genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.76.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  43198478

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   

This is table  76  of  131  ( 15627 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25452232--25452380	73	2.0	74	96	1	273	35	19	5	39	1.75
25452642--25452694	11	4.7	11	90	4	70	26	0	3	69	1.05
25458181--25458294	58	1.9	59	89	1	176	44	14	13	27	1.82
25458864--25458908	25	1.9	24	86	13	67	37	26	13	22	1.91
25473034--25473082	17	2.8	18	87	9	66	36	0	2	61	1.08
25473034--25473072	18	2.2	18	90	9	62	35	0	2	61	1.10
25476560--25476607	9	4.6	11	75	19	50	25	0	2	72	0.95
25479706--25479934	114	2.0	114	98	0	440	42	12	16	28	1.84
25484459--25484486	11	2.5	11	100	0	56	35	0	35	28	1.58
25486243--25486285	18	2.4	18	80	0	50	32	4	0	62	1.15
25488443--25488485	18	2.4	18	80	0	50	32	4	0	62	1.15
25492558--25492589	5	6.6	5	92	7	57	40	18	18	21	1.91
25493364--25493400	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
25498917--25499005	35	2.5	35	75	0	97	38	29	11	21	1.88
25503628--25503673	21	2.1	23	84	8	60	52	10	6	30	1.62
25507108--25507156	25	2.0	25	84	8	64	22	24	8	44	1.79
25507135--25507225	44	2.1	44	89	0	137	29	14	9	46	1.77
25509081--25509171	44	2.1	44	91	0	146	28	9	14	47	1.76
25512224--25512496	78	3.5	78	87	4	374	31	11	12	43	1.79
25512221--25512531	78	4.0	79	82	6	271	31	12	11	44	1.78
25512223--25512535	156	2.0	155	82	6	384	30	12	12	44	1.79
25516440--25516551	39	2.9	39	89	0	161	35	29	16	18	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25516521--25516580	29	2.1	29	93	0	102	31	28	20	20	1.97
25516485--25516619	68	2.0	68	86	0	189	33	29	18	18	1.95
25520608--25520823	113	1.9	113	86	0	306	30	24	17	27	1.97
25522678--25523245	283	2.0	284	99	0	1120	21	24	32	22	1.98
25523644--25523691	23	2.1	22	85	11	62	35	8	2	54	1.42
25523679--25523737	29	2.0	29	100	0	118	27	16	0	55	1.41
25523679--25523726	14	3.1	17	66	27	52	27	18	0	54	1.44
25531026--25531058	17	1.9	17	100	0	66	24	24	27	24	2.00
25531062--25531185	29	4.3	28	79	10	106	21	20	21	36	1.95
25539967--25540024	24	2.5	24	81	8	59	34	0	0	65	0.93
25539967--25540018	15	3.4	14	78	17	50	32	0	0	67	0.91
25539962--25540022	32	1.9	32	86	6	88	34	0	0	65	0.93
25540093--25540136	16	2.6	17	85	7	54	68	4	0	27	1.09
25544074--25544176	43	2.4	43	86	1	136	26	13	29	31	1.94
25545096--25545276	86	2.1	86	96	3	337	42	3	18	35	1.68
25546707--25546762	27	2.1	27	83	9	71	23	7	10	58	1.56
25546722--25546773	27	1.9	27	84	7	70	21	7	15	55	1.64
25548845--25549003	45	3.5	45	77	5	178	43	14	20	21	1.87
25549163--25549225	27	2.3	27	83	0	81	34	19	25	20	1.96
25549174--25549236	27	2.3	27	83	0	72	39	15	23	20	1.91
25558409--25558474	18	3.4	18	74	18	53	33	3	0	63	1.10
25559261--25559395	9	14.1	9	70	20	55	30	2	3	63	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25559282--25559336	21	2.7	22	75	16	64	27	1	3	67	1.17
25559251--25559386	40	3.5	40	71	12	104	29	3	2	63	1.26
25559664--25559719	21	2.7	21	91	0	94	25	8	37	28	1.86
25560493--25560543	17	2.9	17	85	5	66	68	1	0	29	1.00
25560493--25560543	19	2.8	19	85	5	70	68	1	0	29	1.00
25560800--25560831	16	1.9	17	93	6	57	34	3	6	56	1.40
25561229--25561309	37	2.2	37	90	2	126	16	20	32	30	1.95
25565387--25565450	29	2.2	30	83	8	78	45	0	4	50	1.22
25565554--25565646	39	2.3	40	77	5	107	37	0	8	53	1.32
25567530--25567647	42	2.8	42	79	2	121	39	18	20	21	1.92
25568214--25568275	28	2.2	28	94	0	106	37	24	17	20	1.94
25568637--25568786	81	1.9	81	84	2	203	20	18	20	40	1.91
25568639--25568800	27	6.0	27	86	1	173	20	17	21	39	1.92
25572321--25572543	42	5.3	42	75	1	169	39	19	17	22	1.92
25574612--25574651	20	2.1	19	85	4	53	60	5	0	35	1.19
25588401--25588439	19	2.0	20	90	5	62	46	0	0	53	1.00
25597994--25598071	42	1.9	41	84	5	104	37	8	15	38	1.79
25598011--25598357	146	2.4	147	80	2	376	37	13	11	37	1.82
25598706--25598756	20	2.5	20	100	0	102	50	9	3	35	1.54
25605608--25605633	6	4.3	6	100	0	52	50	15	15	19	1.79
25614609--25614652	21	2.1	21	83	8	54	18	4	0	77	0.94
25614626--25614667	17	2.5	17	84	0	57	16	7	0	76	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25614616--25614679	27	2.3	26	82	10	67	20	6	0	73	1.04
25615544--25615568	11	2.3	11	100	0	50	92	0	8	0	0.40
25618110--25618161	19	2.6	21	81	12	65	57	1	3	36	1.28
25619955--25620128	50	3.5	50	76	0	186	24	20	22	32	1.97
25619948--25620163	100	2.2	100	88	0	324	25	19	22	31	1.98
25620227--25620376	41	3.6	41	72	12	133	32	22	19	26	1.98
25620227--25620414	85	2.2	85	86	0	259	30	22	18	27	1.97
25620319--25620730	216	1.9	216	100	0	824	25	24	21	29	1.99
25620621--25620961	130	2.6	130	92	0	565	24	23	21	30	1.99
25628612--25628901	107	2.7	107	94	2	492	33	19	15	31	1.93
25628583--25628901	108	3.0	108	90	3	500	33	18	16	31	1.94
25629399--25629488	3	30.0	3	79	8	67	61	4	1	33	1.23
25629387--25629454	21	3.0	24	73	20	65	63	5	2	27	1.32
25629399--25629451	21	2.5	21	93	6	90	64	7	1	26	1.31
25630691--25630737	19	2.5	19	75	6	51	19	0	34	46	1.50
25631138--25631395	123	2.1	118	93	4	437	30	21	16	31	1.95
25631417--25631535	46	2.7	43	82	8	127	30	22	20	26	1.98
25631379--25631736	44	8.2	44	69	14	206	27	22	18	30	1.97
25631422--25631872	129	3.6	129	85	9	635	27	22	19	31	1.98
25631758--25632087	44	7.5	44	72	11	212	28	21	19	30	1.97
25631619--25631851	115	2.0	115	96	1	432	26	21	18	33	1.96
25631188--25632048	418	2.0	423	88	2	1293	28	21	18	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25631734--25632157	174	2.4	175	92	0	715	27	21	19	31	1.97
25631757--25632157	88	4.6	88	72	9	322	27	21	19	31	1.97
25634264--25634293	13	2.4	12	94	5	51	0	13	0	86	0.57
25634264--25634293	6	4.8	6	92	8	51	0	13	0	86	0.57
25634291--25634366	19	3.7	21	81	10	70	9	3	9	77	1.10
25634307--25634376	19	3.6	19	81	14	81	8	2	10	78	1.06
25634315--25634377	19	3.4	18	85	12	83	7	1	11	79	1.00
25634308--25634376	29	2.4	29	88	9	97	8	1	10	79	0.99
25634308--25634376	9	7.2	9	80	16	77	8	1	10	79	0.99
25634315--25634396	18	4.4	18	81	14	87	13	1	9	75	1.10
25638320--25638403	3	28.0	3	73	13	66	64	4	1	29	1.22
25638322--25638389	21	3.2	21	87	8	102	63	5	1	29	1.27
25638365--25638415	15	3.4	15	91	0	75	64	0	1	33	1.05
25639165--25639215	19	2.6	18	84	12	57	74	3	9	11	1.19
25639330--25639368	15	2.6	15	95	0	69	2	23	12	61	1.43
25639623--25639669	19	2.5	19	75	6	51	19	0	34	46	1.50
25645604--25645668	3	21.7	3	90	6	105	69	0	30	0	0.89
25647190--25647253	28	2.2	29	81	8	78	48	14	0	37	1.44
25647296--25647450	41	3.7	42	77	12	151	51	13	4	30	1.61
25650817--25651112	151	2.0	152	95	0	540	26	14	16	42	1.87
25653930--25653991	26	2.3	27	86	8	83	37	9	17	35	1.83
25654363--25654417	9	5.6	9	78	19	56	30	20	1	47	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25667056--25667542	57	8.6	56	75	9	346	35	13	17	33	1.89
25667056--25667547	115	4.3	113	76	5	361	35	13	17	33	1.89
25668339--25668438	35	2.9	35	83	0	119	27	18	28	27	1.98
25672289--25672359	37	1.9	35	83	13	90	29	1	5	63	1.26
25673227--25673294	21	3.2	21	97	0	127	13	27	27	30	1.94
25686838--25686977	61	2.3	58	85	4	172	51	0	3	44	1.24
25686981--25687024	23	1.9	23	81	9	54	45	0	2	52	1.13
25692091--25692230	61	2.3	58	85	4	172	51	0	3	44	1.24
25692234--25692277	23	1.9	23	81	9	54	45	0	2	52	1.13
25692232--25692296	33	2.0	32	87	3	94	41	0	1	56	1.08

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131