genome.fa.s16.2.7.7.80.10.50.1000.29.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  53248092

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7648981--7649074	45	2.1	45	80	4	100	32	5	24	37	1.78
7649863--7649942	42	1.9	42	81	0	97	20	28	36	15	1.92
7649809--7650005	104	1.9	104	84	0	268	23	22	29	23	1.99
7656191--7656519	104	3.3	101	77	11	320	24	21	30	24	1.99
7656307--7656479	92	1.9	92	91	0	283	22	23	29	24	1.99
7665276--7665304	14	2.1	14	100	0	58	41	13	13	31	1.84
7665426--7665475	20	2.4	21	83	12	68	60	8	0	32	1.26
7665486--7665525	20	2.0	21	95	5	73	60	0	2	37	1.11
7665488--7665532	21	2.2	20	84	4	54	62	0	4	33	1.15
7667166--7667209	18	2.4	19	81	7	56	36	0	4	59	1.18
7671175--7671281	41	2.6	42	84	1	126	28	19	23	28	1.98
7680677--7680771	42	2.3	42	87	1	129	29	18	21	30	1.97
7680699--7680825	41	3.1	41	78	6	141	30	18	23	27	1.97
7691999--7692038	17	2.3	18	80	20	50	82	2	2	12	0.87
7693631--7693988	43	8.3	43	88	0	486	24	19	26	29	1.99
7693884--7694300	208	2.0	208	100	0	834	25	19	25	29	1.99
7694091--7694196	43	2.5	43	82	3	124	21	18	27	32	1.97
7695608--7695653	17	2.7	17	96	0	83	10	13	34	41	1.79
7697246--7697306	31	2.0	31	83	0	77	31	6	14	47	1.70
7702180--7702398	46	4.8	46	91	2	338	27	21	16	33	1.95
7702180--7702429	91	2.8	91	87	3	357	27	22	16	33	1.95
7715047--7715293	46	5.5	46	91	2	385	27	22	16	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7715047--7715293	91	2.7	91	91	1	399	27	22	16	34	1.95
7715047--7715293	137	1.8	134	90	2	395	27	22	16	34	1.95
7725184--7725384	91	2.2	91	88	4	300	27	22	15	34	1.95
7725184--7725384	46	4.5	46	91	3	302	27	22	15	34	1.95
7739965--7740016	22	2.4	22	83	6	61	23	21	25	30	1.99
7752418--7752489	29	2.7	26	75	12	81	31	25	16	26	1.96
7752555--7752633	22	3.5	22	75	3	77	21	31	24	22	1.98
7753747--7753945	100	2.0	100	94	0	353	39	19	9	32	1.84
7773167--7773216	22	2.3	22	82	0	64	58	12	14	16	1.64
7776568--7776608	22	1.9	21	85	5	55	19	2	4	73	1.13
7776581--7776635	21	2.7	21	73	15	53	20	3	9	67	1.34
7784392--7784561	54	3.1	54	83	0	205	27	24	27	20	1.99
7786195--7786331	74	1.9	73	87	3	204	35	24	2	37	1.71
7806591--7806625	17	2.1	17	88	0	52	25	11	8	54	1.64
7807802--7807972	47	3.6	47	92	1	272	45	10	19	24	1.81
7810956--7810982	14	1.9	14	100	0	54	29	29	7	33	1.85
7828589--7828649	28	2.2	28	93	0	104	31	21	16	31	1.95
7828589--7828663	28	2.7	28	85	4	80	33	18	16	32	1.93
7828890--7828931	22	1.9	22	85	9	59	30	2	23	42	1.67
7832182--7832211	4	7.5	4	100	0	60	76	0	23	0	0.78
7837278--7837328	12	4.1	12	72	18	50	45	1	1	50	1.24
7837283--7837324	21	2.0	21	85	0	57	42	2	2	52	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7839551--7839598	11	4.3	11	86	5	60	66	0	0	33	0.92
7839551--7839584	12	2.9	12	91	4	52	70	0	0	29	0.87
7839557--7839595	12	3.3	12	82	7	53	66	0	0	33	0.92
7844176--7844205	12	2.5	12	94	0	51	26	36	26	10	1.88
7852822--7852899	40	2.0	38	85	5	102	50	2	19	28	1.61
7854893--7854948	25	2.2	26	84	9	71	21	35	0	42	1.53
7856059--7856098	14	2.9	14	84	0	53	40	10	17	32	1.83
7863975--7864034	26	2.3	25	83	8	75	41	0	0	58	0.98
7863913--7864377	120	3.9	120	94	2	765	42	1	5	50	1.35
7864081--7864115	18	2.0	17	94	5	61	42	0	0	57	0.99
7864214--7864260	16	3.0	16	78	12	53	46	0	2	51	1.13
7864335--7864375	15	2.6	16	81	14	50	43	0	2	53	1.13
7864519--7864609	45	2.0	44	87	6	130	32	28	6	31	1.83
7864589--7864641	16	3.3	16	83	0	70	26	35	3	33	1.75
7869199--7869226	14	2.0	14	100	0	56	42	7	14	35	1.73
7870538--7870601	33	1.9	33	87	0	92	65	0	10	23	1.24
7872792--7873403	84	7.3	84	91	0	944	35	24	16	22	1.95
7872792--7873362	251	2.3	252	93	0	973	36	24	16	22	1.94
7875018--7875055	20	1.9	19	89	5	58	63	2	2	31	1.22
7876559--7876621	30	2.1	30	84	0	81	42	4	12	39	1.64
7878825--7878868	22	2.0	22	81	4	52	36	2	6	54	1.40
7884904--7884968	27	2.4	28	92	2	105	43	10	0	46	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7885386--7885451	19	3.5	19	79	4	89	37	9	1	51	1.43
7885462--7885612	82	1.8	82	100	0	302	43	9	5	41	1.60
7885681--7885776	19	5.2	19	81	5	124	50	0	12	37	1.41
7885681--7885776	37	2.6	37	96	0	174	50	0	12	37	1.41
7886445--7886505	27	2.3	27	88	0	86	52	0	6	40	1.27
7886456--7886508	27	2.0	27	96	0	97	50	0	11	37	1.38
7894486--7894602	43	2.6	44	77	10	112	53	3	5	36	1.42
7902451--7902543	46	2.0	46	97	0	177	44	3	21	31	1.68
7904442--7904469	6	4.7	6	100	0	56	32	17	0	50	1.47
7927137--7927168	14	2.3	14	94	0	55	34	3	18	43	1.66
7930216--7930552	27	12.5	27	79	3	320	18	16	21	43	1.89
7930216--7930552	81	4.2	80	83	3	374	18	16	21	43	1.89
7944994--7945025	16	1.9	17	93	6	57	31	6	18	43	1.75
7944769--7945023	39	6.5	39	88	0	357	30	3	20	45	1.68
7944994--7945031	17	2.2	17	86	9	51	34	5	21	39	1.76
7948236--7948323	37	2.5	35	89	7	140	43	18	3	35	1.67
7948237--7948313	37	2.1	37	97	0	145	40	18	3	37	1.69
7950298--7950454	78	2.0	78	98	0	305	27	16	27	28	1.97
7956629--7956662	8	4.2	8	96	0	59	8	0	17	73	1.08
7958029--7958069	21	2.0	21	90	0	64	29	2	7	60	1.36
7958034--7958071	11	3.5	11	82	7	51	21	2	7	68	1.28
7958923--7958996	24	3.3	22	68	14	53	37	4	6	51	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7961050--7961201	41	3.7	41	82	0	169	34	16	27	21	1.94
7967195--7967234	21	1.9	21	85	10	55	45	0	10	45	1.37
7976650--7976848	29	6.6	31	69	15	96	20	24	12	42	1.87
7976652--7976873	60	3.7	60	71	12	188	21	24	13	40	1.88
7976770--7976848	29	2.6	30	82	15	108	17	27	11	43	1.84
7976619--7976904	120	2.4	120	85	2	387	22	25	13	38	1.91
7977238--7977264	9	3.0	9	100	0	54	33	22	11	33	1.89
7979648--7979794	41	3.6	41	81	3	163	37	13	26	22	1.91
8008901--8008957	16	3.6	16	74	9	62	24	24	3	47	1.68
8008898--8008959	32	1.9	32	93	0	106	24	25	3	46	1.67
8010962--8011247	4	71.5	4	99	0	563	25	0	24	50	1.50
8016456--8016481	7	3.7	7	100	0	52	15	30	11	42	1.82
8016457--8016626	51	3.4	51	91	4	272	28	25	15	30	1.96
8021887--8021912	7	3.7	7	100	0	52	15	30	11	42	1.82
8021895--8022006	44	2.6	44	94	1	190	30	24	16	29	1.96
8029008--8029060	18	2.9	17	74	20	54	45	1	15	37	1.57
8034664--8034829	46	3.6	44	78	13	158	28	29	21	21	1.98
8034664--8034834	93	1.8	93	91	0	279	28	29	21	21	1.98
8034707--8034849	46	3.1	47	70	17	118	30	27	19	23	1.98
8036972--8037064	30	3.1	30	81	9	91	58	15	17	9	1.63
8036980--8037059	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
8039989--8040155	46	3.6	44	78	13	160	28	29	21	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8039988--8040160	93	1.9	93	91	0	283	27	30	21	20	1.98
8040033--8040175	46	3.1	47	70	17	118	30	27	19	23	1.98
8042337--8042390	24	2.2	24	96	0	99	51	5	3	38	1.43
8044753--8044830	33	2.4	33	80	6	88	20	21	35	21	1.96
8045664--8045806	66	2.2	66	88	3	218	40	17	7	34	1.78
8054365--8054421	15	3.8	15	73	13	55	59	0	3	36	1.14
8056618--8056652	17	2.0	18	88	5	54	20	40	25	14	1.90
8058925--8059006	36	2.3	36	85	4	103	31	7	18	42	1.77
8061824--8061889	33	2.1	31	83	11	80	56	12	4	27	1.55
8067928--8068142	51	4.2	51	86	0	286	33	8	21	37	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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