genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.86.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  43198478

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   

This is table  86  of  131  ( 15627 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28790503--28790773	133	2.0	134	98	0	526	38	11	5	44	1.65
28794045--28794096	24	2.2	24	92	0	86	51	7	3	36	1.49
28802183--28802322	20	7.0	20	75	3	120	32	18	35	13	1.90
28809120--28809155	18	1.9	18	88	5	54	16	25	0	58	1.38
28809119--28809156	13	3.1	12	85	14	51	15	23	0	60	1.35
28811308--28811385	29	2.6	29	78	11	70	29	1	3	65	1.18
28811332--28811381	22	2.3	22	79	6	57	32	0	4	64	1.12
28819259--28819361	37	2.8	37	90	0	152	37	30	15	16	1.90
28827180--28827512	27	12.3	27	85	3	382	26	16	17	39	1.90
28830220--28830313	26	3.5	26	77	10	91	29	19	27	23	1.98
28830437--28830785	27	12.8	27	85	4	436	26	17	16	38	1.92
28833105--28833181	26	3.0	26	90	0	109	33	16	10	38	1.83
28859116--28859303	51	3.7	49	83	4	223	26	17	26	29	1.97
28865844--28865889	22	2.1	21	84	11	58	43	0	0	56	0.99
28867449--28867513	22	2.9	22	88	4	58	30	29	0	40	1.57
28867458--28867513	22	2.5	22	97	2	103	28	30	0	41	1.57
28867488--28867546	30	2.0	30	93	0	100	30	32	0	37	1.58
28867518--28867570	22	2.4	22	78	6	63	33	30	0	35	1.58
28867466--28867565	52	1.9	52	89	0	155	30	31	0	39	1.57
28867602--28867658	28	2.0	27	86	6	78	40	0	1	57	1.09
28867613--28867665	18	3.0	18	75	2	54	39	0	0	60	0.97
28867756--28867789	15	2.3	15	90	5	52	23	0	5	70	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28868746--28868770	7	3.6	7	100	0	50	28	0	12	60	1.32
28868912--28868950	17	2.3	17	90	0	60	35	23	30	10	1.88
28869732--28869787	24	2.3	24	90	0	85	28	37	16	17	1.91
28870074--28870759	29	24.4	29	74	15	577	45	24	0	29	1.57
28870074--28870757	59	12.2	59	82	10	669	45	24	0	29	1.57
28870139--28870228	23	3.9	23	82	4	119	46	23	0	30	1.52
28870139--28870227	45	2.0	46	90	2	144	47	23	0	29	1.52
28870427--28870712	23	10.7	23	71	24	167	46	23	0	29	1.55
28870184--28870673	53	8.6	52	82	10	410	46	25	0	28	1.56
28870612--28870759	57	2.6	57	87	1	215	43	24	1	30	1.62
28873691--28873956	124	2.1	125	85	6	371	33	21	13	30	1.92
28876154--28876191	18	2.1	19	85	5	51	42	15	5	36	1.70
28880105--28880137	17	1.9	17	93	0	57	15	12	15	57	1.65
28883249--28883296	2	24.0	2	91	0	78	50	0	4	45	1.21
28887896--28887988	42	2.2	42	79	11	102	21	33	19	25	1.97
28893939--28893999	23	2.5	25	78	5	72	42	4	0	52	1.23
28898628--28898692	31	2.1	31	97	0	121	30	10	13	44	1.78
28904869--28904914	23	1.9	25	82	8	60	17	10	0	71	1.13
28905674--28905715	21	2.0	21	95	4	77	38	4	9	47	1.57
28909231--28909288	29	2.0	29	100	0	116	27	17	27	27	1.97
28909627--28909666	20	2.0	20	85	9	55	57	7	22	12	1.60
28910264--28910308	24	1.9	23	86	4	63	44	2	0	53	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28925264--28925309	23	1.9	25	82	8	60	17	10	0	71	1.13
28929606--28929663	29	2.0	29	100	0	116	27	17	27	27	1.97
28930002--28930041	20	2.0	20	85	9	55	57	7	22	12	1.60
28930432--28930505	36	2.0	37	97	2	141	47	5	8	39	1.56
28938499--28938544	5	9.4	5	81	15	53	56	2	0	41	1.11
28938510--28938578	28	2.5	28	77	15	72	53	1	1	43	1.18
28940772--28940814	12	3.6	11	84	6	50	67	2	4	25	1.22
28943372--28943447	31	2.5	31	88	0	116	43	11	17	27	1.84
28945265--28945290	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
28947129--28947204	33	2.3	32	77	6	80	34	17	22	26	1.96
28947095--28947291	105	1.9	101	88	6	297	31	16	24	26	1.96
28947233--28947357	33	3.8	32	75	8	108	32	17	24	24	1.97
28947095--28947354	105	2.6	101	80	9	294	32	16	24	26	1.96
28952920--28953026	56	1.9	56	96	0	196	42	11	8	37	1.71
28953514--28953608	30	3.2	29	80	4	109	33	18	6	41	1.76
28953923--28953973	21	2.5	20	87	6	77	76	7	15	0	1.00
28954304--28954358	12	4.5	12	86	11	76	78	0	21	0	0.76
28954306--28954377	11	6.7	11	79	19	64	76	0	23	0	0.79
28954316--28954391	8	9.0	9	79	13	74	78	0	21	0	0.74
28954528--28954585	17	3.6	16	77	9	55	22	1	1	74	1.01
28955002--28955044	21	2.0	22	90	4	70	44	11	6	37	1.68
28955040--28955083	22	2.0	22	90	0	70	50	9	6	34	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28955063--28955307	18	13.9	18	72	14	163	29	13	13	44	1.81
28955063--28955348	18	16.2	17	72	12	141	30	11	12	44	1.78
28954978--28955136	39	4.1	40	71	20	133	38	12	9	38	1.76
28955063--28955353	36	8.3	34	76	7	226	30	12	12	45	1.78
28955063--28955352	17	16.5	17	67	20	77	30	11	12	45	1.78
28956383--28956582	106	1.9	106	94	0	355	31	20	10	39	1.85
28960373--28960408	17	2.1	18	89	5	56	63	13	2	19	1.41
28980728--28980789	3	20.7	3	100	0	124	33	32	0	33	1.58
28981764--28981819	24	2.3	24	85	11	71	35	0	3	60	1.14
28990791--28990824	15	2.2	16	94	5	61	29	0	8	61	1.26
28999892--28999933	14	3.0	14	85	0	57	76	2	16	4	1.07
29000799--29000849	7	7.3	7	85	14	70	68	0	15	15	1.21
29002160--29002270	44	2.5	44	89	0	159	33	15	25	26	1.95
29002474--29002768	50	5.9	50	77	0	302	32	24	19	23	1.98
29002473--29002768	100	3.0	100	89	0	439	32	24	19	23	1.98
29003310--29003346	16	2.3	16	100	0	74	37	40	5	16	1.71
29003533--29003557	11	2.3	11	100	0	50	8	8	0	84	0.79
29006058--29006111	4	13.5	4	100	0	108	25	0	24	50	1.50
29014785--29015179	42	9.4	42	85	1	479	21	17	24	36	1.94
29016030--29016082	26	2.0	27	96	3	99	47	0	3	49	1.19
29017308--29017341	16	2.2	15	89	5	50	0	17	0	82	0.67
29020885--29021194	150	2.1	146	83	5	383	43	3	8	43	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29024843--29024877	14	2.4	14	90	4	52	14	2	0	82	0.77
29024844--29024881	18	2.0	18	90	10	58	15	2	0	81	0.80
29027431--29027482	6	8.8	6	97	2	97	48	17	0	34	1.48
29027518--29027549	8	3.9	8	92	8	55	65	0	0	34	0.93
29035678--29036297	315	2.0	315	100	0	1240	34	20	14	31	1.92
29044256--29044320	32	2.0	32	96	0	121	50	16	12	20	1.77
29051012--29051041	15	1.9	16	93	6	53	0	46	3	50	1.18
29051992--29052125	66	2.0	66	94	1	234	29	13	11	46	1.78
29054242--29054281	19	2.0	20	85	4	55	42	0	5	52	1.23
29056011--29056140	47	2.8	47	89	0	188	33	16	25	25	1.96
29060343--29060372	12	2.5	12	94	0	51	26	16	20	36	1.93
29060399--29060465	13	5.2	13	87	0	98	31	25	14	28	1.95
29074191--29074225	16	2.2	17	90	10	56	25	14	0	60	1.35
29074973--29075132	43	3.7	43	84	3	205	42	18	18	20	1.89
29075137--29075190	26	2.2	24	86	6	72	50	24	9	16	1.74
29078659--29078736	38	2.1	37	90	2	120	34	30	21	12	1.91
29080404--29080443	19	2.1	19	90	0	62	37	22	0	40	1.54
29083158--29083231	4	18.2	4	77	13	71	70	0	5	24	1.08
29086034--29086084	21	2.4	21	80	6	59	21	37	9	31	1.86
29089869--29090011	68	2.1	68	84	5	182	29	10	11	48	1.73
29089888--29090016	34	3.8	34	79	6	118	31	11	13	44	1.79
29089922--29090031	34	3.2	33	73	14	98	30	10	14	44	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29089914--29090068	68	2.3	68	77	6	161	32	11	12	42	1.79
29093152--29093199	23	2.1	23	100	0	96	50	4	25	20	1.66
29094645--29094685	14	2.9	14	92	7	66	58	26	0	14	1.37
29099772--29099979	101	2.0	103	95	1	375	39	17	11	30	1.85
29101117--29101147	16	1.9	16	93	0	53	38	35	6	19	1.77
29102037--29102120	42	2.0	42	90	0	132	32	8	13	46	1.72
29112439--29112476	17	2.3	17	86	4	51	39	10	2	47	1.52
29120143--29120199	29	2.0	28	83	12	73	8	36	7	47	1.62
29120836--29121093	128	2.0	128	97	0	489	24	16	14	44	1.85
29122668--29122706	1	39.0	1	94	0	69	0	2	0	97	0.17

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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