genome.fa.s16.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  53248092

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1--1075	7	152.7	7	91	1	1049	37	46	3	11	1.57
2459--2517	21	2.8	21	80	12	68	47	28	13	10	1.75
3231--3428	96	2.1	96	91	0	315	43	12	25	18	1.84
9949--9983	16	2.2	16	90	10	54	28	17	2	51	1.59
18079--18126	11	4.4	11	81	0	60	20	8	8	62	1.49
19268--19352	29	2.9	29	85	0	116	54	9	3	32	1.50
20733--20937	66	3.1	66	95	1	374	43	9	4	42	1.57
20733--20938	67	3.1	67	96	0	378	43	9	4	42	1.57
39239--39334	24	4.2	24	69	10	65	36	44	5	13	1.66
39269--39355	44	2.0	44	88	0	129	37	42	6	12	1.70
40298--40400	54	1.9	54	87	0	152	34	14	19	31	1.92
43238--43296	27	2.2	28	78	9	68	49	0	1	49	1.11
43477--43521	24	1.9	24	86	4	65	57	2	8	31	1.41
46345--46395	19	2.5	20	87	12	70	54	5	0	39	1.24
46345--46402	19	3.0	20	82	12	59	53	5	0	41	1.23
50295--50330	4	9.0	4	100	0	72	25	25	0	50	1.50
79086--79334	50	4.8	50	84	4	275	20	28	24	26	1.99
79085--79334	100	2.4	104	87	6	348	20	28	24	26	1.99
79429--79460	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
79672--79728	30	1.9	30	89	3	89	29	24	3	42	1.71
81766--81818	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
81813--81864	27	1.9	27	88	0	77	7	26	1	63	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85207--85235	4	7.2	4	100	0	58	24	24	24	27	2.00
88973--89005	5	6.4	5	96	3	57	0	18	21	60	1.36
107861--108108	69	3.6	69	82	1	282	33	20	22	23	1.97
107861--108182	138	2.3	137	80	5	335	32	19	22	25	1.97
114112--114138	4	6.8	4	100	0	54	0	0	22	77	0.76
117014--117056	6	7.2	6	97	0	68	27	0	55	16	1.41
117027--117067	18	2.3	18	86	0	55	36	0	48	14	1.44
130434--130717	52	5.1	52	64	20	128	43	1	7	48	1.39
130543--130837	56	5.2	56	66	23	154	44	1	6	47	1.38
130392--130859	114	4.1	116	90	8	740	43	1	6	48	1.38
131127--131174	10	4.9	10	82	5	62	14	0	0	85	0.60
131129--131174	13	3.5	14	82	11	62	15	0	0	84	0.62
131127--131167	20	2.0	20	95	0	73	12	0	0	87	0.53
131641--132277	120	5.3	119	84	12	722	49	6	1	42	1.37
131803--131847	20	2.3	19	88	3	63	53	2	0	44	1.13
131659--132277	119	5.1	120	86	11	833	49	6	1	42	1.38
131659--132285	239	2.6	240	86	11	840	49	6	1	42	1.37
137199--137287	45	2.0	44	86	6	126	35	1	15	47	1.53
137302--137350	25	1.9	26	87	4	73	38	6	4	51	1.46
137594--137639	23	2.0	23	100	0	92	39	17	21	21	1.93
138306--138381	39	1.9	39	86	0	107	31	10	18	39	1.85
141333--141399	22	3.0	22	79	16	68	29	4	0	65	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
141352--141390	14	2.9	14	84	3	53	33	0	0	66	0.92
142245--142397	58	2.6	58	88	0	225	37	20	9	33	1.84
146420--146444	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
146481--146513	15	2.1	16	88	5	50	48	3	12	36	1.56
147567--147635	29	2.3	30	78	11	72	39	4	7	49	1.50
147935--147990	29	1.9	29	85	0	76	37	5	8	48	1.58
170487--170551	4	17.8	4	87	12	72	1	24	0	73	0.91
170487--170550	11	5.9	11	82	14	80	1	25	0	73	0.92
175857--175900	23	1.9	23	85	0	61	56	0	0	43	0.99
175876--175911	13	2.6	15	87	12	51	61	0	0	38	0.96
192102--192132	5	6.2	5	100	0	62	0	19	0	80	0.71
195937--195972	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
200637--200705	31	2.2	31	89	5	104	46	7	2	43	1.46
215309--215334	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
222496--222547	27	1.9	28	84	7	72	34	7	0	57	1.27
240025--240087	25	2.5	25	84	7	74	3	26	3	66	1.22
242283--242345	31	2.1	30	82	8	76	57	9	3	30	1.46
252014--252071	7	8.3	7	100	0	116	13	29	27	29	1.94
253627--253661	8	4.2	8	88	3	52	80	0	2	17	0.84
253616--253663	16	2.7	17	81	15	53	72	0	2	25	0.95
253630--253662	16	2.0	17	94	5	59	78	0	3	18	0.87
253628--253871	113	2.1	111	79	9	258	40	15	12	30	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
253917--254042	59	2.1	60	86	2	175	17	22	17	42	1.89
257487--257525	17	2.4	17	87	12	55	35	10	2	51	1.50
257554--257578	12	2.1	12	100	0	50	60	8	8	24	1.52
258926--258961	17	2.1	17	89	0	54	25	52	2	19	1.59
259911--260094	82	2.2	82	78	3	192	38	26	15	20	1.92
265045--265107	30	2.1	30	90	0	99	58	11	1	28	1.41
275611--275709	28	3.5	28	94	5	173	38	13	0	48	1.42
275779--275849	27	2.6	27	93	0	115	28	26	28	16	1.97
275887--276035	20	7.6	19	71	21	112	65	0	34	0	0.93
275891--275973	22	3.6	22	84	9	103	63	0	36	0	0.94
275886--276022	12	10.0	14	72	16	85	66	0	33	0	0.92
275877--276056	79	2.4	80	83	12	229	66	0	33	0	0.92
275877--276055	44	4.3	44	74	19	152	66	0	33	0	0.92
276138--276227	37	2.5	35	87	8	112	30	2	6	61	1.34
276149--276230	37	2.2	37	97	0	146	30	2	4	62	1.29
276168--276230	18	3.4	18	75	12	74	30	3	4	61	1.32
276747--276782	11	3.3	11	84	0	54	58	13	0	27	1.36
282411--282463	26	2.0	26	85	7	72	47	7	1	43	1.42
282649--282680	3	10.7	3	100	0	64	68	31	0	0	0.90
282747--282785	20	2.0	21	85	10	55	66	7	0	25	1.18
282839--282901	34	1.9	33	90	6	101	4	17	4	73	1.19
282928--283026	27	3.7	27	90	0	153	19	26	28	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
283096--283195	28	3.5	28	91	5	157	50	0	13	37	1.41
286741--286771	8	3.9	8	95	0	53	22	0	3	74	0.96
287145--287185	20	2.1	20	90	4	66	65	14	9	9	1.46
292591--292624	17	1.9	17	88	5	50	35	0	0	64	0.94
302408--302438	12	2.6	12	100	0	62	22	0	6	70	1.09
308380--308525	72	2.0	72	98	0	283	24	7	25	42	1.81
311374--311476	10	10.5	10	70	13	63	40	1	1	55	1.22
311400--311451	26	1.9	27	88	7	79	42	0	1	55	1.10
311414--311473	19	3.0	20	85	9	79	40	0	1	58	1.08
312075--312167	18	5.2	18	92	0	150	29	23	15	32	1.95
321511--321823	162	1.9	162	82	10	388	33	19	15	31	1.93
337634--337744	31	3.7	29	75	8	87	38	12	14	34	1.84
337675--337744	31	2.3	30	85	4	88	37	12	12	37	1.82
337780--337826	7	6.6	7	83	13	60	57	0	0	42	0.98
350133--350244	55	2.0	55	98	0	215	40	7	13	39	1.72
353936--354010	38	2.0	38	97	0	141	48	6	14	30	1.70
354423--354465	4	10.8	4	100	0	86	51	25	0	23	1.49
359992--360046	15	3.4	16	80	16	53	54	1	0	43	1.10
359998--360046	16	2.9	18	80	20	61	55	0	0	44	0.99
360094--360306	67	3.1	67	66	16	168	47	3	2	46	1.35
359899--360220	156	2.1	156	94	0	563	44	3	6	45	1.45
360168--360202	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
360092--360350	137	1.9	138	90	0	412	46	3	3	46	1.38
360106--360384	137	2.0	136	82	4	328	46	5	3	44	1.42
363545--363654	33	3.3	33	81	8	125	31	8	17	42	1.78
363601--363703	51	2.0	51	92	3	172	28	7	18	45	1.77
363778--363956	85	2.1	85	96	1	333	45	7	4	41	1.53
366685--366720	16	2.2	16	100	0	72	25	0	36	38	1.56
366695--366740	16	2.9	16	86	0	56	34	0	32	32	1.58
366717--366814	45	2.2	44	81	5	117	37	5	24	32	1.77
366973--367007	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
367119--367153	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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