genome.fa.s16.2.7.7.80.10.50.1000.76.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  53248092

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23009496--23009678	94	1.9	94	98	0	357	31	8	32	26	1.87
23012021--23012212	40	4.8	40	90	1	190	27	27	20	23	1.99
23011992--23012211	80	2.8	80	79	4	239	28	27	20	23	1.99
23013839--23014008	40	4.3	40	85	0	207	24	30	21	23	1.99
23021116--23021285	40	4.3	40	85	0	207	24	30	21	23	1.99
23025228--23025352	50	2.5	50	80	0	151	20	30	20	28	1.98
23030128--23030153	13	2.0	13	100	0	52	53	7	7	30	1.57
23030862--23030911	3	16.7	3	83	8	66	2	32	0	66	1.03
23052863--23053104	50	4.7	50	82	5	229	25	26	20	27	1.99
23055946--23055989	18	2.4	18	76	0	52	20	34	4	40	1.73
23066809--23066928	25	4.8	25	82	4	134	30	23	20	25	1.98
23067560--23067600	21	1.9	22	90	5	66	36	7	21	34	1.82
23072097--23072592	47	10.5	47	94	0	821	32	8	29	29	1.87
23072711--23072789	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
23074695--23074768	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
23078722--23078925	96	2.1	96	97	1	385	33	7	28	30	1.85
23078722--23078930	47	4.4	47	96	2	391	33	7	28	30	1.85
23078908--23078955	15	3.1	16	72	22	57	35	0	27	37	1.57
23078802--23079196	126	3.0	126	92	5	610	33	7	28	30	1.84
23078898--23078955	30	1.9	30	100	0	116	34	0	29	36	1.58
23078928--23079247	47	6.8	47	93	0	514	33	8	29	28	1.87
23079366--23079444	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23086373--23086413	21	1.9	22	90	5	66	36	9	21	31	1.86
23090213--23090311	28	3.5	29	80	6	105	30	26	15	28	1.96
23092131--23092178	14	3.6	14	72	16	57	25	29	2	43	1.66
23092132--23092186	25	2.2	25	96	0	101	29	27	3	40	1.73
23096019--23096186	77	2.1	80	82	3	198	25	21	27	26	1.99
23096019--23096186	40	4.3	39	83	5	169	25	21	27	26	1.99
23103585--23103762	40	4.5	39	85	4	180	25	20	28	25	1.99
23103591--23103760	80	2.1	79	83	3	207	25	21	28	24	1.99
23105616--23105646	15	2.1	15	93	0	53	38	32	6	22	1.80
23136135--23136266	50	2.6	51	84	1	167	35	28	11	25	1.90
23138243--23138288	21	2.3	20	78	14	51	45	17	6	30	1.73
23138874--23138900	14	1.9	14	100	0	54	14	25	22	37	1.93
23142606--23142645	14	2.7	14	84	7	53	50	0	0	50	1.00
23150838--23150876	19	2.0	20	85	5	53	51	0	15	33	1.44
23151461--23151580	42	2.7	43	84	6	143	28	26	25	19	1.99
23151500--23151595	47	2.0	47	93	0	165	27	28	26	18	1.98
23157346--23157398	23	2.3	23	83	6	63	11	15	30	43	1.81
23164604--23164636	12	2.8	12	100	0	66	42	27	15	15	1.86
23168760--23168858	42	2.4	42	87	3	146	25	27	21	26	1.99
23178011--23178068	25	2.3	24	82	8	62	46	0	3	50	1.18
23178011--23178136	47	2.6	49	72	11	123	44	2	3	50	1.31
23178243--23178297	24	2.2	26	81	12	71	45	0	1	52	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23178436--23178529	45	2.1	45	88	2	136	31	27	5	35	1.79
23178510--23178561	16	3.2	16	94	0	86	34	36	0	28	1.58
23183253--23183780	269	2.0	270	96	0	986	39	20	12	27	1.89
23199854--23199897	22	2.0	22	95	0	79	40	2	18	38	1.63
23202661--23202692	16	2.0	16	93	0	55	25	15	0	59	1.36
23202915--23203059	51	2.8	51	81	8	195	31	28	16	23	1.96
23202915--23203085	51	3.4	50	75	12	170	30	29	15	24	1.96
23204524--23204592	16	4.0	16	71	21	50	33	31	18	15	1.93
23204543--23204653	22	5.6	22	69	23	93	32	29	20	17	1.95
23204499--23204672	38	4.6	38	89	0	240	33	27	18	20	1.96
23207277--23207337	31	2.0	31	90	0	95	27	21	32	18	1.96
23215613--23215670	4	14.5	4	75	0	53	51	3	24	20	1.62
23238780--23238908	27	4.8	27	89	1	188	16	16	24	43	1.87
23252485--23252664	51	3.5	51	81	6	170	27	15	27	29	1.96
23255264--23255302	20	2.0	20	90	10	62	15	23	5	56	1.59
23256109--23256366	28	9.2	28	94	3	448	29	23	24	22	1.99
23256784--23257113	27	12.2	27	82	6	373	19	17	22	40	1.91
23257317--23257351	17	2.1	17	94	0	61	25	37	22	14	1.92
23258618--23258808	50	3.7	50	80	4	202	25	29	18	26	1.98
23262882--23262958	27	2.9	27	92	3	120	28	32	23	15	1.95
23262816--23263060	129	1.9	129	93	0	427	30	29	20	20	1.97
23263663--23263817	33	4.6	33	70	21	124	34	25	21	18	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23273071--23273252	27	6.7	26	83	6	184	18	19	20	41	1.91
23273059--23273267	81	2.6	81	82	4	233	20	19	21	38	1.93
23274774--23274827	25	2.2	25	86	0	72	20	48	9	22	1.78
23280007--23280110	42	2.4	43	82	1	129	26	16	23	33	1.95
23282719--23282822	51	2.1	49	84	7	131	29	11	30	27	1.92
23282790--23283161	48	7.8	48	84	5	418	34	8	27	29	1.86
23282790--23283108	96	3.3	96	92	3	493	34	8	27	30	1.86
23283311--23283462	37	4.1	37	92	0	241	22	19	32	26	1.97
23293392--23293421	15	2.0	15	100	0	60	26	20	20	33	1.97
23296434--23296539	53	2.0	53	100	0	212	24	20	15	39	1.91
23300084--23300131	25	1.9	26	91	8	82	58	8	18	14	1.61
23308811--23308964	77	2.0	78	88	1	229	30	5	22	41	1.76
23308810--23308966	39	4.1	39	85	3	201	29	5	22	42	1.75
23328449--23328482	15	2.3	15	89	0	50	8	0	8	82	0.85
23332232--23332278	19	2.5	19	86	6	60	29	19	6	44	1.75
23334508--23334535	4	7.0	4	100	0	56	25	25	0	50	1.50
23335331--23335373	15	2.6	16	78	14	52	81	6	6	4	0.98
23335409--23335450	12	3.7	11	82	14	50	76	0	23	0	0.79
23335414--23335455	18	2.3	18	87	0	57	76	0	23	0	0.79
23335407--23335451	11	4.0	11	82	5	63	73	0	26	0	0.84
23337717--23338690	44	21.8	45	72	7	378	31	18	21	27	1.97
23337706--23338225	178	2.9	177	87	1	745	32	18	22	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23340235--23340273	20	1.9	20	84	5	51	10	0	7	82	0.86
23340235--23340273	14	2.7	14	88	4	51	10	0	7	82	0.86
23340245--23340284	19	2.1	19	90	4	62	10	0	7	82	0.84
23340245--23340293	22	2.3	21	86	6	64	12	2	6	79	0.99
23364711--23364809	27	3.7	27	79	5	119	26	19	14	40	1.89
23364692--23364798	54	2.0	54	83	7	137	24	20	14	40	1.90
23367116--23367162	24	2.0	24	83	8	60	53	12	14	19	1.73
23382521--23382569	24	2.0	24	84	7	64	51	10	12	26	1.71
23393838--23393869	16	2.0	16	100	0	64	18	31	12	37	1.88
23399262--23399330	27	2.6	27	95	0	120	44	18	17	18	1.86
23413254--23413287	13	2.6	13	100	0	68	64	0	17	17	1.29
23433005--23433036	5	6.4	5	92	0	55	37	0	3	59	1.13
23433377--23433402	12	2.2	12	100	0	52	30	15	19	34	1.93
23437673--23437909	49	4.7	50	78	8	214	27	21	27	23	1.99
23437717--23437858	48	2.9	50	80	10	175	27	21	27	23	1.99
23445244--23445483	50	4.7	50	80	9	186	28	22	26	22	1.99
23452623--23452735	36	3.0	36	85	7	138	21	20	26	31	1.98
23452609--23452816	40	5.3	40	82	8	205	23	20	27	28	1.99
23457636--23457821	40	4.7	40	87	5	227	25	26	22	25	2.00
23464076--23464222	40	3.7	40	94	1	233	23	21	26	28	1.99
23464075--23464286	40	5.3	40	88	3	232	23	20	27	29	1.99
23467934--23467987	20	2.6	21	76	5	56	29	9	18	42	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23474184--23474224	22	1.9	21	90	5	64	48	17	2	31	1.60
23479663--23479738	38	2.0	38	97	0	143	26	22	10	40	1.86
23481787--23481888	37	2.8	37	92	0	168	26	31	17	24	1.97
23482007--23482596	47	12.5	47	93	1	991	29	28	8	33	1.87
23482007--23482596	190	3.1	190	95	0	1022	29	28	8	33	1.87
23487009--23487225	43	5.0	42	91	5	328	33	25	15	25	1.95
23491919--23492024	50	2.1	50	82	6	126	28	21	31	18	1.97
23492314--23492352	20	2.0	20	90	10	62	56	5	23	15	1.59
23492246--23492615	198	1.9	197	94	1	652	42	6	18	31	1.76
23502361--23502400	5	8.4	5	83	10	57	55	0	2	42	1.13

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