genome.fa.s16.2.7.7.80.10.50.1000.93.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  53248092

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29790703--29790821	33	3.6	33	82	6	152	40	8	9	42	1.67
29790696--29790821	65	1.9	65	95	0	225	39	7	10	42	1.68
29793501--29793567	10	6.7	10	69	24	52	70	1	1	26	1.05
29793521--29793604	30	2.9	29	84	8	109	66	0	1	32	0.99
29793533--29793626	29	3.2	30	82	11	115	70	1	1	27	1.01
29793553--29793621	18	3.9	18	76	10	63	71	1	1	26	1.03
29793607--29793631	9	2.8	9	100	0	50	88	0	0	12	0.53
29793823--29793866	20	2.3	20	84	7	65	27	11	2	59	1.44
29793959--29794002	19	2.3	19	84	7	54	25	9	2	63	1.35
29794164--29794335	88	2.0	87	83	2	220	33	9	19	37	1.84
29795085--29795139	9	6.1	9	89	0	83	43	20	10	25	1.84
29798570--29798595	13	2.0	13	100	0	52	61	15	15	7	1.55
29799909--29800085	84	2.1	84	87	2	248	55	1	18	25	1.49
29800084--29800301	84	2.6	83	87	2	301	23	17	3	55	1.58
29800308--29800372	2	32.5	2	100	0	130	0	50	0	49	1.00
29801416--29801461	23	2.0	23	95	0	83	23	19	17	39	1.92
29806461--29806510	26	1.9	26	100	0	100	32	26	20	22	1.98
29813941--29814020	26	3.1	25	81	1	88	37	22	20	20	1.94
29815593--29815652	30	2.0	31	86	3	86	40	0	40	20	1.52
29815866--29815902	9	4.1	9	89	0	56	29	8	16	45	1.76
29815954--29815984	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
29817643--29817680	19	2.0	19	85	10	51	42	0	15	42	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29818964--29819005	19	2.2	19	83	8	50	38	4	0	57	1.20
29823333--29823392	30	2.0	30	96	0	111	20	15	26	38	1.91
29825620--29825722	31	3.4	30	68	5	82	34	10	25	29	1.89
29827913--29828344	88	4.9	88	92	0	677	31	21	26	19	1.98
29827921--29828344	44	9.6	44	85	0	542	31	21	26	19	1.98
29828339--29828752	88	4.7	88	92	0	668	26	22	26	23	2.00
29828397--29828723	44	7.4	43	67	12	189	25	23	26	24	2.00
29829492--29829537	21	2.3	20	85	10	60	0	15	4	80	0.86
29829730--29829769	17	2.3	18	87	12	57	20	2	2	75	1.04
29830122--29830163	19	2.2	19	83	8	50	38	4	0	57	1.20
29832810--29832920	23	5.0	23	81	7	106	20	19	20	38	1.93
29840239--29840521	45	6.3	45	78	5	243	24	20	15	40	1.90
29840268--29840521	45	5.7	44	79	6	251	23	19	14	41	1.89
29847697--29847760	26	2.5	26	82	2	67	34	7	7	50	1.60
29848174--29848206	12	2.8	12	90	9	50	15	9	0	75	1.03
29849266--29849325	30	2.0	30	87	6	86	38	13	1	46	1.53
29849352--29849390	20	2.0	20	85	10	53	23	2	7	66	1.30
29852874--29852916	19	2.3	19	88	8	61	25	20	6	46	1.76
29854363--29854430	16	4.2	16	96	0	127	25	0	35	39	1.56
29854765--29854816	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
29854649--29854945	59	5.0	58	66	18	164	50	4	3	41	1.38
29854649--29854941	120	2.4	121	93	1	491	50	4	3	41	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29857783--29857817	8	4.5	8	85	7	54	85	2	11	0	0.69
29857786--29857815	15	1.9	16	93	6	53	83	3	13	0	0.77
29865161--29865600	87	5.0	87	87	0	619	30	22	23	22	1.99
29865371--29865593	44	5.1	44	66	2	171	29	21	25	23	1.99
29865388--29865598	43	4.8	44	65	1	138	29	23	25	22	1.99
29865192--29865600	175	2.3	174	89	0	602	30	22	23	23	1.99
29867218--29867277	30	2.0	30	87	6	86	38	11	3	46	1.57
29868745--29868819	36	2.1	36	87	5	107	32	10	20	37	1.87
29869111--29869270	80	2.0	79	96	1	293	24	18	21	36	1.95
29869565--29869611	17	2.7	18	87	6	62	34	6	14	44	1.71
29872715--29872793	37	2.1	35	82	13	88	54	10	7	27	1.61
29872874--29873073	59	3.3	62	80	11	195	25	16	15	43	1.86
29879607--29879707	44	2.3	44	84	3	132	27	21	17	32	1.96
29879638--29879729	44	2.1	44	85	4	123	27	21	17	33	1.96
29879840--29880522	128	5.3	128	93	0	1127	24	22	20	32	1.98
29881771--29881815	7	6.4	7	82	14	58	15	15	0	68	1.21
29881771--29881815	13	3.2	15	84	12	60	15	15	0	68	1.21
29884045--29884081	14	2.6	15	79	16	51	75	2	18	2	1.04
29884578--29884655	22	3.7	23	78	18	80	37	7	2	52	1.44
29884578--29884657	40	1.9	42	82	7	101	37	7	2	52	1.43
29884871--29884911	13	3.1	14	82	10	59	41	0	0	58	0.98
29889670--29889709	20	2.1	19	90	4	62	75	12	7	5	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29890130--29890179	7	7.0	7	78	17	50	68	0	18	14	1.22
29890130--29890169	21	1.9	21	90	10	64	70	0	17	12	1.18
29890263--29890353	42	2.2	42	94	4	157	29	12	27	30	1.92
29891623--29892096	44	10.8	44	68	13	251	29	17	24	28	1.97
29891559--29892264	132	5.5	132	90	3	1068	28	18	24	28	1.98
29892049--29892264	117	1.8	117	91	0	360	27	20	23	28	1.99
29893946--29894115	61	2.7	64	80	13	201	32	6	8	51	1.58
29894206--29894278	27	2.7	27	76	21	82	41	2	5	50	1.40
29905098--29905146	21	2.2	22	82	17	66	34	2	0	63	1.06
29905914--29906613	45	15.5	45	93	3	1174	28	21	16	33	1.95
29905914--29906613	91	7.7	91	94	2	1198	28	21	16	33	1.95
29905914--29906613	136	5.2	136	94	2	1221	28	21	16	33	1.95
29906587--29906639	26	2.0	26	100	0	106	18	30	9	41	1.82
29906542--29906685	71	2.0	72	91	1	236	26	25	13	35	1.92
29906614--29906737	46	2.7	46	96	0	221	29	23	13	33	1.93
29910438--29910547	55	2.0	55	90	0	175	40	10	10	37	1.76
29915308--29915417	55	2.0	55	94	0	193	40	11	10	37	1.75
29920192--29920224	16	2.0	17	88	5	50	45	36	0	18	1.49
29920309--29920382	39	1.9	39	83	2	96	40	24	9	25	1.85
29924139--29924206	32	2.1	32	86	5	93	17	4	7	70	1.27
29924155--29924215	15	3.9	14	76	16	50	19	4	4	70	1.24
29931986--29932028	18	2.4	18	88	0	59	41	46	0	11	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29932132--29932189	9	6.4	9	81	15	75	29	8	20	41	1.82
29932238--29932286	25	2.0	25	95	0	89	53	20	6	20	1.67
29943417--29943452	17	2.1	18	89	5	56	8	22	5	63	1.43
29952065--29952089	5	5.0	5	100	0	50	40	20	0	40	1.52
29954868--29954934	34	1.9	35	87	3	100	32	8	13	44	1.75
29956103--29956136	16	2.1	16	94	0	59	8	17	2	70	1.25
29960241--29960288	11	4.4	11	78	19	55	50	0	4	45	1.21
29960454--29960493	20	2.0	20	95	0	71	35	17	10	37	1.83
29961680--29961771	22	4.2	22	86	5	105	30	28	0	41	1.56
29961680--29961771	44	2.1	44	84	8	116	30	28	0	41	1.56
29961721--29961820	52	1.9	52	82	11	125	31	33	0	36	1.58
29961773--29961814	22	1.9	22	90	0	66	33	33	0	33	1.58
29961856--29961919	29	2.2	30	85	2	94	37	0	1	60	1.06
29964183--29964272	23	3.8	24	73	7	76	42	25	0	32	1.55
29964266--29964631	28	13.4	28	83	10	438	46	25	0	28	1.53
29964266--29964621	113	3.2	109	84	9	474	46	24	0	28	1.53
29964447--29964489	23	2.0	20	95	4	59	48	20	0	30	1.50
29964532--29964574	23	2.0	20	95	4	59	48	20	0	30	1.50
29964607--29964659	23	2.7	18	72	25	52	45	20	0	33	1.52
29967793--29967996	84	2.4	85	95	0	374	32	24	20	23	1.98
29967917--29968186	125	2.2	124	82	5	339	32	23	13	30	1.93
29973655--29974750	551	2.0	551	92	0	1836	25	10	20	43	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29982569--29983004	51	8.6	51	79	5	436	29	14	26	29	1.95
29982569--29983014	102	4.4	102	89	1	637	29	14	26	29	1.95
29989937--29989982	16	3.0	16	90	6	69	10	32	0	56	1.34
30001805--30001845	15	2.7	15	85	10	57	75	9	12	2	1.13
30002651--30002694	22	2.0	23	90	4	72	56	18	0	25	1.41
30009258--30009299	19	2.2	19	83	8	50	52	4	4	38	1.44
30011375--30011439	22	2.8	23	77	17	64	60	0	3	36	1.13
30012209--30012246	17	2.2	18	85	4	51	47	23	0	28	1.52
30015581--30015625	22	2.0	22	100	0	90	28	17	13	40	1.88
30015586--30015636	22	2.3	22	89	0	75	29	21	9	39	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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