genome.fa.s16.2.7.7.80.10.50.1000.78.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  53248092

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23944903--23944945	22	2.0	21	86	4	59	58	6	13	20	1.59
23950784--23950831	20	2.3	21	75	3	53	50	14	16	18	1.79
23951710--23951752	11	3.9	10	80	19	50	76	0	20	2	0.89
23951770--23951813	16	2.8	16	82	3	54	77	2	4	15	1.04
23952769--23952990	114	1.9	114	87	1	320	18	19	25	36	1.95
23952770--23953000	38	6.1	38	85	2	284	18	19	25	36	1.94
23981554--23981636	42	2.0	42	95	0	148	32	20	8	38	1.83
23987018--23987069	22	2.4	22	86	0	68	51	1	1	44	1.23
23987165--23987208	9	5.1	9	89	10	74	31	0	11	56	1.35
23987162--23987199	16	2.4	16	95	0	67	34	0	10	55	1.34
23995396--23995578	51	3.6	50	76	3	154	25	18	26	30	1.98
24000983--24001025	13	3.2	13	83	6	59	60	4	6	27	1.43
24000988--24001024	14	2.7	14	91	4	58	70	5	5	18	1.27
24006179--24006203	10	2.5	10	100	0	50	28	32	12	28	1.92
24027082--24027131	26	1.9	26	83	0	64	64	2	28	6	1.28
24033766--24033814	25	2.0	25	84	7	66	42	12	24	20	1.86
24035529--24035567	19	2.2	17	86	9	51	46	2	7	43	1.46
24037825--24037906	6	13.7	6	76	10	69	69	1	18	10	1.24
24037814--24037948	18	7.5	18	74	8	114	71	1	17	9	1.21
24037824--24037948	12	9.8	12	72	10	88	69	0	19	10	1.22
24039952--24039990	19	2.2	17	86	9	51	46	2	7	43	1.46
24059704--24060348	47	13.6	47	92	1	1002	33	8	29	28	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24059704--24060348	96	6.8	94	91	2	1002	33	8	29	28	1.87
24059704--24060348	143	4.5	143	93	1	1060	33	8	29	28	1.87
24062571--24062891	40	8.1	40	88	1	439	25	22	26	25	2.00
24062661--24062727	23	3.2	23	60	24	56	26	22	25	25	2.00
24066446--24067090	47	13.6	47	93	2	1040	32	8	29	29	1.86
24066446--24067090	96	6.8	94	92	3	1040	32	8	29	29	1.86
24066446--24067090	143	4.5	143	94	1	1098	32	8	29	29	1.86
24073796--24073849	28	1.9	28	100	0	108	24	7	40	27	1.81
24075566--24075615	18	2.5	20	81	9	59	70	4	22	4	1.21
24077155--24077277	33	3.6	33	81	15	128	21	27	23	26	1.99
24085073--24085257	39	4.8	39	86	7	238	24	27	24	24	2.00
24090289--24090318	9	3.3	9	90	0	51	10	16	3	70	1.29
24101800--24101984	54	3.4	54	86	0	271	42	21	16	19	1.89
24101800--24101984	27	6.9	27	86	0	235	42	21	16	19	1.89
24111660--24111701	15	2.7	16	77	7	50	57	2	0	40	1.12
24112519--24112714	50	3.8	50	89	4	275	22	31	19	26	1.98
24134634--24134668	13	2.7	13	100	0	70	20	5	14	60	1.54
24137795--24137830	17	2.1	17	89	0	54	55	13	8	22	1.65
24158513--24158579	31	2.1	33	83	5	84	56	4	19	19	1.58
24163284--24163481	50	3.8	50	81	6	209	28	20	26	23	1.99
24163295--24163481	100	1.8	104	82	6	247	28	20	27	24	1.99
24169556--24169582	7	3.9	7	100	0	54	59	14	11	14	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24182057--24182103	10	4.6	10	82	12	60	31	0	6	61	1.21
24192630--24192681	27	1.9	27	84	0	68	65	1	25	7	1.30
24197401--24197428	14	2.0	14	100	0	56	35	14	14	35	1.86
24206531--24206661	43	3.0	43	85	2	165	32	26	19	21	1.97
24213513--24213704	100	1.9	100	87	2	278	22	30	20	26	1.98
24213513--24213704	50	3.8	50	86	2	251	22	30	20	26	1.98
24218831--24218860	13	2.3	13	94	0	51	36	10	3	50	1.53
24219009--24219172	87	1.9	90	82	8	212	46	2	4	46	1.37
24219679--24219983	72	4.3	71	80	2	297	46	13	5	34	1.67
24219680--24219983	143	2.1	144	79	4	337	46	13	5	34	1.66
24222066--24222114	22	2.3	23	82	13	68	63	12	2	22	1.39
24222246--24222348	25	4.0	25	80	2	107	23	9	46	20	1.80
24222246--24222348	50	2.0	52	84	3	138	23	9	46	20	1.80
24222359--24222478	35	3.5	32	76	11	98	35	2	32	29	1.71
24222520--24222614	40	2.3	41	87	1	138	14	21	18	45	1.85
24223854--24223918	30	2.2	30	83	5	80	30	7	24	36	1.84
24224210--24224449	41	5.7	41	78	8	191	25	17	25	32	1.96
24224254--24224449	85	2.3	84	83	6	234	22	17	25	34	1.96
24224255--24224449	42	4.6	42	78	8	189	22	17	25	34	1.96
24234034--24234088	26	2.1	26	86	10	76	52	0	32	14	1.42
24234500--24234541	21	2.0	21	90	0	66	50	2	14	33	1.56
24234504--24234549	21	2.2	21	84	0	56	54	2	8	34	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24235211--24235262	22	2.4	22	96	0	95	32	21	15	30	1.94
24236438--24236480	12	3.5	12	77	3	50	65	0	25	9	1.22
24243557--24243741	40	4.6	40	86	0	244	32	18	30	17	1.94
24243661--24243725	20	3.2	20	65	16	53	32	18	35	13	1.90
24250175--24250384	104	2.0	104	98	0	402	27	22	12	36	1.91
24253677--24253762	20	4.3	20	71	0	55	38	16	22	23	1.93
24253677--24253795	60	2.0	60	83	0	148	38	17	22	21	1.93
24255648--24255987	51	6.7	49	79	5	311	31	24	14	30	1.94
24255799--24255933	26	5.3	26	61	25	72	32	27	10	29	1.90
24255754--24255987	102	2.3	102	89	0	351	31	26	13	29	1.94
24255648--24255994	153	2.3	152	82	4	396	31	24	14	30	1.94
24256460--24256521	30	2.1	30	84	6	81	27	24	6	41	1.79
24258082--24258135	20	2.7	20	88	0	81	25	29	1	42	1.66
24262970--24263265	27	11.0	27	80	6	275	43	19	18	17	1.88
24267856--24268303	27	16.6	27	83	3	485	42	19	19	18	1.90
24268489--24268559	26	2.7	26	84	0	88	16	23	21	38	1.93
24269808--24269855	18	2.6	19	80	6	62	56	2	4	37	1.30
24270225--24270311	27	3.1	27	75	15	70	58	2	2	36	1.23
24272280--24272375	42	2.3	42	85	1	122	28	20	23	27	1.99
24272299--24272402	42	2.5	39	75	13	100	26	22	23	27	1.99
24292998--24293174	32	5.5	32	72	12	121	40	21	17	20	1.91
24292998--24293123	64	2.0	64	84	3	164	41	21	16	20	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24300257--24300552	40	7.4	40	89	2	382	25	19	27	27	1.99
24308274--24308523	40	6.4	39	91	6	366	26	20	29	24	1.99
24308274--24308555	39	7.2	40	89	6	368	26	20	28	23	1.99
24308274--24308555	79	3.6	77	88	5	367	26	20	28	23	1.99
24308274--24308592	79	4.1	79	85	6	239	27	20	28	23	1.99
24314422--24314547	47	2.7	46	80	12	150	23	29	16	30	1.96
24314326--24314547	94	2.4	92	82	8	243	24	28	18	28	1.98
24326328--24326721	200	2.0	200	89	1	601	37	19	13	28	1.90
24327614--24328006	198	2.0	199	90	2	628	37	19	13	29	1.90
24330188--24330581	200	2.0	200	90	1	628	38	19	12	29	1.89
24331473--24331864	200	2.0	199	92	2	653	36	19	13	29	1.90
24332755--24333148	200	2.0	200	93	0	671	37	19	13	30	1.90
24340316--24340355	20	2.0	20	90	0	62	40	25	30	5	1.77
24348764--24348813	26	1.9	26	95	0	91	28	30	20	22	1.98
24348719--24348851	69	1.9	69	100	0	266	30	25	21	23	1.99
24367337--24367387	23	2.2	23	92	0	84	45	21	5	27	1.75
24376083--24376292	40	5.3	40	92	0	314	23	20	29	26	1.99
24378669--24378711	13	3.4	13	80	6	52	72	4	13	9	1.26
24380983--24381235	132	1.9	133	89	2	393	31	16	5	46	1.70
24386355--24386393	19	2.1	19	90	0	60	28	25	0	46	1.53
24388874--24388940	34	2.0	34	85	2	91	29	13	8	47	1.73
24389378--24389433	25	2.3	25	79	11	64	51	0	1	46	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24390450--24390516	30	2.3	28	82	14	75	49	2	4	43	1.38
24405751--24406260	256	2.0	259	88	3	762	36	12	16	34	1.86
24407619--24408195	46	12.6	46	83	2	651	44	14	17	22	1.86
24408120--24408191	22	3.2	22	64	13	56	51	12	18	18	1.76
24429606--24429660	26	2.2	25	78	12	58	27	7	16	49	1.72
24432534--24432918	51	7.7	49	78	8	321	28	26	16	28	1.97
24432539--24432918	102	3.8	101	84	5	382	28	26	16	28	1.97
24433580--24433673	30	3.1	30	75	3	107	54	11	18	15	1.71
24433610--24433658	16	3.1	16	94	5	91	57	12	18	12	1.65
24440275--24440659	49	7.7	49	76	9	305	28	25	15	29	1.96

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