genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.73.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  43198478

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   

This is table  73  of  131  ( 15627 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24591339--24591376	20	1.9	20	88	0	58	71	5	0	23	1.07
24594119--24594158	17	2.4	16	91	4	62	45	10	2	42	1.51
24596472--24596523	27	2.0	27	85	11	72	55	11	9	23	1.64
24597653--24597681	15	1.9	15	100	0	58	68	0	0	31	0.89
24598523--24598574	23	2.3	23	75	0	59	59	0	7	32	1.26
24598813--24598878	29	2.3	28	78	17	73	34	6	3	56	1.40
24605108--24605325	107	2.0	107	94	0	382	36	18	19	25	1.94
24613357--24613434	3	26.3	3	71	12	54	30	5	2	61	1.31
24620536--24620574	17	2.3	17	91	8	62	76	0	15	7	0.99
24620538--24620585	23	2.1	22	88	3	69	77	0	16	6	0.97
24622827--24623109	45	6.3	45	84	0	341	31	16	23	29	1.96
24622852--24623109	135	1.9	135	88	0	390	31	17	22	29	1.96
24623090--24623233	44	3.2	44	70	9	139	26	27	25	20	1.99
24623059--24623305	89	2.8	89	87	2	343	28	25	21	24	1.99
24623297--24623725	132	3.2	132	89	1	637	29	21	24	24	1.99
24623837--24624001	44	3.7	44	80	4	118	26	18	25	30	1.98
24623878--24624042	89	1.9	89	84	5	226	26	18	26	28	1.98
24623878--24624082	89	2.3	89	80	5	218	26	19	26	27	1.99
24625289--24625372	3	27.3	3	72	13	64	29	7	2	60	1.36
24627135--24627175	21	1.9	22	90	5	66	51	4	21	21	1.67
24628682--24628718	18	2.1	18	100	0	74	21	24	27	27	1.99
24630681--24630712	16	2.0	16	100	0	64	25	6	12	56	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24631795--24631861	31	2.1	31	83	8	82	61	4	1	32	1.25
24634886--24634961	27	2.8	27	75	15	75	19	27	18	34	1.95
24635884--24635924	21	2.0	21	90	0	64	41	0	17	41	1.49
24650078--24650146	34	2.0	34	97	0	129	43	0	20	36	1.52
24657105--24657159	18	3.1	18	78	0	65	41	20	7	30	1.79
24657102--24657196	36	2.6	36	82	8	104	42	20	8	29	1.81
24657451--24657563	33	3.6	31	77	10	122	47	14	1	36	1.54
24673166--24673209	22	2.0	22	86	8	63	47	0	0	52	1.00
24674054--24674260	19	9.7	19	70	24	107	53	14	0	32	1.42
24674031--24674112	27	3.0	27	91	7	137	52	13	0	34	1.41
24674115--24674177	27	2.3	27	91	0	108	52	12	0	34	1.40
24674031--24674187	46	3.4	46	84	11	230	52	14	0	33	1.41
24674114--24674212	46	2.2	46	81	7	112	54	16	0	29	1.42
24674257--24674326	27	2.6	27	88	4	97	18	38	22	20	1.93
24681975--24682027	26	2.0	26	96	0	97	60	1	0	37	1.08
24682762--24682808	20	2.2	21	85	7	60	38	2	0	59	1.09
24683424--24683481	30	2.0	29	90	10	91	34	0	27	37	1.57
24683759--24683880	48	2.5	49	90	4	201	22	2	11	63	1.40
24683941--24684012	27	2.7	27	91	0	117	33	8	25	33	1.86
24684163--24684284	48	2.5	49	90	4	201	22	2	11	63	1.40
24683637--24684446	404	2.0	404	100	0	1620	30	4	15	49	1.63
24684345--24684416	27	2.7	27	91	0	117	33	8	25	33	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24686514--24686557	18	2.4	18	84	0	61	25	34	31	9	1.87
24690003--24690039	4	9.0	4	94	5	65	0	24	0	75	0.80
24690124--24690195	27	2.7	27	75	0	81	26	26	23	23	2.00
24692227--24692280	21	2.6	21	93	0	90	48	25	9	16	1.76
24692995--24693140	78	1.9	78	100	0	292	46	18	6	28	1.74
24693736--24693764	14	2.0	15	93	6	51	55	0	44	0	0.99
24702714--24703052	169	2.0	169	91	0	552	29	21	28	21	1.98
24703307--24703356	21	2.3	23	79	6	59	34	2	2	62	1.18
24708298--24708345	24	2.0	24	92	8	80	50	4	12	33	1.59
24708649--24708697	16	3.1	16	93	0	80	38	4	34	22	1.73
24708867--24708908	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
24708876--24708917	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
24711102--24713009	66	28.9	66	99	0	3762	52	12	7	27	1.65
24713832--24713856	13	1.9	13	100	0	50	20	16	8	56	1.65
24713868--24714419	3	184.0	3	100	0	1104	33	0	0	66	0.92
24715027--24715106	5	16.0	5	94	0	124	62	37	0	0	0.95
24717410--24717461	3	17.3	3	100	0	104	32	0	0	67	0.91
24726291--24726322	17	1.9	17	93	6	57	43	3	0	53	1.16
24732494--24732607	34	3.4	33	77	14	108	40	1	1	56	1.20
24737997--24738157	78	2.1	78	98	0	313	29	9	24	36	1.88
24740080--24740128	20	2.3	22	82	10	57	48	4	10	36	1.56
24740830--24740876	23	2.0	24	91	4	78	42	0	2	55	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24742491--24742535	24	1.9	24	90	4	74	35	0	2	62	1.08
24742633--24742659	9	3.0	9	100	0	54	55	11	0	33	1.35
24742602--24742743	68	2.1	66	93	2	239	44	8	5	41	1.58
24742732--24742773	16	2.6	16	92	0	66	42	7	2	47	1.43
24742602--24742765	68	2.5	65	85	10	205	45	8	4	41	1.56
24743831--24744699	44	19.8	44	65	11	269	25	24	19	30	1.98
24743805--24744696	132	6.8	132	93	0	1437	25	24	19	30	1.98
24744716--24745865	100	11.5	99	86	1	1334	23	20	22	32	1.98
24744716--24745865	199	5.8	199	84	3	1339	23	20	22	32	1.98
24745871--24746199	88	3.7	88	93	0	532	25	21	24	27	1.99
24745880--24746194	44	7.2	43	65	9	170	25	21	25	28	1.99
24751093--24751638	107	5.1	107	99	0	1058	36	17	16	29	1.92
24751644--24751685	3	14.0	3	100	0	84	66	0	0	33	0.92
24752772--24752826	27	2.0	28	82	10	69	9	3	36	50	1.51
24755700--24756008	43	7.2	43	80	5	302	29	28	15	26	1.96
24755705--24756008	129	2.4	128	81	1	349	29	28	15	25	1.96
24757761--24757815	21	2.6	21	82	0	56	45	32	0	21	1.52
24757781--24757870	45	2.1	42	83	6	108	40	36	1	22	1.61
24758371--24758477	40	2.7	40	82	5	126	28	23	21	26	1.99
24758531--24758622	40	2.3	40	88	0	130	26	21	19	32	1.97
24762626--24762696	21	3.4	21	72	0	61	26	16	30	25	1.97
24765629--24765819	29	6.5	29	72	7	100	24	26	13	36	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24765620--24765751	59	2.2	59	91	0	210	25	26	13	34	1.93
24765618--24765797	29	6.1	30	71	10	131	23	26	14	36	1.93
24783818--24783864	10	4.6	10	82	12	51	63	2	0	34	1.06
24784323--24784362	21	1.9	21	85	10	55	65	7	0	27	1.20
24784807--24785059	90	2.8	88	84	5	321	34	11	18	34	1.87
24785286--24785764	36	12.8	36	68	17	173	45	15	19	20	1.85
24785533--24785820	36	7.9	36	73	11	165	47	12	19	20	1.82
24785493--24785824	75	4.5	74	74	9	277	46	13	19	20	1.84
24785493--24785827	147	2.3	146	86	5	455	46	13	19	20	1.83
24787074--24787136	25	2.5	25	79	5	65	19	25	14	41	1.89
24788992--24789049	29	2.0	29	100	0	116	37	10	20	31	1.86
24790356--24790461	50	2.1	50	84	6	135	26	22	31	19	1.98
24790712--24790767	17	3.4	16	78	11	60	41	0	1	57	1.09
24790712--24790766	5	11.2	5	74	18	53	40	0	1	58	1.09
24790713--24790768	27	2.0	29	86	6	80	42	0	1	55	1.10
24791627--24791673	24	2.0	23	84	12	60	51	4	14	29	1.62
24799028--24799473	231	1.9	230	84	4	585	33	12	23	30	1.91
24803567--24803672	56	1.9	56	88	0	158	20	30	28	20	1.98
24804047--24804270	36	6.1	35	71	12	153	43	12	20	22	1.86
24804047--24804270	75	3.0	74	81	3	220	43	12	20	22	1.86
24804233--24804571	75	4.5	75	77	8	294	45	14	18	21	1.85
24804314--24804598	147	1.9	148	85	3	396	45	15	16	22	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24804313--24804609	36	8.1	36	72	11	235	45	15	16	22	1.85
24812475--24812673	102	2.0	102	95	2	364	34	23	13	29	1.92
24813298--24813444	76	1.9	75	93	1	249	38	21	17	23	1.93
24814841--24814874	17	1.9	18	88	5	52	41	2	0	55	1.15
24814974--24815037	26	2.5	26	74	5	67	34	7	23	34	1.84
24817815--24817882	14	4.9	14	71	16	52	14	0	39	45	1.45
24818690--24819764	535	2.0	535	94	0	1866	28	20	25	25	1.99
24822226--24822289	21	3.0	21	81	0	65	6	18	40	34	1.76
24822621--24822701	30	2.7	30	78	0	81	8	12	46	32	1.72
24824429--24824482	11	5.0	10	80	14	63	48	1	27	22	1.61

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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