genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.65.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  43198478

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   

This is table  65  of  131  ( 15627 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21661947--21662014	27	2.5	27	87	0	100	14	26	30	27	1.95
21662085--21662153	27	2.6	27	86	2	95	47	0	7	44	1.30
21663052--21663501	224	2.0	225	99	0	893	48	7	9	34	1.65
21680883--21680922	17	2.3	18	83	12	57	40	10	0	50	1.36
21682292--21682529	50	4.7	50	80	3	217	28	21	27	23	1.99
21684616--21684650	18	2.0	18	94	5	63	11	31	22	34	1.90
21690935--21690979	23	1.9	24	81	4	56	17	13	6	62	1.52
21691729--21691773	22	2.0	22	83	8	56	77	8	13	0	0.98
21692251--21692334	21	4.0	21	78	4	80	16	20	26	36	1.93
21695807--21695891	22	4.0	21	67	18	59	67	10	10	11	1.44
21698741--21698790	20	2.5	20	86	3	64	52	0	4	44	1.20
21699260--21699294	15	2.2	16	90	5	54	51	0	0	48	1.00
21707763--21707867	53	2.0	53	98	0	201	38	24	22	14	1.92
21708532--21708561	15	2.1	14	93	6	51	50	16	0	33	1.46
21708531--21708568	11	3.6	11	82	13	53	47	15	0	36	1.46
21709261--21709296	18	2.0	18	94	0	63	30	25	5	38	1.78
21709262--21709303	18	2.3	18	87	0	57	30	23	2	42	1.67
21709660--21709784	62	2.0	60	84	6	162	37	5	9	47	1.60
21712799--21713298	126	4.0	125	89	0	712	28	16	16	39	1.90
21712799--21713299	251	2.0	252	88	1	745	28	16	16	38	1.90
21713404--21713529	34	3.7	33	81	7	128	46	13	0	39	1.49
21729364--21729602	51	4.7	51	79	4	252	26	17	25	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21729364--21729603	101	2.4	101	85	4	331	26	17	25	30	1.97
21729364--21729639	101	2.7	100	79	9	308	26	16	26	30	1.96
21732188--21732240	25	2.2	24	82	3	61	16	24	22	35	1.95
21733097--21733180	26	3.3	26	63	9	73	38	13	20	28	1.90
21733092--21733193	51	2.0	51	100	0	204	35	11	21	31	1.90
21736934--21737007	7	10.6	7	83	0	76	17	0	29	52	1.45
21736934--21737000	28	2.4	28	87	0	89	16	0	31	52	1.44
21736934--21737032	7	14.0	7	78	6	56	19	0	34	46	1.50
21737162--21737203	14	2.9	14	77	19	50	28	0	28	42	1.56
21737195--21737271	14	5.4	14	73	3	64	19	0	40	40	1.52
21737195--21737267	28	2.6	28	82	6	76	19	0	42	38	1.51
21737202--21737271	21	3.3	21	80	9	70	20	0	41	38	1.52
21737670--21737718	19	2.5	19	90	3	71	69	6	8	16	1.33
21737795--21737873	42	1.9	41	84	2	104	36	16	21	25	1.94
21741213--21741346	43	3.1	44	84	4	157	27	13	23	35	1.92
21741597--21741659	32	2.0	32	83	0	81	41	6	9	42	1.63
21741899--21741935	17	2.3	17	86	9	51	43	0	2	54	1.14
21748910--21748991	29	2.8	29	83	5	94	39	9	23	28	1.86
21748938--21749114	29	6.2	29	75	12	116	38	14	22	23	1.91
21756099--21756325	87	2.6	88	86	2	305	37	12	26	23	1.90
21756114--21756343	29	7.9	29	81	3	239	36	12	27	23	1.90
21757354--21757384	13	2.4	13	94	0	53	0	16	48	35	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21761285--21761318	9	3.8	9	88	0	50	55	2	0	41	1.15
21761309--21761342	17	1.9	18	88	5	52	38	5	2	52	1.41
21764454--21764488	18	1.9	18	88	0	52	17	37	11	34	1.85
21765333--21765373	18	2.3	18	86	0	55	46	17	0	36	1.48
21768350--21768383	18	1.9	17	88	5	50	70	11	5	11	1.32
21774886--21774920	12	2.9	12	86	0	52	14	14	45	25	1.82
21793122--21793509	130	3.0	130	93	4	689	33	11	26	29	1.91
21796976--21797036	28	2.2	28	96	0	113	9	32	3	54	1.50
21806131--21806190	26	2.3	27	88	2	86	28	13	31	26	1.94
21827383--21827474	43	2.1	43	81	0	112	18	26	27	28	1.98
21830674--21830732	29	2.0	30	93	3	102	50	11	6	30	1.65
21839075--21839137	23	2.7	24	73	4	67	33	19	17	30	1.95
21840644--21840745	52	1.9	53	88	2	152	27	28	11	32	1.92
21841836--21841900	17	4.0	16	72	11	53	61	0	1	36	1.05
21842254--21842289	19	1.9	18	88	5	54	38	0	5	55	1.23
21842506--21842598	20	4.8	19	71	18	68	60	4	1	34	1.24
21842505--21842622	37	3.1	37	74	19	91	59	4	0	35	1.23
21842602--21842660	20	3.0	20	80	9	59	57	5	0	37	1.21
21856037--21856089	27	2.0	27	96	0	97	32	11	16	39	1.85
21858100--21858156	29	1.9	30	89	3	89	10	36	26	26	1.89
21869937--21869974	6	6.3	6	100	0	76	50	34	0	15	1.45
21874733--21874784	26	2.0	26	88	0	77	30	13	28	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21881132--21881211	37	2.1	38	81	2	90	66	6	5	22	1.34
21882119--21882147	14	2.1	14	100	0	58	27	6	37	27	1.82
21893115--21893165	21	2.5	20	76	14	52	54	1	1	41	1.22
21893910--21893949	19	2.2	19	86	4	55	50	5	0	45	1.23
21908662--21908811	41	3.7	41	89	0	219	24	27	18	30	1.98
21910116--21910156	20	2.0	20	95	0	73	53	21	4	19	1.63
21912078--21912109	15	2.1	15	94	0	55	15	6	6	71	1.26
21919627--21919657	8	3.8	8	95	4	53	22	12	0	64	1.27
21922518--21922750	24	9.4	25	69	14	87	20	24	21	33	1.97
21924112--21924403	50	5.7	50	81	5	284	23	27	22	26	2.00
21925434--21925461	14	2.0	14	100	0	56	42	0	7	50	1.30
21926514--21926552	15	2.6	16	84	12	55	56	2	10	30	1.46
21928172--21928212	16	2.5	17	76	15	50	19	0	7	73	1.07
21928248--21928275	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
21929998--21930570	3	191.0	3	100	0	1146	33	0	0	66	0.92
21931628--21931691	28	2.3	28	78	10	78	25	14	12	48	1.78
21936552--21936747	25	7.9	24	69	14	96	34	22	24	17	1.96
21936555--21936695	73	1.9	73	82	2	176	34	23	24	17	1.96
21936659--21936749	26	3.5	27	79	7	100	34	21	24	19	1.97
21941242--21941291	20	2.5	20	96	0	91	36	0	12	52	1.39
21944702--21944806	51	2.1	50	92	1	174	42	20	10	26	1.84
21945062--21945515	227	2.0	227	97	0	863	33	19	24	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21949957--21950021	32	2.0	33	93	3	114	47	6	18	27	1.72
21950967--21950992	3	8.7	3	100	0	52	0	34	0	65	0.93
21956024--21956074	26	2.0	26	84	7	68	43	3	29	23	1.72
21957497--21957543	19	2.6	18	83	6	60	70	0	4	25	1.05
21958543--21958584	18	2.3	18	100	0	84	7	21	50	21	1.72
21959079--21959422	128	2.7	127	88	1	483	27	21	18	32	1.96
21959119--21959420	44	7.1	44	67	10	187	28	21	18	32	1.97
21959414--21959772	50	7.2	50	66	5	183	26	22	20	30	1.98
21959414--21959778	100	3.7	98	81	7	418	26	22	20	30	1.99
21961161--21961229	21	3.3	20	67	18	52	23	28	11	36	1.90
21961120--21961240	42	2.9	42	88	4	165	23	28	12	34	1.91
21961371--21961437	23	2.9	22	75	22	57	13	5	8	71	1.29
21961377--21961419	15	2.6	16	82	14	52	11	4	9	74	1.20
21961377--21961419	8	5.2	8	84	15	61	11	4	9	74	1.20
21961354--21961419	7	9.0	7	82	14	55	13	3	7	75	1.13
21965932--21965957	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
21980534--21980604	34	2.1	34	89	5	108	22	0	26	50	1.49
21981140--21981244	40	2.6	41	74	5	108	34	20	25	19	1.96
21981301--21981539	41	5.8	41	80	5	261	17	25	23	33	1.96
21981301--21981500	82	2.4	81	90	3	310	17	26	23	34	1.96
21981301--21981539	82	2.9	81	82	8	295	17	25	23	33	1.96
21982579--21982755	43	4.2	43	84	5	234	25	22	20	32	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21982579--21982755	85	2.1	85	86	2	239	25	22	20	32	1.98
21991379--21991426	17	2.7	18	74	6	62	41	4	27	27	1.74
21995404--21995462	18	3.1	18	75	13	64	10	13	38	37	1.79
21995404--21995473	21	3.5	20	77	12	74	10	11	41	37	1.75
21996143--21996197	28	2.0	28	88	0	83	45	18	7	29	1.76
21996192--21996275	22	3.4	25	73	20	86	55	9	4	29	1.52
21996163--21996431	48	5.6	48	76	9	262	50	14	5	28	1.66
21996168--21996421	26	10.5	26	66	17	109	51	14	5	28	1.65
21996148--21996527	143	2.7	143	94	0	643	49	16	6	27	1.70
21996291--21996344	28	2.0	27	86	10	76	46	16	7	29	1.74

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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