genome.fa.s16.2.7.7.80.10.50.1000.90.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  53248092

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  90  of  175  ( 20966 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28636270--28636311	18	2.3	18	91	0	66	42	7	28	21	1.79
28644636--28644669	6	5.7	6	100	0	68	17	32	17	32	1.94
28644758--28644902	72	2.0	72	100	0	290	36	20	23	19	1.95
28644892--28645134	135	1.8	134	94	0	432	27	18	14	38	1.90
28645623--28645679	29	1.9	30	82	10	73	42	0	3	54	1.17
28645689--28645729	13	2.9	15	79	20	52	58	0	0	41	0.98
28648061--28648095	18	1.9	18	88	0	52	42	11	17	28	1.83
28659326--28659371	21	2.2	21	84	7	58	28	26	4	41	1.74
28665463--28665526	21	3.0	21	93	0	110	17	26	15	40	1.89
28682869--28682976	37	2.9	37	92	0	171	26	32	18	22	1.97
28683139--28683447	48	6.5	47	84	7	174	28	28	8	34	1.87
28683225--28683497	48	5.6	48	91	0	438	31	28	6	33	1.84
28683179--28683497	96	3.3	96	93	3	511	30	28	7	33	1.85
28683123--28683497	144	2.6	142	84	6	456	29	28	8	34	1.86
28687012--28687100	44	2.0	44	88	0	133	23	23	2	50	1.60
28693506--28693556	26	2.0	26	100	0	102	19	15	37	27	1.92
28693471--28693599	69	1.9	69	90	0	204	27	17	30	25	1.97
28693532--28693629	43	2.3	43	87	0	151	26	18	27	27	1.98
28700888--28700928	21	2.0	21	90	4	66	43	14	4	36	1.67
28700920--28701124	12	17.5	11	67	25	66	41	5	0	52	1.28
28700920--28701124	35	5.8	35	77	14	213	41	5	0	52	1.28
28701008--28701172	50	3.3	50	99	0	321	41	4	0	53	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28700932--28701172	100	2.5	94	88	8	337	41	4	0	53	1.22
28701499--28701562	8	8.6	8	76	13	57	37	48	0	14	1.44
28701455--28701578	57	2.2	58	77	10	130	37	40	2	20	1.65
28701499--28701587	43	2.1	43	83	8	110	37	47	1	14	1.52
28701545--28701605	27	2.2	27	91	2	95	34	44	3	18	1.66
28701507--28701594	14	6.3	14	75	11	74	36	45	1	17	1.56
28701827--28701859	14	2.3	15	94	5	59	36	33	0	30	1.58
28701908--28701944	14	2.6	14	91	0	65	45	29	0	24	1.53
28702257--28702612	123	2.9	122	84	2	453	30	26	20	23	1.99
28702257--28702618	41	8.9	41	83	3	401	30	26	20	22	1.98
28709866--28709918	19	2.8	19	80	11	65	77	1	15	5	1.04
28709863--28709917	24	2.3	24	87	0	83	76	1	16	5	1.06
28709866--28709920	6	9.0	6	76	11	58	76	1	16	5	1.06
28712082--28712121	20	2.0	20	95	0	71	25	22	20	32	1.98
28712965--28713018	27	2.0	27	92	0	90	22	18	12	46	1.83
28715550--28715584	18	1.9	18	88	0	52	28	17	11	42	1.83
28716650--28716684	18	2.0	17	88	5	52	71	2	2	22	1.13
28716994--28717152	41	3.9	41	95	0	291	26	22	22	29	1.99
28717219--28717276	26	2.2	26	82	11	66	56	3	10	29	1.49
28717528--28717558	14	2.1	15	94	5	55	32	0	35	32	1.58
28717580--28717644	7	9.3	7	76	6	60	26	0	38	35	1.57
28717667--28717770	49	2.1	49	83	3	138	31	0	16	50	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28718663--28719004	118	2.9	118	89	4	523	43	14	13	28	1.83
28718895--28719245	76	4.5	76	90	4	526	45	12	9	32	1.74
28718895--28719245	155	2.3	153	91	4	553	45	12	9	32	1.74
28718895--28719245	80	4.5	77	90	4	539	45	12	9	32	1.74
28720496--28720555	24	2.5	24	83	2	77	23	11	6	58	1.57
28723602--28723872	43	6.3	43	93	0	434	20	19	32	26	1.97
28723936--28723977	22	1.9	22	95	0	75	40	28	21	9	1.84
28725741--28725780	21	1.9	21	90	10	64	17	2	22	57	1.52
28734407--28734442	18	1.9	20	88	11	58	61	0	0	38	0.96
28736391--28736447	22	2.6	22	86	5	80	17	42	22	17	1.89
28737650--28737682	14	2.4	14	100	0	66	42	18	0	39	1.50
28739078--28739119	22	2.0	21	85	4	57	33	0	2	64	1.07
28742640--28742723	37	2.3	37	85	8	109	35	13	11	39	1.81
28744177--28744258	40	2.1	38	86	4	110	50	1	35	13	1.50
28744313--28744360	22	2.2	22	85	7	62	50	0	0	50	1.00
28744308--28744385	39	2.0	39	82	9	97	51	2	0	46	1.14
28748628--28749143	126	4.2	126	87	4	712	28	16	15	38	1.90
28749202--28749289	35	2.6	34	78	10	81	45	17	0	37	1.48
28749231--28749307	35	2.3	33	91	6	120	41	11	0	46	1.40
28749226--28749308	33	2.4	35	88	6	125	43	10	0	45	1.39
28749236--28749339	34	3.1	33	79	16	106	45	13	0	41	1.43
28749236--28749339	37	3.0	33	78	13	93	45	13	0	41	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28749309--28749368	28	2.2	27	90	3	93	38	18	0	43	1.50
28749309--28749385	28	2.8	27	82	7	84	40	18	0	41	1.50
28766136--28766324	51	3.7	51	85	4	258	28	13	26	31	1.94
28766137--28766219	26	3.2	26	65	27	68	30	12	25	32	1.92
28766140--28766357	101	2.1	102	82	4	253	31	12	25	30	1.93
28773804--28773853	12	4.1	12	72	23	50	52	0	2	46	1.12
28776861--28777042	28	6.5	28	96	0	312	33	28	12	26	1.92
28784805--28784958	28	5.5	28	96	0	265	33	28	12	25	1.92
28787437--28787461	12	2.1	12	100	0	50	44	16	8	32	1.76
28792256--28792375	45	2.6	45	89	1	186	35	32	4	28	1.76
28792258--28792375	23	5.2	22	75	9	103	34	32	4	28	1.77
28792256--28792394	45	3.1	44	83	6	163	36	33	3	26	1.74
28800323--28800361	15	2.6	15	79	0	51	58	2	28	10	1.44
28812114--28812161	15	3.3	14	82	8	60	4	20	0	75	0.97
28812099--28812164	21	3.1	21	80	4	71	6	27	0	66	1.15
28813212--28813240	11	2.7	11	94	5	51	20	10	0	68	1.18
28813239--28813306	32	2.1	32	97	0	127	35	19	13	32	1.90
28823344--28823487	37	3.9	37	91	0	234	25	31	19	24	1.98
28823658--28823918	48	5.5	47	87	5	171	27	28	9	34	1.88
28823736--28824162	48	8.8	48	88	2	604	30	28	6	34	1.83
28823645--28824162	96	5.4	96	88	4	683	29	27	7	34	1.85
28823645--28824162	144	3.6	143	87	5	647	29	27	7	34	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28823744--28824212	96	4.8	97	91	2	459	30	28	7	33	1.85
28838231--28838275	23	1.9	24	82	13	58	6	24	6	62	1.44
28840506--28840560	20	2.7	22	75	18	64	72	5	18	3	1.18
28840513--28840560	21	2.4	21	86	10	66	72	4	18	4	1.17
28847098--28847151	20	2.7	20	82	0	63	31	5	11	51	1.60
28850586--28850646	28	2.2	28	82	5	70	67	4	21	6	1.33
28857467--28857561	47	2.0	48	91	2	156	45	14	17	22	1.85
28864057--28864203	50	2.9	51	80	11	144	41	12	15	29	1.85
28864083--28864204	50	2.4	52	86	6	178	38	13	16	31	1.88
28871801--28871978	27	6.6	27	85	3	214	30	28	14	26	1.95
28871822--28871977	82	1.9	81	89	3	242	30	28	14	26	1.95
28883104--28883170	20	3.3	20	72	0	71	35	13	28	22	1.92
28886170--28886242	9	7.9	9	70	15	51	57	4	2	35	1.32
28886898--28886939	19	2.2	20	87	8	61	28	9	19	42	1.82
28888000--28888090	10	9.5	10	71	12	50	64	2	2	30	1.17
28888022--28888095	18	4.5	17	68	25	61	62	1	2	33	1.18
28888337--28888383	19	2.5	19	89	0	76	36	0	2	61	1.08
28888397--28888484	11	8.2	10	71	18	54	32	1	6	59	1.31
28888397--28888479	10	7.8	10	68	16	51	32	1	6	60	1.29
28888466--28888503	16	2.4	17	78	13	53	23	0	2	73	0.95
28891748--28891894	75	2.0	75	90	0	231	44	9	13	31	1.76
28891967--28892025	30	2.0	30	83	6	75	13	10	20	55	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28892084--28892153	23	3.0	23	75	4	68	45	17	10	27	1.80
28892159--28892196	4	9.5	4	83	11	51	73	2	0	23	0.95
28892158--28892197	20	2.0	20	95	0	71	72	2	0	25	0.97
28892332--28892392	12	5.2	12	82	2	61	40	11	16	31	1.84
28898493--28898533	21	1.9	22	95	5	75	73	0	12	14	1.11
28899921--28900185	44	5.8	44	74	14	223	31	20	20	27	1.97
28899950--28900236	142	2.0	142	93	0	493	33	18	20	27	1.96
28900292--28900570	100	2.8	100	87	0	387	32	22	20	24	1.98
28900291--28900545	50	5.1	50	71	3	199	30	23	21	24	1.98
28908230--28908714	138	3.5	138	90	3	742	41	7	5	45	1.55

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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