genome.fa.s16.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  53248092

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2281657--2281853	14	13.9	14	69	13	89	46	31	0	20	1.55
2282193--2282315	41	3.0	41	84	9	169	29	30	21	17	1.97
2282374--2282472	40	2.5	39	81	3	126	24	22	20	33	1.97
2282862--2282888	7	3.9	7	100	0	54	44	0	0	55	0.99
2283674--2283859	42	4.4	42	77	6	189	33	29	16	20	1.94
2283677--2283835	84	1.9	84	84	5	214	30	29	17	22	1.97
2287246--2287284	21	1.9	20	89	5	60	28	5	38	28	1.78
2288314--2288342	15	1.9	15	100	0	58	34	51	0	13	1.42
2288286--2288363	36	2.2	36	86	4	104	37	38	0	24	1.56
2288591--2288619	15	1.9	15	100	0	58	34	51	0	13	1.42
2288599--2288651	21	2.5	22	81	9	65	39	39	0	20	1.53
2288618--2288667	14	3.6	14	74	15	50	38	40	0	22	1.54
2288615--2288681	28	2.4	27	82	5	80	44	35	0	19	1.51
2288953--2289147	41	4.8	41	96	0	345	29	27	23	19	1.98
2289187--2289321	40	3.4	40	82	8	143	20	17	22	40	1.92
2290174--2290224	19	2.6	19	84	9	59	35	0	7	56	1.28
2302918--2302958	3	14.3	3	80	10	50	70	0	2	26	0.99
2318546--2318761	118	1.8	118	85	4	301	27	5	15	50	1.66
2321620--2321675	3	18.7	3	96	0	103	33	1	0	64	1.04
2325127--2325187	29	2.1	29	87	3	88	26	13	14	45	1.81
2326114--2326175	29	2.2	28	82	8	72	48	16	11	24	1.78
2326113--2326174	28	2.2	28	80	5	72	46	16	12	24	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2327794--2327835	21	2.0	21	95	0	75	64	4	7	23	1.38
2328700--2328757	24	2.4	25	82	2	73	27	22	20	29	1.99
2335125--2335161	19	2.0	19	94	5	67	64	0	2	32	1.07
2336029--2336168	69	2.0	70	95	2	255	47	12	13	26	1.79
2339265--2339298	18	1.9	17	94	5	59	58	5	20	14	1.57
2339893--2339958	30	2.2	31	83	2	80	37	1	6	54	1.34
2340604--2340642	11	3.5	11	82	0	51	48	0	2	48	1.15
2340923--2340952	15	1.9	16	93	6	53	53	3	0	43	1.17
2343894--2343922	13	2.2	13	100	0	58	27	0	10	62	1.28
2347015--2347139	63	2.0	63	87	0	178	24	28	15	32	1.95
2347383--2347454	30	2.4	30	81	4	74	55	4	1	38	1.28
2347559--2347672	55	2.1	55	91	0	183	35	20	9	35	1.85
2352890--2352941	23	2.2	24	82	6	61	48	0	3	48	1.20
2353316--2353358	14	3.0	14	86	6	59	32	9	2	55	1.44
2353319--2353358	15	2.7	15	88	3	55	30	10	2	57	1.45
2353380--2353419	3	13.3	3	100	0	80	67	0	0	32	0.91
2359060--2359102	11	3.9	11	81	0	50	76	6	4	11	1.13
2365999--2366026	7	4.0	7	100	0	56	28	0	0	71	0.86
2381603--2381656	24	2.2	24	86	0	72	51	9	3	35	1.52
2383667--2383708	8	5.2	8	77	11	50	30	0	0	69	0.89
2383666--2383708	15	2.7	16	82	10	61	32	0	0	67	0.91
2392736--2392768	15	2.1	16	88	5	50	51	0	3	45	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2393443--2393489	22	2.1	22	96	0	85	44	0	42	12	1.42
2405701--2405786	6	14.3	6	100	0	172	33	0	16	50	1.46
2416020--2416056	18	2.1	18	100	0	74	21	27	24	27	1.99
2416529--2416586	30	1.9	30	86	6	82	24	3	10	62	1.43
2422504--2422547	20	2.2	20	88	4	63	43	0	0	56	0.99
2422536--2422583	18	2.7	18	100	0	96	35	0	0	64	0.94
2422536--2422610	18	4.1	18	86	10	89	36	0	1	62	1.04
2435336--2435531	97	2.0	97	97	0	374	29	11	14	44	1.79
2447393--2447418	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
2454827--2454864	19	2.0	20	89	5	60	26	7	0	65	1.19
2454831--2454903	29	2.5	29	82	6	76	26	5	5	63	1.38
2459138--2459212	24	3.2	24	66	7	73	45	2	9	42	1.50
2459126--2459244	46	2.6	46	94	0	211	42	1	8	47	1.43
2459857--2459924	16	4.2	16	92	0	118	27	0	36	35	1.58
2460152--2460362	17	12.6	17	64	21	63	53	2	0	43	1.20
2460190--2460238	24	2.1	22	85	14	64	55	0	2	42	1.11
2460169--2460305	41	3.4	39	75	18	127	54	2	1	42	1.21
2460219--2460281	26	2.5	25	82	10	83	58	1	0	39	1.07
2460189--2460362	70	2.5	71	84	8	186	55	2	0	40	1.19
2462684--2462730	21	2.2	21	92	0	76	27	25	25	21	1.99
2463786--2464075	142	2.0	142	98	0	562	24	20	20	34	1.96
2464320--2464432	42	2.9	38	80	10	122	41	28	7	22	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2464777--2464917	38	4.0	38	74	17	140	60	8	26	4	1.46
2464784--2464933	66	2.3	66	94	2	257	62	7	26	4	1.39
2464896--2464940	23	2.0	23	86	0	63	57	6	31	4	1.44
2469522--2469547	12	2.2	12	100	0	52	57	0	0	42	0.98
2470143--2470175	13	2.4	14	85	10	50	48	0	0	51	1.00
2470204--2470260	15	3.5	15	71	17	51	47	1	3	47	1.29
2479709--2479733	12	2.1	12	100	0	50	40	0	0	60	0.97
2498562--2498624	31	2.1	31	82	5	76	42	11	12	33	1.78
2499219--2499247	11	2.6	11	100	0	58	31	0	6	62	1.22
2499869--2499939	19	3.8	18	82	10	65	66	2	1	29	1.15
2499869--2500013	10	15.6	9	70	17	75	66	2	2	28	1.19
2499954--2500013	19	3.1	18	75	15	57	71	1	5	21	1.14
2499962--2500015	11	5.5	10	77	16	51	74	1	3	20	1.07
2500527--2500557	14	2.2	14	100	0	62	41	6	22	29	1.78
2502883--2502969	44	2.0	45	81	6	106	65	5	6	21	1.38
2505197--2505228	16	2.0	16	100	0	64	62	0	0	37	0.95
2505415--2505497	26	3.1	26	73	5	76	44	0	6	49	1.27
2507885--2508391	168	3.0	168	97	0	957	40	14	12	31	1.84
2526925--2526961	15	2.4	16	86	13	51	48	10	8	32	1.67
2527093--2527134	18	2.2	20	83	8	52	38	0	2	59	1.10
2528476--2528526	13	3.9	13	76	0	57	35	27	7	29	1.85
2528476--2528528	26	2.0	26	92	0	88	35	26	7	30	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2539104--2539164	25	2.4	25	75	0	68	18	14	42	24	1.88
2543533--2543639	31	3.5	31	93	0	178	45	14	8	30	1.75
2555695--2555737	23	2.0	22	86	9	61	30	13	2	53	1.53
2557710--2557758	23	2.2	22	85	10	64	51	2	0	46	1.12
2559070--2559108	17	2.4	17	91	4	62	76	2	0	20	0.90
2565275--2565483	43	4.9	42	84	5	208	29	21	22	26	1.99
2565275--2565484	85	2.5	85	80	7	223	29	21	22	26	1.99
2571426--2571753	9	36.2	9	75	12	280	35	0	17	46	1.51
2571576--2571628	12	4.2	12	76	19	54	35	0	15	49	1.45
2571570--2571693	25	4.6	27	77	15	116	34	0	17	47	1.48
2571894--2571927	17	1.9	18	88	5	52	55	0	5	38	1.24
2572301--2572364	31	2.0	32	87	3	94	53	15	12	18	1.73
2573178--2573223	21	2.1	22	96	4	85	43	13	4	39	1.63
2574681--2574731	21	2.4	21	96	0	93	33	47	0	19	1.50
2576936--2576962	7	3.9	7	100	0	54	44	0	14	40	1.46
2577406--2577438	14	2.4	14	90	10	50	51	0	12	36	1.39
2579019--2579069	25	2.1	24	85	3	66	11	13	0	74	1.07
2580564--2580605	20	2.0	20	86	4	57	2	11	14	71	1.24
2585970--2586381	107	4.1	101	76	9	376	31	14	11	42	1.82
2586944--2586993	25	2.0	25	84	0	64	54	12	2	32	1.49
2591276--2591315	16	2.5	16	87	0	53	52	2	2	42	1.28
2591388--2591415	9	3.1	9	100	0	56	32	0	10	57	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2591308--2591447	68	2.1	66	93	2	244	41	5	8	45	1.56
2591509--2591552	24	1.9	24	90	9	74	61	2	0	36	1.09
2591621--2591691	31	2.2	33	82	10	83	22	32	14	30	1.93
2599752--2599862	60	1.9	57	83	5	141	22	15	10	51	1.74
2600330--2600388	31	1.9	30	89	3	91	42	6	20	30	1.78
2600331--2600447	31	3.9	30	67	18	82	43	8	18	29	1.80
2601119--2601153	17	2.1	17	88	0	52	45	0	5	48	1.26
2606806--2606872	31	2.1	30	84	13	82	38	10	10	40	1.74
2611085--2611122	20	1.9	20	88	0	58	36	18	10	34	1.85
2611184--2611282	10	10.4	10	67	20	52	67	3	2	27	1.16

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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