genome.fa.s16.2.7.7.80.10.50.1000.58.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  53248092

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16995267--16995308	13	3.2	13	93	0	75	26	7	4	61	1.42
16996459--16996564	42	2.5	42	80	3	115	31	12	19	36	1.89
16997824--16997899	23	3.3	23	84	0	116	31	27	19	21	1.97
16999271--16999361	24	3.8	24	74	11	89	29	21	24	24	1.99
16999434--16999473	20	2.0	21	90	5	64	30	12	17	40	1.86
17002018--17002280	40	6.6	40	88	3	325	24	20	27	26	1.99
17002057--17002315	80	3.3	80	85	3	256	25	20	27	25	1.99
17009361--17009623	40	6.6	40	88	3	325	24	20	27	26	1.99
17009400--17009658	80	3.3	80	85	3	256	25	20	27	25	1.99
17012443--17012474	15	2.1	15	94	0	55	40	6	18	34	1.76
17012448--17012520	15	4.7	15	77	5	65	45	10	16	27	1.81
17015971--17016209	50	4.7	50	83	4	239	28	21	26	23	1.99
17025484--17025522	20	2.0	20	85	10	53	17	23	7	51	1.71
17025710--17025944	50	4.6	50	75	7	145	25	28	19	26	1.99
17026291--17026348	30	1.9	30	89	0	89	27	22	8	41	1.83
17027455--17027495	13	3.1	14	75	10	50	53	14	12	19	1.72
17037760--17037904	48	3.0	48	98	0	281	46	10	17	25	1.80
17044081--17044253	50	3.5	50	78	3	145	28	19	26	25	1.99
17067428--17067474	22	2.1	22	96	0	85	31	4	40	23	1.74
17081240--17081293	14	3.9	15	88	11	80	25	11	0	62	1.28
17081331--17081374	12	3.7	12	93	0	70	11	2	9	77	1.08
17084317--17084535	27	8.1	28	81	8	240	42	21	18	17	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17084333--17084536	80	2.5	81	89	2	322	42	22	18	17	1.89
17084333--17084536	54	3.8	54	84	3	268	42	22	18	17	1.89
17087287--17087646	27	13.4	27	83	1	391	41	22	16	18	1.89
17087287--17087645	81	4.4	81	85	1	436	42	22	16	18	1.89
17096221--17096259	16	2.5	15	83	8	51	43	0	2	53	1.14
17104076--17104132	12	4.8	12	88	0	69	78	3	5	12	1.03
17104076--17104129	23	2.3	23	90	0	81	79	3	5	11	1.02
17120319--17120374	24	2.4	23	72	3	58	21	3	33	41	1.70
17126889--17126922	16	2.1	16	94	0	59	64	14	0	20	1.28
17127424--17127491	21	3.2	21	73	8	66	39	19	19	22	1.92
17128390--17128444	22	2.5	22	84	0	65	34	49	5	10	1.61
17132923--17132964	16	2.6	16	84	0	57	14	26	7	52	1.67
17133817--17133858	16	2.6	16	84	0	57	14	26	7	52	1.67
17132161--17133952	894	2.0	895	98	0	3487	34	20	9	36	1.84
17135714--17135745	13	2.5	13	100	0	64	81	0	6	12	0.87
17136853--17136890	18	2.1	18	90	9	60	55	0	23	21	1.44
17140815--17141052	50	4.8	50	88	1	325	20	31	22	24	1.98
17142567--17142869	40	7.6	40	90	2	405	24	20	27	27	1.99
17159051--17159103	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
17163501--17163557	21	2.7	21	83	8	62	35	28	5	31	1.79
17178643--17178667	13	1.9	13	100	0	50	36	16	32	16	1.90
17181104--17181139	14	2.8	12	84	15	54	19	11	0	69	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17181111--17181146	14	2.6	14	95	0	63	25	11	0	63	1.27
17181104--17181146	12	3.4	12	81	12	50	20	9	0	69	1.15
17193404--17193447	12	3.7	12	91	8	72	72	0	9	18	1.10
17193401--17193448	13	3.8	13	81	10	55	70	0	10	18	1.15
17193398--17193447	24	2.0	26	92	7	86	66	0	12	22	1.24
17198738--17198970	45	5.2	45	94	1	387	26	20	15	38	1.92
17204511--17204628	56	2.1	56	96	0	218	13	22	18	45	1.84
17205200--17205432	45	5.2	45	95	0	394	25	20	15	38	1.92
17206045--17206141	30	3.2	30	75	2	106	28	26	15	28	1.96
17209735--17209770	18	2.0	18	89	10	56	55	13	11	19	1.68
17214731--17214775	23	1.9	23	86	13	65	64	8	15	11	1.49
17220739--17220793	20	2.7	20	97	2	101	34	27	5	32	1.80
17222214--17222246	12	2.7	12	95	4	57	78	0	9	12	0.95
17223033--17223066	15	2.3	15	89	0	50	35	29	32	2	1.73
17243832--17243886	29	2.0	27	82	13	67	60	10	14	14	1.60
17248462--17248500	19	2.2	17	86	9	51	46	2	7	43	1.46
17250746--17250784	18	2.2	18	90	0	60	69	2	17	10	1.28
17256277--17256325	13	3.9	13	86	10	75	75	2	8	14	1.12
17256291--17256320	11	2.7	11	100	0	60	80	0	6	13	0.91
17256278--17256325	24	2.0	24	95	0	87	75	2	8	14	1.13
17262785--17262881	30	3.2	30	75	2	106	28	26	15	28	1.96
17264600--17264639	12	3.2	13	86	10	57	75	7	5	12	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17264600--17264639	13	3.2	12	89	7	53	75	7	5	12	1.18
17265578--17265648	37	1.9	37	86	11	101	76	2	18	2	1.04
17265588--17265637	6	8.2	6	83	14	50	76	2	20	2	0.99
17265698--17265728	12	2.6	12	100	0	62	45	12	16	25	1.83
17267898--17267994	30	3.2	30	75	2	106	28	26	15	28	1.96
17273296--17273350	22	2.5	22	86	11	78	72	1	3	21	1.09
17275471--17275588	55	2.1	55	83	6	150	26	21	13	38	1.90
17280074--17280104	15	2.1	15	100	0	62	35	19	0	45	1.51
17282348--17282374	11	2.5	11	100	0	54	22	7	18	51	1.70
17283774--17283968	93	2.1	92	88	4	286	44	4	4	47	1.41
17284001--17284034	17	2.0	17	94	0	59	44	5	0	50	1.26
17284001--17284039	17	2.4	16	87	8	53	43	5	0	51	1.24
17284005--17284044	17	2.3	18	83	12	57	47	5	0	47	1.24
17284124--17284258	15	8.9	15	67	24	70	42	2	3	51	1.32
17284000--17284218	120	1.8	119	89	6	345	40	3	5	50	1.44
17284226--17284267	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
17284217--17284514	154	1.9	156	95	3	539	46	5	3	44	1.41
17284367--17284401	18	2.0	17	94	5	61	42	0	0	57	0.99
17284634--17284672	16	2.4	16	86	0	51	28	33	2	35	1.71
17284647--17284703	16	3.6	16	95	0	87	33	36	0	29	1.58
17284824--17284878	20	2.8	20	85	0	74	30	16	27	25	1.96
17287004--17287052	18	2.6	19	78	18	57	73	2	2	22	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17295312--17295377	23	2.9	23	95	0	114	33	27	4	34	1.77
17295734--17295792	21	2.8	22	68	21	63	59	3	13	23	1.50
17300520--17300571	23	2.3	22	75	21	54	9	23	1	65	1.32
17307843--17307895	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
17316604--17316629	6	4.3	6	100	0	52	15	0	0	84	0.62
17316623--17316650	4	7.0	4	100	0	56	25	0	0	75	0.81
17317529--17317564	10	3.7	10	92	3	56	80	5	0	13	0.88
17320596--17320636	20	2.0	20	86	9	57	19	4	7	68	1.32
17320658--17320695	13	2.6	16	88	12	55	71	7	2	18	1.23
17320689--17320759	26	2.7	25	74	8	70	71	5	14	8	1.28
17321760--17321913	12	13.6	12	69	16	69	68	1	18	11	1.28
17321782--17321916	6	22.7	6	69	6	78	70	2	17	9	1.25
17321786--17321916	18	7.3	18	73	9	97	70	2	17	9	1.25
17321769--17321916	30	5.2	29	70	16	105	69	2	18	10	1.26
17328777--17328832	12	4.7	12	91	4	87	76	3	5	14	1.09
17328872--17328912	17	2.6	16	92	7	66	60	4	12	21	1.50
17337936--17337967	15	2.1	16	94	5	57	71	0	21	6	1.07
17338076--17338120	21	2.3	18	85	11	54	55	0	26	17	1.42
17340955--17341051	30	3.2	30	75	2	106	27	26	16	28	1.97
17342748--17342804	20	2.8	20	81	5	62	78	3	10	7	1.05
17343737--17343777	16	2.6	16	78	17	50	80	0	14	4	0.87
17343825--17343855	12	2.6	12	100	0	62	45	12	16	25	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17346036--17346132	30	3.2	30	75	2	106	27	26	16	28	1.97
17360096--17360142	20	2.3	20	81	0	58	29	34	12	23	1.92
17361971--17362019	10	4.9	10	78	9	55	26	30	16	26	1.97
17361971--17362017	20	2.3	20	89	7	69	25	31	17	25	1.97
17366018--17366066	10	4.9	10	76	0	53	28	16	28	26	1.97
17366020--17366066	20	2.3	20	92	0	76	27	17	29	25	1.97
17370877--17370973	30	3.2	30	75	2	106	28	15	26	28	1.96
17373152--17373182	12	2.6	12	100	0	62	25	16	12	45	1.83
17373243--17373292	6	8.2	6	81	16	50	2	20	2	76	0.99
17373232--17373302	37	1.9	37	86	11	101	2	18	2	76	1.04

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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