genome.fa.s16.2.7.7.80.10.50.1000.55.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  53248092

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   

This is table  55  of  175  ( 20966 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16045376--16045545	40	4.3	40	83	0	198	25	30	21	23	1.99
16045374--16045545	80	2.2	80	84	1	229	25	30	20	23	1.99
16047097--16047178	40	2.1	39	90	2	128	21	32	12	32	1.91
16047118--16047238	60	2.0	59	87	1	170	23	29	14	33	1.93
16047174--16047616	79	5.6	79	78	5	416	19	28	14	36	1.92
16047174--16048321	39	29.1	40	76	10	412	19	29	15	35	1.93
16047511--16048202	99	7.0	97	69	9	287	19	29	15	35	1.93
16047608--16048950	79	17.1	79	78	7	699	19	29	15	34	1.93
16047273--16048902	335	4.9	334	82	6	1650	19	29	15	35	1.93
16047608--16047948	119	2.9	117	86	4	461	19	30	15	33	1.93
16048316--16048951	39	16.2	39	79	5	607	19	30	15	34	1.93
16047154--16048954	20	91.4	20	63	12	354	19	29	15	35	1.93
16050871--16050910	20	1.9	22	90	10	66	37	10	30	22	1.87
16061191--16061280	45	2.0	45	100	0	180	35	11	26	26	1.90
16070870--16070920	21	2.5	20	81	12	59	33	7	19	39	1.81
16081867--16081918	27	1.9	26	92	0	68	36	26	9	26	1.87
16081867--16081983	28	4.6	27	73	19	97	35	25	11	28	1.90
16081904--16081942	19	2.1	19	95	0	69	38	17	12	30	1.88
16081872--16081970	47	2.1	46	94	3	171	36	23	11	29	1.89
16081923--16082008	28	3.0	28	89	1	118	34	24	12	27	1.92
16086661--16086740	37	2.2	37	86	4	108	27	31	17	23	1.97
16086859--16087306	47	9.6	47	89	2	645	26	31	9	32	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16087000--16087077	25	3.2	25	65	17	74	29	28	7	34	1.85
16087166--16087240	22	3.3	22	65	17	62	26	33	10	29	1.90
16091203--16091315	40	2.8	40	91	0	190	25	26	21	26	1.99
16091248--16091617	79	5.0	68	78	19	316	25	28	21	24	1.99
16091316--16091617	40	7.6	39	95	3	532	25	29	21	24	1.99
16091319--16091617	79	3.8	79	96	0	553	25	29	21	23	1.99
16091316--16091617	119	2.5	119	94	2	536	25	29	21	24	1.99
16093425--16093504	37	2.2	37	86	4	108	27	31	17	23	1.97
16093635--16094072	47	9.4	47	91	1	641	26	31	9	32	1.89
16093766--16093843	25	3.2	25	65	17	74	29	28	7	34	1.85
16093932--16094006	22	3.3	22	65	17	62	26	33	10	29	1.90
16101061--16101088	14	2.0	14	100	0	56	35	7	0	57	1.26
16103738--16103780	21	2.2	20	83	8	52	16	30	2	51	1.57
16118272--16118449	27	6.6	27	79	3	115	28	28	16	26	1.97
16118272--16118449	54	3.3	55	80	10	204	28	28	16	26	1.97
16118293--16118448	82	1.9	81	85	3	215	28	28	16	26	1.97
16126335--16126512	27	6.6	27	79	3	115	28	28	16	26	1.97
16126335--16126512	54	3.3	55	80	10	204	28	28	16	26	1.97
16126356--16126511	82	1.9	81	85	3	215	28	28	16	26	1.97
16129945--16130060	61	1.9	58	82	5	142	49	5	4	41	1.45
16133142--16133391	40	6.3	40	94	0	385	24	20	28	26	1.99
16133089--16133391	80	3.8	80	88	2	387	24	20	28	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16133089--16133391	120	2.5	119	86	2	401	24	20	28	26	1.99
16141130--16141379	40	6.3	40	94	0	385	24	20	28	26	1.99
16141077--16141379	80	3.8	80	88	2	387	24	20	28	26	1.99
16141077--16141379	120	2.5	119	86	2	401	24	20	28	26	1.99
16147577--16147821	27	9.1	27	79	5	217	42	19	16	22	1.89
16147577--16147821	81	3.0	80	77	7	255	42	19	16	22	1.89
16147940--16148016	26	3.0	26	86	0	118	20	22	20	36	1.95
16148089--16148115	5	5.4	5	100	0	54	0	0	59	40	0.98
16148124--16148200	33	2.3	33	84	2	91	23	23	24	28	1.99
16151784--16151840	28	2.0	29	82	3	71	45	21	1	31	1.62
16165959--16166543	100	5.8	100	90	0	805	25	19	22	32	1.97
16165981--16166540	50	11.2	50	70	6	382	25	20	22	31	1.98
16167833--16167890	7	8.0	7	81	16	66	15	13	0	70	1.17
16167833--16167885	21	2.5	21	93	3	88	15	15	0	69	1.19
16168739--16168800	14	4.2	14	74	14	54	3	20	0	75	0.94
16168734--16168777	22	2.1	22	87	8	65	2	20	0	77	0.88
16168739--16168800	8	8.4	7	73	16	54	3	20	0	75	0.94
16168797--16168856	6	9.7	6	79	12	59	10	3	15	71	1.25
16168796--16168850	26	2.1	26	89	0	83	9	3	14	72	1.23
16168793--16168857	32	2.0	32	94	5	114	9	4	13	72	1.26
16172325--16172391	34	2.0	34	100	0	134	26	26	20	25	1.99
16173555--16173607	11	4.6	11	76	15	54	60	5	5	28	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16181252--16181294	8	5.6	8	86	10	54	53	0	41	4	1.21
16181252--16181294	14	2.8	15	82	13	52	53	0	41	4	1.21
16192223--16192256	17	1.9	17	88	5	50	5	17	8	67	1.37
16192470--16192590	46	2.6	47	81	11	128	34	8	0	56	1.35
16192440--16192601	69	2.3	69	80	9	195	33	7	3	56	1.43
16192445--16192668	23	9.7	23	69	18	110	34	7	3	54	1.46
16192766--16192794	14	2.1	14	100	0	58	37	27	0	34	1.57
16199384--16202153	308	9.0	308	99	0	5414	37	14	16	31	1.89
16203404--16203441	3	12.7	3	100	0	76	31	0	0	68	0.90
16203908--16203952	18	2.6	18	86	10	58	51	0	0	48	1.00
16203893--16203961	15	4.7	15	72	16	56	50	1	0	47	1.09
16204040--16204081	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
16204171--16204205	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
16203946--16204251	59	5.1	59	66	21	206	48	6	2	42	1.41
16204127--16204313	59	3.2	58	69	19	179	49	4	3	42	1.40
16203920--16204324	120	3.4	119	95	2	697	49	5	2	42	1.39
16204331--16204544	88	2.4	90	86	4	290	46	4	3	46	1.38
16204306--16204544	47	5.3	46	70	15	149	46	3	3	46	1.37
16204365--16204513	44	3.4	43	69	16	108	48	3	1	46	1.27
16207536--16207601	33	2.0	33	100	0	132	36	6	15	42	1.71
16207816--16207902	37	2.4	37	94	0	147	35	8	14	41	1.76
16209069--16209130	22	2.7	23	87	12	101	54	22	6	16	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16209069--16209142	22	3.3	23	83	11	91	56	21	5	16	1.59
16209114--16209250	61	2.2	61	92	0	220	48	24	2	24	1.65
16209933--16209964	5	6.4	5	100	0	64	40	18	0	40	1.51
16220660--16220739	39	2.1	39	95	0	142	46	6	15	32	1.70
16223530--16223580	24	2.1	24	100	0	102	33	11	7	47	1.69
16226061--16226110	25	2.0	25	96	0	91	32	22	6	40	1.78
16226706--16226932	30	7.7	30	76	9	162	21	25	13	39	1.90
16226706--16226926	60	3.7	60	75	8	200	21	25	13	39	1.90
16226676--16226874	90	2.2	90	78	7	217	23	26	13	37	1.91
16226914--16226983	29	2.4	29	85	0	104	24	30	11	34	1.90
16227244--16227276	17	1.9	17	88	11	50	42	6	9	42	1.61
16229667--16229697	13	2.4	13	100	0	62	54	0	12	32	1.38
16247472--16247513	17	2.5	17	84	7	50	50	0	4	45	1.23
16254208--16254285	31	2.6	30	81	4	86	20	17	8	52	1.71
16254208--16254304	31	3.2	31	79	5	83	24	15	9	50	1.73
16265951--16266140	43	4.4	43	82	5	204	22	16	17	42	1.89
16265951--16266140	86	2.2	86	84	1	247	22	16	17	42	1.89
16272473--16272809	72	4.7	71	87	2	453	23	6	15	54	1.64
16274499--16274549	21	2.5	21	76	20	54	49	1	1	47	1.24
16274799--16274855	27	2.1	27	83	0	69	35	24	5	35	1.78
16274810--16274863	13	4.1	13	75	13	56	35	27	7	29	1.84
16283833--16283923	42	2.2	42	82	4	103	17	30	25	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16286102--16286167	26	2.5	27	80	14	75	22	0	7	69	1.13
16286099--16286167	37	1.9	34	83	13	86	21	0	7	71	1.10
16286293--16286330	18	2.1	19	90	5	60	44	13	0	42	1.43
16286576--16286610	15	2.3	15	90	0	52	22	2	11	62	1.41
16290258--16290290	13	2.4	14	90	5	50	21	6	0	72	1.05
16290722--16290754	17	1.9	17	88	11	50	30	0	3	66	1.06
16293268--16293344	19	3.8	19	83	11	100	36	6	16	40	1.75
16293310--16293354	23	2.0	23	86	4	65	33	4	15	46	1.66
16298811--16299036	44	5.2	45	81	6	259	27	14	26	31	1.95
16299032--16299985	44	21.7	44	65	10	311	30	20	24	24	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175