8	56	48	8	0	42	1.34
19544976--19545055	39	2.1	39	95	0	142	32	16	18	32	1.93
19549696--19550014	172	1.9	171	88	4	493	38	13	20	28	1.90
19553594--19553639	20	2.3	21	81	11	60	45	13	13	28	1.80
19554820--19554850	15	2.1	15	100	0	62	35	6	12	45	1.68
19563809--19563892	42	2.0	42	97	0	159	39	11	20	28	1.88
19566135--19566222	45	2.0	45	90	4	142	34	21	18	26	1.96
19566229--19566352	51	2.4	51	85	2	160	31	27	17	23	1.97
19578094--19578168	6	12.5	6	89	0	78	66	10	0	22	1.22
19578098--19578171	9	8.2	9	90	0	85	67	12	0	20	1.22
19578094--19578168	15	5.0	15	90	0	87	66	10	0	22	1.22
19578173--19578200	3	9.3	3	100	0	56	32	35	0	32	1.58
19583902--19583974	5	15.0	5	80	13	64	30	2	4	63	1.27
19583934--19583971	19	2.0	20	94	5	69	31	5	0	63	1.17
19585498--19585581	29	2.8	29	78	12	98	33	10	0	55	1.34
19590091--19590156	5	13.2	5	79	6	62	37	3	16	42	1.64
19590091--19590151	25	2.4	25	83	5	70	36	3	16	44	1.64
19611096--19611128	13	2.6	13	90	4	50	0	18	0	81	0.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19611173--19611221	12	4.4	11	82	12	64	16	2	8	73	1.16
19611551--19611613	23	2.7	23	80	9	74	26	6	28	38	1.81
19614842--19614868	6	4.5	6	100	0	54	14	0	14	70	1.17
19652185--19653096	132	6.9	133	89	2	1277	26	24	19	30	1.98
19654185--19654709	132	4.0	132	89	0	825	24	25	19	29	1.99
19654849--19655583	395	1.9	396	90	0	1168	26	22	19	31	1.98
19654849--19655584	132	5.6	131	88	1	1051	26	23	19	30	1.98
19655575--19655829	88	2.9	88	83	1	323	21	22	26	29	1.99
19660565--19660954	195	2.0	195	97	0	735	25	24	11	38	1.88
19670788--19670847	25	2.4	25	77	5	59	43	0	3	53	1.17
19673336--19673374	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
19673492--19673520	8	3.6	8	100	0	58	24	13	27	34	1.93
19673608--19673652	23	2.0	23	100	0	90	17	22	26	33	1.96
19694149--19694214	29	2.3	29	91	0	105	18	30	28	22	1.97
19694162--19694233	29	2.5	29	81	0	72	19	33	26	20	1.97
19694982--19695010	15	1.9	15	100	0	58	44	13	0	41	1.44
19698096--19698122	11	2.5	11	100	0	54	44	18	11	25	1.83
19698630--19698707	29	2.7	28	75	13	77	55	6	8	29	1.56
19699717--19700503	37	21.5	37	76	8	505	37	14	21	26	1.92
19699716--19700503	75	10.8	74	76	8	611	37	14	21	26	1.92
19700334--19700492	71	2.3	70	81	6	178	40	16	20	23	1.91
19700685--19700836	74	2.0	75	89	1	234	42	19	11	26	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19704987--19705049	8	7.4	8	73	19	56	61	6	1	30	1.30
19705087--19705132	20	2.3	19	82	10	56	54	0	4	41	1.20
19705090--19705133	21	2.0	21	86	4	61	52	0	4	43	1.22
19706936--19707113	87	2.0	88	97	1	340	46	10	3	39	1.54
19710762--19711144	43	8.9	43	76	9	336	32	23	16	27	1.96
19710762--19711147	129	3.0	128	92	0	637	32	23	16	27	1.96
19719600--19719982	43	9.0	42	77	8	346	33	24	15	26	1.95
19719595--19719968	86	4.4	85	78	8	382	33	24	15	26	1.95
19719598--19719984	129	3.0	129	93	0	650	33	24	14	26	1.94
19723355--19723379	13	1.9	13	100	0	50	20	40	8	32	1.81
19731246--19731351	44	2.5	41	79	18	135	35	31	3	29	1.75
19731263--19731354	46	2.0	46	93	4	161	39	30	4	26	1.75
19731246--19731365	46	2.8	43	84	12	149	37	31	5	25	1.78
19731790--19731830	22	1.9	21	85	5	55	56	7	2	34	1.40
19731867--19731946	39	2.1	39	97	0	151	36	7	6	50	1.56
19732601--19733529	141	6.9	126	78	10	569	33	22	18	26	1.97
19732975--19733556	141	4.2	140	87	2	819	32	23	17	25	1.97
19736249--19736345	49	2.0	49	91	0	158	24	24	6	44	1.77
19737608--19737693	43	2.0	43	93	0	145	25	22	2	50	1.61
19748421--19748454	18	1.9	17	88	5	50	23	0	35	41	1.55
19751112--19751163	24	2.2	24	89	0	77	57	7	1	32	1.38
19752940--19752969	16	1.9	15	93	6	51	63	26	10	0	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19765139--19765385	50	4.8	50	83	5	248	27	21	28	22	1.99
19779679--19779717	18	2.2	18	90	0	60	43	2	48	5	1.38
19790707--19790779	36	2.1	35	86	2	101	41	28	12	17	1.86
19790859--19790924	18	3.7	18	75	0	60	48	25	6	19	1.72
19792803--19792888	42	2.0	42	97	0	163	36	20	0	43	1.53
19793165--19793218	21	2.6	21	96	0	99	35	11	20	33	1.88
19793363--19793409	18	2.4	20	86	10	62	29	0	4	65	1.11
19793508--19793554	18	2.4	20	86	10	62	29	0	4	65	1.11
19793294--19793729	145	3.0	145	100	0	872	33	6	8	50	1.61
19793653--19793699	18	2.4	20	86	10	62	29	0	4	65	1.11
19794862--19794918	20	2.7	21	81	8	71	66	8	3	21	1.34
19812080--19812112	17	1.9	17	100	0	66	24	12	6	57	1.57
19821569--19821598	10	3.1	10	95	4	53	70	10	10	10	1.36
19834906--19834932	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
19838056--19838200	50	2.9	50	84	0	182	24	23	31	20	1.98
19845475--19845606	50	2.6	50	86	0	174	28	23	29	18	1.98
19845870--19845908	20	2.0	20	90	10	62	56	5	23	15	1.59
19855108--19855161	25	2.2	25	86	0	72	25	12	44	16	1.84
19855795--19856137	27	12.7	27	84	2	406	39	19	17	24	1.92
19858527--19858601	33	2.2	34	88	2	107	42	13	6	37	1.70
19860367--19860405	18	2.2	18	90	9	62	5	20	2	71	1.17
19863478--19863514	18	2.1	18	100	0	74	40	5	21	32	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19864678--19866431	946	1.9	934	86	3	2536	26	16	24	33	1.95
19877833--19877943	51	2.1	53	96	3	208	28	9	17	44	1.80
19880236--19880260	11	2.3	11	100	0	50	32	8	16	44	1.76
19884155--19884261	45	2.4	45	93	4	182	35	15	8	40	1.78
19897649--19897938	41	7.0	41	84	6	305	34	14	26	23	1.94
19897777--19897881	21	5.1	21	63	9	72	31	12	30	25	1.92
19900006--19900053	6	7.8	6	92	2	78	18	29	0	52	1.46
19906875--19906899	9	2.8	9	100	0	50	24	12	0	64	1.27
19909560--19909629	35	2.0	35	91	0	113	17	7	14	61	1.54
19913079--19913150	27	2.6	27	85	8	92	30	13	26	29	1.94
19913079--19913167	27	3.2	27	79	9	81	32	13	25	28	1.94
19913302--19913387	27	3.2	27	77	9	77	41	10	19	27	1.84
19915963--19916011	21	2.2	23	85	7	66	32	12	22	32	1.91
19916066--19916278	37	5.8	37	74	6	146	28	25	25	20	1.99
19916092--19916342	111	2.3	110	83	3	299	27	23	25	22	2.00
19916216--19916412	74	2.7	74	79	3	234	28	23	24	23	2.00
19917622--19917770	74	2.0	75	98	1	291	39	4	22	33	1.73
19918454--19918525	26	2.8	26	83	6	85	15	27	23	33	1.95
19924074--19924110	17	2.2	17	100	0	74	21	5	35	37	1.77
19928564--19928623	19	3.1	20	81	11	63	58	1	3	36	1.25
19934302--19934335	7	5.1	7	92	7	54	85	0	0	14	0.60
19934305--19934334	6	4.8	6	92	8	51	86	0	0	13	0.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19934305--19934334	13	2.4	12	94	5	51	86	0	0	13	0.57
19937214--19937272	16	3.5	18	66	17	54	49	8	6	35	1.60
19937215--19937276	32	1.9	32	100	0	124	51	6	8	33	1.57
19942608--19942725	45	2.6	45	81	2	121	42	13	22	22	1.88
19942625--19942737	45	2.5	45	80	5	131	38	15	21	24	1.91
19944925--19945157	68	3.4	67	78	9	222	35	19	20	24	1.96
19954086--19954170	6	13.7	6	78	7	62	70	9	7	12	1.33
19954930--19954969	8	5.1	8	96	3	73	75	0	12	12	1.06
19954930--19954978	8	6.6	7	88	11	55	71	0	14	14	1.15
19954930--19954978	16	3.3	15	88	8	73	71	0	14	14	1.15

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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