genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.84.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  43198478

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
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          129   130   131   

This is table  84  of  131  ( 15627 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28125202--28125271	29	2.4	29	82	2	86	40	11	22	25	1.88
28126517--28126556	20	2.0	21	85	5	55	27	5	17	50	1.67
28132378--28132480	40	2.6	41	83	10	131	43	24	10	21	1.84
28134104--28134168	32	2.0	32	85	5	87	44	12	3	40	1.57
28136429--28136506	23	3.4	23	90	0	120	8	3	39	47	1.53
28149073--28149125	18	3.0	18	71	13	56	41	13	15	30	1.85
28149073--28149146	36	2.1	35	84	2	94	45	13	13	27	1.81
28152436--28152944	254	2.0	254	96	0	946	41	11	13	33	1.80
28153716--28153742	5	5.4	5	100	0	54	18	0	0	81	0.69
28158326--28158361	15	2.3	15	90	4	54	2	13	0	83	0.76
28171864--28171935	19	3.7	19	89	7	117	37	9	15	37	1.80
28171874--28171958	19	4.0	22	77	14	81	37	7	16	38	1.76
28176701--28176750	24	2.1	24	100	0	100	28	14	20	38	1.91
28179235--28179360	63	2.0	63	98	0	243	22	28	19	29	1.98
28189261--28189307	23	2.0	23	83	0	58	48	14	10	25	1.76
28195956--28196023	34	2.0	34	94	0	118	48	1	19	30	1.58
28199551--28199614	27	2.3	28	76	10	69	29	42	3	25	1.70
28201112--28201144	13	2.5	13	95	5	57	15	9	36	39	1.79
28201735--28201812	28	2.7	27	82	5	75	37	10	25	26	1.88
28201748--28201814	28	2.4	28	89	2	98	31	11	26	29	1.92
28201748--28201825	28	2.8	28	83	13	97	37	11	23	28	1.89
28204309--28204349	21	2.0	21	85	0	55	36	21	14	26	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28204375--28204412	17	2.2	17	90	0	58	31	26	34	7	1.85
28204758--28204789	15	2.1	15	94	0	55	15	6	9	68	1.36
28205044--28205087	18	2.4	18	78	10	54	40	15	2	40	1.60
28208113--28208175	28	2.2	28	88	2	90	23	12	19	44	1.85
28218835--28218926	15	6.3	15	70	20	61	77	8	4	9	1.12
28218853--28218932	21	3.8	21	74	9	81	77	8	5	8	1.12
28218865--28218947	43	1.9	42	88	9	123	78	6	7	8	1.10
28225652--28225683	14	2.1	16	88	11	50	37	15	0	46	1.46
28226082--28226207	64	2.0	64	80	3	146	34	21	19	24	1.96
28250058--28250097	20	2.0	20	100	0	80	35	15	20	30	1.93
28266018--28266085	34	2.0	34	100	0	136	47	14	14	23	1.82
28283982--28284029	24	2.0	24	95	0	87	33	14	20	31	1.93
28287875--28287935	22	2.7	22	82	5	70	27	27	1	42	1.65
28289170--28289195	7	3.7	7	100	0	52	26	0	15	57	1.38
28289849--28289883	18	1.9	18	88	0	52	20	28	8	42	1.81
28290436--28290562	21	6.0	21	85	1	182	46	29	0	23	1.58
28290415--28290468	27	2.0	27	92	0	90	42	37	0	20	1.52
28290436--28290562	43	3.0	42	88	2	191	46	29	0	23	1.58
28290436--28290559	64	2.0	63	88	1	185	45	29	0	24	1.59
28293714--28294279	125	4.5	124	90	1	830	30	23	16	29	1.96
28303544--28303578	18	1.9	18	100	0	70	5	42	28	22	1.76
28308881--28308925	23	2.0	23	86	4	65	33	4	15	46	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28311934--28312003	6	11.8	6	89	7	63	77	1	8	12	1.06
28311936--28311988	18	2.9	18	88	2	79	73	0	11	15	1.09
28313552--28313580	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
28313704--28313889	85	2.2	87	86	5	256	43	11	7	37	1.69
28324080--28324136	28	2.0	28	86	0	78	47	8	1	42	1.45
28324570--28324644	35	2.2	32	83	6	87	33	1	1	64	1.11
28333134--28333293	87	1.8	86	85	1	221	28	12	20	38	1.89
28335094--28335147	26	2.0	28	82	7	67	25	7	14	51	1.68
28335470--28335567	20	4.9	20	73	9	74	40	14	7	37	1.73
28335677--28335772	40	2.4	40	87	3	140	42	19	3	34	1.67
28335677--28335988	20	15.7	19	66	18	120	40	17	5	36	1.74
28335677--28335982	40	7.7	39	71	14	134	40	17	5	35	1.74
28336090--28336245	20	7.8	20	72	15	103	40	19	4	35	1.72
28336090--28336224	40	3.4	38	75	15	123	40	18	4	36	1.71
28336237--28336284	20	2.4	20	78	0	60	35	20	10	33	1.87
28336315--28336384	20	3.5	20	75	7	70	40	18	2	38	1.66
28336379--28336448	29	2.4	29	90	0	104	47	10	2	40	1.52
28344834--28344887	26	2.2	26	86	6	76	33	20	27	18	1.96
28344862--28344986	64	2.0	64	85	0	169	34	23	20	21	1.97
28346643--28346670	14	2.0	14	100	0	56	78	0	0	21	0.75
28348856--28348953	51	1.9	51	89	4	153	29	29	20	20	1.98
28353467--28353543	38	2.1	38	85	7	104	23	14	20	41	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28354789--28354818	14	2.1	14	100	0	60	53	20	0	26	1.46
28361340--28361415	34	2.5	28	74	22	80	65	1	32	0	1.01
28361349--28361414	34	1.9	34	96	0	123	66	1	31	0	1.01
28372660--28372699	21	1.9	21	89	0	62	25	25	30	20	1.99
28376361--28376514	85	1.8	83	85	2	218	25	38	19	16	1.92
28377117--28377149	17	1.9	17	100	0	66	33	0	48	18	1.48
28377844--28377872	12	2.3	13	94	5	51	27	0	13	58	1.36
28390811--28390849	12	3.2	12	88	3	60	66	2	5	25	1.25
28394088--28394128	17	2.2	19	83	12	50	19	7	2	70	1.22
28394501--28394600	48	2.2	46	92	5	166	29	5	11	55	1.56
28408719--28408880	57	2.8	57	86	1	200	31	12	6	49	1.66
28414196--28414253	27	2.1	27	87	12	84	24	12	12	51	1.72
28415363--28415982	208	3.0	208	91	0	981	36	17	7	39	1.77
28416165--28416326	84	1.9	84	97	0	306	45	14	4	35	1.64
28416721--28416777	28	2.0	28	100	0	114	54	3	14	28	1.56
28420799--28420918	35	3.4	35	77	0	141	16	13	30	39	1.87
28422683--28422752	21	3.3	20	78	13	70	28	2	7	61	1.37
28422705--28422742	19	2.0	20	84	5	51	26	2	5	65	1.27
28436961--28437195	45	5.3	45	85	3	296	19	17	16	45	1.85
28436961--28437191	88	2.6	88	86	4	322	19	17	16	45	1.85
28440206--28440310	52	2.0	52	98	0	201	40	14	9	36	1.78
28442371--28442518	35	4.2	35	80	0	188	20	14	27	37	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28449903--28450098	35	5.6	35	78	2	187	20	15	28	35	1.93
28455205--28455235	15	2.1	15	93	0	53	16	6	9	67	1.39
28456028--28456391	183	2.0	183	93	0	629	45	9	15	29	1.78
28467562--28467603	20	2.0	21	86	9	59	54	4	9	30	1.53
28493788--28493838	25	2.0	25	84	0	66	56	0	33	9	1.32
28500819--28500848	11	2.6	12	89	10	53	0	13	0	86	0.57
28502552--28502599	12	4.1	12	78	5	53	35	2	2	60	1.20
28502556--28502621	18	3.6	18	81	4	60	31	3	3	62	1.26
28504586--28504680	47	2.0	47	91	0	154	49	12	7	30	1.68
28513512--28513542	16	1.9	16	100	0	62	38	3	19	38	1.68
28513609--28513687	17	4.6	17	71	14	63	34	10	13	41	1.79
28513863--28514175	124	2.5	124	84	2	394	27	16	24	31	1.96
28517059--28517110	26	2.0	26	100	0	104	26	23	3	46	1.69
28520731--28520855	39	3.2	39	72	11	112	27	16	21	35	1.94
28524667--28524709	21	2.0	21	82	8	52	76	2	9	11	1.10
28524697--28524797	4	24.8	4	73	18	84	71	1	24	1	1.07
28524695--28524797	33	3.1	34	87	4	138	71	1	24	1	1.06
28528267--28528325	27	2.2	27	90	0	91	30	27	23	18	1.98
28534138--28534167	12	2.5	12	94	0	51	23	40	30	6	1.80
28535304--28535404	34	3.0	34	88	0	148	18	7	10	62	1.52
28535790--28535828	13	2.6	16	76	23	57	56	0	33	10	1.33
28535798--28535829	13	2.5	13	100	0	64	56	0	28	15	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28538871--28538910	20	2.0	21	90	5	64	37	0	2	60	1.11
28541722--28541746	13	1.9	13	100	0	50	44	8	16	32	1.76
28549228--28549272	24	1.9	23	81	4	54	33	15	15	35	1.89
28549366--28549765	200	2.0	199	94	0	692	32	18	15	33	1.93
28550500--28550592	27	3.4	27	79	2	80	20	22	13	43	1.87
28550699--28550771	27	2.7	27	85	4	85	32	26	9	31	1.88
28553098--28553695	134	4.5	134	83	3	661	33	18	11	37	1.86
28554935--28555005	24	2.9	25	75	8	67	15	29	19	35	1.93
28555155--28555202	24	2.0	24	84	8	62	18	22	22	35	1.96
28555210--28555307	25	4.0	25	71	6	74	25	26	15	32	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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