genome.fa.s16.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  53248092

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2611185--2611282	9	10.4	9	71	10	63	67	3	2	27	1.17
2611185--2611294	19	5.8	19	72	17	79	66	3	2	27	1.22
2611528--2611569	10	4.3	10	81	6	59	40	0	2	57	1.12
2611537--2611628	20	4.7	20	72	4	71	38	1	3	57	1.22
2611528--2611628	29	3.4	29	73	10	89	39	0	2	56	1.21
2611595--2611635	20	2.0	21	90	4	66	46	0	0	53	1.00
2611601--2611640	19	2.0	20	85	4	55	47	0	0	52	1.00
2611749--2611986	91	2.7	90	80	8	265	33	8	21	36	1.84
2613715--2613820	21	5.0	21	73	18	69	72	3	17	5	1.19
2613745--2613820	4	18.0	4	76	15	57	72	2	23	1	1.05
2614701--2614831	40	3.3	39	70	14	108	28	15	22	33	1.94
2615676--2615944	46	5.6	46	89	5	340	34	14	21	29	1.93
2615736--2615933	52	3.9	52	88	5	291	34	14	21	28	1.93
2615908--2616017	37	3.0	37	91	1	177	37	14	21	26	1.92
2624075--2624228	73	2.1	73	89	2	229	36	5	27	30	1.80
2625096--2625207	18	6.3	18	67	24	69	50	7	39	3	1.47
2625112--2625214	12	8.6	12	80	0	107	47	6	42	2	1.45
2625106--2625214	24	4.5	24	82	0	119	48	6	42	2	1.43
2625112--2625214	36	2.9	36	100	0	206	47	6	42	2	1.45
2626943--2626993	25	2.0	25	100	0	102	37	11	11	39	1.79
2628853--2628907	6	9.2	6	86	5	58	16	0	20	63	1.31
2634204--2634240	4	9.2	4	87	0	56	24	2	21	51	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2634188--2634238	12	4.2	12	79	0	57	27	7	17	47	1.75
2636903--2636950	21	2.1	24	81	11	57	54	0	4	41	1.20
2638181--2638294	38	3.0	38	100	0	228	36	28	5	28	1.79
2649073--2649139	27	2.5	27	80	0	89	25	20	28	25	1.99
2651092--2651157	33	2.0	33	100	0	132	39	24	15	21	1.91
2651933--2652007	27	2.7	27	78	12	80	30	24	13	32	1.93
2651969--2652036	27	2.5	27	86	13	88	26	29	13	30	1.94
2652112--2652211	50	2.0	50	86	0	137	27	23	14	36	1.93
2653690--2653718	14	2.1	14	100	0	58	44	6	20	27	1.77
2662909--2663227	105	3.0	105	98	0	620	28	18	24	28	1.98
2668539--2668582	15	3.0	15	86	3	54	70	4	2	22	1.17
2669759--2669854	46	2.1	46	94	0	165	12	9	37	40	1.75
2669768--2669868	46	2.2	46	85	3	132	15	9	36	37	1.81
2676309--2676541	106	2.2	102	83	11	278	30	16	18	34	1.93
2678061--2678318	113	2.4	103	82	8	284	29	16	16	37	1.91
2678134--2678336	104	1.9	105	84	4	266	31	18	18	32	1.95
2682987--2683027	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
2692317--2692365	22	2.3	21	79	10	55	10	18	2	69	1.27
2702091--2702164	18	4.0	19	73	13	57	51	0	5	43	1.24
2712937--2713117	61	3.0	61	94	0	308	19	19	15	44	1.86
2729657--2729707	27	1.9	26	84	11	68	5	25	1	66	1.24
2730625--2730658	16	2.1	16	88	5	50	61	0	11	26	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2738389--2738436	22	2.3	20	82	10	53	14	6	6	72	1.24
2749946--2749974	14	2.0	15	93	6	51	41	0	0	58	0.98
2757498--2757530	15	2.1	16	88	5	50	27	0	0	72	0.85
2759360--2759411	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
2761329--2761380	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
2762970--2763006	16	2.3	16	90	0	56	51	0	0	48	1.00
2766799--2766825	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
2767532--2767610	31	2.6	30	75	15	81	43	11	3	41	1.59
2774843--2774908	31	2.1	31	83	5	80	46	12	15	25	1.80
2775125--2775241	51	2.3	51	82	7	139	34	15	7	42	1.75
2783175--2783330	72	2.2	73	80	6	174	23	20	26	30	1.99
2783717--2783759	19	2.3	19	100	0	86	37	23	0	39	1.55
2787974--2788272	121	2.5	120	84	3	377	39	10	12	38	1.77
2794991--2795065	30	2.5	30	74	8	71	53	8	4	34	1.49
2795412--2795445	18	1.9	17	88	5	50	35	0	2	61	1.11
2800771--2800821	23	2.2	23	92	0	84	27	9	21	41	1.84
2814825--2814863	5	7.6	5	83	16	53	79	0	0	20	0.73
2814821--2814863	15	2.8	15	83	16	61	79	0	0	20	0.74
2816943--2816971	14	2.1	14	93	6	51	48	10	0	41	1.37
2822453--2822566	3	38.0	3	90	0	111	33	9	0	56	1.38
2828793--2828868	40	1.9	40	83	5	100	53	14	5	26	1.61
2831811--2831893	28	2.9	28	80	3	94	32	21	16	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2832957--2832991	18	1.9	18	88	0	52	37	22	11	28	1.89
2833476--2833515	14	2.8	14	88	3	53	67	0	0	32	0.91
2845254--2845365	10	10.7	10	68	15	57	33	0	2	63	1.09
2845261--2845341	18	4.5	18	73	17	62	38	0	1	60	1.05
2845247--2845333	43	2.0	43	81	2	102	39	0	2	58	1.11
2847432--2847510	30	2.7	28	81	9	86	25	5	10	59	1.50
2854003--2854060	28	2.1	29	83	6	75	56	1	1	39	1.19
2854330--2854367	17	2.3	17	86	13	53	31	2	0	65	1.06
2857088--2857125	16	2.2	18	86	9	53	68	5	2	23	1.23
2867028--2867060	11	2.8	12	81	9	50	60	0	0	39	0.97
2872958--2872989	2	16.0	2	100	0	64	50	0	50	0	1.00
2877197--2877337	47	3.0	47	83	3	176	34	26	14	24	1.94
2894806--2894845	19	2.1	19	90	9	64	40	0	0	60	0.97
2908295--2908326	2	16.0	2	100	0	64	0	50	0	50	1.00
2945305--2945336	2	16.0	2	100	0	64	50	0	50	0	1.00
2949589--2949729	47	3.0	47	83	3	176	34	26	14	24	1.94
2961701--2961739	20	2.0	20	85	10	53	30	0	2	66	1.05
2967708--2967766	31	1.9	31	85	0	82	47	8	6	37	1.61
2968404--2968439	18	2.1	18	89	5	56	69	0	30	0	0.89
2968388--2968431	14	2.9	14	83	10	52	63	0	36	0	0.95
2968390--2968440	20	2.7	20	81	6	61	66	0	33	0	0.92
2968596--2968786	41	4.7	38	73	20	122	33	0	12	53	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2968596--2968786	19	9.4	19	71	18	102	33	0	12	53	1.39
2968596--2969003	49	8.5	46	72	13	240	32	0	13	53	1.45
2968603--2968935	22	15.1	22	73	17	180	31	0	12	54	1.44
2968735--2968959	27	9.1	25	74	19	188	32	1	12	53	1.47
2968739--2968952	97	2.2	98	94	0	376	31	1	13	54	1.47
2969155--2969228	38	1.9	38	97	0	139	54	4	2	39	1.34
2969338--2969379	16	2.7	15	85	7	66	40	2	2	54	1.26
2971186--2971222	18	2.2	18	85	9	51	0	32	2	64	1.07
2971186--2971237	22	2.8	18	75	25	54	0	34	1	63	1.06
2971294--2971396	27	3.8	27	85	5	129	21	35	22	20	1.96
2971879--2971910	7	4.7	7	96	3	57	25	0	0	75	0.81
2971919--2971963	20	2.2	21	88	4	65	37	0	2	60	1.09
2973084--2973117	9	3.7	9	88	4	50	67	0	0	32	0.91
2977354--2977416	29	2.1	29	85	8	83	36	23	17	22	1.95
2977484--2977553	25	2.7	26	95	4	124	42	10	0	47	1.37
2977705--2977851	4	36.0	4	71	16	106	67	0	32	0	0.91
2977766--2977876	26	4.2	27	72	17	99	69	0	30	0	0.89
2977801--2977893	3	33.3	3	71	21	53	68	0	31	0	0.90
2977696--2977918	79	2.8	81	82	10	248	66	0	33	0	0.92
2977714--2977888	14	12.4	15	67	20	60	67	0	32	0	0.91
2977705--2977894	34	5.8	33	72	21	107	66	0	33	0	0.92
2977699--2977910	41	5.3	40	74	18	151	65	0	34	0	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2977972--2978009	14	2.8	13	88	7	58	23	5	5	65	1.34
2984289--2984319	12	2.6	12	94	0	53	61	19	0	19	1.35
2984502--2984536	3	11.7	3	100	0	70	68	31	0	0	0.90
2984535--2984572	3	12.3	3	88	5	58	63	5	0	31	1.17
2984787--2984889	54	1.9	54	86	4	145	16	29	28	26	1.97
2984787--2984889	27	3.8	27	85	2	127	16	29	28	26	1.97
2984943--2984992	25	2.0	25	88	0	73	36	0	6	58	1.23
2992218--2992279	25	2.5	25	79	7	74	20	24	25	29	1.99
2994071--2994104	17	2.1	15	89	10	50	32	0	8	58	1.29
3001247--3001271	6	4.2	6	100	0	50	84	0	0	16	0.63

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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