genome.fa.s16.2.7.7.80.10.50.1000.82.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  53248092

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   

This is table  82  of  175  ( 20966 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25668005--25668042	16	2.4	16	100	0	76	47	10	21	21	1.80
25677887--25677929	21	2.2	20	83	8	52	13	32	6	46	1.71
25681167--25681213	23	2.0	23	91	0	76	19	21	12	46	1.82
25684075--25684121	17	2.6	18	76	6	51	65	4	2	27	1.22
25684102--25684153	14	3.9	13	77	18	54	67	1	1	28	1.12
25684688--25684752	23	2.8	23	86	9	80	40	3	0	56	1.15
25684688--25684755	11	6.1	11	75	16	68	38	2	0	58	1.13
25687032--25687056	3	8.3	3	100	0	50	36	0	0	64	0.94
25693327--25693371	22	2.0	22	91	0	72	48	15	2	33	1.57
25697100--25697145	22	2.0	23	87	4	67	47	17	2	32	1.60
25698722--25698746	13	1.9	13	100	0	50	16	16	24	44	1.86
25699816--25699857	21	2.0	21	100	0	84	19	19	19	42	1.89
25701224--25701271	6	7.8	6	83	2	51	47	4	29	18	1.67
25701271--25701371	50	2.0	50	94	0	175	43	10	18	26	1.83
25708654--25708730	13	5.4	13	71	19	55	37	2	41	18	1.64
25710855--25710889	18	2.0	18	88	5	54	31	11	5	51	1.61
25712663--25712815	40	3.8	40	87	0	225	18	28	16	35	1.94
25712663--25712806	20	7.2	20	67	6	94	18	29	18	33	1.95
25717495--25717573	27	2.9	27	94	1	140	21	21	30	26	1.98
25719601--25719700	50	2.0	50	98	0	191	28	13	34	25	1.93
25726471--25726736	137	1.9	137	86	3	374	33	29	19	18	1.95
25736647--25736673	10	2.7	10	100	0	54	33	7	7	51	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25743789--25743863	15	5.2	15	67	19	52	44	1	0	54	1.08
25743789--25743901	58	2.0	57	92	5	192	42	3	0	53	1.18
25743808--25743921	58	2.0	58	85	3	158	41	4	3	50	1.39
25744228--25744293	15	4.4	14	76	12	60	36	34	1	27	1.66
25744228--25744293	30	2.2	29	84	7	87	36	34	1	27	1.66
25744501--25744541	21	2.0	21	85	0	55	29	43	0	26	1.55
25744561--25744593	14	2.3	15	94	5	59	36	33	0	30	1.58
25744996--25745345	41	8.7	40	78	7	327	29	28	19	22	1.98
25745210--25745258	17	2.9	17	90	0	80	44	28	10	16	1.80
25744996--25745345	157	2.2	159	83	6	422	29	28	19	22	1.98
25747898--25747943	23	2.0	23	91	0	74	28	4	23	43	1.73
25750351--25750588	23	10.3	23	73	8	189	18	4	34	42	1.71
25750353--25750575	48	4.8	48	79	10	216	17	4	33	43	1.71
25750351--25750575	93	2.4	92	87	5	319	17	4	34	43	1.71
25752763--25752801	14	2.7	15	84	8	53	35	0	25	38	1.56
25754431--25754467	19	1.9	19	88	0	56	18	24	40	16	1.90
25761873--25761909	20	1.9	18	89	10	56	24	21	16	37	1.93
25762694--25762755	26	2.4	26	77	0	70	37	9	14	38	1.79
25770388--25770451	30	2.2	30	91	2	103	32	0	43	23	1.54
25770388--25770443	16	3.7	16	72	18	57	30	0	46	23	1.53
25778890--25779074	101	1.8	102	84	3	257	24	15	28	31	1.96
25778886--25779076	51	3.8	50	78	4	204	24	15	28	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25779078--25779168	45	2.0	45	89	0	137	26	16	23	34	1.95
25788109--25788672	44	12.7	45	71	11	254	30	19	23	26	1.98
25788010--25788684	178	3.8	176	83	3	712	30	19	23	26	1.98
25788150--25788658	222	2.3	222	88	1	734	30	20	22	26	1.98
25788774--25789121	44	7.8	43	67	15	127	31	18	22	28	1.97
25788542--25789120	225	2.6	225	82	3	621	32	18	20	28	1.97
25788818--25788917	42	2.3	45	82	5	116	28	17	26	29	1.97
25788999--25789164	44	3.8	44	83	1	181	30	19	22	27	1.98
25789146--25789371	45	5.1	44	64	12	111	28	24	23	23	2.00
25789090--25789376	89	3.2	88	83	3	335	28	23	23	24	2.00
25789370--25789744	130	2.8	133	83	6	469	30	18	24	25	1.98
25793761--25793852	37	2.4	36	79	15	98	53	4	2	40	1.33
25795439--25795479	17	2.4	17	95	0	73	24	34	21	19	1.97
25795727--25795778	20	2.6	20	84	0	77	21	25	0	53	1.45
25812897--25812931	15	2.3	15	95	0	61	40	11	14	34	1.82
25814750--25814780	16	1.9	16	93	0	53	77	6	6	9	1.12
25816547--25816651	50	2.1	50	89	3	158	25	23	31	19	1.98
25816556--25816732	50	3.6	49	76	6	135	29	23	25	21	1.99
25816942--25816990	20	2.5	20	81	15	66	57	6	24	12	1.58
25823616--25823683	34	2.0	34	97	0	127	36	8	19	35	1.83
25824101--25824146	22	2.0	22	87	4	65	47	0	10	41	1.38
25827140--25827317	27	6.6	27	81	6	189	25	15	28	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25831920--25831991	24	3.0	24	76	10	58	37	19	23	19	1.94
25832032--25832094	26	2.4	27	79	7	69	36	17	25	20	1.94
25836555--25836731	27	6.5	27	79	5	149	28	28	15	27	1.96
25836555--25836731	55	3.2	54	80	4	194	28	28	15	27	1.96
25841414--25841458	24	1.9	23	81	4	54	35	13	4	46	1.63
25843913--25843959	23	2.1	23	84	7	62	51	12	4	31	1.59
25849295--25849333	16	2.3	16	86	8	51	17	10	7	64	1.48
25849374--25849420	12	3.8	12	94	5	85	17	2	6	74	1.12
25849376--25849420	13	3.5	13	90	3	74	13	2	6	77	1.05
25849374--25849420	25	1.9	24	95	4	85	17	2	6	74	1.12
25850410--25850456	23	2.1	23	84	7	62	51	12	4	31	1.59
25851304--25851343	21	1.9	21	84	0	53	42	20	2	35	1.65
25852586--25852651	18	3.6	18	89	2	96	42	7	22	27	1.80
25854102--25854200	27	3.6	27	83	5	128	26	24	16	33	1.96
25855329--25855385	28	2.0	28	100	0	114	49	10	17	22	1.77
25873289--25873469	40	4.6	40	83	8	210	25	26	22	25	2.00
25873289--25873469	79	2.3	80	82	9	210	25	26	22	25	2.00
25881975--25882084	40	2.8	40	81	4	134	38	15	24	21	1.92
25885892--25885937	18	2.6	18	100	0	92	32	0	45	21	1.52
25888335--25888373	20	2.0	20	94	0	69	48	0	2	48	1.15
25888471--25888510	20	2.0	20	100	0	80	45	15	10	30	1.78
25889105--25889176	24	3.0	24	91	0	117	26	25	20	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25894062--25894108	21	2.2	21	77	7	51	17	6	4	72	1.22
25899085--25899146	22	2.6	25	72	25	62	45	8	17	29	1.77
25910441--25910478	19	2.0	19	85	10	51	21	42	0	36	1.53
25912752--25913037	50	5.7	50	79	6	296	21	27	22	28	1.99
25912801--25913037	100	2.4	100	93	1	404	21	27	22	28	1.99
25912752--25913030	150	1.9	149	83	3	364	21	27	21	29	1.99
25919690--25919924	49	4.7	50	81	4	262	22	27	22	27	1.99
25924963--25925018	18	3.1	18	92	0	94	19	21	48	10	1.79
25926680--25927077	132	3.0	132	96	0	724	29	21	20	29	1.98
25929407--25929482	9	8.4	9	82	0	98	39	25	11	23	1.89
25929399--25929482	18	4.7	18	93	0	123	39	26	10	23	1.87
25929398--25929482	27	3.1	27	82	0	98	40	25	10	23	1.87
25939858--25939911	27	2.0	27	88	0	81	14	7	16	61	1.55
25954238--25954310	27	2.7	27	93	0	128	32	24	16	26	1.96
25956698--25956739	12	3.5	12	76	23	52	33	0	45	21	1.52
25957354--25957611	27	9.6	27	81	1	286	41	23	18	16	1.90
25957354--25957626	134	2.0	135	84	4	356	41	22	19	17	1.90
25972635--25972660	5	5.2	5	100	0	52	61	38	0	0	0.96
25978901--25978987	38	2.3	39	85	2	113	51	9	3	35	1.51
25980270--25980294	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
25980841--25981018	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
25980842--25980997	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25980838--25981018	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
25980923--25981029	27	3.9	27	85	1	70	26	14	28	30	1.95
25988029--25988053	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
25988598--25988775	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
25988599--25988754	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
25988595--25988775	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
25988680--25988786	27	3.9	27	85	1	70	26	14	28	30	1.95
25991092--25991149	27	2.2	27	93	3	100	24	31	17	27	1.97
26025305--26025495	51	3.8	50	80	4	222	30	29	16	23	1.96
26025307--26025491	101	1.8	101	88	3	282	30	28	17	23	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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