genome.fa.s16.2.7.7.80.10.50.1000.73.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  53248092

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21774173--21774403	104	2.2	106	81	7	296	46	20	0	32	1.57
21777203--21777246	21	2.1	21	95	0	79	22	25	11	40	1.87
21789505--21789555	27	1.9	26	84	11	68	54	11	9	23	1.66
21790015--21790052	19	2.1	19	90	5	60	60	10	5	23	1.50
21791738--21791970	44	5.1	44	72	11	189	27	21	19	32	1.97
21791688--21792071	142	2.7	142	92	0	624	28	20	18	33	1.96
21791920--21792169	98	2.6	98	90	0	302	28	19	17	34	1.95
21792120--21792215	44	2.2	44	83	3	113	29	21	19	29	1.98
21799404--21799590	40	4.7	40	98	0	356	21	27	20	29	1.98
21807795--21808022	40	5.7	40	97	1	431	21	28	20	29	1.98
21807795--21808022	79	2.9	80	97	1	431	21	28	20	29	1.98
21807795--21808022	119	1.9	120	97	0	431	21	28	20	29	1.98
21810089--21810127	1	39.0	1	94	0	69	97	0	2	0	0.17
21828688--21828913	40	5.7	40	88	4	271	25	27	21	25	1.99
21834288--21834527	50	4.7	50	81	5	257	23	26	21	28	1.99
21838429--21838677	50	4.9	50	81	6	227	27	21	28	22	1.99
21839217--21839291	28	2.6	30	77	12	77	46	0	1	52	1.09
21840578--21840609	16	2.0	16	93	0	55	25	15	0	59	1.36
21840833--21841027	51	3.8	51	82	6	252	32	29	15	23	1.95
21840835--21841019	101	1.8	102	89	3	293	32	28	16	23	1.96
21840829--21841053	101	2.2	102	80	3	267	32	28	15	24	1.95
21857233--21857301	27	2.5	26	86	4	84	40	23	17	18	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21859430--21859476	24	1.9	25	86	4	69	38	0	36	25	1.56
21870310--21870381	30	2.4	30	80	0	72	31	8	31	27	1.86
21876961--21876990	15	2.0	15	93	0	51	30	20	0	50	1.49
21876940--21876989	26	1.9	26	84	8	66	22	18	2	58	1.49
21877424--21877466	21	2.0	21	90	0	68	34	25	13	25	1.93
21879007--21879043	19	1.9	19	100	0	74	56	10	10	21	1.64
21883770--21883842	21	3.5	21	73	0	65	17	20	31	30	1.96
21884359--21884397	18	2.2	18	85	0	51	23	23	2	51	1.61
21887466--21887513	26	1.9	25	83	8	62	52	18	0	29	1.46
21902706--21903046	29	11.8	29	83	0	412	39	12	27	19	1.89
21904410--21904492	42	2.0	41	92	2	139	30	8	12	49	1.69
21911792--21912015	40	5.7	40	88	5	280	24	21	27	26	2.00
21914168--21914215	18	2.7	17	81	9	60	47	4	10	37	1.57
21926865--21926903	19	2.1	19	86	13	55	46	15	10	28	1.78
21927785--21927850	26	2.5	26	90	4	98	62	12	10	15	1.55
21942142--21942171	12	2.6	12	94	5	53	23	16	13	46	1.82
21942222--21942279	5	11.4	5	75	17	57	3	18	1	75	1.03
21942237--21942289	19	2.9	19	78	18	58	0	20	3	75	0.96
21942222--21942286	25	2.6	25	78	11	78	3	18	3	75	1.07
21943179--21943242	19	3.4	18	77	10	56	7	12	1	78	1.03
21951539--21951765	40	5.7	40	94	0	400	29	20	27	22	1.98
21955864--21956443	50	11.5	50	85	3	709	26	21	30	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21962534--21962613	28	2.9	27	86	3	88	28	25	23	22	1.99
21962560--21962621	28	2.2	28	91	0	97	35	22	20	20	1.96
21962729--21962788	26	2.3	26	85	0	75	43	21	21	13	1.87
21962978--21963066	27	3.3	27	87	3	126	22	22	16	38	1.93
21969027--21969088	25	2.5	25	79	7	65	72	3	6	17	1.19
21970264--21970306	18	2.3	18	92	4	68	53	2	0	44	1.13
21985312--21985378	32	2.1	32	91	0	107	34	19	14	31	1.92
21990523--21990563	15	2.7	15	88	7	57	39	14	0	46	1.45
22005705--22005752	21	2.2	22	85	3	62	18	27	16	37	1.92
22015793--22015976	40	4.6	40	83	6	205	23	21	27	27	1.99
22015793--22015973	80	2.3	81	84	9	230	23	21	27	27	1.99
22025371--22025617	50	4.8	50	81	6	248	28	21	27	23	1.99
22027673--22027716	21	2.1	21	87	4	63	38	9	13	38	1.77
22030740--22030806	33	2.0	34	82	8	84	31	23	20	23	1.98
22030772--22030854	28	3.0	28	87	5	125	31	21	22	24	1.98
22036892--22036946	29	1.9	28	88	3	83	69	3	9	18	1.30
22038101--22038172	12	6.0	12	72	15	51	73	0	20	5	1.03
22038103--22038176	24	3.1	23	79	11	78	74	0	20	5	1.01
22038082--22038165	19	4.4	19	76	8	73	69	0	22	8	1.15
22038099--22038171	18	4.0	17	81	13	83	71	0	21	6	1.09
22039893--22039943	26	2.0	26	92	0	84	17	25	31	25	1.97
22039920--22040142	43	5.3	42	73	9	150	23	14	24	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22039955--22040154	85	2.4	84	89	2	294	24	15	24	36	1.93
22042929--22042969	21	2.0	21	95	0	73	41	17	17	24	1.89
22046346--22046497	27	5.6	27	93	3	241	30	28	13	26	1.94
22046346--22046497	55	2.8	55	94	0	259	30	28	13	26	1.94
22051596--22051628	16	2.1	16	94	0	57	33	9	0	57	1.30
22054308--22054340	17	1.9	17	100	0	66	30	6	30	33	1.82
22055001--22055055	26	2.1	26	86	3	74	52	0	10	36	1.37
22068818--22068864	22	2.3	19	85	14	58	44	2	0	53	1.12
22068820--22068861	16	2.7	15	79	20	50	45	2	0	52	1.13
22069417--22069477	25	2.4	25	78	10	63	37	3	1	57	1.25
22069906--22070054	76	2.0	76	95	0	271	36	14	20	28	1.92
22072155--22072237	43	1.9	43	92	0	139	31	28	16	22	1.96
22076292--22076353	17	3.1	21	71	20	69	56	16	6	20	1.62
22078396--22078586	14	13.4	14	66	13	50	44	32	2	20	1.65
22080126--22080326	102	2.0	102	84	0	267	33	27	16	21	1.95
22092299--22092522	39	5.7	40	82	8	239	25	21	27	25	2.00
22092299--22092522	79	2.8	80	80	10	244	25	21	27	25	2.00
22097142--22097191	21	2.4	21	86	0	64	36	4	34	26	1.75
22097151--22097186	18	2.0	18	88	0	54	33	5	36	25	1.79
22109078--22109146	25	2.8	25	90	0	102	30	18	24	26	1.98
22114241--22114307	35	1.9	35	84	0	89	28	25	22	23	1.99
22116766--22116985	27	8.1	28	80	6	163	24	16	18	41	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22116835--22116983	81	1.8	81	84	5	203	24	14	18	42	1.87
22118453--22118506	25	2.2	25	83	6	65	18	42	12	25	1.86
22121521--22121701	40	4.5	40	88	2	265	18	32	18	31	1.95
22121537--22121602	20	3.3	20	68	8	62	13	34	19	31	1.91
22121521--22121702	20	9.1	20	62	5	55	18	31	18	31	1.95
22130049--22130091	22	2.0	22	95	0	77	32	11	18	37	1.87
22130767--22130808	21	2.0	21	90	0	66	33	14	2	50	1.56
22131219--22131273	26	2.1	26	86	10	76	14	32	0	52	1.42
22133364--22133606	50	4.9	50	81	5	251	27	20	27	23	1.99
22133923--22133977	25	2.2	25	100	0	110	20	14	7	58	1.60
22158528--22158564	13	2.8	13	100	0	74	37	5	16	40	1.71
22168087--22168153	35	1.9	35	84	0	89	28	25	22	23	1.99
22169202--22169236	13	2.7	13	90	0	52	34	14	14	37	1.86
22170584--22170652	27	2.6	27	83	4	86	24	20	15	39	1.92
22170632--22170802	27	6.3	27	83	1	182	22	12	18	46	1.82
22170602--22170768	81	2.1	82	78	7	180	23	15	18	42	1.88
22172309--22172363	25	2.2	25	90	0	83	16	45	12	25	1.83
22175536--22175715	40	4.5	40	84	4	229	19	31	18	30	1.96
22175535--22175719	80	2.3	80	85	3	257	18	30	18	31	1.95
22176436--22176465	12	2.5	12	88	0	51	33	40	20	6	1.78
22180995--22181046	22	2.4	22	93	0	86	32	15	19	32	1.93
22181716--22181756	21	2.0	21	90	0	64	36	12	0	51	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22182167--22182221	26	2.1	26	86	10	76	14	32	0	52	1.42
22185905--22185982	29	2.7	28	84	11	104	25	14	30	29	1.94
22185935--22186262	174	1.9	174	96	0	602	29	14	24	30	1.95
22194051--22194128	29	2.7	28	84	11	104	25	14	30	29	1.94
22194081--22194408	174	1.9	174	95	1	595	29	14	24	31	1.95
22203365--22203559	42	4.6	42	80	10	182	34	24	19	21	1.96
22205276--22205371	40	2.4	41	83	1	131	41	19	23	14	1.89
22207465--22207832	72	5.1	72	79	3	321	33	4	14	47	1.65
22208171--22208242	36	2.1	34	82	15	85	56	8	2	31	1.43
22208598--22208627	13	2.3	13	94	0	51	50	3	10	36	1.53

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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