genome.fa.s16.2.7.7.80.10.50.1000.63.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  53248092

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18657154--18657279	47	2.6	49	71	11	114	44	2	2	50	1.27
18657252--18657542	120	2.4	118	91	3	460	41	3	4	50	1.39
18657377--18657428	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
18657325--18657510	59	3.1	58	68	13	171	43	2	6	47	1.43
18657515--18657564	26	2.0	25	84	11	66	42	0	4	54	1.19
18657648--18657682	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
18657479--18657795	157	2.0	157	95	0	571	47	5	3	44	1.43
18657918--18657970	16	3.2	16	94	5	97	37	37	0	24	1.56
18669871--18669938	26	2.6	26	81	4	84	30	26	25	17	1.97
18670102--18670471	27	13.7	27	77	5	293	17	17	22	42	1.89
18677333--18677487	41	3.8	40	89	1	229	18	30	15	34	1.92
18677348--18677487	21	6.9	19	64	16	57	17	32	15	35	1.91
18677333--18677490	82	1.9	82	90	2	255	18	30	15	34	1.93
18679463--18679582	25	4.8	25	87	0	177	33	24	14	28	1.94
18679463--18679606	50	2.9	50	87	1	189	34	24	13	28	1.93
18679458--18679606	75	2.0	76	83	1	192	34	24	12	28	1.92
18685068--18685119	20	2.5	20	93	3	86	50	19	9	21	1.76
18686101--18686139	20	2.0	20	94	0	69	41	25	23	10	1.86
18691864--18691947	26	3.2	27	81	6	102	29	16	25	28	1.97
18693972--18694003	15	2.1	15	94	0	55	62	6	0	31	1.20
18717553--18717627	22	3.4	22	79	3	71	34	22	13	29	1.92
18725799--18725828	15	2.1	15	93	6	53	76	0	16	6	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18729025--18729079	28	2.0	28	85	7	76	25	9	10	54	1.64
18737851--18737880	15	1.9	16	93	6	53	56	0	0	43	0.99
18739026--18739088	27	2.3	27	91	2	99	46	7	0	46	1.32
18739088--18739139	1	52.0	1	80	0	59	90	5	1	1	0.59
18739088--18739139	10	5.5	10	82	11	65	90	5	1	1	0.59
18739088--18739140	18	2.9	18	91	0	88	88	7	1	1	0.65
18739532--18739575	3	14.7	3	100	0	88	34	0	0	65	0.93
18744529--18744586	30	2.0	30	83	10	75	10	22	3	63	1.40
18746791--18746823	11	3.0	11	83	16	50	15	3	9	72	1.21
18748336--18748380	18	2.5	18	81	0	54	31	4	44	20	1.71
18751738--18751771	17	2.0	17	94	0	59	44	5	17	32	1.73
18752685--18752825	70	2.0	70	100	0	282	26	0	18	54	1.44
18753460--18753487	13	2.2	13	100	0	56	32	32	7	28	1.84
18753529--18753627	49	2.0	49	94	0	171	29	6	24	40	1.79
18753532--18753608	23	3.2	23	65	22	59	33	5	23	37	1.77
18753535--18753615	22	3.5	22	66	21	56	29	4	22	43	1.74
18754783--18754843	25	2.4	26	71	13	63	45	0	4	49	1.23
18756981--18757022	17	2.5	17	85	11	59	76	0	4	19	0.96
18756983--18757022	18	2.3	17	86	4	53	77	0	5	17	0.94
18757121--18757173	18	2.9	17	83	10	61	37	0	3	58	1.16
18768036--18768077	21	2.0	20	86	13	59	21	9	47	21	1.79
18768692--18768749	30	1.9	30	86	6	82	50	13	6	29	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18780410--18780560	48	3.1	48	82	3	160	25	21	29	23	1.99
18787677--18787869	48	4.0	48	77	10	160	27	20	27	23	1.99
18796747--18796789	20	2.2	20	86	0	59	27	13	9	48	1.73
18798963--18799140	27	6.6	27	82	3	196	26	14	28	30	1.95
18798964--18799119	82	1.9	81	86	3	224	26	14	28	30	1.95
18798960--18799140	82	2.2	81	82	2	220	27	14	27	30	1.95
18807143--18807234	27	3.6	27	81	7	111	28	15	27	29	1.96
18807143--18807234	26	3.6	24	78	10	94	28	15	27	29	1.96
18818668--18818845	27	6.6	27	82	3	196	26	14	28	30	1.95
18818669--18818824	82	1.9	81	86	3	224	26	14	28	30	1.95
18818665--18818845	82	2.2	81	82	2	220	27	14	27	30	1.95
18824860--18824923	32	2.0	32	100	0	128	40	15	18	25	1.90
18840496--18840534	20	1.9	21	89	5	62	43	12	0	43	1.42
18847108--18847286	84	2.1	83	88	4	261	20	20	25	34	1.97
18850346--18850370	13	1.9	13	100	0	50	40	28	8	24	1.83
18852958--18853066	42	2.6	42	82	2	130	22	21	32	23	1.98
18858465--18858493	14	2.0	15	93	6	51	0	41	0	58	0.98
18867192--18867280	27	3.3	27	84	9	119	23	38	19	19	1.93
18867300--18867363	27	2.4	27	78	0	65	32	32	14	20	1.92
18869405--18869431	14	1.9	14	100	0	54	51	18	7	22	1.70
18870862--18870931	26	2.7	26	84	6	88	21	18	31	28	1.97
18876209--18876261	21	2.5	21	90	3	79	33	33	1	30	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18876576--18876618	13	3.6	12	81	6	52	81	0	6	11	0.87
18876586--18876618	13	2.5	13	95	0	57	78	0	6	15	0.93
18876575--18876621	11	4.1	11	80	17	51	74	0	10	14	1.07
18877394--18877427	15	2.3	15	89	0	50	35	29	32	2	1.73
18881163--18881224	10	5.9	10	74	10	52	33	32	3	30	1.74
18881163--18881225	21	3.0	21	88	2	90	33	33	3	30	1.74
18887244--18887427	41	4.5	41	81	0	206	35	15	27	22	1.94
18895439--18896216	114	6.9	113	75	10	587	32	19	21	26	1.97
18895738--18896013	115	2.5	105	80	14	290	30	17	23	28	1.97
18895796--18896216	115	3.7	113	79	8	401	33	17	20	28	1.95
18895462--18896127	334	2.0	332	79	7	717	32	19	21	27	1.97
18896132--18896362	84	2.9	75	79	11	209	33	19	20	26	1.97
18896756--18896807	7	7.3	7	73	4	50	17	1	40	40	1.60
18897748--18897815	23	3.0	22	75	16	66	17	41	1	39	1.59
18899332--18899419	15	5.8	15	73	15	74	40	2	7	48	1.45
18899313--18899410	43	2.2	46	87	5	139	39	3	7	50	1.45
18899302--18899439	61	2.3	61	81	13	169	37	3	7	51	1.47
18899548--18899659	17	6.9	17	77	11	128	33	5	8	52	1.53
18899565--18899661	47	2.1	45	86	3	131	35	5	8	51	1.54
18899668--18899954	9	33.4	9	73	15	189	49	19	2	28	1.61
18899705--18899749	19	2.3	19	84	3	54	51	20	4	24	1.66
18899783--18899965	25	7.2	25	87	2	258	47	21	1	29	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18899691--18899965	16	16.1	17	73	13	158	50	19	2	27	1.59
18899787--18899965	34	5.3	35	76	12	153	47	21	1	29	1.60
18903828--18904170	40	8.6	40	90	2	458	27	27	20	24	1.99
18905617--18905685	21	3.3	21	93	0	111	33	20	44	1	1.60
18906142--18906388	42	5.8	42	82	3	280	23	23	20	32	1.98
18906142--18906372	85	2.7	83	83	7	293	22	22	19	34	1.97
18906888--18906946	21	2.7	22	79	10	59	52	3	1	42	1.28
18906938--18906994	28	2.0	29	89	3	89	56	0	3	40	1.17
18906913--18907005	11	8.9	11	75	18	92	54	0	3	41	1.16
18906919--18907065	51	3.1	51	81	12	145	59	0	2	37	1.12
18906940--18907065	42	3.1	42	87	5	161	60	0	2	37	1.10
18913875--18913919	2	22.5	2	90	0	72	51	44	0	4	1.21
18915408--18915438	15	2.1	15	93	0	53	22	6	9	61	1.50
18916577--18916679	29	3.6	29	67	10	77	36	31	10	21	1.88
18916549--18916669	56	2.2	56	89	0	179	38	28	13	19	1.89
18925300--18925331	16	2.0	16	93	0	55	25	15	0	59	1.36
18925549--18925901	51	7.0	51	78	7	396	30	28	16	24	1.97
18925549--18925901	152	2.3	152	95	0	634	30	28	16	24	1.97
18925549--18925927	101	3.7	103	79	8	375	30	28	16	24	1.97
18935593--18935715	50	2.4	50	86	2	174	33	15	13	37	1.87
18937869--18937924	18	3.0	18	72	15	51	67	1	21	8	1.27
18939927--18940025	50	1.9	52	90	8	159	31	14	13	41	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18941561--18941595	18	1.9	18	88	0	52	25	20	5	48	1.71
18941745--18941811	25	2.6	25	77	17	66	31	22	20	25	1.98
18945951--18946005	27	2.0	27	96	0	101	20	18	20	41	1.90
18946156--18946186	15	2.1	15	93	0	53	19	25	6	48	1.72
18946407--18946803	50	7.9	49	80	4	353	23	27	20	27	1.99
18946457--18946795	100	3.3	100	84	4	403	23	29	20	26	1.99
18946477--18946803	150	2.1	154	84	3	419	22	29	21	27	1.99
18952412--18952471	29	2.1	29	100	0	120	21	20	16	41	1.90
18954716--18955987	633	2.0	633	99	0	2526	32	13	19	33	1.92
18957195--18957234	21	1.9	21	94	0	71	35	15	17	32	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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