genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.63.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  43198478

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   

This is table  63  of  131  ( 15627 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20727420--20727455	18	1.9	19	88	5	56	38	19	8	33	1.82
20729637--20729826	29	6.5	29	75	3	139	23	27	13	35	1.92
20729668--20729848	87	2.1	87	84	1	227	23	27	13	35	1.92
20729637--20729826	58	3.3	58	74	10	163	23	27	13	35	1.92
20733941--20734062	23	5.3	23	84	0	163	32	24	18	23	1.97
20733941--20734062	46	2.7	46	93	0	199	32	24	18	23	1.97
20738395--20738419	12	2.1	12	100	0	50	8	32	36	24	1.84
20744355--20744425	36	2.0	36	83	5	90	22	21	14	42	1.88
20751991--20752039	26	2.0	24	84	8	62	36	4	18	40	1.70
20754747--20754775	12	2.3	13	94	5	51	20	6	6	65	1.40
20759756--20759825	34	2.1	34	91	0	113	35	18	15	30	1.92
20760837--20760933	42	2.3	42	74	0	104	23	18	31	25	1.97
20763058--20763086	14	2.1	14	93	6	51	13	6	0	79	0.93
20770494--20770655	41	4.0	41	89	3	236	25	24	20	29	1.99
20770494--20770655	82	2.0	82	92	0	270	25	24	20	29	1.99
20773995--20774071	22	3.5	22	94	0	136	28	24	19	27	1.99
20782715--20782769	25	2.2	26	86	3	76	27	5	3	63	1.33
20788358--20788397	21	1.9	21	94	0	71	27	30	22	20	1.98
20788939--20789497	143	3.9	143	87	1	764	29	20	22	27	1.99
20791069--20791150	25	3.2	25	77	5	76	24	3	6	65	1.31
20792318--20792362	19	2.4	19	84	0	54	26	11	6	55	1.59
20792628--20792684	15	3.5	15	71	17	51	49	1	1	47	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20802311--20802495	101	1.8	102	87	3	275	24	18	27	29	1.98
20802311--20802495	51	3.7	50	82	6	196	24	18	27	29	1.98
20802311--20802503	102	1.9	101	86	3	271	24	19	27	28	1.98
20809240--20809280	20	1.9	23	85	14	61	48	14	12	24	1.78
20811357--20811517	82	2.0	82	97	0	304	27	6	16	49	1.69
20822809--20822846	19	2.0	19	94	0	67	39	5	5	50	1.48
20825922--20826194	110	2.5	110	81	2	289	35	14	23	26	1.94
20830126--20830348	114	2.0	114	96	0	410	37	11	18	32	1.87
20832503--20832542	17	2.4	17	83	8	55	37	0	0	62	0.95
20838275--20838349	37	2.0	37	100	0	150	34	10	12	42	1.77
20855587--20855622	16	2.2	17	90	5	56	75	2	0	22	0.94
20856926--20856975	20	2.5	20	78	12	59	46	6	6	42	1.53
20857037--20857101	19	3.4	19	75	12	53	38	6	15	40	1.72
20857856--20857889	18	1.9	18	88	5	52	73	0	14	11	1.10
20860067--20860183	50	2.3	50	86	0	153	26	23	29	20	1.99
20860459--20860497	20	2.0	20	89	0	60	53	2	25	17	1.56
20862265--20863135	432	2.0	431	99	0	1733	25	18	22	32	1.97
20864402--20864440	5	7.6	5	82	5	51	41	0	17	41	1.50
20864878--20864988	25	4.5	25	73	18	99	18	23	26	32	1.97
20864885--20865023	73	1.9	73	80	11	160	19	23	25	31	1.98
20870714--20870863	79	1.9	79	92	0	255	34	10	19	35	1.86
20875651--20875712	27	2.3	27	97	0	115	40	32	6	20	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20877991--20878015	12	2.1	12	100	0	50	48	8	0	44	1.32
20879542--20879716	78	2.2	79	85	2	235	33	26	20	19	1.96
20879542--20879718	40	4.5	40	82	2	214	33	26	20	19	1.97
20887815--20887863	25	2.0	25	87	0	71	36	12	18	32	1.88
20890540--20890596	27	2.1	27	90	0	87	36	21	12	29	1.90
20892184--20892736	113	5.0	112	86	6	701	48	11	11	28	1.73
20892754--20892948	107	1.8	108	89	3	313	51	9	11	27	1.69
20892861--20893030	82	2.1	82	90	0	277	52	9	9	28	1.64
20892754--20893137	189	2.0	189	89	1	590	51	11	10	26	1.71
20892944--20893254	107	2.9	107	95	0	545	49	13	10	26	1.74
20921310--20921343	14	2.3	15	95	5	61	58	2	26	11	1.47
20921320--20921364	19	2.2	22	88	11	69	64	0	26	8	1.23
20926361--20926483	50	2.5	50	90	0	201	21	17	30	30	1.96
20926578--20926709	66	2.0	66	92	0	219	40	4	28	25	1.75
20928637--20928705	35	2.0	35	88	0	102	47	0	26	26	1.52
20929022--20929063	16	2.6	16	79	20	52	11	19	0	69	1.19
20929024--20929072	16	3.0	17	74	17	50	10	16	0	73	1.09
20930215--20930249	14	2.5	14	95	0	61	34	11	20	34	1.88
20930788--20930836	19	2.6	19	80	0	53	30	6	10	53	1.59
20931884--20931920	18	2.1	18	89	0	56	18	18	21	40	1.91
20934642--20934666	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
20935748--20936316	283	2.0	284	99	0	1131	32	20	15	31	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20936648--20936677	6	5.0	6	95	0	51	46	3	16	33	1.64
20938012--20938049	17	2.1	19	85	9	53	71	5	0	23	1.07
20938955--20939014	31	1.9	31	93	0	102	26	3	30	40	1.72
20942462--20942524	30	2.1	30	93	0	108	31	6	25	36	1.81
20960052--20960081	12	2.4	13	94	5	53	66	6	6	20	1.38
20983378--20983428	20	2.5	20	83	0	75	37	7	0	54	1.29
20983318--20983543	108	2.0	113	85	5	309	35	7	3	52	1.50
20983318--20983489	54	3.2	53	74	15	172	36	6	4	52	1.46
20983856--20983887	16	2.0	16	93	0	55	59	0	6	34	1.23
20984786--20984969	96	1.9	96	92	0	305	33	17	14	35	1.90
20993627--20993653	12	2.2	12	100	0	54	7	7	7	77	1.12
20999177--20999222	8	5.1	9	84	10	51	23	2	0	73	0.94
21000970--21001026	6	9.5	6	84	0	78	15	0	5	78	0.91
21009559--21009612	25	2.2	24	80	9	65	20	27	18	33	1.96
21009876--21009920	24	1.9	23	86	13	65	42	4	20	33	1.72
21011720--21011940	50	4.4	50	80	5	225	19	30	22	28	1.98
21011720--21011940	100	2.2	99	82	7	252	19	30	22	28	1.98
21016859--21016892	17	1.9	18	88	5	52	32	5	0	61	1.20
21031776--21031836	32	1.9	32	93	3	106	27	3	8	60	1.41
21031952--21031982	11	2.8	11	90	0	53	67	0	0	32	0.91
21039271--21039338	16	4.3	16	73	16	52	48	0	5	45	1.26
21039315--21039349	17	2.1	17	89	5	54	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21042810--21042843	11	3.0	11	86	4	50	55	8	0	35	1.31
21043135--21043181	20	2.4	19	86	10	60	51	0	10	38	1.37
21067680--21067834	73	2.1	73	90	4	242	45	9	11	33	1.73
21067822--21068009	87	2.1	88	84	3	236	47	9	6	36	1.62
21070606--21070693	39	2.2	39	78	11	90	65	1	1	31	1.07
21070601--21070655	27	2.2	25	80	9	58	63	1	0	34	1.05
21070603--21070664	28	2.3	25	81	13	70	62	1	0	35	1.05
21077206--21077245	20	2.0	20	100	0	80	50	5	20	25	1.68
21077995--21078311	152	2.1	152	92	1	528	42	15	8	33	1.78
21086166--21086218	26	2.3	23	79	20	65	75	3	3	16	1.10
21092077--21092121	23	2.0	23	95	0	81	40	15	8	35	1.79
21095119--21095406	50	5.6	50	83	3	326	24	21	30	23	1.99
21110096--21110179	41	2.0	41	100	0	168	30	16	11	40	1.85
21119239--21119350	25	4.5	25	85	0	161	22	23	24	30	1.99
21126690--21126818	54	2.4	54	82	0	150	26	27	13	32	1.94
21128086--21128124	20	2.0	20	90	10	62	15	23	5	56	1.59
21128420--21128541	49	2.5	49	83	4	147	16	29	25	28	1.97
21132686--21132716	16	1.9	16	93	0	53	19	32	6	41	1.77
21140027--21140060	14	2.4	14	95	5	59	11	11	23	52	1.70
21148444--21148542	51	1.9	52	88	10	150	41	12	14	32	1.82
21153196--21153243	22	2.3	22	85	7	64	62	6	4	27	1.38
21153257--21153336	18	4.3	19	71	17	69	46	0	0	53	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21153254--21153327	37	2.0	36	94	2	130	51	0	0	48	1.00
21153441--21153487	24	1.9	25	83	12	62	38	19	10	31	1.86
21163615--21163658	22	2.0	21	83	12	54	40	0	0	59	0.98
21166985--21167200	33	5.5	41	70	19	185	22	16	27	33	1.95
21167029--21167229	33	5.5	33	70	23	143	21	16	27	33	1.95
21166958--21167237	75	3.8	74	90	5	426	22	17	27	32	1.97
21166958--21167237	152	1.9	144	90	5	443	22	17	27	32	1.97
21169400--21169432	14	2.5	13	90	9	50	24	12	6	57	1.57
21175311--21175501	51	3.8	50	81	8	235	31	25	15	27	1.95
21175415--21175497	26	3.2	26	65	27	68	32	25	12	30	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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