genome.fa.s16.2.7.7.80.10.50.1000.75.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  53248092

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22697679--22698028	30	11.8	30	76	7	191	38	13	25	22	1.91
22699885--22699952	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
22699774--22700101	174	1.9	174	95	0	593	31	24	14	29	1.94
22700054--22700132	29	2.7	30	82	13	110	30	30	13	25	1.94
22708027--22708094	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
22707916--22708243	174	1.9	174	96	0	602	30	24	14	29	1.95
22708196--22708274	29	2.7	30	82	13	110	30	30	13	25	1.94
22718458--22718683	112	2.0	111	97	0	425	34	17	4	43	1.71
22721187--22721671	244	2.0	247	84	4	649	37	8	8	45	1.64
22721665--22721739	34	2.2	35	83	7	100	37	0	5	57	1.22
22721842--22721874	18	1.9	17	88	11	50	45	0	0	54	0.99
22725363--22725470	21	5.3	21	66	18	75	20	26	15	37	1.93
22725340--22725485	40	3.6	39	79	5	157	19	28	16	35	1.94
22731626--22731720	47	2.0	47	93	0	163	25	15	28	30	1.96
22735733--22735787	25	2.2	25	93	0	92	30	27	16	25	1.96
22739220--22739602	199	1.9	199	90	1	606	27	13	23	34	1.92
22742537--22742720	101	1.8	102	88	5	284	23	18	27	30	1.98
22742541--22742718	51	3.5	50	82	3	196	24	17	26	30	1.97
22745876--22746061	51	3.7	50	82	2	228	23	18	26	31	1.97
22751003--22751040	20	1.9	20	88	0	58	31	13	23	31	1.93
22752256--22752302	17	2.8	18	87	12	57	6	19	0	74	1.03
22754528--22754556	8	3.6	8	100	0	58	24	0	0	75	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22756546--22756681	50	2.7	51	87	4	195	24	16	28	30	1.96
22756604--22756685	26	3.2	26	63	27	66	24	14	28	32	1.94
22756692--22756778	45	1.9	45	88	0	129	28	18	21	31	1.97
22759905--22759955	19	2.8	18	85	11	61	17	15	3	62	1.47
22759906--22759961	19	3.1	19	82	5	53	23	12	3	60	1.47
22761943--22762083	49	2.9	49	78	3	140	27	14	24	33	1.95
22763807--22763832	11	2.4	11	100	0	52	7	0	7	84	0.77
22772915--22772966	23	2.3	23	83	6	61	26	7	23	42	1.81
22775065--22775098	17	1.9	18	88	5	52	17	2	32	47	1.63
22777413--22777556	40	3.8	38	87	8	188	20	18	30	30	1.96
22777386--22777584	39	5.2	40	83	8	218	23	20	29	27	1.98
22796771--22796992	40	5.7	40	85	5	231	24	20	28	27	1.99
22804683--22804876	40	4.9	40	90	0	282	24	20	29	25	1.99
22806597--22806653	30	1.9	30	85	0	78	28	36	21	14	1.92
22808861--22808972	51	2.1	54	82	6	133	32	13	14	40	1.84
22811209--22811263	17	3.1	17	86	5	74	14	43	27	14	1.84
22815455--22815731	50	5.5	50	79	5	274	20	28	22	28	1.99
22821623--22821791	54	3.1	54	91	1	259	42	14	13	30	1.84
22821688--22821772	19	4.6	19	69	19	72	43	12	12	30	1.81
22824284--22824339	25	2.4	22	78	16	67	21	8	48	21	1.77
22824290--22824343	25	2.2	25	96	0	99	22	7	48	22	1.75
22829681--22829746	28	2.4	28	87	5	91	51	12	10	25	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22848604--22848744	50	2.8	50	80	5	142	24	21	30	23	1.99
22849000--22849038	20	2.0	20	90	10	62	56	5	23	15	1.59
22858668--22858949	41	6.8	41	78	9	268	34	24	17	23	1.96
22858619--22858896	41	6.6	43	79	9	270	34	25	19	20	1.96
22858664--22858897	84	2.8	84	92	0	396	35	25	19	20	1.96
22859644--22859682	18	2.2	18	86	9	53	5	20	5	69	1.28
22860367--22860419	3	17.7	3	76	0	52	32	1	5	60	1.31
22865753--22865788	17	2.1	17	89	0	54	83	0	13	2	0.76
22865713--22865913	83	2.4	82	77	8	203	50	12	24	11	1.74
22867161--22867401	44	5.5	43	66	6	142	25	26	25	23	2.00
22867117--22867625	88	5.8	88	86	0	615	26	26	24	22	2.00
22867118--22867450	44	7.5	44	65	9	140	26	27	24	22	2.00
22867619--22868081	44	10.7	44	84	3	571	29	21	22	26	1.99
22867875--22868033	81	2.0	81	85	0	219	30	23	21	25	1.99
22867956--22868145	44	4.4	44	82	6	210	31	23	18	26	1.98
22872162--22872203	20	2.1	20	90	0	66	35	14	28	21	1.92
22886259--22886443	100	1.9	100	84	0	253	28	20	22	29	1.98
22886456--22886787	44	7.6	45	69	9	145	29	18	23	28	1.98
22888838--22888871	17	1.9	18	94	5	61	26	2	0	70	1.01
22893723--22893790	29	2.3	29	82	5	84	27	29	13	29	1.94
22893898--22893964	29	2.3	29	84	5	91	28	29	13	28	1.94
22894066--22894144	29	2.7	30	82	13	110	29	30	15	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22893612--22894113	174	2.9	174	96	0	932	31	24	14	30	1.94
22907303--22907347	20	2.2	20	88	8	63	17	11	0	71	1.14
22907295--22907347	17	2.8	19	83	13	74	15	13	0	71	1.14
22910527--22910568	20	2.1	20	86	0	57	35	11	33	19	1.88
22912003--22912034	11	3.1	11	82	17	50	62	18	0	18	1.33
22912003--22912040	9	4.0	9	93	6	58	57	21	0	21	1.40
22912003--22912049	9	4.8	10	86	7	53	55	21	0	23	1.44
22912153--22912245	19	5.1	19	71	15	70	44	12	12	30	1.80
22912143--22912268	54	2.3	54	87	0	189	41	14	12	31	1.83
22914036--22914074	9	4.0	9	81	18	51	74	2	2	20	1.06
22914037--22914080	10	4.2	10	88	5	61	75	2	2	20	1.03
22914037--22914080	21	2.1	21	87	8	63	75	2	2	20	1.03
22915402--22915465	21	3.2	21	73	6	62	67	0	25	7	1.17
22915457--22915504	16	3.0	15	78	9	51	56	6	29	8	1.53
22915453--22915524	33	2.2	33	87	5	101	52	6	29	11	1.62
22922242--22922284	19	2.3	19	84	4	61	48	11	11	27	1.74
22922232--22922356	54	2.3	54	83	2	162	43	13	11	32	1.79
22934460--22934768	30	10.4	30	72	11	206	38	12	24	23	1.90
22944046--22944089	21	2.1	21	91	0	70	31	34	2	31	1.70
22944399--22944434	18	2.0	18	94	0	63	72	8	5	13	1.27
22944413--22944452	11	3.3	12	86	10	55	77	5	7	10	1.11
22944402--22944456	29	1.9	28	89	10	85	80	3	5	10	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22946623--22946671	18	2.7	18	81	6	55	77	4	12	6	1.09
22946624--22946666	18	2.4	18	84	0	59	79	4	9	6	1.06
22960759--22960966	40	5.2	40	91	0	292	24	20	28	26	1.99
22960706--22960966	80	3.3	80	83	2	294	24	20	28	26	1.99
22960759--22961003	80	3.1	80	82	3	219	24	20	28	26	1.99
22970413--22970471	25	2.4	25	80	11	68	40	3	0	55	1.16
22978409--22978438	15	1.9	16	93	6	53	53	0	13	33	1.40
22978450--22978479	11	2.7	11	94	0	51	60	0	3	36	1.14
22984605--22985496	96	9.3	94	93	3	1433	33	8	29	29	1.87
22984605--22985496	47	18.6	47	93	3	1433	33	8	29	29	1.87
22984605--22985496	143	6.2	143	93	2	1477	33	8	29	29	1.87
22986207--22986385	85	2.1	85	98	0	349	37	8	27	26	1.85
22988576--22989028	47	9.1	49	77	13	333	31	12	29	26	1.93
22988673--22988704	15	2.1	15	100	0	64	37	0	31	31	1.58
22988622--22988755	66	2.0	66	100	0	268	32	10	28	28	1.90
22988688--22989028	98	3.6	97	88	4	496	32	12	29	25	1.93
22988838--22988912	23	3.2	23	62	23	57	29	10	32	28	1.90
22988688--22989028	145	2.4	141	89	4	504	32	12	29	25	1.93
22988714--22989028	94	3.3	94	90	1	477	32	12	29	25	1.93
22989002--22989101	46	2.1	46	79	3	110	34	9	29	28	1.87
22989239--22989383	37	3.9	37	91	0	227	25	20	29	24	1.99
22991194--22991581	40	10.0	40	88	7	586	22	20	28	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22991440--22991499	29	2.1	29	96	0	111	23	21	28	26	1.99
22991400--22991539	69	2.0	69	94	2	246	23	20	28	27	1.99
22991360--22991578	109	2.0	108	90	2	341	23	21	27	27	1.99
22991320--22991595	149	1.9	149	86	3	405	23	21	28	26	1.99
22995586--22996325	47	15.6	47	93	2	1174	32	8	29	28	1.87
22995586--22996325	143	5.2	143	94	1	1249	32	8	29	28	1.87
22998668--22998859	40	4.8	40	91	1	217	27	27	20	23	1.99
22998639--22998858	80	2.8	80	80	4	239	28	27	20	23	1.99
23003593--23003693	29	3.5	29	89	1	150	26	14	28	29	1.95
23009497--23009676	47	3.8	47	91	0	297	31	8	32	27	1.87

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