genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.77.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  43198478

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   

This is table  77  of  131  ( 15627 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25692241--25692533	145	2.0	147	97	2	556	43	10	4	42	1.57
25702294--25702333	21	1.9	21	94	0	71	60	12	12	15	1.60
25704588--25704625	20	1.9	20	88	0	58	47	7	7	36	1.62
25705009--25705050	17	2.5	17	84	0	57	23	21	0	54	1.44
25714383--25714432	25	2.0	25	100	0	100	44	8	24	24	1.80
25722694--25722720	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
25740833--25740874	21	2.0	21	100	0	84	33	9	23	33	1.87
25742909--25742940	15	2.2	15	94	5	57	65	0	3	31	1.08
25757187--25757373	45	4.2	45	78	8	157	25	13	26	34	1.93
25757183--25757346	90	1.8	90	85	2	231	25	13	25	35	1.92
25777381--25777426	3	15.3	3	100	0	92	67	0	0	32	0.91
25778250--25778409	81	2.0	81	85	2	214	32	12	13	41	1.82
25782173--25782248	11	7.1	11	71	16	61	47	1	1	50	1.18
25782179--25782248	6	12.0	6	72	22	60	48	0	1	50	1.09
25782172--25782247	17	4.4	16	80	15	89	47	1	1	50	1.18
25789828--25789890	30	2.1	30	90	0	99	25	19	28	26	1.98
25789825--25789911	28	3.0	29	83	6	97	28	19	25	26	1.99
25790273--25790576	27	11.3	25	81	9	189	18	18	19	43	1.88
25790273--25790564	81	3.6	81	81	5	342	18	18	19	42	1.89
25790273--25790576	54	5.6	53	79	6	317	18	18	19	43	1.88
25790766--25790798	17	2.0	17	88	5	50	21	42	21	15	1.89
25796771--25796841	30	2.4	30	76	2	72	38	8	12	40	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25802989--25803013	12	2.1	12	100	0	50	36	24	0	40	1.55
25816086--25816135	25	2.0	25	84	7	66	12	18	20	50	1.78
25816699--25816728	12	2.5	12	94	0	51	60	10	3	26	1.45
25816642--25816853	67	3.1	67	89	2	309	50	6	10	33	1.63
25816812--25816856	21	2.1	21	84	8	56	48	2	8	40	1.47
25819069--25819174	44	2.5	41	77	18	126	35	30	3	30	1.75
25819086--25819177	46	2.0	46	93	4	161	39	30	4	26	1.75
25819090--25819188	46	2.2	44	89	7	146	40	31	6	22	1.78
25836849--25836907	19	3.1	20	76	11	70	67	3	0	28	1.06
25836976--25837037	32	2.0	32	90	3	99	38	8	11	41	1.70
25869070--25869326	67	3.8	67	85	5	324	32	15	27	24	1.95
25871257--25871329	27	2.7	26	80	4	65	39	16	21	21	1.92
25871285--25871341	27	2.1	27	90	0	87	35	22	24	17	1.95
25877637--25877686	20	2.5	20	86	0	73	38	8	28	26	1.84
25883412--25883975	70	8.1	69	76	7	422	31	24	18	25	1.98
25883461--25883978	140	3.7	138	79	2	489	31	24	18	26	1.98
25887108--25887158	20	2.5	20	81	9	68	35	7	27	29	1.85
25893362--25893392	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
25898596--25898922	162	2.0	162	95	0	591	35	7	11	44	1.69
25900187--25900282	29	3.3	29	92	0	147	31	23	23	20	1.98
25923672--25923720	20	2.5	20	79	0	62	6	28	20	44	1.75
25923676--25923737	25	2.5	25	87	7	90	6	24	20	48	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25923685--25923746	25	2.5	25	87	10	74	4	25	17	51	1.65
25936387--25936432	23	2.0	23	91	0	74	28	10	32	28	1.91
25938727--25939079	86	4.1	86	100	0	706	32	28	18	20	1.96
25940421--25941057	86	7.4	86	100	0	1274	31	29	17	21	1.96
25943188--25943233	23	2.0	23	91	0	74	28	10	32	28	1.91
25953277--25953368	45	2.0	45	97	0	175	17	25	22	34	1.96
25956337--25956383	19	2.5	19	92	0	76	42	12	29	14	1.83
25956577--25956610	15	2.3	15	100	0	68	52	0	20	26	1.46
25962560--25962593	12	2.8	13	86	13	54	50	0	0	50	1.00
25962204--25963773	797	2.0	787	93	4	2696	38	10	12	37	1.79
25963313--25963388	12	6.2	12	71	20	52	56	1	0	42	1.07
25963313--25963388	24	3.1	25	81	5	84	56	1	0	42	1.07
25980678--25981180	226	2.2	226	98	0	979	35	8	20	35	1.83
25981130--25981256	41	3.1	41	84	0	182	28	16	29	25	1.97
25984305--25984354	18	2.6	19	90	9	75	44	8	18	30	1.78
25987832--25987862	7	4.4	7	100	0	62	45	0	12	41	1.42
25991536--25991620	3	28.3	3	100	0	170	67	0	32	0	0.91
26002198--26002258	27	2.3	27	82	5	70	65	3	3	27	1.24
26021065--26021187	27	4.6	27	85	0	120	26	24	15	33	1.95
26022940--26022976	16	2.3	16	90	0	56	37	0	24	37	1.56
26023105--26023936	266	3.1	266	94	1	1506	37	18	12	31	1.88
26026557--26026625	21	3.3	21	81	0	84	23	28	27	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26026589--26026638	21	2.4	21	79	0	55	24	30	30	16	1.96
26026773--26026907	65	2.1	65	100	0	270	30	29	20	19	1.97
26026829--26027040	105	2.0	106	99	0	417	24	33	22	19	1.97
26027744--26027783	20	2.0	20	100	0	80	45	25	0	30	1.54
26030316--26030364	25	2.0	25	88	8	73	32	2	0	65	1.04
26033401--26033425	11	2.3	11	100	0	50	40	8	16	36	1.77
26036867--26036923	28	2.1	27	93	3	96	29	21	12	36	1.90
26036862--26036917	28	2.0	28	96	0	103	33	21	8	35	1.85
26043048--26043097	26	2.0	25	84	4	64	28	28	16	28	1.97
26044360--26044396	18	2.1	18	100	0	74	29	27	16	27	1.97
26047630--26047682	21	2.4	22	87	6	72	47	1	18	32	1.60
26047948--26048013	26	2.5	26	80	9	80	40	13	15	30	1.85
26050174--26050247	36	2.1	36	100	0	148	56	8	21	13	1.63
26061661--26061751	38	2.4	38	84	0	110	35	15	18	30	1.92
26062599--26062641	18	2.3	20	80	15	56	65	4	23	6	1.37
26068679--26068720	22	1.9	22	95	0	75	35	2	16	45	1.61
26080559--26080605	22	2.1	22	84	11	60	36	0	6	57	1.24
26097729--26097766	17	2.2	17	86	9	51	21	0	2	76	0.91
26106623--26106660	19	2.0	19	85	10	51	50	15	13	21	1.78
26117287--26117330	23	1.9	23	86	9	63	50	11	4	34	1.59
26118685--26118726	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
26129015--26129129	56	2.2	53	83	9	137	26	19	30	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26134442--26134477	18	2.0	18	94	0	63	38	5	19	36	1.75
26134595--26134832	123	1.9	124	90	0	379	41	8	15	34	1.78
26134871--26134899	12	2.3	13	94	5	51	48	0	0	51	1.00
26148935--26149033	23	4.3	23	75	6	94	37	23	16	23	1.93
26150428--26150464	17	2.2	17	95	0	65	13	43	8	35	1.74
26153570--26153638	29	2.4	29	88	9	97	30	7	11	50	1.65
26158862--26158958	35	2.8	35	87	0	113	25	14	16	43	1.86
26160346--26160397	16	3.5	15	79	7	61	40	13	13	32	1.83
26166563--26166595	16	2.1	16	88	11	50	42	15	12	30	1.83
26167264--26167491	113	2.0	114	98	1	440	37	16	9	35	1.82
26168599--26168727	68	1.9	68	91	0	213	27	22	17	32	1.96
26177870--26177931	26	2.4	26	76	12	67	32	0	3	64	1.09
26179894--26179947	29	2.0	26	82	17	65	18	5	7	68	1.33
26184252--26184323	27	2.7	27	73	0	81	26	34	30	8	1.86
26184561--26184768	76	2.6	78	76	11	219	34	4	11	49	1.59
26188495--26189093	152	3.9	154	87	5	840	30	10	8	50	1.67
26189027--26189062	16	2.1	18	90	10	58	22	5	5	66	1.34
26188504--26189093	305	1.9	304	90	3	947	30	10	8	50	1.67
26189336--26189389	26	2.0	27	85	3	74	55	7	3	33	1.45
26189478--26189522	20	2.2	20	92	0	72	0	33	0	66	0.92
26189445--26189530	21	4.0	20	68	19	64	0	34	0	65	0.93
26189496--26189552	13	4.1	13	78	13	60	0	35	0	64	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26189470--26189544	20	3.8	20	72	19	59	0	33	0	66	0.92
26192427--26192454	14	2.0	14	100	0	56	21	0	42	35	1.53
26193068--26193244	87	2.0	88	98	1	347	38	7	7	45	1.63
26194151--26194195	23	2.0	22	83	12	56	15	4	24	55	1.59
26196458--26196492	11	3.1	11	91	4	52	82	0	8	8	0.83
26198483--26198559	30	2.6	28	78	8	82	10	18	7	63	1.49
26198566--26198607	16	2.6	17	81	7	52	38	4	4	52	1.44
26198840--26198870	15	2.1	15	93	0	53	19	16	6	58	1.59
26198847--26198899	21	2.4	20	82	17	61	26	15	3	54	1.57
26198920--26199358	112	4.0	111	90	2	616	31	15	18	34	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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