genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.26.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  43198478

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   

This is table  26  of  131  ( 15627 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8360204--8360314	18	6.1	18	74	15	95	0	32	0	66	0.98
8360196--8360305	38	2.9	38	90	2	159	0	34	0	64	1.00
8360241--8360314	14	5.1	14	72	22	55	0	31	0	68	0.89
8360235--8360314	34	2.8	28	75	24	85	0	32	0	67	0.91
8360275--8360317	22	1.9	23	85	4	61	0	30	0	69	0.88
8360237--8360318	28	2.7	30	75	19	89	0	32	0	67	0.91
8360143--8360319	18	10.0	17	69	18	80	0	33	0	66	0.97
8360141--8360331	38	4.9	40	78	13	118	0	34	0	65	0.97
8360472--8360507	10	3.7	10	85	7	56	2	0	8	88	0.59
8360473--8360516	19	2.3	19	92	7	72	4	0	6	88	0.62
8360472--8360516	18	2.4	18	88	3	72	4	0	8	86	0.69
8360518--8360586	28	2.5	29	86	6	99	49	2	10	37	1.52
8364445--8364489	24	1.9	24	90	4	74	51	11	4	33	1.58
8368485--8368523	19	2.0	21	85	10	55	69	5	10	15	1.34
8368681--8368738	22	2.6	22	84	7	73	43	17	3	36	1.66
8368694--8368772	21	3.8	19	80	12	77	39	16	7	36	1.77
8368728--8368771	21	2.1	21	100	0	88	38	13	9	38	1.77
8369200--8369312	44	2.6	45	82	4	149	31	18	18	30	1.95
8369614--8369989	44	8.7	44	83	6	437	28	25	17	27	1.98
8369660--8369970	170	1.8	170	88	2	482	28	26	16	28	1.97
8369614--8369949	126	2.6	126	89	3	485	27	26	17	27	1.98
8369989--8370482	88	5.6	87	86	2	557	19	24	27	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8370022--8370165	44	3.3	44	61	7	103	24	26	24	25	2.00
8370242--8370385	44	3.3	44	63	14	107	18	23	31	27	1.97
8369989--8370482	176	2.8	176	85	1	677	19	24	27	28	1.99
8377475--8377529	21	2.6	21	100	0	110	38	12	10	38	1.79
8377718--8377794	15	5.1	15	75	17	61	51	2	1	44	1.23
8381023--8381061	19	1.9	19	85	10	51	66	5	12	15	1.41
8381222--8381279	22	2.6	22	84	7	73	43	17	3	36	1.66
8381235--8381313	21	3.8	19	80	12	77	39	16	7	36	1.77
8381269--8381312	21	2.1	21	100	0	88	38	13	9	38	1.77
8381495--8381564	15	4.6	15	72	19	56	48	2	1	47	1.25
8383132--8383605	236	2.0	236	99	0	930	29	18	11	40	1.86
8396790--8397008	109	2.0	110	99	0	431	47	5	8	39	1.57
8397028--8397058	15	2.1	15	100	0	62	41	12	19	25	1.87
8399744--8399783	21	2.0	20	85	5	53	42	32	2	22	1.67
8401316--8401561	121	2.0	121	87	0	350	35	9	26	28	1.87
8401528--8401572	22	2.0	22	83	8	56	44	8	35	11	1.71
8403638--8403698	28	2.1	28	79	8	70	49	13	9	27	1.73
8404266--8404329	27	2.4	27	81	5	76	32	23	18	25	1.97
8420102--8420170	4	17.0	4	77	16	63	1	23	2	72	1.06
8420103--8420172	33	2.1	34	89	2	106	1	21	2	74	1.03
8420311--8420401	46	2.0	46	91	0	146	30	16	5	47	1.69
8425173--8425299	63	2.0	64	98	1	247	59	7	4	27	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8438098--8438158	20	3.2	18	71	11	59	62	3	13	21	1.45
8438098--8438159	19	3.2	19	68	19	56	62	3	12	20	1.43
8438090--8438198	39	2.8	38	86	8	132	61	5	13	19	1.51
8438476--8438546	20	3.5	20	71	19	67	56	12	14	16	1.68
8438510--8438590	20	3.9	20	75	12	65	49	8	16	25	1.74
8439120--8439164	20	2.2	20	84	7	56	62	4	13	20	1.48
8439315--8439386	20	3.6	20	81	7	92	58	5	15	20	1.57
8439467--8439574	57	1.9	56	94	1	189	35	8	3	52	1.49
8439582--8439622	21	2.0	21	85	0	55	48	4	0	46	1.23
8442179--8442209	15	2.1	15	100	0	62	29	0	25	45	1.54
8460206--8460237	6	5.3	6	96	0	55	15	3	50	31	1.60
8463010--8463113	52	2.0	53	82	1	129	34	15	16	33	1.90
8464519--8464585	30	2.2	31	86	2	100	61	0	2	35	1.12
8464568--8464613	10	4.9	10	77	22	55	67	0	0	32	0.91
8464538--8464611	17	4.0	18	75	23	73	62	0	1	36	1.04
8464610--8464635	11	2.4	11	100	0	52	53	0	7	38	1.30
8464556--8464651	50	1.9	49	83	6	122	63	0	3	33	1.10
8469203--8469306	52	2.0	53	80	1	120	35	17	15	31	1.91
8472538--8472585	23	2.1	23	84	7	62	39	6	0	54	1.26
8474027--8474089	30	2.1	30	93	0	108	57	17	3	22	1.54
8481906--8481936	10	3.1	10	100	0	62	58	0	9	32	1.31
8482170--8482218	25	2.0	25	84	15	66	46	6	6	40	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8494408--8494972	281	2.0	281	87	2	803	21	23	17	37	1.94
8495538--8495575	19	2.0	19	89	0	58	44	28	5	21	1.73
8495800--8496021	110	2.0	111	99	0	437	51	9	8	31	1.63
8504433--8504547	29	4.2	29	64	18	75	48	5	3	42	1.42
8504400--8504561	80	2.0	81	98	1	317	44	6	4	44	1.50
8506205--8506240	11	3.3	11	100	0	72	16	16	8	58	1.61
8514346--8514589	45	5.5	45	98	0	456	25	22	17	33	1.96
8516602--8516649	21	2.3	21	74	0	51	43	10	6	39	1.64
8517539--8517584	23	2.0	23	91	8	76	39	21	8	30	1.84
8521215--8521251	16	2.3	16	100	0	74	43	13	21	21	1.87
8523524--8523558	16	2.2	16	89	0	52	42	0	0	57	0.99
8524381--8524421	3	13.3	3	94	5	73	31	2	0	65	1.05
8524894--8525045	60	2.5	60	78	8	148	54	11	12	21	1.69
8526034--8526082	9	5.4	9	92	0	80	44	22	8	24	1.79
8526399--8526450	18	2.7	19	82	5	61	23	17	19	40	1.91
8530336--8530512	42	4.2	43	86	2	223	24	17	29	27	1.97
8530667--8530951	107	2.7	107	90	3	448	37	7	17	37	1.78
8536928--8536996	16	4.3	16	96	0	129	39	5	34	20	1.76
8536976--8537086	45	2.5	45	88	5	156	30	4	29	35	1.77
8541724--8542090	137	2.7	137	95	1	655	26	13	13	46	1.80
8542191--8542242	25	2.1	25	96	0	95	13	26	15	44	1.84
8543969--8544020	16	3.2	16	84	10	70	34	34	0	30	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8546613--8546673	30	2.1	29	82	8	72	34	8	4	52	1.53
8546698--8546769	21	3.3	21	75	9	72	45	1	2	50	1.25
8558588--8558627	21	1.9	21	84	0	53	0	35	2	62	1.09
8558632--8558686	18	3.2	18	75	17	62	5	12	5	76	1.13
8562174--8562222	25	2.0	25	84	8	64	18	28	16	36	1.92
8565450--8565560	34	3.3	34	72	5	98	28	18	17	36	1.93
8568158--8568206	5	9.8	5	97	0	89	42	0	16	40	1.48
8569881--8569934	27	2.0	27	96	0	99	53	3	3	38	1.36
8571870--8571934	28	2.4	28	92	2	105	44	9	0	46	1.35
8571870--8571942	28	2.6	28	85	6	87	47	10	0	41	1.39
8582346--8582381	18	2.0	18	89	10	56	33	2	2	61	1.25
8595230--8595388	79	2.0	80	97	1	302	38	2	17	40	1.63
8595616--8595657	20	2.0	21	86	4	59	66	4	7	21	1.35
8597463--8597523	21	2.9	21	90	0	95	22	9	37	29	1.87
8604781--8604880	49	2.0	49	86	0	137	28	25	19	28	1.98
8609316--8609341	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
8620364--8620416	22	2.4	22	80	0	61	18	28	1	50	1.57
8620434--8620490	25	2.3	23	82	8	60	28	5	5	61	1.39
8621061--8621096	15	2.3	16	90	4	56	25	0	2	72	0.98
8644229--8644287	19	3.1	19	87	2	73	10	25	23	40	1.86
8644246--8644327	19	4.2	19	78	10	85	8	25	25	40	1.84
8648537--8648605	30	2.3	30	90	2	104	39	7	10	43	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8653314--8653354	21	2.0	21	90	0	64	58	21	14	4	1.55
8656239--8656411	69	2.5	69	83	3	222	36	19	20	23	1.95
8661453--8661503	24	2.1	25	85	3	68	17	27	21	33	1.96
8661464--8661516	24	2.2	24	82	0	61	18	26	22	32	1.97
8672422--8672470	6	8.0	6	90	4	71	48	51	0	0	1.00
8672621--8672675	24	2.3	24	78	15	60	45	10	38	5	1.63
8675862--8675911	22	2.3	22	85	0	64	22	8	2	68	1.26
8677909--8677936	2	14.0	2	100	0	56	0	50	0	50	1.00
8688289--8688337	23	2.0	25	84	7	66	46	0	8	44	1.33
8688961--8688990	15	2.0	15	93	0	51	53	23	13	10	1.69

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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