genome.fa.s16.2.7.7.80.10.50.1000.86.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  53248092

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27367824--27367858	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
27367844--27368022	55	3.1	54	64	22	128	49	7	2	41	1.43
27367839--27368026	61	3.1	61	68	14	190	49	6	2	41	1.41
27367807--27368029	120	1.9	120	97	0	419	49	6	2	42	1.40
27367944--27367978	18	2.0	17	88	5	52	60	0	0	40	0.97
27368019--27368065	17	2.9	16	78	18	53	46	2	6	44	1.40
27368038--27368071	17	2.0	17	94	0	59	50	0	5	44	1.26
27371261--27371291	15	2.0	16	93	6	55	41	0	0	58	0.98
27371781--27371846	22	3.0	22	77	4	71	34	42	0	22	1.54
27371862--27371899	14	2.7	15	88	12	62	42	31	0	26	1.56
27371940--27371996	18	2.9	18	78	16	60	50	14	19	15	1.77
27372145--27372221	21	3.6	21	78	3	64	42	36	0	20	1.53
27372194--27372231	15	2.6	15	83	4	51	44	39	0	15	1.47
27372184--27372288	22	4.9	21	67	18	63	45	31	2	20	1.65
27372246--27372291	14	3.3	14	81	0	56	45	34	0	19	1.51
27372448--27372523	40	1.9	40	81	5	91	32	19	22	25	1.97
27372501--27372650	41	3.7	41	86	1	194	31	31	18	19	1.95
27372704--27372818	40	2.9	40	85	2	162	24	24	20	31	1.98
27373087--27373733	114	5.7	113	84	6	745	25	22	24	26	2.00
27373087--27373667	224	2.6	221	85	5	745	26	22	24	26	2.00
27375648--27375948	147	2.0	147	81	6	342	25	16	23	34	1.95
27375724--27376042	147	2.2	146	80	6	340	25	15	21	36	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27376692--27376721	6	5.0	6	100	0	60	16	0	33	50	1.46
27377330--27377371	21	2.0	21	100	0	84	33	19	23	23	1.97
27377631--27377796	13	12.5	13	73	8	129	40	9	4	45	1.56
27377644--27377806	27	6.1	27	72	11	131	41	9	4	44	1.57
27377655--27377805	54	2.8	53	95	2	275	41	9	3	45	1.56
27377879--27377908	9	3.3	9	95	0	51	36	20	0	43	1.52
27377996--27378077	17	4.6	19	73	23	63	51	19	3	25	1.63
27378016--27378442	9	49.7	9	70	17	266	46	20	1	31	1.60
27377986--27378172	80	2.3	79	80	12	206	48	20	2	29	1.61
27378016--27378092	35	2.2	34	83	2	91	49	19	2	28	1.62
27378027--27378413	71	5.5	71	72	15	275	46	20	1	31	1.60
27377987--27378246	27	9.6	27	71	15	121	46	19	2	31	1.63
27378020--27378233	89	2.4	87	78	8	202	47	19	1	31	1.60
27378067--27378204	62	2.2	61	85	11	174	45	19	0	34	1.56
27378218--27378311	42	2.2	43	86	1	127	45	21	1	31	1.59
27378301--27378344	22	2.0	22	100	0	88	50	22	0	27	1.50
27383961--27384029	21	3.3	21	87	0	75	34	20	42	2	1.67
27384413--27384640	44	5.4	42	79	10	232	25	19	21	32	1.97
27384475--27384640	86	2.0	83	89	8	255	25	21	21	31	1.98
27384478--27384641	41	3.9	40	84	11	222	24	21	21	32	1.98
27384720--27384763	22	2.0	22	86	0	61	47	27	15	9	1.76
27386763--27386795	16	1.9	18	88	11	52	57	15	0	27	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27399433--27399462	13	2.3	13	94	0	51	40	40	0	20	1.52
27399603--27399697	9	10.4	9	85	6	102	24	10	24	41	1.86
27400335--27400405	15	4.7	15	76	1	61	38	12	8	40	1.74
27404572--27404600	14	2.0	15	93	6	51	34	34	0	31	1.58
27405537--27405561	12	2.1	12	100	0	50	68	0	0	32	0.90
27405995--27406142	70	2.1	70	83	5	183	32	13	13	40	1.84
27413492--27413538	13	3.2	14	83	16	60	21	0	2	76	0.89
27414495--27414613	61	1.9	62	94	1	213	28	9	15	46	1.77
27414501--27414630	61	2.1	61	85	1	170	28	12	13	45	1.80
27415089--27415123	13	2.6	13	90	4	52	57	0	0	42	0.99
27417311--27417425	33	3.5	34	78	4	128	30	14	26	28	1.95
27417308--27417450	66	2.2	66	87	2	198	32	15	23	27	1.95
27419138--27419612	249	1.9	248	95	0	853	25	9	34	31	1.87
27420218--27420512	27	11.1	27	82	8	252	38	20	20	20	1.93
27420632--27420729	27	3.6	27	94	0	169	35	20	21	22	1.96
27420793--27420851	24	2.5	24	83	5	75	22	6	23	47	1.75
27420977--27421030	26	2.1	26	82	0	63	14	24	29	31	1.95
27421021--27421255	32	7.3	32	77	5	217	18	21	23	35	1.95
27421057--27421255	96	2.1	96	86	0	272	18	22	24	35	1.96
27428321--27428359	20	2.0	20	90	10	62	41	0	7	51	1.31
27430320--27430380	31	2.0	31	86	0	86	14	18	19	47	1.82
27430507--27430864	58	6.4	57	80	7	344	24	28	11	35	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27430613--27430864	116	2.2	115	89	2	380	23	28	11	35	1.90
27430814--27431033	109	2.0	108	82	6	266	25	28	10	35	1.89
27440709--27441064	47	7.6	47	95	0	586	28	29	8	33	1.86
27440759--27440837	25	3.3	25	66	16	76	31	29	5	34	1.79
27445074--27445393	40	8.0	40	97	0	579	26	29	20	22	1.99
27446810--27447165	47	7.6	47	95	0	604	28	30	8	33	1.86
27446860--27446938	25	3.3	25	66	16	76	31	29	5	34	1.79
27451523--27451561	17	2.3	17	95	0	69	53	7	28	10	1.62
27452066--27452101	13	2.8	13	91	0	54	38	2	19	38	1.66
27454670--27454767	40	2.4	40	83	9	119	31	21	21	25	1.98
27454867--27454910	14	3.1	14	83	6	54	18	0	31	50	1.47
27454879--27454918	7	5.7	7	81	0	53	15	0	37	47	1.45
27454867--27454918	21	2.5	21	83	0	68	17	0	34	48	1.48
27455111--27455288	7	25.3	7	74	4	99	21	1	30	46	1.61
27455201--27455285	43	2.0	43	86	4	118	22	2	28	47	1.64
27459522--27459738	43	5.1	43	82	2	249	23	16	27	32	1.96
27459473--27459659	86	2.2	85	81	2	214	26	13	25	34	1.93
27459526--27459738	85	2.5	86	86	3	277	24	15	26	33	1.95
27465158--27465288	41	3.2	41	98	0	253	22	16	26	35	1.94
27469496--27469567	31	2.3	31	95	2	126	56	4	0	38	1.18
27470868--27470908	22	1.9	21	85	5	55	26	12	4	56	1.56
27471235--27471283	20	2.5	19	77	9	53	69	2	6	22	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27472119--27472166	23	2.1	23	100	0	96	45	8	0	45	1.33
27472123--27472172	23	2.2	23	92	0	82	52	10	0	38	1.35
27472241--27472305	29	2.2	29	91	0	103	27	24	6	41	1.78
27481948--27482026	23	3.4	23	72	19	65	51	1	0	46	1.08
27481958--27482033	7	10.3	7	74	19	57	52	0	0	47	1.00
27481969--27482034	12	5.4	12	71	14	55	50	0	0	50	1.00
27482260--27482330	29	2.4	29	90	4	108	1	32	8	57	1.37
27483697--27483741	23	1.9	24	90	4	74	8	13	11	66	1.44
27488509--27488634	45	2.8	45	76	7	134	28	14	24	32	1.94
27501243--27501317	25	3.2	25	60	21	61	37	4	25	33	1.75
27501224--27501317	46	2.0	46	100	0	188	37	6	25	30	1.81
27511876--27511961	42	2.0	42	84	4	111	31	22	15	31	1.94
27514525--27514708	51	3.6	50	80	7	194	25	17	25	32	1.97
27514632--27514712	26	3.2	26	65	10	76	25	12	27	34	1.92
27516712--27516815	25	4.2	25	82	1	102	25	25	18	30	1.98
27516712--27516815	50	2.1	49	81	1	118	25	25	18	30	1.98
27534118--27534187	26	2.7	26	97	0	131	27	17	22	32	1.96
27535292--27535319	12	2.3	12	100	0	56	46	0	35	17	1.49
27545550--27545578	5	5.8	5	100	0	58	20	0	0	79	0.74
27559679--27559744	26	2.5	26	95	0	114	24	27	27	21	1.99
27560121--27560175	21	2.6	22	77	8	69	23	9	36	30	1.86
27560339--27560472	18	7.9	18	67	17	72	55	2	0	41	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27560339--27560389	18	2.9	17	91	5	75	54	3	1	39	1.30
27560391--27560445	15	3.9	15	72	18	55	54	0	0	45	0.99
27560400--27560462	26	2.5	25	82	10	83	58	1	0	39	1.07
27560395--27560593	59	3.3	58	72	14	199	53	3	1	41	1.24
27560373--27560615	120	2.0	120	96	0	450	50	4	1	43	1.31
27560423--27560615	61	3.2	60	71	12	187	50	4	1	43	1.32
27563701--27563738	6	6.2	6	87	6	58	39	0	60	0	0.97
27563701--27563736	18	2.0	18	100	0	72	38	0	61	0	0.96
27563706--27563747	18	2.3	18	87	0	57	40	0	59	0	0.97
27564524--27564621	46	2.2	45	81	3	115	27	16	23	32	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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