genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.69.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  43198478

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   

This is table  69  of  131  ( 15627 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23028822--23029029	50	4.2	50	81	2	202	28	12	20	37	1.90
23028844--23029035	25	7.7	25	79	6	129	26	13	21	38	1.91
23028846--23029034	75	2.5	75	80	6	204	26	13	21	38	1.91
23031430--23031492	27	2.3	28	86	2	83	26	28	22	22	1.99
23032147--23032685	268	2.0	268	90	0	844	34	12	19	33	1.89
23033253--23033304	19	2.7	19	79	8	61	59	3	0	36	1.16
23033316--23033356	18	2.3	18	87	8	57	73	2	2	21	1.07
23034198--23034257	11	5.5	11	80	5	59	31	1	3	63	1.20
23040473--23040512	19	2.0	20	90	4	64	32	0	5	62	1.17
23040859--23040898	13	2.9	14	85	11	55	85	2	12	0	0.71
23040859--23040898	19	2.0	20	90	4	64	85	2	12	0	0.71
23041508--23041560	22	2.4	22	90	0	88	41	9	20	28	1.83
23044821--23044907	43	2.0	43	100	0	174	56	6	16	20	1.63
23045038--23045083	24	2.0	24	82	4	58	36	0	4	58	1.18
23045658--23045728	34	2.1	34	100	0	142	49	8	8	33	1.63
23050123--23050154	15	2.0	17	88	11	50	43	3	6	46	1.44
23057844--23057902	17	3.5	17	73	13	59	54	1	1	42	1.20
23071210--23071242	17	1.9	17	100	0	66	24	27	6	42	1.78
23072340--23072450	54	2.1	54	100	0	222	26	16	5	52	1.65
23076568--23076605	19	2.0	20	89	5	60	44	0	0	55	0.99
23077544--23077617	28	2.6	28	89	2	103	29	16	10	43	1.82
23078689--23078886	68	3.1	68	64	20	188	56	6	20	17	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23078641--23078892	125	2.0	126	99	0	497	58	5	18	17	1.57
23079600--23079671	33	2.2	33	87	7	103	26	0	12	61	1.32
23079867--23079946	30	2.8	29	81	7	92	62	2	0	35	1.09
23079878--23079935	20	2.8	19	84	10	62	60	3	0	36	1.14
23079864--23079944	10	8.5	10	70	14	55	64	2	0	33	1.07
23081505--23081738	112	2.1	113	98	1	452	35	7	9	47	1.66
23082150--23082202	19	3.0	17	78	10	61	35	9	18	35	1.84
23082174--23082218	23	2.0	23	91	4	74	37	4	17	40	1.70
23082184--23082228	23	2.0	23	86	4	65	33	4	15	46	1.66
23082394--23082438	22	2.1	22	83	4	56	15	6	4	73	1.21
23082661--23082700	3	13.3	3	84	10	55	32	0	0	67	0.91
23082645--23082699	15	3.7	15	74	16	53	30	0	1	67	1.01
23082647--23082698	12	4.1	12	80	14	52	28	0	1	69	0.99
23087036--23087065	16	1.9	15	93	6	51	86	0	13	0	0.57
23088335--23088536	44	4.6	44	67	10	133	28	19	26	24	1.99
23088324--23088609	133	2.2	133	96	0	527	29	22	24	23	1.99
23088678--23089367	44	15.9	42	71	14	307	30	20	22	27	1.98
23088601--23089092	173	2.8	172	84	4	510	28	19	22	28	1.98
23088601--23089265	217	3.1	215	81	5	666	29	20	22	27	1.98
23088816--23089095	84	3.3	82	71	12	249	28	20	22	28	1.99
23088720--23089184	173	2.7	170	84	7	591	28	20	23	27	1.99
23088893--23089402	217	2.4	217	83	2	569	30	20	21	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23088599--23089441	390	2.2	390	84	2	1093	29	19	22	28	1.98
23089713--23089774	21	3.1	21	88	9	94	40	8	14	37	1.76
23089725--23089808	19	4.0	22	77	16	72	38	7	16	38	1.76
23089992--23090036	23	2.0	23	81	0	54	22	0	15	62	1.33
23093058--23093112	28	2.0	27	92	3	92	45	0	0	54	0.99
23095646--23095697	21	2.6	19	77	16	52	51	9	15	23	1.72
23096702--23096758	26	2.2	26	87	6	80	21	28	8	42	1.82
23099321--23099372	16	3.3	15	77	15	52	75	1	5	17	1.10
23106622--23106663	20	2.1	20	95	0	75	23	11	26	38	1.90
23113950--23113983	16	2.1	17	94	5	61	35	17	5	41	1.74
23118790--23118825	16	2.3	16	90	4	56	72	0	0	27	0.85
23119302--23119393	19	4.8	19	86	0	139	38	17	8	35	1.81
23119279--23119393	38	2.9	38	88	5	158	39	17	7	35	1.79
23119279--23119393	19	5.8	19	83	4	131	39	17	7	35	1.79
23122183--23122233	6	9.2	6	83	12	56	31	3	13	50	1.60
23122183--23122233	11	4.6	12	72	18	56	31	3	13	50	1.60
23122179--23122230	27	1.9	27	100	0	104	30	5	11	51	1.61
23132878--23132928	25	2.0	25	96	0	93	33	7	13	45	1.73
23134323--23134357	10	3.6	10	92	3	54	62	5	0	31	1.18
23136616--23136980	182	2.0	183	99	0	723	37	13	20	28	1.91
23146637--23146702	32	2.0	33	85	2	89	33	7	24	34	1.84
23151728--23151860	50	2.6	50	79	3	151	24	21	26	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23151921--23152009	45	2.0	45	90	0	142	23	16	25	33	1.96
23165757--23165789	17	1.9	17	93	0	57	27	24	21	27	1.99
23166798--23166992	69	2.8	69	85	1	266	35	17	23	23	1.95
23169554--23169586	14	2.3	15	89	5	50	0	24	0	75	0.80
23171793--23171885	25	3.7	25	73	0	96	30	21	21	26	1.98
23177136--23177184	19	2.6	18	75	12	53	46	8	2	42	1.45
23181940--23182430	244	2.0	244	98	0	955	27	16	29	26	1.97
23185824--23185865	18	2.4	18	88	4	59	69	4	0	26	1.08
23185812--23185875	25	2.6	26	82	7	71	68	4	1	25	1.17
23186541--23186590	16	3.2	15	86	8	64	30	0	0	70	0.88
23186557--23186590	8	4.4	8	92	7	61	26	0	0	73	0.83
23189977--23190098	63	1.9	63	93	3	210	37	10	7	44	1.67
23190805--23190854	26	2.0	26	92	4	84	30	2	0	68	1.01
23195405--23195693	143	2.0	145	98	1	564	32	11	11	44	1.76
23202064--23202122	23	2.6	23	76	10	66	27	22	22	28	1.99
23205855--23205900	23	2.0	23	95	0	83	36	13	30	19	1.90
23211333--23211357	13	1.9	13	100	0	50	16	0	16	68	1.22
23214146--23214240	25	3.8	25	75	5	93	25	18	24	31	1.98
23221785--23221899	49	2.3	49	82	5	126	23	22	33	20	1.98
23222246--23222300	26	2.1	26	83	12	69	25	16	29	29	1.97
23245517--23245624	53	2.0	53	90	0	171	24	26	33	15	1.95
23249184--23249415	27	8.6	27	82	0	221	21	19	19	40	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23250045--23250077	14	2.4	14	94	0	57	15	42	0	42	1.46
23257882--23257959	36	2.2	36	92	0	129	52	8	3	34	1.51
23265118--23265259	25	5.7	25	74	9	119	29	17	22	30	1.97
23265120--23265259	50	2.8	50	85	4	192	29	17	22	30	1.97
23293042--23293071	11	2.6	11	94	5	51	40	10	16	33	1.82
23294173--23294360	50	3.8	50	85	0	250	26	21	30	21	1.98
23297705--23297734	11	2.6	11	94	5	51	40	10	16	33	1.82
23300242--23301128	456	1.9	456	88	1	1314	35	17	18	28	1.93
23310431--23310506	37	2.1	37	100	0	152	23	27	21	27	1.99
23312178--23312348	84	2.0	87	82	4	213	37	21	8	32	1.83
23312686--23312763	9	8.4	9	75	10	61	25	1	1	71	1.01
23312696--23312789	28	3.4	28	78	11	95	29	2	1	67	1.10
23312703--23312789	27	3.1	28	73	11	79	29	2	1	66	1.11
23312734--23312772	17	2.3	18	82	13	55	23	5	0	71	1.05
23312695--23312807	54	2.1	56	80	6	124	30	1	1	65	1.13
23312832--23312861	9	3.2	9	90	9	51	23	0	0	76	0.78
23312874--23313185	95	3.5	88	78	7	313	30	9	21	37	1.86
23312980--23313185	88	2.3	88	86	4	283	31	10	22	35	1.88
23316320--23316408	38	2.3	38	90	0	133	17	17	28	35	1.94
23333598--23334445	449	1.9	448	95	0	1536	33	15	16	34	1.91
23345421--23345452	16	2.0	16	93	0	55	25	15	0	59	1.36
23345749--23345991	43	5.7	43	79	4	224	30	29	17	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23346966--23346992	5	5.4	5	100	0	54	81	0	0	18	0.69
23347557--23347583	14	1.9	14	100	0	54	51	0	7	40	1.30
23350123--23350180	27	2.1	27	87	6	82	43	17	1	37	1.59
23351116--23351197	26	3.2	26	62	19	64	34	26	13	25	1.93
23354241--23354273	15	2.2	15	94	0	57	30	21	6	42	1.77
23356427--23356458	17	1.9	17	93	6	57	0	12	6	81	0.87
23356746--23357194	150	3.1	148	88	5	678	42	4	10	42	1.59
23373224--23373269	23	2.0	23	95	0	83	43	8	15	32	1.77
23374476--23374527	20	2.6	20	93	0	86	50	0	28	21	1.49
23378935--23378997	33	1.9	33	83	6	83	7	26	0	65	1.20

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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