genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.82.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  43198478

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   

This is table  82  of  131  ( 15627 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27526012--27526078	33	2.1	32	83	13	84	23	0	20	55	1.44
27526080--27526156	29	2.7	28	85	4	91	41	5	18	35	1.73
27526078--27526166	29	3.1	29	81	3	90	39	5	23	31	1.78
27530008--27530033	9	2.9	9	100	0	52	69	0	0	30	0.89
27535442--27535914	157	3.0	157	92	1	768	29	14	17	38	1.89
27537124--27537162	20	2.0	20	90	10	62	66	7	2	23	1.30
27537581--27537658	30	2.7	30	78	4	88	48	33	1	16	1.55
27549299--27549356	24	2.3	24	76	5	62	25	3	5	65	1.29
27549524--27549564	16	2.6	17	82	17	54	73	4	0	21	1.02
27549532--27549564	16	2.1	16	94	0	57	72	6	0	21	1.05
27551478--27551521	21	2.1	21	82	0	52	36	18	20	25	1.95
27551982--27552178	58	3.3	58	73	9	209	35	12	22	29	1.90
27551942--27552120	61	3.0	60	69	10	168	34	16	20	29	1.94
27551942--27552180	119	2.0	119	95	0	424	34	15	20	30	1.93
27567937--27568094	42	3.8	41	74	4	120	38	20	13	27	1.90
27568649--27568943	148	2.0	148	93	1	502	29	13	20	36	1.91
27576543--27576603	29	2.1	29	93	0	104	27	29	9	32	1.89
27576548--27576601	15	3.6	15	76	16	58	27	25	11	35	1.90
27576749--27576778	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
27579430--27579495	13	5.5	13	76	20	72	48	13	0	37	1.43
27579428--27579483	10	4.9	11	76	22	53	46	16	0	37	1.47
27579430--27579504	23	3.3	23	94	0	123	49	13	0	37	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27589005--27589047	20	2.2	20	100	0	86	25	20	25	27	1.99
27590655--27590688	12	2.8	12	95	0	59	0	14	41	44	1.45
27607764--27607804	19	2.2	19	100	0	82	41	0	4	53	1.22
27609797--27609839	13	3.5	13	81	18	65	48	16	0	34	1.46
27609797--27609841	23	2.0	23	100	0	90	48	15	0	35	1.45
27609799--27609848	23	2.2	23	88	0	73	54	12	0	34	1.38
27610922--27610974	23	2.3	23	80	6	63	22	26	18	32	1.97
27613208--27613628	44	9.7	44	70	13	169	27	22	20	29	1.98
27613302--27613755	44	10.4	44	72	11	226	28	21	19	30	1.98
27613230--27613541	129	2.4	129	86	7	393	27	21	21	30	1.98
27613679--27613804	44	2.9	44	84	0	153	29	19	19	31	1.96
27614156--27614520	44	8.7	42	76	12	276	29	24	17	29	1.97
27614153--27614520	88	4.4	87	76	12	365	29	24	17	29	1.97
27614312--27614375	32	2.0	32	96	0	119	25	20	14	40	1.89
27614520--27614925	88	4.6	88	89	0	573	20	23	28	27	1.99
27614553--27614696	44	3.3	44	68	11	132	25	25	24	25	2.00
27614675--27614810	43	3.1	43	64	4	101	18	25	30	25	1.98
27614685--27614916	44	5.3	44	61	10	105	19	22	31	26	1.98
27616160--27616194	17	2.0	18	94	5	63	8	17	0	74	1.06
27626482--27626609	51	2.6	49	79	9	136	48	2	5	43	1.38
27630690--27630722	3	11.0	3	100	0	66	0	66	0	33	0.92
27632781--27632811	12	2.6	12	94	0	53	58	0	16	25	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27635497--27635527	3	10.3	3	92	0	53	0	29	0	70	0.87
27635491--27635524	15	2.2	16	94	5	61	0	29	0	70	0.87
27640575--27640616	21	2.0	21	90	0	66	52	0	38	9	1.34
27647486--27647510	8	3.1	8	100	0	50	64	12	0	24	1.27
27652975--27653011	17	2.1	18	90	5	58	18	51	21	8	1.72
27663970--27664004	18	1.9	18	88	0	52	37	5	22	34	1.78
27664809--27664837	15	1.9	15	100	0	58	27	13	13	44	1.82
27667928--27667963	18	2.0	18	94	0	63	30	5	8	55	1.52
27671173--27671278	54	2.0	54	83	3	133	20	31	15	33	1.93
27671209--27671289	27	3.0	26	72	13	65	20	27	18	33	1.96
27671459--27671808	67	5.2	67	82	3	382	24	24	14	35	1.93
27674712--27674744	7	5.0	7	92	7	52	0	15	0	84	0.61
27674713--27674742	6	4.8	6	95	4	51	0	13	0	86	0.57
27684062--27684094	17	2.1	17	88	11	52	66	6	12	15	1.42
27687590--27687634	20	2.2	20	84	7	56	62	4	2	31	1.27
27687606--27687650	18	2.5	19	82	7	58	51	4	0	44	1.21
27687620--27687673	27	2.0	28	81	3	65	50	3	0	46	1.19
27687657--27687722	17	3.8	17	71	13	62	63	1	1	33	1.13
27689397--27689425	3	9.7	3	100	0	58	34	0	0	65	0.93
27693730--27693788	28	2.1	27	79	11	66	54	13	15	16	1.72
27693746--27693788	14	3.1	14	72	0	50	58	11	16	13	1.64
27694841--27694871	10	3.1	10	95	0	53	58	0	0	41	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27695417--27695517	35	2.9	32	80	11	103	42	21	12	22	1.87
27696455--27696555	35	2.9	32	80	11	103	42	21	12	22	1.87
27697773--27697873	35	2.9	32	80	11	103	42	21	12	22	1.87
27705110--27705154	21	2.2	21	84	7	58	46	6	2	44	1.42
27708065--27708096	15	2.1	15	100	0	64	34	6	6	53	1.51
27714624--27714906	141	2.0	142	97	2	543	23	21	30	25	1.99
27718035--27718110	38	2.0	38	100	0	152	39	10	13	36	1.79
27720563--27720707	74	2.0	74	81	2	175	45	6	2	44	1.44
27721133--27721201	26	2.8	24	83	14	86	56	7	4	31	1.46
27722549--27722616	31	2.2	31	81	2	84	38	10	11	39	1.76
27722565--27722629	31	2.1	31	97	0	121	33	10	10	44	1.74
27724697--27724758	30	2.1	30	81	6	72	54	0	0	45	0.99
27727301--27727362	30	2.1	30	81	6	72	54	0	0	45	0.99
27728096--27728157	30	2.1	30	81	6	72	54	0	0	45	0.99
27727027--27728616	795	2.0	795	99	0	3171	32	12	10	43	1.77
27739017--27739070	18	3.0	18	80	0	63	42	5	16	35	1.72
27745505--27745543	17	2.3	17	86	0	51	64	0	2	33	1.08
27746678--27746740	30	2.3	27	82	15	76	42	15	6	34	1.73
27746803--27746860	9	6.4	9	91	0	98	41	22	12	24	1.87
27754420--27754450	15	2.1	15	93	0	53	25	9	54	9	1.63
27754649--27754692	21	2.1	21	86	0	61	20	25	9	45	1.80
27757285--27757320	17	2.1	17	89	5	54	19	2	11	66	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27761158--27761198	14	3.1	14	79	10	50	41	0	0	58	0.98
27761374--27761439	16	4.1	16	82	0	87	25	19	13	40	1.89
27762507--27762585	39	2.0	39	100	0	158	22	13	15	48	1.80
27769307--27769339	7	4.7	7	88	11	50	45	12	0	42	1.41
27771688--27771720	16	2.0	17	88	5	50	21	15	9	54	1.68
27780962--27781026	22	3.2	22	70	20	77	30	3	16	49	1.61
27780973--27781034	19	3.2	19	70	20	65	35	1	12	50	1.51
27780956--27781049	39	2.4	39	100	0	188	36	2	17	44	1.60
27780956--27781068	39	2.9	38	89	5	120	36	1	16	45	1.58
27784930--27784962	6	5.3	6	92	7	57	15	18	0	66	1.25
27785385--27785424	19	2.1	19	95	0	71	32	17	5	45	1.70
27789664--27789688	13	1.9	13	100	0	50	40	8	0	52	1.31
27791418--27791458	17	2.4	17	95	0	73	26	26	19	26	1.99
27796048--27796243	40	4.9	40	91	1	313	29	18	30	21	1.97
27796062--27796243	20	9.1	20	62	10	77	28	18	31	21	1.97
27820035--27820154	57	2.1	55	78	7	125	30	20	5	45	1.72
27822000--27822146	78	1.9	78	88	2	224	36	12	15	35	1.85
27822099--27822145	23	2.0	23	83	0	58	38	12	17	31	1.87
27822631--27822692	30	2.1	30	96	0	115	54	12	12	19	1.70
27823846--27824150	152	2.0	154	92	1	515	46	14	7	32	1.72
27825641--27825672	16	2.1	16	94	5	57	43	0	6	50	1.27
27830706--27831207	229	2.2	224	79	8	525	33	18	23	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27830779--27831209	114	3.8	112	73	14	316	32	17	22	26	1.96
27830706--27831306	115	5.3	112	73	10	375	32	18	22	26	1.97
27830707--27831349	229	2.8	229	78	7	514	32	18	22	26	1.97
27831675--27831733	7	8.3	7	86	3	82	13	0	42	44	1.44
27831675--27831733	22	2.8	21	86	2	82	13	0	42	44	1.44
27844845--27845071	43	5.3	42	88	6	316	24	20	24	29	1.99
27844845--27845071	83	2.7	84	85	8	325	24	20	24	29	1.99
27845142--27845184	21	2.0	21	90	0	68	46	27	13	11	1.78
27851940--27852000	30	2.0	30	100	0	122	22	6	39	31	1.80
27853766--27853804	20	2.0	20	100	0	78	25	12	20	41	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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