genome.fa.s16.2.7.7.80.10.50.1000.81.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  53248092

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25241919--25241986	23	3.0	23	85	6	77	48	17	16	17	1.81
25241944--25241992	22	2.1	24	88	11	75	51	22	14	12	1.75
25251332--25251390	31	1.9	30	83	10	75	38	6	16	37	1.76
25257471--25257541	24	3.0	24	89	4	99	28	26	22	22	1.99
25262043--25262071	8	3.8	8	95	4	51	79	6	0	13	0.93
25263764--25263807	22	2.0	22	86	4	61	79	0	6	13	0.92
25269367--25269407	3	13.7	3	100	0	82	68	0	0	31	0.90
25269707--25269799	31	3.0	31	95	0	168	40	16	9	33	1.81
25274055--25274121	12	5.5	12	75	8	55	1	10	14	73	1.17
25274055--25274112	12	4.7	12	77	8	62	0	8	17	74	1.06
25274054--25274131	38	2.1	37	90	4	122	1	10	12	75	1.10
25274643--25274704	31	2.0	31	96	0	115	43	14	9	32	1.78
25279960--25279990	12	2.5	13	94	5	55	70	9	0	19	1.14
25280410--25280434	13	1.9	13	100	0	50	84	8	0	8	0.79
25290334--25290375	17	2.4	17	88	11	59	11	16	7	64	1.48
25297187--25297410	30	7.5	30	90	1	288	26	27	12	33	1.92
25297198--25297410	90	2.4	90	87	1	320	27	26	13	32	1.93
25297158--25297425	30	8.9	31	82	7	136	25	27	13	33	1.93
25298691--25298730	5	7.6	5	83	10	53	77	0	5	17	0.94
25301256--25301308	25	2.1	25	100	0	106	43	15	7	33	1.74
25302850--25302893	20	2.2	20	92	4	72	29	2	0	68	1.02
25304148--25304277	31	4.2	31	72	5	93	41	19	20	19	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25322645--25322778	39	3.4	39	87	6	182	26	27	19	26	1.99
25322652--25322778	38	3.2	40	87	8	190	27	27	19	25	1.99
25330681--25330866	40	4.7	40	88	5	243	26	27	22	24	2.00
25332897--25333082	50	3.7	50	78	6	164	28	23	25	23	1.99
25333284--25333322	12	3.2	12	85	0	51	56	5	20	17	1.60
25338934--25338969	13	2.8	13	86	0	54	25	44	19	11	1.83
25350718--25350747	13	2.3	13	100	0	60	40	43	0	16	1.48
25350887--25350972	9	9.4	9	85	7	93	23	11	24	40	1.87
25354109--25354174	30	2.3	27	78	12	69	60	3	1	34	1.21
25354142--25354190	17	2.7	19	81	12	75	57	8	0	34	1.29
25354238--25354297	10	5.9	10	81	11	77	53	0	0	46	1.00
25354521--25354639	20	5.8	20	67	7	78	33	0	4	61	1.21
25354516--25354634	41	3.0	40	78	15	120	33	1	3	61	1.22
25354576--25354643	30	2.3	28	79	18	75	32	1	2	63	1.18
25356410--25356439	15	2.0	15	100	0	60	40	6	13	40	1.71
25369641--25369734	46	2.1	46	97	2	181	48	13	4	32	1.62
25370789--25370939	37	4.0	37	78	9	162	19	20	25	33	1.97
25370788--25370927	19	7.5	18	72	10	102	20	21	25	32	1.97
25374140--25374279	4	35.0	4	98	0	271	50	24	0	25	1.50
25378616--25378644	14	2.0	15	93	6	51	41	13	20	24	1.89
25380012--25380044	13	2.6	13	90	4	50	69	3	0	27	1.03
25390348--25390373	6	4.3	6	100	0	52	69	15	15	0	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25394369--25394413	22	2.0	22	87	8	65	13	17	6	62	1.52
25397649--25397693	20	2.4	19	82	10	58	53	4	2	40	1.33
25404662--25404719	26	2.2	27	79	11	66	58	1	0	39	1.08
25404703--25404772	37	1.9	35	83	11	88	52	2	4	40	1.36
25405756--25405806	26	2.0	26	96	0	93	41	21	19	17	1.91
25405980--25406121	27	5.4	27	83	3	164	16	18	21	42	1.88
25405995--25406120	53	2.4	54	87	4	175	16	18	23	42	1.89
25413530--25413699	27	6.3	26	81	6	187	17	15	22	44	1.86
25413530--25413699	81	2.1	80	84	5	227	17	15	22	44	1.86
25415465--25415515	24	2.1	25	85	3	68	41	0	1	56	1.10
25418176--25418303	63	2.0	63	93	0	220	41	0	27	31	1.56
25423983--25424039	26	2.2	26	87	3	78	52	10	12	24	1.70
25436458--25436518	27	2.3	26	78	16	70	52	8	8	31	1.60
25439946--25439989	22	1.9	23	86	9	63	20	36	2	40	1.65
25441189--25441215	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
25443646--25443891	43	5.7	43	89	0	348	26	19	29	24	1.98
25443648--25443891	129	1.9	129	90	0	389	26	19	29	24	1.98
25443961--25444012	16	3.1	16	88	5	68	67	13	0	19	1.23
25445275--25445315	9	4.6	9	90	0	64	56	7	2	34	1.40
25468305--25468340	17	2.1	18	89	5	56	72	0	8	19	1.10
25472380--25472642	40	6.6	40	88	3	325	24	20	27	26	1.99
25472419--25472677	80	3.3	80	85	3	256	25	20	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25480327--25480589	40	6.6	40	88	3	325	24	20	27	26	1.99
25480366--25480624	80	3.3	80	85	3	256	25	20	27	25	1.99
25486804--25487043	42	5.7	42	77	6	209	21	18	20	39	1.93
25486838--25486999	83	1.9	84	88	5	247	23	18	20	37	1.94
25486793--25486999	84	2.5	84	84	3	247	22	17	20	39	1.93
25489621--25489710	35	2.8	33	75	18	91	53	3	1	42	1.24
25507439--25507480	21	2.0	21	100	0	84	19	19	19	42	1.89
25510659--25512243	790	2.0	790	99	0	3134	42	15	18	24	1.88
25512434--25512810	184	2.1	183	92	0	619	33	13	17	36	1.89
25514552--25514649	44	2.2	45	96	3	182	53	16	0	30	1.43
25515768--25515805	19	2.0	19	85	10	51	21	42	0	36	1.53
25519169--25519230	23	2.5	27	80	15	71	32	17	22	27	1.97
25519867--25520014	43	3.5	42	78	4	154	31	24	15	28	1.95
25524072--25524122	26	1.9	27	84	4	68	39	1	3	54	1.30
25524111--25524174	19	3.4	18	78	8	65	35	1	4	57	1.29
25524721--25524776	27	2.1	27	86	0	76	46	0	5	48	1.25
25524746--25524788	19	2.3	19	88	4	61	41	0	4	53	1.21
25531691--25531725	14	2.5	14	90	9	54	57	2	2	37	1.29
25539836--25539937	22	4.7	21	74	7	80	10	21	24	43	1.84
25545774--25545841	35	1.9	35	100	0	136	66	2	5	25	1.28
25546721--25546778	22	2.6	22	81	7	64	41	17	5	36	1.72
25546750--25546801	19	2.9	17	84	15	70	32	19	9	38	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25547241--25547628	131	2.9	132	84	3	521	25	26	19	28	1.98
25547620--25547891	89	3.1	89	82	2	305	26	23	21	28	1.99
25547979--25548092	44	2.6	44	79	6	124	32	19	19	28	1.96
25548197--25548317	44	2.8	43	81	2	136	27	24	19	28	1.98
25548450--25548488	19	2.1	19	85	4	53	33	15	10	41	1.81
25548469--25548921	44	10.2	43	74	9	313	28	22	17	31	1.97
25548492--25548920	178	2.4	178	86	0	590	28	22	17	31	1.97
25548570--25548922	134	2.6	133	80	3	361	27	22	17	31	1.97
25558746--25559038	50	5.7	50	83	4	320	25	22	27	23	1.99
25558746--25558981	101	2.3	103	85	5	298	25	23	29	22	1.99
25570978--25571003	6	4.3	6	100	0	52	80	0	0	19	0.71
25586735--25586777	22	2.0	21	82	13	52	34	32	0	32	1.58
25600602--25600631	10	3.0	10	90	0	51	20	3	20	56	1.56
25600604--25600651	24	1.9	25	91	8	80	25	4	16	54	1.60
25600614--25600644	15	2.0	16	93	6	55	25	3	12	58	1.50
25600597--25600651	9	6.2	9	76	19	53	25	5	18	50	1.67
25607787--25607881	48	2.0	47	81	8	111	36	18	20	24	1.95
25607736--25607925	102	1.9	102	89	0	299	38	19	17	24	1.93
25607591--25607925	27	12.6	27	78	7	319	38	18	16	26	1.92
25607835--25607937	27	3.8	28	81	11	126	38	21	18	21	1.93
25607600--25607937	129	2.6	129	82	7	326	38	18	17	25	1.92
25613707--25613744	17	2.1	19	85	9	53	42	0	2	55	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25616349--25616390	15	2.7	16	85	14	61	71	0	28	0	0.86
25616351--25616392	21	2.0	21	86	13	61	73	0	26	0	0.83
25618700--25618730	14	2.2	14	100	0	62	22	16	41	19	1.89
25635471--25635652	45	4.1	45	90	1	260	23	18	26	32	1.97
25635946--25635991	21	2.1	22	88	4	67	43	0	10	45	1.39
25644448--25644487	22	1.9	22	90	10	66	20	10	15	55	1.68
25652563--25652747	51	3.7	50	80	6	185	25	18	26	29	1.98
25652563--25652747	101	1.8	102	88	3	284	25	18	26	29	1.98
25662392--25662573	51	3.6	49	74	12	147	22	14	29	33	1.94
25667165--25667451	50	5.6	50	84	3	333	27	20	29	22	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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