genome.fa.s16.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  53248092

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1147948--1148642	343	2.0	343	99	0	1381	34	18	19	27	1.95
1155230--1155254	13	1.9	13	100	0	50	56	8	0	36	1.29
1156691--1156755	24	3.0	21	82	12	94	32	24	12	30	1.92
1156754--1156839	45	1.9	45	97	0	163	19	25	29	25	1.99
1157349--1157419	31	2.3	31	87	0	106	39	9	19	30	1.84
1159618--1159668	24	2.1	24	100	0	102	27	7	39	25	1.83
1159625--1159679	24	2.3	24	87	6	76	34	3	36	25	1.74
1159671--1159763	44	2.1	44	90	6	143	34	4	24	36	1.75
1159742--1159788	23	2.0	23	100	0	94	21	0	34	44	1.52
1159894--1160023	57	2.3	56	81	6	145	50	5	0	43	1.30
1161714--1161764	20	2.5	21	81	9	70	64	1	27	5	1.27
1162187--1162244	26	2.2	26	100	0	116	60	12	6	20	1.54
1162268--1162336	27	2.6	27	97	0	129	18	33	39	8	1.82
1162290--1162377	27	3.3	27	83	0	95	18	35	34	12	1.88
1162479--1162516	11	3.5	11	82	10	51	73	0	26	0	0.83
1162782--1162806	13	1.9	13	100	0	50	32	8	20	40	1.81
1163025--1163070	24	1.9	24	86	0	65	52	2	0	45	1.13
1163629--1163674	23	2.0	24	86	4	67	43	0	2	54	1.12
1169525--1169741	52	4.3	52	87	7	329	34	14	22	28	1.93
1169525--1169741	98	2.2	99	90	6	330	34	14	22	28	1.93
1169722--1169793	37	2.0	37	89	5	112	36	16	22	25	1.94
1173265--1173355	27	3.4	27	87	0	119	18	27	36	17	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1176084--1176123	13	3.0	13	85	3	53	75	2	0	22	0.93
1178769--1178818	12	4.2	12	84	0	55	16	46	2	36	1.58
1178772--1178812	15	2.7	15	84	0	55	17	43	2	36	1.62
1179164--1179200	15	2.5	15	86	0	56	16	40	0	43	1.48
1180743--1180802	19	3.0	20	83	9	70	65	0	35	0	0.93
1180785--1180834	24	2.1	24	92	0	82	66	2	32	0	1.03
1181472--1181603	66	2.1	64	84	7	171	46	8	4	40	1.54
1181582--1181640	26	2.3	26	90	0	100	40	10	0	49	1.37
1182067--1182096	16	1.9	15	93	6	51	70	0	3	26	1.03
1184907--1184936	15	1.9	16	93	6	53	26	0	0	73	0.84
1185385--1185516	64	2.1	64	87	5	187	41	4	8	45	1.54
1186180--1186291	10	11.1	10	69	19	56	0	28	0	70	0.93
1186157--1186296	36	3.6	35	73	20	118	0	29	0	69	0.99
1186154--1186304	39	3.8	39	76	20	143	0	30	0	68	0.99
1186153--1186304	81	1.9	79	87	4	223	0	30	0	68	0.99
1186284--1186327	13	3.2	14	78	15	56	0	45	0	54	0.99
1186444--1186505	26	2.3	28	94	5	110	50	0	9	40	1.35
1192768--1192811	20	2.3	20	88	7	65	45	9	0	45	1.35
1197817--1197970	18	8.9	18	67	18	85	42	0	1	55	1.13
1197752--1198231	120	4.0	120	94	0	791	43	1	3	51	1.27
1198176--1198209	17	2.0	17	88	0	50	47	0	0	52	1.00
1198357--1198461	44	2.5	40	73	15	104	31	28	4	35	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1198355--1198464	45	2.6	44	78	8	122	31	28	5	34	1.80
1198443--1198512	16	4.4	16	92	0	95	32	34	0	32	1.58
1204359--1204408	26	1.9	26	84	8	66	32	8	2	58	1.39
1206019--1206084	31	2.1	31	83	10	82	43	9	12	34	1.73
1219433--1219583	58	2.6	56	77	9	142	18	16	21	43	1.88
1220364--1220605	89	2.8	87	78	10	253	38	16	7	36	1.78
1223320--1223625	156	2.0	153	84	5	404	26	24	27	21	1.99
1223634--1223663	12	2.5	12	88	0	51	6	16	50	26	1.70
1225723--1225772	16	2.8	17	85	11	57	36	8	0	56	1.29
1225779--1225818	21	1.9	21	85	10	55	45	0	5	50	1.23
1232896--1233080	75	2.4	72	81	10	217	40	20	16	22	1.92
1241045--1241078	16	2.2	16	89	5	52	23	8	5	61	1.47
1258976--1259085	30	3.8	28	72	10	87	44	15	4	35	1.67
1258951--1259078	59	2.2	60	80	8	138	42	15	4	36	1.68
1267203--1267257	27	2.0	28	89	3	85	50	5	10	32	1.60
1273311--1273358	21	2.3	21	100	0	96	10	12	12	64	1.50
1274621--1274682	24	2.8	22	81	13	65	25	1	6	66	1.25
1279662--1279757	42	2.3	42	80	10	99	31	19	13	35	1.91
1286059--1287008	265	3.6	264	90	2	1507	24	17	18	38	1.92
1287146--1287202	27	2.1	27	93	0	96	24	24	31	19	1.98
1287513--1287576	19	3.4	19	78	4	85	35	10	1	51	1.47
1287807--1287894	37	2.4	37	98	0	167	50	0	12	37	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1287807--1287894	18	4.7	19	79	10	110	50	0	12	37	1.41
1288524--1288584	28	2.2	28	91	5	99	52	0	4	42	1.23
1293099--1294004	256	3.5	262	88	3	1405	25	17	18	38	1.92
1293900--1294103	100	2.0	100	90	1	320	26	22	15	35	1.94
1293119--1294887	883	2.0	879	92	2	2958	25	17	18	38	1.92
1294001--1295164	528	2.2	520	90	2	1841	25	17	17	39	1.92
1294001--1295164	263	4.4	263	92	2	1830	25	17	17	39	1.92
1299361--1299401	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
1306047--1306089	19	2.2	20	84	12	63	32	18	0	48	1.48
1306260--1306294	18	1.9	18	88	0	52	40	17	25	17	1.90
1306278--1306513	45	5.2	45	90	0	346	40	18	19	22	1.92
1309492--1309649	73	2.2	73	87	2	221	27	5	3	63	1.30
1309567--1309686	61	2.0	61	88	3	179	29	5	2	63	1.28
1309844--1309892	12	3.9	12	78	7	53	20	6	0	73	1.04
1310245--1310314	32	2.2	32	97	0	131	25	22	14	37	1.92
1315686--1315783	23	4.3	23	88	2	144	31	24	21	22	1.98
1316755--1317020	103	2.6	104	92	0	435	19	20	29	29	1.97
1325781--1326030	43	5.8	44	83	5	262	29	27	17	25	1.97
1326081--1326144	34	1.9	33	87	12	96	45	1	4	48	1.32
1326358--1326448	43	2.1	43	85	2	121	43	10	8	36	1.71
1330442--1330493	21	2.5	21	78	6	61	32	40	0	26	1.57
1330699--1330731	14	2.3	15	94	5	59	36	30	0	33	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1330886--1331111	42	5.3	42	87	4	258	30	25	17	26	1.97
1330884--1331113	85	2.7	84	83	4	266	31	24	17	26	1.97
1330908--1331117	43	5.0	43	84	5	232	30	25	17	26	1.97
1331222--1331246	5	5.0	5	100	0	50	60	0	0	40	0.97
1333611--1333661	21	2.4	21	93	0	93	43	11	11	33	1.78
1335407--1335463	25	2.3	25	96	0	105	35	15	7	42	1.75
1336362--1336437	33	2.3	33	88	6	111	35	43	2	18	1.64
1336371--1336431	19	3.5	19	70	21	60	31	47	3	18	1.64
1336603--1336634	14	2.2	15	94	5	57	37	31	0	31	1.58
1337322--1337456	40	3.4	40	79	11	154	20	21	21	36	1.95
1337875--1338114	41	5.9	41	89	0	354	29	28	22	19	1.98
1338155--1338229	39	1.9	40	89	5	118	22	24	18	34	1.96
1338154--1338279	40	3.2	40	75	10	100	21	23	19	34	1.96
1340651--1340723	2	36.5	2	97	0	137	0	50	0	49	1.00
1340796--1340851	13	4.3	13	95	0	103	25	8	16	50	1.74
1340782--1340849	26	2.5	26	88	9	73	25	8	14	51	1.71
1341567--1341591	13	1.9	13	100	0	50	16	0	4	80	0.87
1345179--1345206	13	2.2	13	100	0	56	64	0	14	21	1.29
1349947--1349989	20	2.1	21	82	4	52	58	2	2	37	1.24
1353005--1353356	182	1.9	181	90	1	553	32	15	15	36	1.89
1353854--1353904	17	2.9	16	85	14	57	68	0	0	31	0.90
1359456--1359839	77	5.0	77	93	0	644	31	7	23	38	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1370998--1371058	15	3.9	14	76	19	50	0	16	11	72	1.13
1378892--1378953	29	2.1	29	85	5	81	27	19	16	37	1.93
1379156--1379211	22	2.5	22	94	2	94	30	30	0	39	1.57
1379172--1379252	11	7.6	11	69	24	50	28	33	0	38	1.57
1379164--1379263	52	1.9	53	85	6	141	30	33	0	37	1.58
1379299--1379357	30	2.0	28	90	6	91	40	0	1	57	1.09
1379302--1379364	29	2.1	30	85	8	85	39	0	1	58	1.07
1380446--1380477	7	4.6	7	100	0	64	28	0	12	59	1.34
1381330--1381385	24	2.3	24	87	0	85	28	33	16	21	1.95
1381665--1382019	29	12.5	29	89	6	478	44	21	1	32	1.60

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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