genome.fa.s16.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  53248092

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  7  of  175  ( 20966 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2015756--2015815	23	2.6	23	76	5	68	33	10	16	40	1.82
2016057--2016102	3	15.3	3	100	0	92	32	0	0	67	0.91
2019759--2019909	47	3.2	47	93	0	248	32	11	30	25	1.91
2019831--2019906	22	3.3	22	65	28	59	30	13	31	25	1.93
2019865--2020012	48	3.0	48	88	5	199	33	8	29	29	1.87
2020159--2020267	37	2.9	37	95	0	191	22	19	31	26	1.98
2042777--2042817	2	20.5	2	100	0	82	0	48	0	51	1.00
2044311--2044352	12	3.7	11	81	12	50	76	7	4	11	1.15
2044304--2044373	24	3.2	22	76	11	72	78	4	4	12	1.04
2048886--2048943	27	2.1	27	83	0	71	44	12	6	36	1.68
2049808--2049832	13	1.9	13	100	0	50	48	16	0	36	1.46
2051183--2051241	29	2.0	29	100	0	118	28	16	6	47	1.72
2054321--2054378	4	14.5	4	100	0	116	25	0	24	50	1.50
2055492--2055635	71	2.0	71	98	0	279	27	14	24	33	1.94
2056105--2056153	23	2.1	23	96	0	89	46	4	28	20	1.68
2056121--2056204	42	2.0	42	90	0	132	44	9	22	23	1.82
2060596--2060686	23	4.1	23	72	11	100	43	6	28	20	1.77
2060616--2060699	42	2.0	42	92	0	141	42	9	25	22	1.83
2062031--2062067	18	2.1	18	90	5	58	29	5	8	56	1.51
2063667--2063765	43	2.3	43	91	0	153	29	30	19	21	1.97
2064786--2064877	46	2.0	46	84	2	121	40	10	19	29	1.86
2067976--2068118	40	3.6	40	84	4	164	30	18	18	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2068369--2068437	27	2.5	27	77	11	68	46	13	1	39	1.52
2068552--2068601	14	3.5	14	79	15	57	34	44	0	22	1.53
2068563--2068610	22	2.2	22	85	7	62	37	45	0	16	1.48
2068609--2068647	14	2.7	15	84	11	55	38	38	0	23	1.55
2068436--2069034	297	2.0	299	86	5	845	42	26	2	28	1.69
2068872--2068962	21	4.3	21	69	6	67	34	40	1	24	1.62
2068922--2068960	7	5.4	7	81	6	51	33	41	0	25	1.56
2068915--2068962	14	3.3	15	82	8	64	37	39	0	22	1.55
2069309--2069579	124	2.2	122	82	4	321	31	26	18	23	1.97
2069310--2069593	41	6.9	41	81	4	295	32	27	17	22	1.97
2075193--2075238	23	2.1	22	92	8	76	30	6	4	58	1.43
2075566--2075616	20	2.6	19	77	19	59	17	1	5	74	1.11
2076522--2076569	15	3.3	15	86	11	64	14	20	4	60	1.51
2088261--2088294	17	2.0	17	100	0	68	29	11	23	35	1.90
2091660--2091709	23	2.2	23	96	0	91	40	4	10	46	1.56
2093133--2093167	12	2.8	13	86	8	54	42	0	0	57	0.99
2093141--2093173	6	5.7	6	92	7	59	45	0	0	54	0.99
2093145--2093188	12	3.8	11	84	6	52	50	0	0	50	1.00
2095852--2096055	42	4.9	42	76	8	166	27	15	26	30	1.96
2100527--2100732	42	4.9	42	79	7	204	26	14	26	32	1.94
2102304--2102400	42	2.3	42	83	3	115	23	16	27	31	1.96
2106927--2107116	42	4.5	42	83	4	215	26	15	27	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2106927--2107132	84	2.5	84	80	6	240	26	15	27	30	1.96
2111603--2111808	42	4.9	42	78	7	177	24	17	27	30	1.97
2111634--2111808	42	4.2	42	80	2	183	25	16	27	31	1.96
2119275--2119459	101	1.8	102	91	5	313	24	18	27	30	1.98
2119272--2119457	51	3.7	49	82	6	223	24	18	27	30	1.98
2119381--2119461	26	3.2	26	65	28	73	23	14	28	33	1.94
2119462--2119561	46	2.2	43	83	11	121	24	20	24	32	1.98
2121548--2121610	31	2.0	31	90	0	99	49	0	15	34	1.45
2124454--2124492	20	2.0	20	90	10	62	38	5	0	56	1.22
2125802--2125882	40	2.0	41	82	2	101	27	22	23	27	1.99
2126945--2126975	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
2127028--2127082	9	6.1	9	91	0	92	45	14	10	29	1.79
2130675--2130702	6	4.7	6	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2134531--2134556	12	2.2	12	100	0	52	46	0	0	53	1.00
2138745--2138770	6	4.3	6	100	0	52	46	0	0	53	1.00
2140555--2140676	28	4.4	28	84	1	156	31	19	24	23	1.98
2140522--2140676	56	2.7	56	82	4	166	30	18	25	25	1.98
2140778--2140857	26	3.1	26	69	7	72	36	25	17	21	1.95
2141090--2141617	27	19.8	27	81	6	461	19	16	23	40	1.91
2146818--2146842	6	4.2	6	100	0	50	32	52	16	0	1.44
2147576--2147629	20	2.7	20	85	5	74	42	20	9	27	1.82
2160048--2160113	18	3.5	17	71	25	53	40	0	3	56	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2160082--2160111	6	5.0	6	100	0	60	33	0	0	66	0.92
2164326--2164405	39	2.1	39	92	0	133	25	11	22	41	1.87
2169602--2169945	35	9.5	35	80	8	332	23	22	15	38	1.92
2169609--2169945	73	4.7	72	84	5	344	24	22	15	38	1.92
2169598--2169945	108	3.2	108	83	6	393	24	22	15	38	1.92
2169614--2169945	181	1.8	183	86	3	483	24	21	15	38	1.92
2170068--2170092	12	2.1	12	100	0	50	36	16	40	8	1.77
2172009--2172125	59	2.0	59	98	0	225	25	8	11	53	1.65
2172782--2173015	36	5.6	45	75	21	240	35	14	21	29	1.93
2172782--2173015	82	2.9	82	92	3	377	35	14	21	29	1.93
2180485--2180636	36	4.0	36	81	15	191	35	15	21	28	1.93
2180518--2180678	45	3.8	45	80	15	209	34	15	21	28	1.94
2180449--2180678	81	2.9	81	92	3	369	35	14	21	28	1.93
2182521--2182567	24	2.0	24	87	4	69	42	2	6	48	1.40
2184642--2184668	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
2187516--2187613	23	4.3	23	93	2	171	20	22	26	30	1.98
2187518--2187606	45	2.0	45	97	0	169	19	23	26	30	1.98
2190897--2190942	23	2.0	23	86	0	65	17	6	13	63	1.50
2193087--2193200	39	3.1	39	92	7	186	26	5	39	28	1.78
2193711--2193753	22	1.9	22	81	13	52	58	0	2	39	1.11
2196898--2196958	18	3.4	18	77	20	65	73	0	6	19	1.04
2215893--2215941	19	2.5	20	83	9	66	32	20	16	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2216936--2217016	16	4.9	16	72	19	69	49	0	2	48	1.14
2216969--2217025	11	5.2	12	71	25	54	50	0	1	47	1.11
2216936--2217030	32	2.9	32	95	3	163	52	0	2	45	1.12
2216885--2216993	49	2.4	48	79	11	140	49	1	2	45	1.27
2216936--2217030	16	6.1	16	71	11	63	52	0	2	45	1.12
2218335--2218366	16	2.0	16	93	0	55	43	15	12	28	1.83
2218901--2218933	17	2.1	17	88	11	52	45	30	6	18	1.73
2220795--2220884	44	2.0	45	95	2	164	43	6	18	31	1.76
2222473--2222510	20	1.9	20	88	0	58	18	13	31	36	1.89
2224694--2224791	23	4.3	23	93	2	171	20	22	26	30	1.98
2224696--2224784	45	2.0	45	97	0	169	19	23	26	30	1.98
2226966--2226996	14	2.2	14	94	0	53	48	12	0	38	1.42
2241763--2241903	68	2.1	68	93	0	237	27	23	12	36	1.90
2248137--2248175	19	2.0	21	90	10	64	41	0	0	58	0.98
2255895--2255950	29	2.0	28	85	3	76	32	14	8	44	1.76
2255949--2255991	21	2.0	21	100	0	86	13	32	0	53	1.41
2258079--2258179	40	2.5	41	82	3	116	34	6	18	39	1.78
2258390--2258483	45	2.2	43	83	10	115	25	18	15	40	1.90
2259705--2259748	3	14.7	3	90	0	52	0	56	0	43	0.99
2259699--2259748	24	2.1	24	92	0	82	0	54	0	46	1.00
2260200--2260271	24	3.0	24	78	11	69	58	0	5	36	1.22
2264505--2264546	19	2.2	19	91	0	66	35	19	0	45	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2264718--2264868	23	6.7	23	85	2	200	40	21	17	20	1.91
2268679--2268725	13	3.3	14	76	11	51	61	2	2	34	1.20
2269725--2269767	18	2.3	19	80	15	54	6	13	0	79	0.93
2276963--2277538	50	11.5	50	70	2	402	22	21	22	32	1.98
2276961--2277569	100	6.1	100	91	2	902	22	21	23	32	1.98
2280330--2280357	14	2.0	14	100	0	56	35	21	0	42	1.53
2280508--2280550	21	2.0	21	86	8	61	34	0	6	58	1.25
2280773--2280869	49	2.0	49	82	10	117	36	24	4	35	1.75
2280859--2280906	16	3.0	16	87	0	78	22	33	6	37	1.80
2281656--2281795	7	19.7	7	70	11	61	46	32	0	20	1.51

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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