genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.66.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  43198478

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   

This is table  66  of  131  ( 15627 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21996361--21996431	22	3.0	22	74	21	81	54	12	2	29	1.52
21996447--21996515	25	2.7	26	76	13	70	50	13	7	28	1.67
21996454--21996521	26	2.6	26	83	4	75	51	14	7	26	1.68
21997642--21997680	6	6.5	6	90	0	60	61	15	5	17	1.51
21997642--21997686	12	3.8	12	90	0	72	60	13	6	20	1.55
21997642--21997686	18	2.5	18	85	0	63	60	13	6	20	1.55
22000799--22000876	24	3.2	24	85	10	113	25	17	0	56	1.41
22001193--22001282	45	2.0	45	97	0	171	30	22	12	35	1.90
22001698--22001837	28	5.1	27	84	4	147	18	12	7	60	1.56
22001698--22001858	27	5.9	27	83	7	112	19	14	8	57	1.61
22002414--22002616	45	4.5	45	81	7	234	22	20	21	36	1.95
22002402--22002616	89	2.4	90	89	0	324	21	20	21	37	1.95
22002405--22002616	90	2.4	89	89	0	316	21	20	21	36	1.95
22008968--22009007	17	2.4	17	95	0	71	22	20	35	22	1.96
22013037--22013089	21	2.5	21	93	0	88	60	13	5	20	1.53
22015138--22015313	50	3.5	50	78	9	214	30	28	17	23	1.97
22015135--22015318	100	1.8	101	95	1	334	29	28	18	22	1.97
22018301--22018431	41	3.2	41	83	6	169	50	6	22	19	1.71
22021222--22021260	19	2.1	19	95	0	69	30	15	28	25	1.96
22022961--22023089	41	3.2	41	83	4	163	51	3	23	20	1.63
22024083--22024205	54	2.3	55	80	10	130	23	24	26	26	2.00
22025318--22025351	7	4.9	7	88	0	50	32	35	0	32	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22038262--22038355	46	2.0	46	97	0	179	29	15	11	42	1.83
22038692--22038737	23	2.0	23	95	0	83	45	4	23	26	1.71
22038971--22038996	13	2.0	13	100	0	52	69	30	0	0	0.89
22042155--22042209	6	9.2	6	100	0	110	16	18	0	65	1.27
22055586--22055610	13	1.9	13	100	0	50	36	8	16	40	1.77
22055599--22055648	26	1.9	26	87	0	73	30	8	26	36	1.85
22055683--22055734	16	3.2	16	91	0	77	30	0	34	34	1.58
22055718--22055805	45	2.0	44	86	2	122	32	6	28	31	1.83
22058962--22059022	27	2.3	27	85	0	77	22	4	31	40	1.75
22062592--22062640	25	2.0	25	87	0	71	34	16	12	36	1.86
22066179--22066303	32	3.8	31	71	25	96	40	4	4	50	1.45
22072949--22073002	28	2.0	27	85	10	74	27	3	5	62	1.34
22074431--22074475	20	2.3	19	85	11	56	35	11	13	40	1.80
22074441--22074481	20	2.0	20	95	0	73	24	14	14	46	1.82
22075126--22075202	26	3.0	26	76	0	82	36	23	22	18	1.95
22075332--22075391	27	2.2	27	90	0	93	23	16	20	40	1.91
22075345--22075689	81	4.3	82	79	9	318	22	15	17	44	1.86
22075345--22075689	27	12.8	27	79	6	263	22	15	17	44	1.86
22075345--22075693	54	6.5	54	79	10	311	22	15	17	44	1.86
22082162--22082202	20	2.0	20	95	0	73	26	17	12	43	1.84
22082673--22082731	27	2.2	27	84	6	75	23	23	27	25	2.00
22082849--22082920	26	2.8	26	85	4	92	43	20	15	20	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22083068--22083371	27	11.3	27	81	8	302	21	14	18	45	1.85
22083073--22083363	54	5.4	54	82	7	333	21	14	18	45	1.85
22083073--22083371	160	1.9	160	85	4	415	21	14	18	45	1.84
22087314--22087368	23	2.5	22	85	11	67	18	0	27	54	1.44
22087472--22087605	29	4.6	29	81	0	160	37	4	23	35	1.75
22091068--22091123	20	2.8	20	83	0	76	35	7	14	42	1.73
22093904--22093933	15	2.0	15	93	0	51	40	10	16	33	1.82
22095478--22096117	330	1.9	331	94	0	1120	30	18	12	37	1.88
22099215--22099252	14	2.6	14	91	4	58	68	0	0	31	0.90
22099290--22099362	31	2.3	31	83	6	85	38	0	27	34	1.57
22102744--22102780	17	2.1	18	90	5	58	59	0	2	37	1.12
22104150--22104244	40	2.4	40	88	10	149	32	3	0	64	1.10
22105717--22105749	17	2.0	17	88	5	50	54	0	0	45	0.99
22105927--22105981	16	3.4	16	82	0	65	25	23	5	45	1.74
22107605--22107639	18	1.9	19	88	11	56	37	2	0	60	1.12
22107982--22108018	17	2.2	16	90	4	56	48	0	2	48	1.15
22108163--22108201	5	7.4	5	88	5	51	76	2	0	20	0.90
22108310--22108368	25	2.3	26	80	19	70	57	1	1	38	1.19
22110888--22110931	18	2.4	18	88	0	61	18	27	9	45	1.79
22111330--22111450	49	2.5	49	95	0	215	44	3	7	44	1.48
22111747--22112021	125	2.2	124	94	0	478	28	20	21	29	1.98
22115568--22115829	92	2.9	91	80	6	318	31	17	17	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22115799--22115920	44	2.7	45	81	7	142	27	21	18	32	1.96
22115804--22115964	44	3.7	42	78	7	133	27	21	20	31	1.98
22124021--22124067	19	2.5	20	86	6	62	44	10	19	25	1.82
22127568--22127609	13	3.2	13	80	9	50	59	9	0	30	1.29
22127800--22127834	12	2.8	12	91	4	52	60	0	8	31	1.27
22128427--22128655	113	2.0	114	97	0	433	26	30	14	28	1.95
22129893--22129938	21	2.2	21	96	0	83	15	4	26	54	1.59
22131237--22131284	24	2.0	25	83	4	62	54	10	2	33	1.46
22133194--22133311	57	2.1	58	85	4	159	29	19	6	44	1.76
22138291--22138323	16	2.1	16	94	5	59	51	3	24	21	1.62
22139393--22139500	56	2.0	54	90	3	171	44	20	9	25	1.81
22139580--22139834	69	3.7	68	86	3	366	43	15	10	30	1.81
22143432--22143488	25	2.3	25	78	6	62	33	12	24	29	1.92
22148953--22148993	18	2.3	18	86	0	55	34	2	46	17	1.61
22152440--22152603	53	3.0	54	93	1	276	23	12	14	50	1.76
22152735--22152810	24	3.2	23	75	5	80	40	9	7	42	1.66
22153573--22153612	20	2.0	20	86	13	57	7	10	5	77	1.11
22159900--22159955	3	18.3	3	96	3	103	66	0	0	33	0.92
22169176--22169215	19	2.1	19	90	0	62	17	25	7	50	1.72
22174662--22174782	45	2.7	45	80	0	116	23	22	11	42	1.86
22200830--22200896	24	2.8	24	86	0	89	44	17	16	20	1.86
22204863--22204906	18	2.5	18	85	10	56	22	0	6	70	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22216498--22216684	44	4.6	39	74	10	130	25	17	24	33	1.96
22216536--22216755	44	5.1	45	72	12	183	28	15	25	30	1.96
22216494--22216755	126	2.1	126	94	0	470	27	16	25	30	1.96
22217062--22217261	89	2.2	91	88	4	291	33	15	23	28	1.95
22217070--22217259	45	4.2	45	76	1	184	32	15	23	29	1.95
22217070--22217287	89	2.4	88	84	5	251	32	15	22	30	1.94
22217245--22217357	44	2.5	44	78	4	111	38	15	19	27	1.91
22219407--22219445	15	2.6	15	80	15	53	25	7	7	58	1.52
22234743--22236431	844	2.0	844	100	0	3378	39	22	11	26	1.88
22241418--22241443	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
22247531--22248323	95	8.4	95	85	2	948	30	19	12	37	1.88
22250097--22250127	6	5.2	6	92	0	53	64	0	19	16	1.29
22250274--22250346	26	2.8	26	85	4	85	45	6	16	31	1.74
22251499--22251530	8	4.2	8	84	15	50	37	0	12	50	1.41
22251499--22251529	14	2.2	14	100	0	62	35	0	12	51	1.40
22251879--22251985	41	2.6	41	83	0	124	26	18	22	32	1.97
22252110--22252329	63	3.2	67	81	9	259	30	10	16	41	1.82
22252150--22252255	31	3.4	30	68	18	81	30	10	16	42	1.82
22258781--22258867	45	1.9	45	92	0	147	33	17	8	41	1.78
22264766--22264843	38	2.1	38	100	0	156	37	35	11	15	1.84
22266732--22266772	8	5.1	8	81	18	50	51	0	0	48	1.00
22266732--22266781	15	3.3	15	82	15	59	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22266738--22266786	26	1.9	26	88	12	75	51	0	0	48	1.00
22267678--22268001	160	2.0	161	99	0	641	33	8	6	51	1.58
22268707--22268742	11	3.4	11	84	7	56	16	5	0	77	0.94
22277828--22277867	21	1.9	21	100	0	80	42	5	15	37	1.68
22281048--22281099	25	2.1	25	92	0	86	28	19	23	28	1.98
22281055--22281109	25	2.2	25	87	6	76	27	25	21	25	2.00
22290060--22290099	21	1.9	21	100	0	80	42	5	15	37	1.68
22293280--22293331	25	2.1	25	92	0	86	28	19	23	28	1.98
22293287--22293341	25	2.2	25	87	6	76	27	25	21	25	2.00
22296785--22296827	17	2.6	17	85	7	54	20	11	0	67	1.22

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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