genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.72.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  43198478

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   

This is table  72  of  131  ( 15627 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24227208--24227266	15	3.5	15	72	27	55	52	6	0	40	1.28
24228484--24228604	58	2.1	58	98	0	233	42	11	12	33	1.78
24229211--24229245	14	2.4	14	90	4	52	68	5	0	25	1.11
24231761--24231833	29	2.6	29	84	6	87	47	0	2	49	1.15
24232664--24232696	16	2.1	16	88	11	50	57	3	0	39	1.14
24234415--24234461	14	3.3	15	70	11	53	51	8	0	40	1.33
24234394--24234486	28	3.4	27	83	4	132	47	8	0	44	1.34
24235538--24235602	29	2.4	28	92	7	107	49	0	10	40	1.38
24237052--24237175	54	2.3	54	85	0	167	25	27	29	18	1.98
24240080--24240115	4	9.2	4	93	6	65	77	0	22	0	0.76
24240816--24240854	16	2.4	16	86	0	51	35	33	10	20	1.86
24263710--24263750	22	1.9	21	85	5	55	70	12	7	9	1.33
24268653--24268681	14	2.1	14	93	6	51	37	0	0	62	0.96
24273172--24273210	21	2.0	20	85	10	53	48	2	2	46	1.29
24273185--24273218	17	2.0	17	94	0	59	50	5	5	38	1.51
24280883--24280971	28	3.2	28	79	6	99	28	24	17	29	1.98
24282940--24282980	4	10.0	4	85	15	57	0	24	2	73	0.96
24282949--24282991	21	2.1	20	86	4	59	0	25	4	69	1.07
24285718--24285777	21	3.0	21	85	4	79	18	28	16	36	1.93
24286626--24286752	67	1.9	67	90	0	200	21	23	33	22	1.98
24287267--24287300	18	1.9	18	88	5	52	38	5	17	38	1.74
24307513--24307562	26	2.0	25	84	4	64	56	2	10	32	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24307524--24307580	22	2.6	22	77	0	69	52	1	7	38	1.39
24308403--24308445	23	1.9	23	90	4	70	46	16	4	32	1.67
24308429--24308479	23	2.2	23	82	0	66	29	13	11	45	1.79
24315237--24315338	49	2.1	49	96	0	186	46	24	1	27	1.64
24315377--24315431	22	2.4	24	82	14	71	50	3	0	45	1.19
24322467--24322510	20	2.1	21	83	4	54	61	0	0	38	0.96
24322500--24322564	29	2.3	29	82	12	73	58	1	0	40	1.07
24323481--24323579	29	3.4	29	74	12	94	44	9	17	29	1.79
24331099--24331166	34	2.0	34	85	5	93	30	20	25	23	1.98
24331876--24331937	26	2.4	26	86	0	79	40	11	12	35	1.80
24335150--24335298	77	1.9	77	97	0	280	25	6	22	44	1.77
24337006--24337050	23	1.9	24	86	4	65	20	2	51	26	1.59
24339587--24339674	45	1.9	46	81	6	108	32	17	6	43	1.75
24339612--24339725	57	2.0	58	87	3	167	28	14	7	49	1.70
24341671--24341752	35	2.3	35	82	0	92	28	15	19	36	1.93
24345788--24345860	35	2.1	35	97	0	137	13	9	30	46	1.75
24350278--24350373	46	2.1	46	90	3	149	27	21	22	28	1.99
24350719--24350761	22	1.9	23	85	4	61	74	4	0	20	1.00
24358117--24358211	48	2.0	48	93	0	163	43	21	15	20	1.88
24363777--24363848	36	2.0	36	91	2	119	31	27	8	31	1.86
24369115--24369164	22	2.3	22	86	6	66	20	26	18	36	1.95
24369570--24369596	4	6.8	4	100	0	54	77	0	22	0	0.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24370409--24370532	25	5.0	25	87	2	160	20	29	16	33	1.94
24370434--24370546	25	4.5	25	88	0	118	20	28	18	32	1.96
24372467--24372505	20	2.0	20	89	0	60	23	2	20	53	1.57
24374957--24375017	30	2.0	31	93	3	106	39	0	40	19	1.52
24375147--24375177	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
24379576--24379626	15	3.4	15	80	20	54	52	7	1	37	1.42
24381119--24381154	5	7.2	5	100	0	72	41	19	19	19	1.90
24386509--24386661	81	1.9	81	100	0	306	45	5	6	42	1.54
24401859--24401928	36	1.9	36	85	0	95	30	7	11	51	1.64
24405660--24405998	44	7.8	43	70	15	157	28	23	18	29	1.98
24405529--24406083	217	2.5	217	88	3	799	28	22	20	28	1.98
24407012--24407209	98	2.0	99	95	1	353	25	22	18	34	1.96
24414109--24414154	24	1.9	24	86	0	65	13	26	13	47	1.78
24417511--24417549	13	3.2	12	86	13	53	74	7	2	15	1.15
24418431--24418459	11	2.6	11	100	0	58	72	0	0	27	0.85
24418211--24418525	156	2.0	156	93	3	546	43	13	19	23	1.87
24436762--24436892	25	5.3	25	73	10	83	33	21	26	18	1.96
24437313--24437448	67	2.0	68	94	1	238	33	14	13	38	1.85
24445825--24445850	13	2.0	13	100	0	52	23	15	15	46	1.83
24445954--24446001	16	3.2	16	70	24	50	33	6	10	50	1.62
24452852--24452912	30	2.0	30	93	0	104	27	14	14	42	1.85
24462928--24463032	53	2.0	53	98	0	201	33	10	13	42	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24466065--24466092	11	2.5	11	100	0	56	53	0	0	46	1.00
24469145--24469190	17	2.8	16	81	12	56	58	0	4	36	1.18
24469172--24469210	20	2.0	20	94	0	69	53	0	0	46	1.00
24469179--24469270	37	2.4	36	80	8	96	53	2	2	42	1.25
24478740--24478798	29	2.1	27	81	12	66	23	6	1	67	1.24
24482807--24482880	36	2.1	36	87	5	105	44	14	14	25	1.84
24486274--24486316	19	2.2	19	83	8	50	11	25	18	44	1.84
24487709--24487748	17	2.4	17	91	0	62	50	7	2	40	1.44
24496914--24497075	44	3.8	41	75	9	114	28	22	19	29	1.98
24496966--24497344	44	8.5	44	72	9	234	27	21	21	29	1.98
24496968--24497344	89	4.2	89	75	7	275	27	21	20	29	1.98
24497344--24497593	44	5.7	43	77	7	250	26	23	18	30	1.98
24497276--24497412	68	2.0	68	88	0	202	28	22	18	30	1.97
24497187--24497501	157	2.0	157	86	1	443	25	24	20	29	1.99
24497346--24497596	89	2.8	89	88	1	351	26	23	18	31	1.98
24497142--24497590	246	1.8	246	87	0	664	25	23	20	30	1.98
24506434--24506513	40	2.0	40	97	0	151	17	41	15	26	1.88
24519981--24520621	89	7.2	89	92	0	1057	27	27	23	21	1.99
24522346--24522379	3	11.7	3	87	6	52	35	0	0	64	0.94
24522346--24522384	14	2.9	14	88	7	55	33	0	2	64	1.08
24522399--24522429	16	1.9	16	93	0	53	48	3	0	48	1.17
24525325--24525355	12	2.6	12	94	0	53	35	35	19	9	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24526503--24526545	15	3.1	14	83	9	52	62	4	0	32	1.15
24529850--24529885	10	3.5	10	88	3	54	58	0	38	2	1.13
24537024--24537201	50	3.6	50	87	0	230	26	23	29	20	1.99
24545003--24545081	19	3.9	21	87	11	112	37	15	8	37	1.78
24545003--24545081	40	2.0	41	94	2	142	37	15	8	37	1.78
24545011--24545092	19	4.3	18	86	8	67	37	15	10	35	1.83
24545853--24546185	44	7.6	43	75	8	289	29	25	14	30	1.95
24545857--24546190	132	2.5	132	91	0	526	29	26	14	29	1.95
24547379--24547422	23	1.9	23	86	9	63	11	11	0	77	1.00
24551573--24551613	20	2.1	18	86	13	55	63	4	0	31	1.15
24551945--24552006	25	2.5	25	82	10	65	72	4	3	19	1.17
24552299--24552377	19	4.0	19	87	8	113	37	15	7	39	1.76
24552299--24552377	40	2.0	41	92	2	133	37	15	7	39	1.76
24552307--24552388	19	4.3	18	83	8	58	37	14	9	37	1.79
24553214--24553240	13	2.1	13	100	0	54	0	25	0	74	0.83
24556949--24557002	20	2.7	20	82	0	63	46	14	7	31	1.73
24556944--24557027	40	2.1	40	82	8	100	45	14	9	30	1.77
24557173--24557211	21	1.9	20	84	5	51	38	15	7	38	1.76
24560459--24560714	86	3.0	86	90	1	372	35	8	17	38	1.80
24561865--24561918	20	2.7	20	82	0	63	46	14	7	31	1.73
24561860--24561943	40	2.1	40	82	8	100	45	14	9	30	1.77
24562089--24562127	21	1.9	20	84	5	51	38	15	7	38	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24569211--24569249	18	2.2	18	85	0	51	23	15	12	48	1.79
24579017--24579046	11	2.7	11	89	0	51	43	16	13	26	1.85
24579177--24579945	383	2.0	384	99	0	1531	38	15	13	33	1.86
24583008--24583156	71	2.1	71	92	0	244	28	16	19	34	1.94
24584633--24584865	116	2.0	116	94	0	412	39	13	27	19	1.89
24585377--24585436	23	2.6	24	81	5	70	70	6	0	23	1.11
24585333--24585443	9	12.2	9	68	9	55	67	7	3	21	1.31
24585831--24585873	22	2.0	22	85	0	59	55	9	13	20	1.66
24587040--24587081	6	7.0	6	100	0	84	83	0	0	16	0.65
24588647--24588741	40	2.4	40	87	0	136	24	16	26	32	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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