genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.83.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  43198478

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   

This is table  83  of  131  ( 15627 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27858913--27858983	29	2.4	29	88	0	115	25	9	12	52	1.70
27862311--27862423	54	2.1	54	83	3	138	22	23	25	28	1.99
27877342--27877374	17	1.9	17	88	11	50	51	0	9	39	1.34
27877500--27877557	29	2.0	29	82	3	71	50	10	10	29	1.70
27885997--27886050	10	5.5	10	73	18	51	27	16	29	25	1.97
27885997--27886053	20	2.9	20	89	2	89	29	15	29	24	1.96
27890354--27890459	41	2.6	41	95	0	194	33	24	19	22	1.97
27895386--27895868	84	5.7	84	79	7	370	43	12	13	31	1.80
27895386--27895782	168	2.3	171	81	6	425	45	11	11	31	1.76
27895798--27896014	79	2.7	78	89	2	326	40	12	17	29	1.86
27895956--27896163	89	2.4	88	85	4	262	44	10	12	33	1.75
27896230--27896344	40	2.9	40	85	2	144	35	20	21	21	1.96
27896397--27896623	41	5.5	41	89	0	328	18	21	27	32	1.96
27896962--27897037	9	8.4	9	88	0	98	44	25	6	23	1.77
27896962--27897037	27	2.8	27	91	0	125	44	25	6	23	1.77
27897144--27897187	18	2.4	18	88	0	61	13	2	43	40	1.57
27900022--27900121	47	2.1	47	100	0	200	39	10	14	37	1.79
27900472--27900804	178	1.9	178	98	0	639	30	14	18	36	1.91
27909970--27909996	14	1.9	14	100	0	54	70	14	0	14	1.17
27909946--27910043	49	2.0	49	95	0	178	60	11	7	21	1.54
27910042--27910097	18	3.1	18	82	7	60	55	1	0	42	1.10
27910087--27910138	23	2.3	24	83	12	74	46	0	1	51	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27910093--27910138	23	2.0	24	91	4	76	41	0	2	56	1.11
27917050--27917147	51	1.9	51	89	0	151	32	18	18	30	1.95
27918852--27918897	14	3.2	14	82	14	58	32	4	0	63	1.14
27919960--27920017	31	1.9	31	85	3	82	43	12	5	39	1.64
27922992--27923061	16	4.4	16	77	0	59	40	7	20	32	1.79
27923303--27923351	21	2.3	21	86	13	66	59	2	2	36	1.21
27929638--27929662	11	2.3	11	100	0	50	40	8	16	36	1.77
27932642--27932675	9	3.8	9	96	0	59	58	0	0	41	0.98
27932626--27932678	11	5.0	11	77	9	56	58	0	0	41	0.98
27932636--27932713	27	2.8	28	79	9	81	60	0	1	38	1.05
27936861--27936968	54	2.0	54	96	0	198	39	17	8	34	1.80
27938619--27938658	22	2.0	20	85	14	55	55	17	2	25	1.55
27943186--27943224	15	2.6	15	79	0	51	5	41	12	41	1.65
27944465--27944734	69	3.9	69	81	2	285	20	23	24	32	1.98
27952620--27952755	37	3.5	40	77	10	145	24	18	24	33	1.97
27952621--27952755	40	3.4	39	78	7	148	24	18	24	32	1.97
27953391--27953640	83	3.0	83	100	0	500	39	14	9	36	1.79
27959416--27959451	15	2.4	15	90	0	54	58	22	0	19	1.40
27960496--27960532	20	2.0	20	84	10	51	70	0	5	24	1.08
27960629--27960717	44	2.0	44	100	0	178	37	17	4	40	1.71
27961117--27961179	29	2.2	29	88	5	94	36	0	3	60	1.13
27961116--27961284	19	9.2	19	68	19	74	30	2	4	62	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27961117--27961271	27	5.6	27	73	13	95	30	2	3	62	1.26
27961147--27961278	9	14.6	9	68	14	58	28	3	3	64	1.26
27961779--27961879	19	5.4	18	72	11	62	63	3	4	27	1.33
27961818--27961891	28	2.6	29	80	8	80	63	1	4	31	1.21
27961867--27961952	20	4.4	19	71	11	66	54	0	6	38	1.27
27962760--27962852	46	2.0	46	97	0	177	35	7	21	35	1.82
27967935--27967999	33	2.0	32	87	3	94	21	21	13	43	1.87
27967784--27968102	174	1.8	174	87	0	476	22	25	10	41	1.85
27974509--27974566	10	5.7	10	80	8	55	60	0	3	36	1.14
27974502--27974571	10	6.8	10	75	8	52	61	0	2	35	1.11
27976917--27976984	29	2.3	29	75	12	57	58	1	1	38	1.16
27978986--27979089	26	4.0	26	84	0	109	21	15	34	28	1.94
27979708--27979732	13	1.9	13	100	0	50	8	0	24	68	1.16
27985405--27985447	23	1.9	22	85	4	59	67	2	0	30	1.03
27992531--27992564	12	2.9	12	95	4	61	50	17	8	23	1.74
27997652--27997729	25	3.1	25	83	0	93	62	15	11	10	1.53
27997669--27997740	35	2.1	35	81	0	81	59	15	13	11	1.61
27997722--27997774	20	2.7	20	81	0	61	54	13	18	13	1.70
27997751--27997799	15	3.3	15	79	0	53	57	18	16	8	1.63
27997674--27997782	20	5.4	20	71	4	58	57	15	15	11	1.64
27997764--27997859	25	3.8	25	74	0	84	60	15	16	7	1.56
27997847--27997889	20	2.2	20	82	0	50	62	9	16	11	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27997674--27997915	55	4.3	55	72	7	180	59	14	16	9	1.60
27997839--27997900	25	2.5	25	78	0	70	59	12	19	8	1.58
27997877--27997964	15	5.9	15	72	2	70	65	10	15	7	1.45
28000693--28000733	21	2.0	21	90	0	64	75	2	2	19	1.03
28002875--28002936	32	1.9	32	83	6	81	54	9	4	30	1.54
28011337--28011370	16	2.1	16	88	0	50	44	2	8	44	1.50
28017454--28017503	23	2.2	23	88	0	73	28	22	24	26	1.99
28017694--28017794	27	3.7	27	80	6	98	27	14	25	31	1.95
28017928--28017979	27	1.9	27	84	7	70	44	11	19	25	1.84
28023889--28023937	24	2.0	24	100	0	98	34	20	12	32	1.90
28028320--28028354	18	2.0	18	88	5	54	20	2	22	54	1.58
28028732--28028769	18	2.1	18	100	0	76	44	5	10	39	1.61
28038362--28038403	18	2.4	17	81	14	50	19	28	35	16	1.93
28039518--28039559	17	2.5	17	80	7	50	33	4	0	61	1.17
28045188--28045312	61	2.0	62	87	1	180	46	16	3	33	1.63
28051872--28051941	3	23.7	3	97	2	133	32	0	0	67	0.91
28052376--28052468	46	2.0	46	95	0	168	19	19	17	44	1.87
28058092--28058159	31	2.2	31	97	2	129	35	5	33	25	1.80
28061802--28061865	29	2.2	29	88	0	92	23	31	10	34	1.89
28063887--28063957	35	2.1	33	82	15	83	39	15	5	39	1.71
28067596--28067643	20	2.4	20	78	0	51	56	2	22	18	1.52
28082610--28082876	133	2.0	134	98	0	518	36	5	9	47	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28083738--28083834	49	2.0	49	85	4	133	58	3	1	37	1.20
28083807--28083842	18	2.0	18	88	0	54	66	0	2	30	1.06
28083755--28083849	10	10.0	10	74	18	53	62	2	2	33	1.19
28083815--28083868	18	3.1	17	78	10	56	68	0	5	25	1.11
28084807--28084850	21	2.0	22	86	4	63	56	22	4	15	1.57
28087323--28087366	23	1.9	22	82	17	54	36	25	0	38	1.56
28089790--28089814	4	6.2	4	100	0	50	52	0	0	48	1.00
28090644--28090832	10	18.9	10	68	15	65	31	3	5	59	1.37
28090705--28090941	9	24.8	9	65	22	76	29	3	6	59	1.39
28090763--28090803	19	2.2	19	86	0	55	31	2	2	63	1.20
28090775--28090826	19	2.8	18	85	11	61	32	0	3	63	1.12
28092026--28092068	20	2.2	20	87	8	61	4	23	0	72	1.04
28093074--28093108	2	17.5	2	100	0	70	0	0	48	51	1.00
28093716--28093746	15	2.1	15	93	0	53	25	32	3	38	1.72
28097765--28097795	15	2.1	15	93	0	53	25	32	3	38	1.72
28100773--28100815	16	2.7	16	85	0	50	62	4	0	32	1.15
28107847--28107902	28	2.0	28	86	10	78	58	3	16	21	1.52
28112056--28112095	21	2.0	21	85	5	55	15	20	2	62	1.43
28114799--28114866	29	2.3	29	87	0	91	36	13	26	23	1.92
28114855--28114924	29	2.4	29	92	0	113	44	14	27	14	1.83
28114913--28115074	30	5.4	30	76	2	146	39	13	24	22	1.90
28114884--28115075	60	3.2	60	85	2	244	39	14	25	21	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28122497--28122564	29	2.3	29	85	5	84	38	13	26	22	1.91
28122610--28122861	30	8.4	30	78	3	179	36	12	26	24	1.91
28122517--28122772	90	2.9	89	87	5	358	37	15	26	20	1.92
28122526--28122832	90	3.4	90	84	3	327	36	14	27	21	1.92
28122517--28122804	60	4.9	60	79	5	257	37	14	26	21	1.92
28122517--28122863	60	5.9	60	78	5	253	36	13	26	22	1.92
28124909--28124975	29	2.3	29	84	0	80	38	10	25	25	1.87
28124952--28125214	30	8.8	29	67	7	116	38	13	26	20	1.90
28124906--28125095	58	3.2	57	75	11	152	38	12	26	22	1.90
28124938--28125239	91	3.4	90	83	3	351	39	13	26	21	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131