genome.fa.s16.2.7.7.80.10.50.1000.85.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  53248092

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26835965--26836003	18	2.2	18	85	0	51	61	2	23	12	1.43
26838854--26838967	40	2.8	40	81	5	149	26	28	12	33	1.92
26840531--26840596	32	2.1	32	88	5	98	43	0	19	36	1.51
26847933--26848084	27	5.6	27	93	3	241	30	28	13	26	1.94
26847933--26848084	55	2.8	55	94	0	259	30	28	13	26	1.94
26852334--26852403	25	2.8	25	84	0	104	17	50	11	21	1.77
26852539--26852583	20	2.2	21	84	7	58	17	2	13	66	1.34
26852868--26852913	24	1.9	24	100	0	92	30	8	0	60	1.26
26862854--26862920	33	1.9	33	82	8	80	47	8	31	11	1.71
26869213--26869258	21	2.1	22	84	4	58	67	2	19	10	1.31
26869292--26869358	33	1.9	33	82	8	80	47	8	31	11	1.71
26870771--26870796	13	2.0	13	100	0	52	30	0	0	69	0.89
26889953--26890122	40	4.3	40	92	2	263	25	28	20	24	1.99
26889953--26890174	79	2.8	79	82	5	250	25	27	21	25	1.99
26889955--26890170	119	1.8	120	82	7	278	25	26	21	26	1.99
26891307--26891470	56	3.1	56	79	20	235	22	23	8	45	1.80
26891356--26891451	44	2.2	44	98	0	183	22	22	7	46	1.76
26891858--26891894	17	2.2	17	90	0	56	37	8	29	24	1.84
26894605--26894678	28	2.6	28	91	4	114	28	14	25	31	1.95
26898086--26898156	6	11.8	6	73	5	54	7	15	4	73	1.21
26898083--26898157	12	6.2	12	73	11	73	9	16	4	70	1.28
26900651--26900695	18	2.4	18	89	10	65	71	4	20	4	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26900647--26900695	6	8.0	6	77	4	53	73	4	18	4	1.15
26902507--26902543	17	2.2	17	95	0	65	8	10	24	56	1.60
26913293--26913555	40	6.6	40	87	3	316	24	20	28	26	1.99
26933824--26933849	12	2.2	12	100	0	52	23	7	0	69	1.14
26937541--26937596	30	1.9	28	82	13	69	60	10	14	14	1.58
26944660--26946188	807	1.9	807	83	6	1966	42	17	17	23	1.89
26952474--26952546	29	2.5	29	97	0	137	45	12	9	32	1.74
26956901--26956962	21	3.3	17	73	20	52	11	19	1	67	1.29
26965708--26965767	30	2.1	27	81	9	66	63	5	26	5	1.36
26971951--26972005	15	3.8	15	80	7	60	72	1	21	3	1.09
26973586--26973737	40	3.8	40	89	2	198	26	28	21	23	1.99
26981742--26981953	40	5.3	40	86	2	232	29	26	20	24	1.99
26994346--26994439	46	2.0	46	93	0	161	24	19	21	35	1.96
26999195--26999250	20	2.8	19	84	7	76	23	28	17	30	1.97
27005726--27005779	20	2.7	20	82	0	72	24	31	12	31	1.93
27008331--27008424	46	2.0	46	95	0	170	24	20	21	34	1.97
27008768--27008898	50	2.6	52	76	6	133	38	12	13	35	1.84
27009229--27009295	35	1.9	35	84	6	91	46	4	14	34	1.65
27012249--27012277	13	2.1	14	93	6	51	58	13	0	27	1.36
27012326--27012367	20	2.0	21	86	4	59	30	16	26	26	1.97
27023763--27023804	21	2.0	21	95	0	75	28	16	14	40	1.88
27041771--27041876	53	2.0	53	94	0	185	16	16	12	53	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27050172--27050219	19	2.5	20	82	3	62	8	14	0	77	0.99
27050184--27050233	20	2.5	20	87	9	66	4	20	0	76	0.95
27051750--27051843	46	2.0	46	95	4	172	34	22	19	24	1.97
27062377--27062560	39	4.6	41	81	11	197	24	22	27	25	2.00
27062377--27062560	79	2.3	80	82	8	216	24	22	27	25	2.00
27062430--27062593	79	2.1	78	82	7	190	26	21	27	25	1.99
27070336--27070519	40	4.7	40	80	7	198	25	21	27	25	2.00
27070388--27070552	79	2.1	79	80	6	183	27	20	26	25	1.99
27075361--27075485	47	2.7	49	80	14	147	25	28	18	27	1.98
27091814--27091849	18	2.0	18	89	10	56	19	11	13	55	1.68
27106383--27106428	21	2.2	21	84	7	58	8	19	2	69	1.25
27112648--27112714	20	3.3	20	71	8	64	23	26	11	37	1.90
27116463--27116520	25	2.3	25	76	5	64	27	17	12	43	1.84
27126508--27126541	15	2.3	15	94	0	59	35	0	8	55	1.31
27128866--27128948	28	3.2	28	65	19	79	33	26	15	24	1.95
27128834--27129007	50	3.6	48	83	6	219	33	25	15	24	1.95
27130843--27130935	46	2.0	46	97	0	177	23	20	15	40	1.90
27166693--27166743	21	2.4	22	86	3	68	70	0	29	0	0.87
27182579--27182746	40	4.2	40	82	8	148	27	27	20	24	1.99
27182616--27182746	40	3.3	40	89	2	201	28	27	20	23	1.99
27182579--27182799	80	2.8	80	79	11	229	26	27	21	24	1.99
27189787--27190047	40	6.6	40	86	4	289	24	20	27	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27189787--27190047	79	3.3	79	84	4	296	24	20	27	26	1.99
27192050--27192147	35	2.8	35	84	4	126	23	18	20	37	1.94
27196886--27197043	60	2.7	60	82	4	178	36	18	18	26	1.94
27196986--27197031	20	2.3	20	88	0	65	39	26	13	21	1.90
27201033--27201143	40	2.8	40	88	1	168	35	12	16	36	1.86
27201274--27201360	37	2.3	37	86	5	113	22	19	12	44	1.84
27209597--27209812	40	5.4	40	84	3	222	25	19	26	27	1.99
27220048--27220158	57	1.9	57	90	0	177	27	17	18	36	1.93
27221020--27221048	3	9.7	3	100	0	58	0	0	31	68	0.89
27228764--27228843	42	1.9	42	89	0	124	51	2	21	25	1.60
27231996--27232047	25	2.1	25	88	0	77	32	28	5	32	1.81
27234663--27234842	97	1.8	99	85	5	258	22	31	18	28	1.97
27234673--27234849	50	3.6	48	75	6	169	22	31	17	28	1.97
27234870--27234964	44	2.2	44	88	0	145	24	20	11	44	1.84
27239581--27239686	50	2.1	50	87	3	151	28	22	31	17	1.97
27239589--27239704	50	2.3	50	82	2	126	29	25	25	18	1.98
27239974--27240012	20	2.0	20	94	0	69	58	2	23	15	1.49
27247082--27247266	49	3.8	49	84	2	210	31	20	25	22	1.98
27256243--27256420	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
27256264--27256419	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
27267926--27267969	24	2.0	21	82	13	52	54	2	2	40	1.25
27267993--27268100	20	5.8	18	68	23	64	51	2	2	42	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27267993--27268099	37	2.9	36	78	14	105	52	2	2	42	1.30
27268479--27268525	19	2.5	19	86	6	60	34	2	4	59	1.29
27279539--27279599	32	1.9	32	83	6	79	40	14	9	34	1.79
27290236--27290688	235	1.9	235	96	0	843	29	16	17	36	1.92
27290454--27291041	285	2.1	286	96	0	1088	28	17	16	37	1.91
27293007--27293051	3	15.0	3	100	0	90	66	0	0	33	0.92
27299483--27299526	3	14.7	3	100	0	88	34	0	0	65	0.93
27304328--27304372	21	2.1	21	83	0	54	15	33	22	28	1.95
27314149--27314201	26	2.0	26	88	0	79	18	22	33	24	1.97
27314178--27314399	43	5.3	42	73	12	179	22	14	26	36	1.92
27314175--27314410	84	2.8	84	88	0	319	22	15	26	36	1.93
27316225--27316960	138	5.4	138	87	3	1004	43	6	8	40	1.62
27316731--27316960	124	1.8	125	89	2	365	40	6	9	43	1.63
27319521--27319565	18	2.5	18	85	7	65	37	0	17	44	1.49
27319898--27319962	25	2.6	25	82	4	78	38	13	16	30	1.88
27324459--27324487	3	10.0	3	92	7	51	68	0	31	0	0.89
27325966--27326062	21	4.7	21	94	2	162	40	10	12	37	1.77
27326054--27326098	21	2.0	23	83	8	58	37	4	13	44	1.64
27326261--27326299	19	2.0	21	85	10	55	15	10	5	69	1.34
27326807--27326918	51	2.2	52	80	6	131	32	6	6	55	1.50
27344611--27344755	75	1.9	75	100	0	290	38	13	17	31	1.88
27349473--27349650	49	3.6	49	80	7	184	28	24	26	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27355114--27355170	2	28.5	2	89	0	87	47	47	3	1	1.29
27357822--27358194	202	1.8	202	91	0	611	28	14	22	34	1.93
27360362--27360428	34	2.0	34	94	5	118	23	23	4	47	1.70
27364124--27364342	43	5.1	43	88	0	267	27	29	17	25	1.98
27364618--27364704	43	2.0	43	86	4	122	43	10	11	34	1.75
27367391--27367433	21	2.0	21	95	0	77	27	0	37	34	1.57
27367425--27367519	45	2.1	43	84	9	120	35	4	26	33	1.76
27367680--27367714	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
27367638--27367710	27	2.7	27	76	8	76	52	2	0	45	1.15
27367599--27367870	144	1.9	147	94	3	487	46	3	2	47	1.34

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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