genome.fa.s16.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  53248092

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1755917--1756059	78	1.8	77	89	4	225	46	2	4	45	1.39
1766193--1766255	28	2.2	29	86	8	85	73	1	7	17	1.16
1768350--1768401	16	3.2	16	97	0	95	26	0	34	38	1.57
1768382--1768472	45	2.0	45	85	2	121	27	6	28	37	1.82
1768617--1768671	15	3.4	16	80	16	53	54	1	0	43	1.10
1768623--1768671	16	2.9	18	80	20	61	55	0	0	44	0.99
1768665--1768849	61	3.1	61	70	18	199	49	7	2	41	1.43
1768669--1768918	117	2.1	119	96	2	468	50	6	1	42	1.37
1768853--1768904	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
1769011--1769052	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
1769020--1769061	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
1769489--1769513	13	1.9	13	100	0	50	32	32	24	12	1.91
1772681--1772712	13	2.5	13	94	0	55	65	0	3	31	1.08
1773223--1773264	3	14.0	3	100	0	84	33	33	0	33	1.58
1778283--1778324	21	2.0	21	86	13	59	64	0	0	35	0.94
1780063--1780093	2	16.0	2	93	6	55	0	48	0	51	1.00
1780507--1780545	3	13.0	3	88	0	60	33	66	0	0	0.92
1784931--1784960	7	4.3	7	100	0	60	53	0	0	46	1.00
1787319--1787357	15	2.6	16	84	12	55	56	0	0	43	0.99
1787410--1787439	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
1792052--1792090	15	2.7	14	84	7	60	43	33	0	23	1.54
1798171--1798216	17	2.6	17	82	3	56	71	2	23	2	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1798170--1798206	13	3.0	13	88	7	51	70	0	27	2	1.01
1798171--1798222	17	3.0	17	77	8	52	71	1	25	1	1.07
1800341--1800443	26	3.7	29	88	8	153	41	12	0	45	1.42
1800514--1800589	27	2.8	27	91	0	116	23	27	30	18	1.98
1800713--1800751	19	2.0	21	85	10	55	25	0	7	66	1.18
1801085--1801115	12	2.6	12	94	0	53	19	0	19	61	1.35
1807458--1807573	40	3.0	38	80	13	146	0	31	0	68	0.90
1807486--1807595	4	26.2	4	71	23	68	0	32	0	67	0.91
1807490--1807577	34	2.6	35	82	12	112	0	31	0	68	0.90
1807457--1807594	44	3.2	45	78	16	132	0	31	0	68	0.90
1807489--1807579	35	2.7	32	83	11	87	0	31	0	68	0.90
1807453--1807586	19	6.9	19	74	20	82	0	32	0	67	0.91
1807455--1807579	37	3.5	36	82	12	134	0	32	0	68	0.90
1807637--1807703	27	2.5	27	92	0	107	14	25	29	29	1.95
1807767--1807840	27	2.7	28	93	6	125	45	0	10	43	1.39
1807768--1807840	28	2.7	27	87	12	114	46	0	10	42	1.39
1810823--1810861	16	2.4	16	91	0	60	53	2	7	35	1.43
1812883--1813748	88	9.8	88	89	1	1190	26	24	21	27	1.99
1814979--1815014	16	2.2	17	95	5	65	11	8	0	80	0.90
1815868--1815931	1	64.0	1	74	0	56	0	3	9	87	0.64
1815881--1815928	6	7.8	6	88	11	71	0	0	12	87	0.54
1815870--1815929	7	8.9	7	89	7	72	0	3	10	86	0.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1815868--1815931	12	5.5	11	79	17	67	0	3	9	87	0.64
1820716--1820754	16	2.4	16	91	0	60	53	2	7	35	1.43
1823003--1823070	5	13.4	5	77	20	70	41	0	0	58	0.98
1823986--1824022	19	1.9	19	88	0	56	35	0	18	45	1.50
1826253--1826539	130	2.2	130	85	3	389	34	13	20	30	1.92
1826497--1826563	24	2.7	24	90	6	98	38	14	13	32	1.86
1826406--1826693	154	1.9	154	90	1	461	36	12	18	32	1.88
1826259--1826979	284	2.6	281	84	5	892	36	12	18	31	1.89
1826524--1826991	130	3.6	130	86	0	627	37	12	17	32	1.87
1833506--1833557	26	2.0	27	81	11	63	34	9	21	34	1.86
1834953--1834981	3	9.7	3	100	0	58	65	0	34	0	0.93
1836975--1837006	16	2.1	16	94	5	57	46	0	0	53	1.00
1838586--1838626	21	2.0	21	85	9	57	51	2	0	46	1.14
1838677--1838724	14	3.1	14	85	14	60	33	2	0	64	1.05
1838685--1838741	15	3.8	15	81	6	53	36	1	0	61	1.07
1840863--1841139	139	2.0	140	91	0	448	51	8	21	18	1.72
1842650--1842692	14	3.0	14	75	3	50	65	0	2	32	1.06
1850657--1850733	41	1.9	40	83	2	100	54	9	3	32	1.50
1866381--1866422	19	2.3	18	80	8	50	45	4	0	50	1.23
1866427--1866456	12	2.6	11	90	10	51	63	0	3	33	1.11
1880633--1880709	41	1.9	40	83	2	100	31	5	10	53	1.57
1884280--1884325	20	2.3	20	96	0	83	15	4	26	54	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1886996--1887054	31	1.9	31	85	0	82	42	6	11	38	1.68
1889897--1889963	34	1.9	35	87	3	100	44	14	8	31	1.76
1893113--1893272	42	3.8	42	82	4	207	37	21	22	18	1.94
1893113--1893268	83	1.9	84	87	4	235	38	21	21	18	1.93
1893243--1893521	42	6.7	42	91	1	445	23	22	22	31	1.99
1893201--1893521	83	3.8	83	86	2	389	24	23	22	29	1.99
1893243--1893521	125	2.2	125	92	0	468	23	22	22	31	1.99
1893243--1893521	83	3.3	83	91	2	452	23	22	22	31	1.99
1893857--1893897	21	2.0	21	90	0	64	4	46	24	24	1.72
1897380--1897808	114	3.8	113	76	9	308	27	23	21	27	1.99
1897534--1897835	114	2.7	110	79	9	313	27	22	21	27	1.99
1897380--1897835	227	2.0	226	81	8	536	28	23	21	27	1.99
1906516--1906575	30	2.0	30	100	0	120	26	26	26	20	1.99
1907336--1907384	16	3.1	16	72	21	57	40	4	26	28	1.74
1907320--1907393	32	2.3	32	90	0	121	45	2	24	27	1.66
1907403--1907491	39	2.3	38	90	5	135	39	15	14	30	1.88
1911794--1911852	19	3.1	19	85	2	73	30	8	3	57	1.45
1915830--1915869	20	2.0	20	100	0	80	30	25	15	30	1.95
1923976--1924532	50	11.1	50	68	9	294	29	21	24	24	1.99
1923922--1924518	100	6.0	100	91	0	926	30	21	24	23	1.99
1925558--1925584	14	1.9	14	100	0	54	7	3	0	88	0.61
1926188--1926246	19	3.1	19	85	2	73	30	8	3	57	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1928664--1928751	38	2.3	38	90	3	133	36	14	15	32	1.89
1934213--1934244	16	2.0	16	100	0	64	12	12	25	50	1.75
1934358--1934588	45	4.9	45	79	12	246	38	15	20	25	1.92
1934468--1934503	12	3.0	12	95	0	63	36	5	33	25	1.79
1934423--1934547	57	2.2	57	94	0	214	36	13	24	25	1.92
1934389--1934588	102	2.0	102	93	0	346	38	15	21	24	1.92
1935209--1935339	66	2.0	67	95	1	237	46	16	20	16	1.84
1938232--1938263	16	2.0	16	100	0	64	12	12	25	50	1.75
1938377--1938607	45	4.9	45	79	12	246	38	15	20	25	1.92
1938487--1938522	12	3.0	12	95	0	63	36	5	33	25	1.79
1938442--1938566	57	2.2	57	94	0	214	36	13	24	25	1.92
1938408--1938607	102	2.0	102	93	0	346	38	15	21	24	1.92
1939228--1939358	66	2.0	67	95	1	237	46	16	20	16	1.84
1942247--1942278	16	2.0	16	100	0	64	12	12	25	50	1.75
1942392--1942622	45	4.9	45	79	12	246	38	15	20	25	1.92
1942502--1942537	12	3.0	12	95	0	63	36	5	33	25	1.79
1942457--1942581	57	2.2	57	94	0	214	36	13	24	25	1.92
1942423--1942622	102	2.0	102	93	0	346	38	15	21	24	1.92
1944795--1944846	24	2.2	24	85	0	68	53	9	3	32	1.51
1960192--1960251	25	2.6	23	75	12	59	53	6	5	35	1.49
1962556--1962648	47	2.0	47	97	0	177	39	20	15	24	1.91
1964922--1964986	2	32.5	2	100	0	130	0	49	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1968899--1968943	22	2.0	22	95	0	81	42	8	6	42	1.62
1969050--1969104	27	2.0	27	100	0	110	30	21	3	43	1.70
1969378--1969602	74	3.0	74	95	1	396	30	13	12	44	1.80
1970190--1970229	18	2.4	16	87	8	53	25	0	2	72	0.97
1980663--1980713	22	2.3	22	79	0	57	5	13	21	58	1.56
1988504--1988584	41	2.0	42	87	2	119	44	6	1	48	1.35
1999304--1999363	25	2.4	24	81	8	75	40	43	1	15	1.56
2004410--2004452	22	1.9	23	85	4	61	41	0	0	58	0.98
2011746--2011787	20	2.1	20	86	0	57	47	0	7	45	1.30
2015727--2015796	23	3.0	23	80	2	86	28	11	17	42	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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