genome.fa.s16.2.7.7.80.10.50.1000.59.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  53248092

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17373228--17373288	16	3.8	16	77	14	63	3	19	1	75	1.03
17374354--17374382	10	2.7	11	94	5	51	6	3	6	82	0.93
17375952--17376048	30	3.2	30	75	2	106	28	15	26	28	1.96
17387181--17387223	22	2.0	22	100	0	86	27	37	4	30	1.77
17387185--17387238	22	2.4	22	87	3	72	33	33	3	29	1.75
17404824--17405051	111	2.1	111	99	0	447	39	17	24	19	1.92
17409838--17410051	89	2.5	86	81	6	243	40	21	7	31	1.80
17410077--17410134	18	3.2	18	75	15	57	68	0	3	27	1.05
17410084--17410142	20	3.0	20	78	9	66	69	0	3	27	1.04
17410105--17410157	27	2.0	27	88	0	79	67	0	1	30	1.01
17410383--17410497	18	6.2	18	68	16	65	27	6	2	63	1.31
17410487--17410539	26	2.0	26	89	7	81	39	0	0	60	0.97
17411067--17411144	4	19.0	4	74	13	61	71	3	21	2	1.14
17411826--17411857	2	16.0	2	100	0	64	0	0	50	50	1.00
17416543--17416944	41	9.6	41	79	7	407	35	25	17	22	1.95
17416582--17416903	84	3.8	84	94	0	556	36	24	17	21	1.95
17423823--17423937	35	3.3	35	88	0	176	40	28	14	15	1.87
17425379--17425442	32	2.0	33	84	9	87	35	18	4	40	1.72
17425913--17425989	39	2.0	39	94	0	136	28	7	14	49	1.71
17429490--17429514	13	1.9	13	100	0	50	8	0	24	68	1.16
17430510--17430559	24	2.0	24	84	7	64	44	0	18	38	1.50
17430562--17430586	13	1.9	13	100	0	50	32	4	16	48	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17430847--17430988	75	1.9	75	80	2	169	28	7	20	42	1.80
17431308--17431415	41	2.6	43	85	7	143	30	20	19	29	1.97
17431634--17431699	31	2.1	31	91	0	105	33	10	19	36	1.86
17437258--17437282	13	1.9	13	100	0	50	8	0	24	68	1.16
17438277--17438326	24	2.0	24	84	7	64	44	0	18	38	1.50
17438601--17438742	75	1.9	75	80	2	169	28	7	20	42	1.80
17439062--17439169	41	2.6	43	84	7	134	31	20	18	29	1.96
17439390--17439455	31	2.1	31	94	0	114	33	9	21	36	1.85
17447353--17447728	105	3.5	103	81	9	407	30	17	19	31	1.96
17448172--17448230	30	2.0	30	93	0	100	32	23	3	40	1.71
17449962--17450004	18	2.4	18	88	0	59	20	25	11	41	1.86
17452022--17452416	126	3.1	126	90	0	612	29	18	16	35	1.93
17452582--17452673	43	2.2	43	84	7	125	46	26	1	26	1.60
17454683--17454736	9	5.8	9	76	8	54	62	0	3	33	1.12
17459802--17459835	18	2.0	16	88	11	50	35	0	5	58	1.22
17464318--17464442	54	2.3	54	80	5	146	25	21	33	19	1.97
17464710--17464787	3	26.0	3	97	0	147	33	0	34	32	1.58
17467228--17467274	19	2.4	20	82	13	62	48	6	14	29	1.69
17474889--17475066	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
17474910--17475065	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
17477329--17477382	27	2.0	28	88	3	83	40	7	0	51	1.30
17480109--17480153	22	1.9	22	82	13	54	40	4	4	51	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17483022--17483199	27	6.6	27	83	5	180	29	28	15	26	1.96
17483043--17483198	82	1.9	81	86	3	224	28	28	16	26	1.97
17485012--17485201	42	4.5	42	83	2	218	36	20	17	24	1.94
17485679--17485750	21	3.4	21	88	3	101	5	44	15	34	1.70
17491251--17491746	9	56.8	9	72	14	396	32	1	20	45	1.59
17491240--17491559	25	12.3	25	72	17	147	33	1	20	45	1.59
17491303--17491644	150	2.3	150	97	0	648	32	0	20	46	1.57
17491303--17491710	150	2.7	149	91	3	633	32	0	21	45	1.58
17491531--17491735	88	2.3	88	94	0	365	30	0	21	46	1.58
17491854--17491897	23	1.9	23	100	0	88	36	0	18	45	1.49
17492101--17492265	13	12.5	13	74	7	136	46	3	9	40	1.54
17492092--17492241	53	2.8	53	96	0	273	45	3	10	41	1.54
17492154--17492292	66	2.1	66	83	0	170	45	2	10	41	1.52
17494367--17494776	147	2.8	144	76	6	385	34	21	15	27	1.94
17496244--17496674	114	3.8	114	90	0	610	27	26	21	24	1.99
17501352--17501493	43	3.2	44	68	11	121	29	24	24	21	1.99
17501189--17501781	174	3.4	175	80	4	579	28	25	23	22	1.99
17501189--17501805	88	7.0	88	80	3	652	28	24	24	22	1.99
17501901--17502190	100	2.9	100	87	0	427	30	22	21	25	1.99
17501891--17502166	50	5.5	50	65	3	160	28	23	22	25	1.99
17504184--17504228	22	1.9	22	82	13	54	40	4	4	51	1.42
17506728--17506762	17	2.1	18	89	10	56	48	0	8	42	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17509514--17509558	23	1.9	24	82	13	58	20	8	2	68	1.27
17514347--17514389	19	2.3	19	84	8	52	30	18	6	44	1.76
17522741--17522858	43	2.7	43	84	3	139	27	17	24	30	1.97
17524873--17524919	24	1.9	25	83	12	62	19	8	2	70	1.24
17525495--17525520	13	2.0	13	100	0	52	38	0	0	61	0.96
17533453--17533501	17	2.9	16	81	6	53	28	24	18	28	1.98
17535049--17535086	19	2.0	19	90	10	60	34	18	5	42	1.73
17536802--17536861	26	2.3	26	83	8	70	33	13	10	43	1.77
17542715--17542807	45	2.1	45	97	0	177	34	22	8	34	1.85
17544514--17544625	50	2.2	51	81	9	122	16	20	36	26	1.93
17550262--17550343	25	3.3	25	94	3	139	36	15	8	39	1.78
17550503--17550541	6	6.5	6	93	0	69	15	28	0	56	1.40
17553464--17553518	23	2.5	23	79	5	60	52	5	1	40	1.35
17557294--17557319	11	2.4	11	100	0	52	38	7	0	53	1.30
17557278--17557432	38	4.2	39	76	22	172	36	2	0	61	1.10
17557305--17557378	30	2.5	29	91	8	123	31	2	0	66	1.06
17557365--17557439	11	7.3	11	70	20	56	41	1	0	57	1.07
17557374--17557432	27	2.0	30	84	12	79	42	1	0	55	1.09
17557410--17557435	13	2.0	13	100	0	52	46	0	0	53	1.00
17558451--17558497	3	15.7	3	100	0	94	31	0	0	68	0.90
17560837--17560987	27	5.6	27	85	4	178	29	28	14	27	1.95
17560837--17560986	82	1.8	81	88	4	230	30	28	14	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17562957--17563072	50	2.3	49	86	5	162	27	18	21	31	1.97
17563646--17563740	4	23.8	4	100	0	190	50	24	0	25	1.49
17570287--17570393	43	2.5	40	79	7	106	34	25	12	28	1.91
17582600--17582769	40	4.3	40	89	0	207	24	20	28	27	1.99
17582547--17582771	80	2.8	79	81	3	227	24	20	27	27	1.99
17589443--17589665	40	5.6	40	86	3	236	24	21	27	26	1.99
17589518--17589700	79	2.3	80	82	1	226	25	20	27	25	1.99
17591656--17591765	57	1.9	57	83	5	141	44	6	20	29	1.76
17599757--17599803	14	2.9	16	76	17	53	53	0	2	44	1.12
17599881--17599983	49	2.2	47	81	10	122	33	13	8	44	1.75
17606693--17606749	22	2.6	22	77	2	62	35	19	26	19	1.95
17611108--17611145	18	2.1	18	100	0	76	50	39	0	10	1.37
17615809--17616110	27	11.2	27	80	8	269	44	19	18	18	1.88
17615831--17616110	81	3.5	79	81	5	310	43	18	18	18	1.88
17615809--17616110	54	5.6	54	81	3	324	44	19	18	18	1.88
17616306--17616359	26	2.0	27	82	3	65	20	24	20	35	1.96
17618032--17618080	8	6.7	7	88	11	64	73	0	0	26	0.83
17618032--17618080	15	3.3	15	88	2	73	73	0	0	26	0.83
17619612--17619744	5	25.4	5	69	20	53	70	3	6	19	1.24
17624416--17624474	30	2.0	30	83	12	77	10	30	37	22	1.87
17627749--17627804	20	2.8	20	89	5	78	21	28	1	48	1.60
17630365--17630474	54	2.0	54	96	0	202	26	20	13	39	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17632152--17632185	15	2.2	16	89	5	52	70	8	0	20	1.13
17636801--17636843	22	2.0	22	85	0	59	32	16	25	25	1.96
17641220--17641318	40	2.5	40	83	4	112	35	20	28	16	1.94
17641230--17641343	20	5.7	20	72	11	65	35	17	30	16	1.92
17641302--17641537	40	5.9	39	75	5	206	38	17	27	16	1.91
17641347--17641447	20	5.1	20	71	4	78	43	21	22	11	1.85
17649268--17649321	20	2.7	20	88	5	74	22	22	1	53	1.55
17650199--17650285	40	2.2	40	79	4	95	40	18	26	14	1.89
17650138--17650285	80	1.9	79	81	4	181	39	16	28	16	1.90
17651319--17651497	40	4.5	39	85	4	175	39	17	26	16	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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