genome.fa.s16.2.7.7.80.10.50.1000.66.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  53248092

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19702081--19702330	124	2.0	122	86	6	351	43	12	15	28	1.84
19709157--19709193	17	2.2	17	90	0	56	29	18	21	29	1.97
19709340--19709493	78	2.0	78	89	2	238	30	12	20	37	1.89
19711955--19712103	75	2.0	75	87	0	217	40	16	14	28	1.88
19711955--19712133	75	2.4	75	82	1	189	39	18	13	28	1.88
19717860--19717884	3	8.3	3	100	0	50	0	32	0	68	0.90
19723363--19723396	18	1.9	17	94	5	59	44	0	2	52	1.16
19735779--19736483	44	16.2	43	71	12	284	28	20	22	28	1.98
19735680--19736482	217	3.7	217	93	0	1363	29	20	22	28	1.98
19735741--19736289	84	6.4	85	68	14	248	28	20	22	28	1.98
19736801--19736863	33	1.9	33	90	3	101	47	30	7	14	1.72
19739752--19739811	30	2.0	30	84	9	79	33	5	8	53	1.53
19741031--19741078	15	3.4	14	83	11	62	10	0	41	47	1.37
19741031--19741081	7	7.3	7	86	8	68	9	0	41	49	1.36
19741283--19741356	37	2.0	38	89	7	116	62	0	4	33	1.14
19741675--19741711	18	2.0	19	94	5	67	13	0	37	48	1.43
19741538--19742194	212	3.0	221	88	6	962	34	3	18	43	1.66
19743546--19743582	18	2.1	18	89	0	56	40	10	27	21	1.86
19745420--19745515	11	9.0	11	73	14	76	43	2	30	23	1.65
19745404--19745503	51	2.0	51	92	4	166	46	1	28	25	1.60
19746301--19746361	30	1.9	33	87	12	92	49	0	0	50	1.00
19748259--19748304	9	4.7	9	84	15	56	71	0	6	21	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19767083--19767120	5	7.6	5	100	0	76	18	0	0	81	0.69
19778356--19778392	18	2.0	19	89	5	58	5	40	2	51	1.39
19788815--19788880	27	2.4	27	94	2	114	28	4	13	53	1.60
19789084--19789134	23	2.2	23	100	0	102	21	9	21	47	1.79
19790055--19790087	15	2.1	16	94	5	59	57	0	0	42	0.98
19798876--19798900	2	12.5	2	100	0	50	0	0	48	52	1.00
19799424--19799583	41	3.9	41	90	0	257	27	20	23	28	1.99
19800904--19801013	53	2.1	54	84	1	141	39	12	23	24	1.90
19801125--19801253	57	2.3	57	82	2	152	40	17	17	24	1.91
19802698--19802742	23	2.0	23	82	8	56	33	4	11	51	1.58
19803315--19803538	42	5.4	42	84	4	267	31	19	21	27	1.98
19803315--19803495	84	2.2	83	91	1	299	30	19	21	27	1.98
19809676--19809720	23	2.0	23	82	8	56	33	4	11	51	1.58
19810286--19810465	42	4.3	42	89	3	274	31	20	21	27	1.98
19812566--19812675	33	3.3	32	87	2	148	15	12	34	37	1.86
19816242--19816427	51	3.7	49	82	3	219	24	17	27	30	1.97
19816432--19816531	46	2.2	44	81	11	114	25	17	25	33	1.96
19816632--19816704	37	1.9	38	86	2	103	42	2	23	31	1.68
19827923--19827956	17	2.0	17	88	0	50	70	0	0	29	0.87
19837757--19837798	16	2.6	16	74	11	50	19	9	21	50	1.75
19839046--19839105	30	2.0	30	83	3	75	41	0	38	20	1.52
19839314--19839350	9	4.1	9	89	0	56	27	13	13	45	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19839404--19839434	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
19839629--19839683	29	1.9	29	85	3	76	25	12	18	43	1.85
19840600--19840667	32	2.2	32	94	2	120	61	0	1	36	1.05
19840701--19840751	22	2.3	21	87	9	75	35	0	33	31	1.58
19840704--19840802	52	1.9	52	95	0	180	38	0	32	29	1.58
19840756--19840802	22	2.1	22	96	0	85	40	0	34	25	1.56
19846058--19846130	30	2.4	30	76	0	83	24	32	23	19	1.97
19846771--19846848	24	3.4	24	75	8	81	32	11	32	24	1.91
19848140--19848189	25	2.0	25	92	0	82	36	4	28	32	1.76
19848489--19848538	26	1.9	26	100	0	100	44	16	28	12	1.83
19872401--19872447	16	2.9	16	81	12	60	25	10	0	63	1.26
19874576--19874664	18	5.0	18	68	25	55	50	7	6	34	1.58
19874565--19874667	51	2.0	51	100	0	206	49	9	7	33	1.64
19878849--19878901	2	26.5	2	100	0	106	0	50	0	49	1.00
19879671--19879721	3	16.3	3	80	15	59	64	3	0	31	1.11
19880167--19880218	11	4.6	11	84	13	70	34	3	1	59	1.27
19880285--19880349	21	3.0	21	76	15	51	52	0	0	47	1.00
19880562--19880680	43	2.8	43	86	0	166	29	31	16	21	1.96
19880947--19881037	43	2.1	43	85	2	121	42	10	12	34	1.77
19885200--19885227	13	2.2	13	100	0	56	32	0	14	53	1.41
19886607--19886632	12	2.2	12	100	0	52	46	15	7	30	1.74
19887337--19887394	18	3.2	18	72	0	62	41	5	37	15	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19888158--19888215	15	4.0	15	80	8	66	36	43	1	18	1.61
19888164--19888243	14	5.6	14	75	7	63	37	43	0	18	1.51
19888204--19888243	21	1.9	21	89	0	62	42	42	0	15	1.46
19889063--19889460	41	9.9	41	83	7	449	26	30	22	20	1.98
19889099--19889161	32	2.0	32	90	0	99	23	30	25	20	1.99
19889513--19889628	40	2.9	39	76	9	119	23	20	20	35	1.96
19890926--19890972	22	2.1	22	96	0	85	29	10	12	46	1.76
19895201--19895321	27	4.5	27	91	1	163	34	11	25	28	1.91
19902232--19902257	12	2.2	12	100	0	52	23	38	30	7	1.83
19907169--19907204	18	2.0	18	100	0	72	38	11	27	22	1.88
19910838--19910894	13	4.3	13	76	12	53	36	21	1	40	1.63
19929790--19929885	31	3.1	31	95	3	174	31	9	13	45	1.75
19935502--19935565	28	2.4	27	84	5	76	53	10	10	25	1.68
19937501--19937558	18	3.4	17	77	13	66	5	15	1	77	1.02
19937499--19937566	33	2.0	35	85	5	95	7	17	2	72	1.21
19939912--19939971	28	2.2	27	87	3	84	53	11	6	28	1.62
19940863--19941119	137	1.9	138	80	8	310	31	25	21	20	1.98
19946206--19946406	27	7.5	27	82	1	217	34	17	22	25	1.96
19946198--19946407	81	2.6	79	81	4	249	33	19	21	25	1.97
19946206--19946432	27	8.5	26	78	6	127	33	18	22	26	1.97
19946530--19946587	27	2.1	27	81	6	64	20	24	20	34	1.97
19946605--19946794	32	6.0	31	81	4	218	21	18	20	40	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19946617--19946794	96	1.9	96	87	2	268	21	18	19	41	1.91
19946868--19946930	26	2.4	26	91	0	99	20	19	20	39	1.92
19947053--19947106	28	1.9	28	85	7	74	20	22	25	31	1.98
19949246--19949310	20	3.2	20	77	0	67	40	15	21	23	1.91
19949237--19949310	30	2.5	30	86	4	96	40	17	20	21	1.91
19952125--19952205	28	2.9	29	81	9	96	8	14	4	71	1.27
19953830--19953894	20	3.3	19	73	16	51	38	16	21	23	1.93
19966301--19966338	20	1.9	20	88	0	58	28	7	13	50	1.69
19966286--19966352	34	1.9	35	84	3	91	29	7	13	49	1.69
19967651--19967717	27	2.4	28	80	7	75	55	19	4	20	1.60
19969266--19969337	37	1.9	37	97	0	135	40	15	4	40	1.66
19971345--19971377	14	2.4	14	94	0	57	15	9	60	15	1.58
19972310--19972350	21	1.9	22	85	5	57	73	2	4	19	1.13
19972308--19972347	14	2.9	14	84	0	53	75	2	5	17	1.10
19972669--19972733	32	2.0	32	100	0	130	46	0	16	36	1.48
19973007--19973047	21	2.0	21	100	0	82	34	9	14	41	1.79
19976037--19976274	49	4.7	49	78	6	167	23	28	19	28	1.99
19983438--19983679	50	4.7	50	78	5	211	25	26	21	27	1.99
19984662--19984695	13	2.6	13	100	0	68	38	0	14	47	1.45
20001271--20001311	20	2.0	20	85	4	55	34	14	4	46	1.66
20004714--20004904	51	3.8	51	77	6	201	24	16	27	31	1.97
20009970--20010160	51	3.8	51	77	6	201	24	16	27	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20016075--20016161	43	2.0	43	100	0	174	29	32	19	18	1.96
20018197--20018240	21	2.1	21	87	8	63	36	0	15	47	1.46
20018181--20018237	12	5.1	12	76	20	52	36	0	14	49	1.43
20018193--20018306	12	9.4	13	70	21	52	34	0	15	49	1.51
20018346--20018386	19	2.2	19	91	8	66	53	0	2	43	1.13
20018403--20018448	24	2.0	22	83	8	56	45	0	8	45	1.34
20018381--20018448	22	3.1	22	72	13	61	48	0	7	44	1.30
20023128--20023177	17	2.9	17	90	0	82	26	24	6	44	1.76
20030145--20030197	7	7.7	7	80	4	54	33	45	0	20	1.52
20030145--20030198	14	3.9	14	80	4	65	33	46	0	20	1.51

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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